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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Experimental Liver Cirrhosis | | ISO | RGD:1601858 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:25380136 | |
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Imported Disease Annotations - CTDTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Experimental Liver Cirrhosis | | ISO | RGD:1601858 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:25380136 | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | Pipeline to import KEGG annotations from KEGG into RGD |
3. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
4. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:11514575 | PMID:12163485 | PMID:12477932 | PMID:20812917 | PMID:21148564 |
Csgalnact1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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CSGALNACT1 (Homo sapiens - human) |
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Csgalnact1 (Mus musculus - house mouse) |
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Csgalnact1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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CSGALNACT1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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CSGALNACT1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Csgalnact1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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CSGALNACT1 (Sus scrofa - pig) |
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CSGALNACT1 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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Csgalnact1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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D16Rat120 |
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D16Got23 |
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RH129371 |
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BQ190966 |
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UniSTS:532267 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 11 | 4 | 16 | 4 | 31 | 6 | 6 | 11 | |||||
Low | 3 | 43 | 46 | 37 | 3 | 37 | 8 | 10 | 43 | 29 | 34 | 8 | |
Below cutoff | 1 | 1 |
RefSeq Transcripts | NM_001107309 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006253027 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006253028 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006253029 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008771114 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008771116 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017600095 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017600096 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039094494 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_039094495 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | BC168857 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
CH474045 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000279 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
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XP_017455585 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038950422 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_038950423 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAI68857 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
EDL75936 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
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eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
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Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1307618 | AgrOrtholog |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000013024 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000017822 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000017822 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Gene3D-CATH | 3.90.550.10 | UniProtKB/TrEMBL |
InterPro | Chond_GalNAc | UniProtKB/TrEMBL |
Nucleotide-diphossugar_trans | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:306375 | UniProtKB/TrEMBL |
NCBI Gene | 306375 | ENTREZGENE |
Pfam | CHGN | UniProtKB/TrEMBL |
PhenoGen | Csgalnact1 | PhenoGen |
Superfamily-SCOP | SSF53448 | UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | B5DEY9 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
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2008-03-19 | Csgalnact1 | chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 | Chgn | chondroitin beta1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-03-07 | Chgn | chondroitin beta1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase | RGD1307618_predicted | similar to chondroitin beta1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase (predicted) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2005-01-20 | RGD1307618_predicted | similar to chondroitin beta1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase (predicted) | LOC306375_predicted | Symbol and Name status set to approved | 1331353 | APPROVED | |
2005-01-12 | LOC306375_predicted | similar to chondroitin beta1,4 N-acetylgalactosaminyltransferase (predicted) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |