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Imported Disease Annotations - MGITerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | double outlet right ventricle | | ISS | RGD:1603362 | 13592920 | OMIM:217095 | MouseDO | | |
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Imported Disease Annotations - MGITerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | double outlet right ventricle | | ISS | RGD:1603362 | 13592920 | OMIM:217095 | MouseDO | | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | OMIM Disease Annotation Pipeline |
3. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
4. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:9486544 | PMID:9545560 | PMID:9621431 | PMID:11390666 | PMID:12477932 | PMID:15649947 |
Nkx2-6 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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NKX2-6 (Homo sapiens - human) |
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Nkx2-6 (Mus musculus - house mouse) |
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Nkx2-6 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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NKX2-6 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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NKX2-6 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Nkx2-6 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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NKX2-6 (Sus scrofa - pig) |
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NKX2-6 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Nkx2-6 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | hemolymphoid system | nervous system | renal system | reproductive system | |
High | |||||||
Medium | 2 | ||||||
Low | 5 | ||||||
Below cutoff | 1 | 16 | 4 | 7 | 15 | 5 | 5 |
RefSeq Transcripts | NM_001127653 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
GenBank Nucleotide | AC141168 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC160896 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000272 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000032826 ⟹ ENSRNOP00000034838 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | NM_001127653 ⟹ NP_001121125 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001121125 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
GenBank Protein | AAI60896 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001121125 ⟸ NM_001127653 |
- UniProtKB: | B1H280 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000034838 ⟸ ENSRNOT00000032826 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-B1H280-F1-model_v2 | AlphaFold | B1H280 | 1-213 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13699794 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R10318 | ||||||||
Type: | single initiation site | ||||||||
Name: | Nkx2-6_1 | ||||||||
Description: | NK2 homeobox 6 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
15 | 51037843 | 51037844 | G | C | snv | ACI/EurMcwi (MCW), SR/JrHsd (2020), GH/OmrMcwi (MCW), ACI/N (MCW), ACI/EurMcwi (RGD), LH/MavRrrc (RGD), ACI/EurMcwi (2019), ACI/N (2020), SS/JrHsdMcwi (2019), SR/JrHsd (MCW), SS/JrHsdMcwi (MCW), LN/MavRrrc (RGD), LL/MavRrrc (RGD), SR/JrHsd (RGD), SS/Jr (RGD), SS/JrHsdMcwi (RGD), DA/OlaHsd (2019), LH/MavRrrcAek (2020), LL/MavRrrcAek (2020), LN/MavRrrcAek (2020), COP/CrCrl (MCW & UW) |
Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
15 | 54767886 | 54767887 | G | C | snv | ACI/EurMcwi (MCW), BDIX/NemOda (KyushuU), GH/OmrMcwi (MCW), SR/JrHsd (MCW), SS/JrHsdMcwi (MCW), LH/MavRrrc (KNAW), LL/MavRrrc (KNAW), LN/MavRrrc (KNAW), MR/N (KNAW), SR/JrHsd (KNAW), SS/Jr (KNAW), SS/JrHsdMcwi (KNAW), ACI/N (KNAW), ACI/EurMcwi (KNAW), DA/BklArbNsi (KNAW), SDLEF7/Barth (UDEL), LE/OrlBarth (UDEL), IS/Kyo (KyushuU), IS-Tlk/Kyo (KyushuU), COP/CrCrl (MCW & UW) |
Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
15 | 49715483 | 49715484 | G | C | snv | ACI/EurMcwi (MCW), DA/BklArbNsi (ICAHN), SS/JrHsdMcwi (MCW), SS/JrHsdMcwi (MDC), ACI/N (KNAW), COP/CrCrl (MCW & UW), GH/OmrMcwi (MCW), ACI/EurMcwi (ICL), LH/MavRrrc (ICL), LL/MavRrrc (ICL), LN/MavRrrc (ICL), SR/JrHsd (ICL), SS/Jr (ICL), SS/JrHsdMcwi (ICL), SR/JrHsd (MCW) |
Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
15 | 44446376 | 44446377 | G | C | snv | ACI/EurMcwi (2019), ACI/N (2020), DA/OlaHsd (2019), SS/JrHsdMcwi (2019), LL/MavRrrcAek (2020), LN/MavRrrcAek (2020), SR/JrHsd (2020), LH/MavRrrcAek (2020) |
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1306149 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-13270 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000021910 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000034838 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000032826 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
IMAGE_CLONE | IMAGE:7453070 | IMAGE-MGC_LOAD |
InterPro | Homeobox | UniProtKB/TrEMBL |
Homeobox_CS | UniProtKB/TrEMBL | |
Homeobox_region | UniProtKB/TrEMBL | |
Homeodomain-like | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:364418 | UniProtKB/TrEMBL |
MGC_CLONE | MGC:188338 | IMAGE-MGC_LOAD |
NCBI Gene | 364418 | ENTREZGENE |
Pfam | Homeobox | UniProtKB/TrEMBL |
PhenoGen | Nkx2-6 | PhenoGen |
PRINTS | HOMEOBOX | UniProtKB/TrEMBL |
PROSITE | HOMEOBOX_1 | UniProtKB/TrEMBL |
HOMEOBOX_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
SMART | HOX | UniProtKB/TrEMBL |
Superfamily-SCOP | Homeodomain_like | UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | B1H280 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2011-08-02 | Nkx2-6 | NK2 homeobox 6 | Nkx2-6 | NK2 transcription factor related, locus 6 (Drosophila) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-04-30 | Nkx2-6 | NK2 transcription factor related, locus 6 (Drosophila) | Nkx2-6_predicted | NK2 transcription factor related, locus 6 (Drosophila) (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2005-01-12 | Nkx2-6_predicted | NK2 transcription factor related, locus 6 (Drosophila) (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |