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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | medulloblastoma | | ISO | RGD:1318418 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:19270706 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | medulloblastoma | | ISO | RGD:1318418 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:19270706 | |
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# | Reference Title | Reference Citation |
1. | Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | Rat ISS GO annotations from GOA human gene data--August 2006 | GOA data from the GO Consortium |
3. | Rat ISS GO annotations from MGI mouse gene data--August 2006 | MGD data from the GO Consortium |
4. | GOA pipeline | RGD automated data pipeline |
5. | Data Import for Chemical-Gene Interactions | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:12477932 | PMID:14597177 | PMID:17540172 | PMID:19233876 | PMID:22770845 |
L3mbtl2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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L3MBTL2 (Homo sapiens - human) |
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L3mbtl2 (Mus musculus - house mouse) |
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L3mbtl2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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L3MBTL2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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L3MBTL2 (Canis lupus familiaris - dog) |
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L3mbtl2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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L3MBTL2 (Sus scrofa - pig) |
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L3MBTL2 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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L3mbtl2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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RH130689 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 30 | 55 | 39 | 19 | 39 | 74 | 35 | 41 | 11 | |||
Low | 13 | 2 | 2 | 2 | 8 | 11 | 8 | ||||||
Below cutoff |
RefSeq Transcripts | NM_001033695 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_008765711 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017594794 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039078957 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | BC088331 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC101865 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH473950 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000186 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000034998 ⟹ ENSRNOP00000031908 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001033695 ⟹ NP_001028867 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_008765711 ⟹ XP_008763933 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_017594794 ⟹ XP_017450283 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039078957 ⟹ XP_038934885 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
Protein RefSeqs | NP_001028867 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_008763933 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_017450283 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038934885 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAI01866 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
EDM15714 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDM15715 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDM15716 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
Q3MIF2 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001028867 ⟸ NM_001033695 |
- UniProtKB: | Q3MIF2 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_008763933 ⟸ XM_008765711 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_017450283 ⟸ XM_017594794 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000031908 ⟸ ENSRNOT00000034998 |
RefSeq Acc Id: | XP_038934885 ⟸ XM_039078957 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-Q3MIF2-F1-model_v2 | AlphaFold | Q3MIF2 | 1-703 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13695512 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R6037 | ||||||||
Type: | multiple initiation site | ||||||||
Name: | L3mbtl2_1 | ||||||||
Description: | L3MBTL2 polycomb repressive complex 1 subunit | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1308569 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-32668 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000024743 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000031908 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000034998 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Gene3D-CATH | 3.30.60.160 | UniProtKB/Swiss-Prot |
IMAGE_CLONE | IMAGE:7365719 | IMAGE-MGC_LOAD |
IMAGE:7938856 | IMAGE-MGC_LOAD | |
InterPro | L3MBTL2 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Mbt | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Znf_FCS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
Znf_FCS_sf | UniProtKB/Swiss-Prot | |
KEGG Report | rno:300320 | UniProtKB/Swiss-Prot |
MGC_CLONE | MGC:109590 | IMAGE-MGC_LOAD |
MGC:124862 | IMAGE-MGC_LOAD | |
NCBI Gene | 300320 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR12247:SF64 | UniProtKB/Swiss-Prot |
Pfam | MBT | UniProtKB/Swiss-Prot |
PhenoGen | L3mbtl2 | PhenoGen |
PROSITE | MBT | UniProtKB/Swiss-Prot |
ZF_FCS | UniProtKB/Swiss-Prot | |
SMART | MBT | UniProtKB/Swiss-Prot |
UniProt | LMBL2_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2019-04-10 | L3mbtl2 | L3MBTL histone methyl-lysine binding protein 2 | L3mbtl2 | L3MBTL2 polycomb repressive complex 1 subunit | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2016-04-27 | L3mbtl2 | L3MBTL2 polycomb repressive complex 1 subunit | L3mbtl2 | l(3)mbt-like 2 (Drosophila) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2005-12-06 | L3mbtl2 | l(3)mbt-like 2 (Drosophila) | L3mbtl2_predicted | l(3)mbt-like 2 (Drosophila) (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
2005-01-12 | L3mbtl2_predicted | l(3)mbt-like 2 (Drosophila) (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |