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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
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 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cardiomegaly | ISO | RGD:1321303 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:27099261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| endomyocardial fibrosis | ISO | RGD:1321303 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:27099261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsMolecular Pathway AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Molecular Pathway AnnotationsReferences - curated| 1. | Chen YR, etal., Biochem Cell Biol. 2010 Aug;88(4):715-22. doi: 10.1139/O10-010. |
| 2. | Komlos D, etal., Glia. 2013 Mar;61(3):394-408. doi: 10.1002/glia.22442. Epub 2012 Dec 22. |
| 3. | Liu B, etal., Cell Physiol Biochem. 2013;32(3):655-62. doi: 10.1159/000354469. Epub 2013 Sep 10. |
| 4. | Peserico A and Simone C, J Biomed Biotechnol. 2011;2011:371832. doi: 10.1155/2011/371832. Epub 2010 Dec 5. |
| 5. | RGD automated data pipeline |
| 6. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 7. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 8. | RGD comprehensive gene curation |
| 9. | Verdin E Science. 2015 Dec 4;350(6265):1208-13. doi: 10.1126/science.aac4854. |
References - uncurated| PubMed | 12477932 16079181 16959573 17715127 17923681 18054327 23562301 23663782 23746352 24043310 24535021 25525879 26365714 26767982 30661205 |
Comparative Map Data| Sirt4 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| SIRT4 (Homo sapiens - human) |
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| Sirt4 (Mus musculus - house mouse) |
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| Sirt4 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| SIRT4 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| SIRT4 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Sirt4 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| SIRT4 (Sus scrofa - pig) |
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| SIRT4 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Sirt4 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| RH132972 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 2 | ||||||||||||
| Low | 3 | 43 | 57 | 41 | 19 | 41 | 8 | 11 | 74 | 35 | 39 | 11 | 8 |
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001107147 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| XM_008769235 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_001840594 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_001840595 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_001840596 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_001840597 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_001840598 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_595325 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_595326 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XR_595327 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AAHX01072925 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01072926 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AC097575 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC167005 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH473973 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| FQ225779 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000001523 ⟹ ENSRNOP00000001523 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000084421 ⟹ ENSRNOP00000073772 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001107147 ⟹ NP_001100617 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||
| Sequence: |
GAGCATTCTTACAAGGGATTCTATTTGTCCTCTTTTTTCTCGAGGGGACACGGAGGATTTGTCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_008769235 ⟹ XP_008767457 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AAAAATTGTTTTAAGTATGTAATTTTTTAAAATTAAATTTTATTTTACGTGTTTGGGCATTTTAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_001840594 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AGAACATCTACTTTTAGACAAACAATATTCAGTCTCCGTAGAGACTGTCAAAAATTGCCAATGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_001840595 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
GAGCCATCTCTCCAGCCCCAGTCAGTGCTCTTAATTGCAGAGGCATCTCTCCAGCCCCTCATTAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_001840596 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AGAACATCTACTTTTAGACAAACAATATTCAGTCTCCGTAGAGACTGTCAAAAATTGCCAATGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_001840597 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AGAACATCTACTTTTAGACAAACAATATTCAGTCTCCGTAGAGACTGTCAAAAATTGCCAATGChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_001840598 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
GAGCCATCTCTCCAGCCCCAGTCAGTGCTCTTAATTGCAGAGGCATCTCTCCAGCCCCTCATTAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_595325 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AAAAATTGTTTTAAGTATGTAATTTTTTAAAATTAAATTTTATTTTACGTGTTTGGGCATTTTAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_595326 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AAAAATTGTTTTAAGTATGTAATTTTTTAAAATTAAATTTTATTTTACGTGTTTGGGCATTTTAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XR_595327 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | NON-CODING | ||||||||
| Position: |
|
||||||||
| Sequence: |
AAAAATTGTTTTAAGTATGTAATTTTTTAAAATTAAATTTTATTTTACGTGTTTGGGCATTTTAhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001100617 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| XP_008767457 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAI67005 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDM13876 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EDM13877 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001100617 ⟸ NM_001107147 |
| - UniProtKB: | G3V641 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MRGLIFRPTRGRWITQMSQLRSHGSTGLFVPPSPPLDHEKIKELQRFISLSKKLLVMTGAGISThide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_008767457 ⟸ XM_008769235 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MVLLGVDRMRGLIFRPTRGRWITQMSQLRSHGSTGLFVPPSPPLDHEKIKELQRFISLSKKLLVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000073772 ⟸ ENSRNOT00000084421 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000001523 ⟸ ENSRNOT00000001523 |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13698688 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R9213 | ||||||||
| Type: | single initiation site | ||||||||
| Name: | Sirt4_1 | ||||||||
| Description: | sirtuin 4 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1310413 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000001151 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000001523 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000073772 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000001523 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000084421 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 3.30.1600.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| IMAGE_CLONE | IMAGE:7099421 | IMAGE-MGC_LOAD |
| InterPro | DHS-like_NAD/FAD-binding_dom | UniProtKB/TrEMBL |
| NAD-dep_deAcase_sirtuin | UniProtKB/TrEMBL | |
| Sirtuin_cat_small_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| Sirtuin_ClassII | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ssirtuin_cat_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:304539 | UniProtKB/TrEMBL |
| MGC_CLONE | MGC:189175 | IMAGE-MGC_LOAD |
| NCBI Gene | 304539 | ENTREZGENE |
| Pfam | SIR2 | UniProtKB/TrEMBL |
| PhenoGen | Sirt4 | PhenoGen |
| PROSITE | SIRTUIN | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | SSF52467 | UniProtKB/TrEMBL |
| UniGene | Rn.92769 | ENTREZGENE |
| UniProt | B2RZ30_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| G3V641 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2011-08-01 | Sirt4 | sirtuin 4 | Sirt4 | sirtuin (silent mating type information regulation 2 homolog) 4 (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-10-23 | Sirt4 | sirtuin (silent mating type information regulation 2 homolog) 4 (S. cerevisiae) | Sirt4 | sirtuin 4 (silent mating type information regulation 2 homolog) 4 (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2008-03-07 | Sirt4 | sirtuin 4 (silent mating type information regulation 2 homolog) 4 (S. cerevisiae) | Sirt4_predicted | sirtuin (silent mating type information regulation 2 homolog) 4 (S. cerevisiae) (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Sirt4_predicted | sirtuin (silent mating type information regulation 2 homolog) 4 (S. cerevisiae) (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |
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| More on Sirt4 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1310413 |
| Created: | 2005-01-12 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-03-04 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
