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 Gene Annotator (Annotation Distribution) unavailable |
 Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailble Variant Visualizer (Genomic Variants) unavailable |
Gene Annotator (Functional Annotation) |
Gene Annotator (Annotation Distribution) |
Variant Visualizer (Genomic Variants) |
 InterViewer (Protein-Protein Interactions) unavailable |
 Gviewer (Genome Viewer) unavailable |
 Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailble Variant Visualizer (Damaging Variants) unavailable |
InterViewer (Protein-Protein Interactions) |
GViewer (Genome Viewer) |
Variant Visualizer (Damaging Variants) |
 Gene Annotator (Annotation Comparison) unavailable |
 OLGA (Gene List Generator) unavailable |
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Gene Annotator (Annotation Comparison) |
OLGA (Gene List Generator) |
Excel (Download) |
 MOET (Multi-Ontology Enrichement) unavailable |
 GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) unavailable |
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MOET (Multi-Ontology Enrichement) |
GOLF (Gene-Ortholog Location Finder) |
Imported Annotations - CTD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cholestasis | ISO | RGD:1316011 | 11554173 | CTD Direct Evidence: marker/mechanism | CTD | PMID:27989131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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References - curated| 1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
| 2. | GOA data from the GO Consortium |
| 3. | MGD data from the GO Consortium |
| 4. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
| 5. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 6. | RGD comprehensive gene curation |
References - uncurated| PubMed | 11500485 12477932 12937273 14594952 15096633 15272027 15342783 16008578 16921170 17182858 17229814 17606613 18054784 18198174 19056867 19808673 21492153 21606356 22114352 23376485 25002582 28704336 |
Comparative Map Data| Vil1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| VIL1 (Homo sapiens - human) |
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| Vil1 (Mus musculus - house mouse) |
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| Vil1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| VIL1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| VIL1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Vil1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| VIL1 (Sus scrofa - pig) |
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| VIL1 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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| Vil1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position Markers| RH129981 |
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| RH133743 |
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| D9Mco100 |
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| GDB:542905 |
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QTLs in Region (Rnor_6.0)| The following QTLs overlap with this region. |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer | | Gviewer |
miRNA Target Status
| The detailed report is available here: | | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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RNA-SEQ Expression| alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
| High | |||||||||||||
| Medium | 3 | 6 | 2 | 2 | 2 | 29 | 4 | ||||||
| Low | 20 | 34 | 31 | 31 | 2 | 6 | 36 | 9 | |||||
| Below cutoff | 15 | 21 | 8 | 16 | 8 | 3 | 5 | 57 | 1 | 2 | 3 |
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001108224 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| GenBank Nucleotide | AABR07068080 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AAHX01060859 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC168981 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH474004 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000021432 ⟹ ENSRNOP00000021432 | ||||||||
| RefSeq Status: | |||||||||
| Type: | CODING | ||||||||
| Position: |
|
| RefSeq Acc Id: | NM_001108224 ⟹ NP_001101694 | ||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||
| Position: |
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| Sequence: |
CAGGGACCTGGGCACCTACTTCCCCACCCCCTCATCCATTCTCTCTGGGGCCCTATCTTCCCTThide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001101694 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| GenBank Protein | AAI68981 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| EDL75355 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_001101694 ⟸ NM_001108224 |
| - UniProtKB: | B5DFA0 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MTKLTAQVKGSLNTTTPGIQIWRIEAMQMVPVPSSTFGSFFDGDCYVVLAIHKTGSTLSYDIHYhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000021432 ⟸ ENSRNOT00000021432 |
TranscriptomePromoters| RGD ID: | 13696753 | ||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_R7277 | ||||||||
| Type: | multiple initiation site | ||||||||
| Name: | Vil1_1 | ||||||||
| Description: | villin 1 | ||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
| Position: |
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Strain Sequence Variants (Rnor 6.0)
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Damaging Variants| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 9 | 81469637 | 81469638 | A | G | snv | COP/CrCrl (MCW & UW) |
| 9 | 81472215 | 81472216 | C | A | snv | SR/JrHsd (MCW), LL/MavRrrc (KNAW), LN/MavRrrc (KNAW), LE/OrlBarth (UDEL), WKY/N (KNAW), WKY/NCrl (KNAW), WKY/NHsd (KNAW), SDLEF7/Barth (UDEL), COP/CrCrl (MCW & UW), SR/JrHsd (KNAW) |
| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 9 | 81705088 | 81705089 | A | G | snv | COP/CrCrl (MCW & UW), CDR |
| 9 | 81707666 | 81707667 | C | A | snv | CDR, WKY/N (MCW), COP/CrCrl (MCW & UW), SR/JrHsd (MCW) |
| Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
| 9 | 73764023 | 73764024 | A | G | snv | COP/CrCrl (MCW & UW) |
| 9 | 73766601 | 73766602 | C | A | snv | SR/JrHsd (MCW), COP/CrCrl (MCW & UW), WKY/NCrl (ICL), LN/MavRrrc (ICL), SR/JrHsd (ICL), WKY/NHsd (ICL), WKY/N (KNAW), LL/MavRrrc (ICL) |
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | RGD:1307048 | AgrOrtholog |
| Ensembl Genes | ENSRNOG00000015408 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Protein | ENSRNOP00000021432 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Ensembl Transcript | ENSRNOT00000021432 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
| Gene3D-CATH | 1.10.950.10 | UniProtKB/TrEMBL |
| 3.40.20.10 | UniProtKB/TrEMBL | |
| InterPro | ADF-H/Gelsolin-like_dom | UniProtKB/TrEMBL |
| Gelsolin | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gelsolin-like_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| Gelsolin_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
| Villin | UniProtKB/TrEMBL | |
| Villin_headpiece | UniProtKB/TrEMBL | |
| Villin_headpiece_dom_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
| KEGG Report | rno:316521 | UniProtKB/TrEMBL |
| NCBI Gene | 316521 | ENTREZGENE |
| PANTHER | Gelsolin | UniProtKB/TrEMBL |
| PTHR11977:SF35 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Pfam | Gelsolin | UniProtKB/TrEMBL |
| VHP | UniProtKB/TrEMBL | |
| PhenoGen | Vil1 | PhenoGen |
| PRINTS | GELSOLIN | UniProtKB/TrEMBL |
| PROSITE | PS51089 | UniProtKB/TrEMBL |
| SMART | GEL | UniProtKB/TrEMBL |
| VHP | UniProtKB/TrEMBL | |
| Superfamily-SCOP | SSF82754 | UniProtKB/TrEMBL |
| VHP | UniProtKB/TrEMBL | |
| UniGene | Rn.220408 | ENTREZGENE |
| UniProt | B5DFA0 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2008-04-30 | Vil1 | villin 1 | Vil1_predicted | villin 1 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
| 2006-03-30 | Vil1_predicted | villin 1 (predicted) | Vil_predicted | villin (predicted) | Symbol and Name updated | 1299863 | APPROVED |
| 2005-01-12 | Vil_predicted | villin (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |
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| More on Vil1 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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JBrowse: rn5 rn6 |
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NCBI Genome Data Viewer |
| RGD Object Information | |
| RGD ID: | 1307048 |
| Created: | 2005-01-12 |
| Species: | Rattus norvegicus |
| Last Modified: | 2020-06-09 |
| Status: | ACTIVE |
 |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
