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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Primary Ovarian Insufficiency 20 | | ISO | RGD:1319392 | 7240710 | | OMIM | | spermatogenic failure 2 | | ISO | RGD:1319392 | 7240710 | | OMIM | | |
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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Primary Ovarian Insufficiency 20 | | ISO | RGD:1319392 | 7240710 | | OMIM | | spermatogenic failure 2 | | ISO | RGD:1319392 | 7240710 | | OMIM | | |
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# | Reference Title | Reference Citation |
1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
3. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
4. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
5. | ClinVar Automated Import and Annotation Pipeline | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
6. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
7. | Comprehensive gene review and curation | RGD comprehensive gene curation |
PMID:10809667 | PMID:15467367 | PMID:16260499 | PMID:18316482 | PMID:22164254 | PMID:23555294 | PMID:27760146 |
Msh4 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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MSH4 (Homo sapiens - human) |
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Msh4 (Mus musculus - house mouse) |
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Msh4 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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MSH4 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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MSH4 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Msh4 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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MSH4 (Sus scrofa - pig) |
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MSH4 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Msh4 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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RH127932 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | ||||||||||||
Medium | 3 | |||||||||||
Low | 22 | 20 | ||||||||||
Below cutoff | 8 | 10 | 2 | 18 | 2 | 3 | 3 | 36 | 22 | 14 | 10 | 3 |
RefSeq Transcripts | NM_001106477 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_017590793 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039102112 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039102113 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039102114 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | CH473952 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
JACYVU010000079 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000014106 ⟹ ENSRNOP00000014106 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | NM_001106477 ⟹ NP_001099947 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | INFERRED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039102112 ⟹ XP_038958040 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | XM_039102113 ⟹ XP_038958041 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | XM_039102114 ⟹ XP_038958042 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | NP_001099947 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_038958040 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038958041 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038958042 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | EDL82522 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001099947 ⟸ NM_001106477 |
- UniProtKB: | F1M9U4 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000014106 ⟸ ENSRNOT00000014106 |
RefSeq Acc Id: | XP_038958040 ⟸ XM_039102112 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
RefSeq Acc Id: | XP_038958041 ⟸ XM_039102113 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
RefSeq Acc Id: | XP_038958042 ⟸ XM_039102114 |
- Peptide Label: | isoform X3 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-F1M9U4-F1-model_v2 | AlphaFold | F1M9U4 | 1-911 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1309190 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-50777 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000010431 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000014106 | ENTREZGENE |
ENSRNOP00000014106.5 | UniProtKB/TrEMBL | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000014106 | ENTREZGENE |
ENSRNOT00000014106.6 | UniProtKB/TrEMBL | |
Gene3D-CATH | 3.30.420.110 | UniProtKB/TrEMBL |
3.40.50.300 | UniProtKB/TrEMBL | |
InterPro | DNA_mismatch_repair_MutS | UniProtKB/TrEMBL |
DNA_mismatch_repair_MutS_C | UniProtKB/TrEMBL | |
DNA_mismatch_repair_MutS_clamp | UniProtKB/TrEMBL | |
DNA_mismatch_repair_MutS_core | UniProtKB/TrEMBL | |
DNA_mismatch_repair_MutS_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
DNA_mmatch_repair_MutS_con_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
MutS_con_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
MutS_family | UniProtKB/TrEMBL | |
P-loop_NTPase | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:295541 | UniProtKB/TrEMBL |
NCBI Gene | 295541 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR11361 | UniProtKB/TrEMBL |
Pfam | MutS_II | UniProtKB/TrEMBL |
MutS_III | UniProtKB/TrEMBL | |
MutS_IV | UniProtKB/TrEMBL | |
MutS_V | UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Msh4 | PhenoGen |
PIRSF | MSH2 | UniProtKB/TrEMBL |
PROSITE | DNA_MISMATCH_REPAIR_2 | UniProtKB/TrEMBL |
SMART | MUTSac | UniProtKB/TrEMBL |
MUTSd | UniProtKB/TrEMBL | |
Superfamily-SCOP | DNA_mismatch_repair_MutS_connt | UniProtKB/TrEMBL |
DNA_repair_MutS_domIII | UniProtKB/TrEMBL | |
SSF52540 | UniProtKB/TrEMBL | |
UniProt | F1M9U4 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2013-11-19 | Msh4 | mutS homolog 4 | Msh4 | mutS homolog 4 (E. coli) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-04-30 | Msh4 | mutS homolog 4 (E. coli) | Msh4_predicted | mutS homolog 4 (E. coli) (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2008-01-09 | Msh4_predicted | mutS homolog 4 (E. coli) (predicted) | LOC688159 | similar to mutS homolog 4 | Data Merged | 1643240 | APPROVED |
2006-11-20 | LOC688159 | similar to mutS homolog 4 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL | ||
2005-01-12 | Msh4_predicted | mutS homolog 4 (E. coli) (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |