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 Gene Annotator (Functional Annotation) unavailable |
 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - OMIM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RETINAL DYSTROPHY WITH OR WITHOUT EXTRAOCULAR ANOMALIES | ISO | RGD:1318252 | 7240710 | OMIM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology AnnotationsReferences - curated| 1. | MGD data from the GO Consortium |
| 2. | OMIM Disease Annotation Pipeline |
| 3. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 4. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
References - uncurated| PubMed | 22871113 |
Comparative Map Data| Rcbtb1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| RCBTB1 (Homo sapiens - human) |
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| Rcbtb1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Rcbtb1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| RCBTB1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| RCBTB1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Rcbtb1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| RCBTB1 (Sus scrofa - pig) |
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| RCBTB1 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Rcbtb1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| D15Cebr1 |
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| RH131300 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 2 | 26 | 55 | 39 | 19 | 39 | 1 | 1 | 74 | 28 | 36 | 11 | 1 |
| Low | 1 | 17 | 2 | 2 | 2 | 7 | 10 | 7 | 5 | 7 | |||
| Below cutoff |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001108380 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AABR07018100 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AABR07018101 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AABR07018102 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083225 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083226 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083227 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083228 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AAHX01083229 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AY724518 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH474049 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000037800 ⟹ ENSRNOP00000038352 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000081373 ⟹ ENSRNOP00000068998 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001108380 ⟹ NP_001101850 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
GAGCCCATTAAGGCGGCGGCGCTGAGGGCTCAGGGCCTGGCCCGGAGGCCTGACAGGTAGAGCGhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001101850 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | EDM14377 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101850 ⟸ NM_001108380 |
| - Sequence: |
MVDVGKWPIFTLLSPQETGSIRKACVFGISASEAIYVTDSDEVFVFGLNYSNCLGTGDNQSTLVhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000068998 ⟸ ENSRNOT00000081373 |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000038352 ⟸ ENSRNOT00000037800 |
TranscriptomeStrain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1308467 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000021712 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000038352 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOP00000068998 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000037800 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| ENSRNOT00000081373 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gene3D-CATH | 2.130.10.30 | UniProtKB/TrEMBL |
| InterPro | BTB/POZ-like | UniProtKB/TrEMBL |
| BTB/POZ_fold | UniProtKB/TrEMBL | |
| Reg_chr_condens | UniProtKB/TrEMBL | |
| Reg_csome_cond/b-lactamase_inh | UniProtKB/TrEMBL | |
| NCBI Gene | 361050 | ENTREZGENE |
| Pfam | BTB | UniProtKB/TrEMBL |
| RCC1 | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Rcbtb1 | PhenoGen |
| PRINTS | RCCNDNSATION | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | BTB | UniProtKB/TrEMBL |
| RCC1_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
| RCC1_3 | UniProtKB/TrEMBL | |
| SMART | BTB | UniProtKB/TrEMBL |
| Superfamily-SCOP | BTB/POZ_fold | UniProtKB/TrEMBL |
| RCC1/BLIP-II | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniGene | Rn.229110 | ENTREZGENE |
| UniProt | A0A0G2JU79_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
| D4AD40_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2016-02-17 | Rcbtb1 | RCC1 and BTB domain containing protein 1 | Rcbtb1 | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
| 2005-12-06 | Rcbtb1 | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 | Rcbtb1_predicted | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Rcbtb1_predicted | regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing protein 1 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |
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| More on Rcbtb1 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: rn5 rn6 |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1308467 |
| Created: | 2005-01-12 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2019-11-27 |
| Status: | ACTIVE |
 |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
