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Imported Disease Annotations - ClinVarTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Currarino syndrome | | ISO | RGD:1313727 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Currarino triad | ClinVar | PMID:21681106, PMID:27549440 | |
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Imported Disease Annotations - ClinVarTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | Currarino syndrome | | ISO | RGD:1313727 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Currarino triad | ClinVar | PMID:21681106, PMID:27549440 | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | GOA data from the GO Consortium |
3. | MGD data from the GO Consortium |
4. | Mimche PN, etal., Hepatology. 2015 Sep;62(3):900-14. doi: 10.1002/hep.27792. Epub 2015 Apr 22. |
5. | Pipeline to import Pathway Interaction Database annotations from NCI into RGD |
6. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
7. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:8397371 | PMID:8947026 | PMID:9990854 | PMID:10839360 | PMID:11532925 | PMID:12408869 | PMID:12797382 | PMID:12971893 | PMID:14691139 | PMID:15223334 | PMID:15536074 | PMID:17103029 |
PMID:17719550 | PMID:19598115 | PMID:25851023 | PMID:26930615 |
Ephb3 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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EPHB3 (Homo sapiens - human) |
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Ephb3 (Mus musculus - house mouse) |
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Ephb3 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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EPHB3 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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EPHB3 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Ephb3 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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EPHB3 (Sus scrofa - pig) |
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EPHB3 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Ephb3 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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RH70256 |
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Z49086 |
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Ephb3 |
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Ephb3 |
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Ephb3 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 2 | 20 | 2 | 2 | 2 | 50 | 18 | 24 | 4 | ||||
Low | 1 | 18 | 26 | 16 | 16 | 16 | 5 | 8 | 24 | 17 | 17 | 7 | 5 |
Below cutoff | 5 | 29 | 23 | 3 | 23 | 3 | 3 | 3 |
RefSeq Transcripts | NM_001105868 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006248561 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | CH473999 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
JACYVU010000222 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000044896 ⟹ ENSRNOP00000039489 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000119527 ⟹ ENSRNOP00000083114 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001105868 ⟹ NP_001099338 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006248561 ⟹ XP_006248623 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001099338 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_006248623 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | EDL78031 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001099338 ⟸ NM_001105868 |
- Peptide Label: | precursor |
- UniProtKB: | D3ZH39 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006248623 ⟸ XM_006248561 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000039489 ⟸ ENSRNOT00000044896 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000083114 ⟸ ENSRNOT00000119527 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-D3ZH39-F1-model_v2 | AlphaFold | D3ZH39 | 1-1048 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13698265 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R8790 | ||||||||
Type: | multiple initiation site | ||||||||
Name: | Ephb3_1 | ||||||||
Description: | Eph receptor B3 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
11 | 86610936 | 86610937 | A | C | snv | SR/JrHsd (MCW), FHH/EurMcwi (MCW) |
Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
11 | 82036166 | 82036167 | A | C | snv | SR/JrHsd (MCW), FHH/EurMcwi (MCW) |
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1305602 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-20772 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000031801 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000039489 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOP00000083114 | ENTREZGENE | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000044896 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOT00000119527 | ENTREZGENE | |
Gene3D-CATH | 1.10.150.50 | UniProtKB/TrEMBL |
2.60.40.10 | UniProtKB/TrEMBL | |
InterPro | Eph_TM | UniProtKB/TrEMBL |
EphB3_rcpt_lig-bd | UniProtKB/TrEMBL | |
Ephrin_rcpt_lig-bd | UniProtKB/TrEMBL | |
Fibronectin_type3 | UniProtKB/TrEMBL | |
FN3_sf | UniProtKB/TrEMBL | |
Galactose-bd-like | UniProtKB/TrEMBL | |
Ig-like_fold | UniProtKB/TrEMBL | |
Kinase-like_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
Prot_kinase_cat_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
Protein_kinase_ATP_BS | UniProtKB/TrEMBL | |
SAM | UniProtKB/TrEMBL | |
SAM/pointed | UniProtKB/TrEMBL | |
Ser-Thr/Tyr_kinase_cat_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
Tyr-kin_ephrin_A/B_rcpt-like | UniProtKB/TrEMBL | |
Tyr_kinase_AS | UniProtKB/TrEMBL | |
Tyr_kinase_cat_dom | UniProtKB/TrEMBL | |
Tyr_kinase_ephrin_rcpt | UniProtKB/TrEMBL | |
Tyr_kinase_rcpt_V_CS | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:287989 | UniProtKB/TrEMBL |
NCBI Gene | 287989 | ENTREZGENE |
Pfam | EphA2_TM | UniProtKB/TrEMBL |
Ephrin_lbd | UniProtKB/TrEMBL | |
fn3 | UniProtKB/TrEMBL | |
GCC2_GCC3 | UniProtKB/TrEMBL | |
Pkinase_Tyr | UniProtKB/TrEMBL | |
SAM_1 | UniProtKB/TrEMBL | |
PhenoGen | Ephb3 | PhenoGen |
PIRSF | TyrPK_ephrin_receptor | UniProtKB/TrEMBL |
PRINTS | TYRKINASE | UniProtKB/TrEMBL |
PROSITE | EPH_LBD | UniProtKB/TrEMBL |
FN3 | UniProtKB/TrEMBL | |
PROTEIN_KINASE_ATP | UniProtKB/TrEMBL | |
PROTEIN_KINASE_DOM | UniProtKB/TrEMBL | |
PROTEIN_KINASE_TYR | UniProtKB/TrEMBL | |
RECEPTOR_TYR_KIN_V_1 | UniProtKB/TrEMBL | |
RECEPTOR_TYR_KIN_V_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
SAM_DOMAIN | UniProtKB/TrEMBL | |
SMART | EPH_lbd | UniProtKB/TrEMBL |
FN3 | UniProtKB/TrEMBL | |
SAM | UniProtKB/TrEMBL | |
TyrKc | UniProtKB/TrEMBL | |
Superfamily-SCOP | FN_III-like | UniProtKB/TrEMBL |
Gal_bind_like | UniProtKB/TrEMBL | |
Kinase_like | UniProtKB/TrEMBL | |
SAM_homology | UniProtKB/TrEMBL | |
UniProt | D3ZH39 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2008-04-30 | Ephb3 | Eph receptor B3 | Ephb3_predicted | Eph receptor B3 (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2005-01-12 | Ephb3_predicted | Eph receptor B3 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |