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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2W | | ISO | RGD:1313204 | 7240710 | | OMIM | | |
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Imported Disease Annotations - OMIMTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy type 2W | | ISO | RGD:1313204 | 7240710 | | OMIM | | |
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1. | Gaudet P, etal., Brief Bioinform. 2011 Sep;12(5):449-62. doi: 10.1093/bib/bbr042. Epub 2011 Aug 27. |
2. | Legate KR, etal., Nat Rev Mol Cell Biol. 2006 Jan;7(1):20-31. |
3. | MGD data from the GO Consortium |
4. | RGD automated data pipeline |
5. | RGD automated import pipeline for ClinVar variants, variant-to-disease annotations and gene-to-disease annotations |
6. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
PMID:12477932 | PMID:12651156 | PMID:19652092 | PMID:21423176 | PMID:24058607 | PMID:24719101 |
Lims2 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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LIMS2 (Homo sapiens - human) |
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Lims2 (Mus musculus - house mouse) |
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Lims2 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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LIMS2 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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LIMS2 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Lims2 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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LIMS2 (Sus scrofa - pig) |
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LIMS2 (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Lims2 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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BE105871 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 25 | 22 | 21 | 11 | 21 | 3 | 19 | 5 | 11 | |||
Low | 18 | 17 | 2 | 8 | 2 | 8 | 11 | 37 | 12 | 33 | 8 | ||
Below cutoff | 18 | 18 | 18 | 32 | 4 | 3 |
RefSeq Transcripts | NM_001012163 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
XM_006254596 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_006254597 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_008772043 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017600989 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017600990 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
XM_017600991 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
GenBank Nucleotide | AC112062 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
BC087108 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
CH473974 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
FQ221586 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
FQ226177 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
JACYVU010000299 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000061054 ⟹ ENSRNOP00000057770 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000090923 ⟹ ENSRNOP00000075365 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000112249 ⟹ ENSRNOP00000092203 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_001012163 ⟹ NP_001012163 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006254596 ⟹ XP_006254658 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006254597 ⟹ XP_006254659 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_008772043 ⟹ XP_008770265 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001012163 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
XP_006254658 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_006254659 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
XP_008770265 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
GenBank Protein | AAH87108 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
EDL76178 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
EDL76179 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001012163 ⟸ NM_001012163 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006254659 ⟸ XM_006254597 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006254658 ⟸ XM_006254596 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- UniProtKB: | A0A0G2KAE1 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_008770265 ⟸ XM_008772043 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000057770 ⟸ ENSRNOT00000061054 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000075365 ⟸ ENSRNOT00000090923 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000092203 ⟸ ENSRNOT00000112249 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-A0A0G2KAE1-F1-model_v2 | AlphaFold | A0A0G2KAE1 | 1-341 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13700680 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R11202 | ||||||||
Type: | initiation region | ||||||||
Name: | Lims2_1 | ||||||||
Description: | LIM zinc finger domain containing 2 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_R11203 | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
|
RGD ID: | 13700679 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R11203 | ||||||||
Type: | multiple initiation site | ||||||||
Name: | Lims2_2 | ||||||||
Description: | LIM zinc finger domain containing 2 | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Alternative Promoters: | null; see alsoEPDNEW_R11202 | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
18 | 24374867 | 24374868 | G | A | snv | FHL/EurMcwi (MCW) |
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1305273 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-8048 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000016021 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000057770 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOP00000075365 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOP00000092203 | ENTREZGENE | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000061054 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
ENSRNOT00000090923 | UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOT00000112249 | ENTREZGENE | |
IMAGE_CLONE | IMAGE:7193274 | IMAGE-MGC_LOAD |
InterPro | PINCH | UniProtKB/TrEMBL |
Znf_LIM | UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:361303 | UniProtKB/TrEMBL |
MGC_CLONE | MGC:94717 | IMAGE-MGC_LOAD |
NCBI Gene | 361303 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR24210 | UniProtKB/TrEMBL |
Pfam | LIM | UniProtKB/TrEMBL |
PhenoGen | Lims2 | PhenoGen |
PIRSF | PINCH | UniProtKB/TrEMBL |
PROSITE | LIM_DOMAIN_1 | UniProtKB/TrEMBL |
LIM_DOMAIN_2 | UniProtKB/TrEMBL | |
SMART | LIM | UniProtKB/TrEMBL |
UniProt | A0A0G2KAE1 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
Q5PQM7_RAT | UniProtKB/TrEMBL |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
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2016-02-17 | Lims2 | LIM zinc finger domain containing 2 | Lims2 | LIM-type zinc finger domains 2 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2016-01-13 | Lims2 | LIM-type zinc finger domains 2 | Lims2 | LIM and senescent cell antigen like domains 2 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2005-12-06 | Lims2 | LIM and senescent cell antigen like domains 2 | Lims2_predicted | LIM and senescent cell antigen like domains 2 (predicted) | Symbol and Name updated | 1559027 | APPROVED |
2005-01-12 | Lims2_predicted | LIM and senescent cell antigen like domains 2 (predicted) | Symbol and Name status set to approved | 70820 | APPROVED |