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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | hepatocellular carcinoma | | ISO | RGD:1604827 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:14563831 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | hepatocellular carcinoma | | ISO | RGD:1604827 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:14563831 | |
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1. | Chu Q, etal., Clin Experiment Ophthalmol. 2011 Mar;39(2):142-51. doi: 10.1111/j.1442-9071.2010.02437.x. |
2. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
3. | MGD data from the GO Consortium |
4. | Osborne TF and Espenshade PJ, Genes Dev. 2009 Nov 15;23(22):2578-91. |
5. | Pallottini V, etal., J Cell Biochem. 2006 Aug 1;98(5):1044-53. |
6. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
7. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
8. | Yellaturu CR, etal., J Biol Chem. 2009 Mar 20;284(12):7518-32. Epub 2009 Jan 21. |
PMID:11358865 | PMID:11726962 | PMID:12242332 | PMID:12477932 | PMID:16054043 | PMID:17203467 | PMID:17666524 | PMID:22337502 |
Scap (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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SCAP (Homo sapiens - human) |
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Scap (Mus musculus - house mouse) |
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Scap (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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SCAP (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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SCAP (Canis lupus familiaris - dog) |
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LOC101970674 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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SCAP (Sus scrofa - pig) |
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LOC103227563 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Scap (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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BE108733 |
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UniSTS:236259 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 35 | 57 | 41 | 19 | 41 | 1 | 4 | 74 | 35 | 39 | 11 | 1 |
Low | 8 | 7 | 7 | 2 | 7 | ||||||||
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | NM_001100966 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006243922 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006243923 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006243924 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006243925 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017595596 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017595597 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039081248 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | BC131852 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
CH473954 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000200 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000028295 ⟹ ENSRNOP00000028295 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000090238 ⟹ ENSRNOP00000072003 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001100966 ⟹ NP_001094436 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_017595597 ⟹ XP_017451086 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039081248 ⟹ XP_038937176 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | NP_001094436 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_017451086 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038937176 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | A2RRU4 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
AAI31853 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL77086 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001094436 ⟸ NM_001100966 |
- UniProtKB: | A2RRU4 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_017451086 ⟸ XM_017595597 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000072003 ⟸ ENSRNOT00000090238 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000028295 ⟸ ENSRNOT00000028295 |
RefSeq Acc Id: | XP_038937176 ⟸ XM_039081248 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
Name | Modeller | Protein Id | AA Range | Protein Structure | Video |
AF-A2RRU4-F1-model_v2 | AlphaFold | A2RRU4 | 1-1276 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13696329 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R6854 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Scap_1 | ||||||||
Description: | SREBF chaperone | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1309378 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-29075 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000020853 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000028295 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
ENSRNOP00000072003 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000028295 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
ENSRNOT00000090238 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Gene3D-CATH | 2.130.10.10 | UniProtKB/Swiss-Prot |
IMAGE_CLONE | IMAGE:7189794 | IMAGE-MGC_LOAD |
InterPro | SCAP | UniProtKB/Swiss-Prot |
SSD | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WD40/YVTN_repeat-like_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WD40_repeat | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WD40_repeat_CS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WD40_repeat_dom_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
KEGG Report | rno:301024 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGC_CLONE | MGC:156813 | IMAGE-MGC_LOAD |
NCBI Gene | 301024 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR46378 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Pfam | Sterol-sensing | UniProtKB/Swiss-Prot |
WD40 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
PhenoGen | Scap | PhenoGen |
PROSITE | SSD | UniProtKB/Swiss-Prot |
WD_REPEATS_1 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WD_REPEATS_2 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
WD_REPEATS_REGION | UniProtKB/Swiss-Prot | |
SMART | WD40 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Superfamily-SCOP | SSF50978 | UniProtKB/Swiss-Prot |
UniProt | A2RRU4 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2008-03-07 | Scap | SREBF chaperone | Scap_predicted | SREBP cleavage activating protein (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2005-01-12 | Scap_predicted | SREBP cleavage activating protein (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |