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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | adult T-cell leukemia | | ISO | RGD:1322035 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:17643074 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | adult T-cell leukemia | | ISO | RGD:1322035 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:17643074 | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | GOA data from the GO Consortium |
3. | MGD data from the GO Consortium |
4. | RGD automated data pipeline |
5. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
6. | Zhang P, etal., Nat Commun. 2015 Nov 20;6:8888. doi: 10.1038/ncomms9888. |
PMID:9326950 | PMID:10338214 | PMID:10888888 | PMID:11927518 | PMID:11971978 | PMID:12181313 | PMID:12477932 | PMID:12768206 | PMID:14690602 | PMID:15010310 | PMID:15109494 | PMID:15181449 |
PMID:15200954 | PMID:15383534 | PMID:15507207 | PMID:15657433 | PMID:15968270 | PMID:16880378 | PMID:17055345 | PMID:17499040 | PMID:17694070 | PMID:17696610 | PMID:18812185 | PMID:19135898 |
PMID:19801496 | PMID:19854130 | PMID:19864690 | PMID:20479256 | PMID:20619712 | PMID:20655466 | PMID:21852327 | PMID:21903926 | PMID:22039056 | PMID:22536324 | PMID:23685356 | PMID:24012755 |
PMID:24095731 | PMID:24120135 | PMID:24270157 | PMID:27117401 |
Terf2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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TERF2 (Homo sapiens - human) |
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Terf2 (Mus musculus - house mouse) |
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Terf2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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TERF2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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TERF2 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Terf2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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TERF2 (Sus scrofa - pig) |
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TERF2 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Terf2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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RH132482 |
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AW534417 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 28 | 21 | 18 | 9 | 18 | 66 | 27 | 35 | 3 | |||
Low | 15 | 36 | 23 | 10 | 23 | 8 | 11 | 8 | 8 | 6 | 8 | 8 | |
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | NM_001108448 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
NM_001242355 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006255564 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039097857 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XR_005496666 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AC124839 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC160846 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH473972 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
FQ212165 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
HQ651915 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000313 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000027695 ⟹ ENSRNOP00000027695 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000098839 ⟹ ENSRNOP00000083567 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001108448 ⟹ NP_001101918 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | NM_001242355 ⟹ NP_001229284 | ||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039097857 ⟹ XP_038953785 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | XR_005496666 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | NON-CODING | ||||||||
Position: |
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Protein RefSeqs | NP_001101918 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
NP_001229284 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038953785 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAI60846 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
ADT70782 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL92470 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001101918 ⟸ NM_001108448 |
- Peptide Label: | isoform 1 |
- UniProtKB: | D3ZJF7 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | NP_001229284 ⟸ NM_001242355 |
- Peptide Label: | isoform 2 |
- UniProtKB: | F6KWE7 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000027695 ⟸ ENSRNOT00000027695 |
RefSeq Acc Id: | XP_038953785 ⟸ XM_039097857 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000083567 ⟸ ENSRNOT00000098839 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-D3ZJF7-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZJF7 | 1-497 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13701122 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R11646 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Terf2_1 | ||||||||
Description: | telomeric repeat binding factor 2 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
19 | 39300858 | 39300859 | G | A | snv | CDR, WKY/NCrl (2019), GH/OmrMcwi (MCW), ACI/N (MCW), WKY/NCrl (RGD), ACI/EurMcwi (2019), ACI/N (2020), BUF/N (2020), DA/OlaHsd (2019), LEXF11/Stm (2020), LEXF1A/Stm (2019), LEXF1C/Stm (2019), LEXF2B/Stm (2019), LEXF4/Stm (2020), LE/Stm (2019), LEXF10A/StmMcwi (2020), WKY/N (2020), CDS, COP/CrCrl (MCW & UW), SBH/Ygl (MCW), BBDP/Wor (RGD), LE/Stm (RGD), SBH/Ygl (RGD), WKY/NHsd (RGD), ACI/EurMcwi (MCW) |
Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
19 | 50164528 | 50164529 | G | A | snv | ACI/EurMcwi (MCW), BDIX.Cg-Tal/NemOda (KyushuU), GH/OmrMcwi (MCW), SBH/Ygl (MCW), ACI/N (KNAW), ACI/EurMcwi (KNAW), BBDP/WorN (KNAW), BUF/N (KNAW), DA/BklArbNsi (KNAW), LE/Stm (Illumina) (KNAW), SBH/Ygl (KNAW), WKY/N (KNAW), WKY/NCrl (KNAW), WKY/NHsd (KNAW), NIG-III/Hok (KyushuU), HTX/Kyo (KyushuU), BDIX/NemOda (KyushuU), COP/CrCrl (MCW & UW) |
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1310881 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-5763 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000020435 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000027695 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOP00000083567 | ENTREZGENE | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000027695 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOT00000098839 | ENTREZGENE | |
Gene3D-CATH | 1.25.40.210 | UniProtKB/TrEMBL |
IMAGE_CLONE | IMAGE:8362263 | IMAGE-MGC_LOAD |
InterPro | Homeodomain-like | UniProtKB/TrEMBL |
Myb_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
SANT/Myb | UniProtKB/TrEMBL | |
Telomere_rpt-bd_fac_dimer_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
Telomere_rpt-bd_fac_dimer_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
TERF1/2 | UniProtKB/TrEMBL | |
TERF2 | UniProtKB/TrEMBL | |
TERF2_RBM | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:361403 | UniProtKB/TrEMBL |
MGC_CLONE | MGC:187576 | IMAGE-MGC_LOAD |
NCBI Gene | 361403 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR46833 | UniProtKB/TrEMBL |
Pfam | Myb_DNA-binding | UniProtKB/TrEMBL |
TERF2_RBM | UniProtKB/TrEMBL | |
TRF | UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Terf2 | PhenoGen |
PIRSF | Telomere_bd-1_Pin2 | UniProtKB/TrEMBL |
PROSITE | HTH_MYB | UniProtKB/TrEMBL |
MYB_LIKE | UniProtKB/TrEMBL | |
SMART | SANT | UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | Homeodomain_like | UniProtKB/TrEMBL |
Telo_rept_bnd_D | UniProtKB/TrEMBL | |
UniProt | B1H237_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
D3ZJF7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
F6KWE7 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2008-04-30 | Terf2 | telomeric repeat binding factor 2 | Terf2_predicted | telomeric repeat binding factor 2 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2005-01-12 | Terf2_predicted | telomeric repeat binding factor 2 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |