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1. | MGD data from the GO Consortium |
2. | Quirós PM, etal., EMBO J. 2012 May 2;31(9):2117-33. doi: 10.1038/emboj.2012.70. Epub 2012 Mar 20. |
3. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
Oma1 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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OMA1 (Homo sapiens - human) |
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Oma1 (Mus musculus - house mouse) |
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Oma1 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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OMA1 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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OMA1 (Canis lupus familiaris - dog) |
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Oma1 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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OMA1 (Sus scrofa - pig) |
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OMA1 (Chlorocebus sabaeus - African green monkey) |
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Oma1 (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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RH134945 |
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The following QTLs overlap with this region. | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer | ![]() | Gviewer |
The detailed report is available here: | ![]() | Full Report | ![]() | CSV | ![]() | TAB | ![]() | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 13 | 29 | 22 | 17 | 22 | 7 | 10 | 6 | 29 | 17 | 2 | 7 |
Low | 30 | 28 | 19 | 2 | 19 | 1 | 1 | 68 | 6 | 22 | 9 | 1 | |
Below cutoff | 2 |
RefSeq Transcripts | NM_001106669 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
GenBank Nucleotide | CH473998 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
JACYVU010000162 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000009516 ⟹ ENSRNOP00000009515 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
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RefSeq Acc Id: | NM_001106669 ⟹ NP_001100139 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | PROVISIONAL | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006238475 ⟹ XP_006238537 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006238476 ⟹ XP_006238538 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||
Sequence: |
Protein RefSeqs | NP_001100139 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
GenBank Protein | D3ZS74 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
EDL97870 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
RefSeq Acc Id: | NP_001100139 ⟸ NM_001106669 |
- UniProtKB: | D3ZS74 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006238538 ⟸ XM_006238476 |
- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006238537 ⟸ XM_006238475 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000009515 ⟸ ENSRNOT00000009516 |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13693868 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R4393 | ||||||||
Type: | single initiation site | ||||||||
Name: | Oma1_1 | ||||||||
Description: | OMA1 zinc metallopeptidase | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
5 | 126719520 | 126719521 | G | A | snv | LE/Stm (Illumina) (KNAW), LEC/Tj (KyushuU), LE/Stm (KyushuU), LE/Stm (SOLiD) (KNAW) |
Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
5 | 122852408 | 122852409 | G | A | snv | LE/Stm (RGD) |
Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
5 | 124265959 | 124265960 | G | A | snv | LE/Stm (ICL), LE/Stm (KNAW) |
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1304821 | AgrOrtholog |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000007214 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000009515 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000009516 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
InterPro | Peptidase_M48 | UniProtKB/Swiss-Prot |
KEGG Report | rno:298282 | UniProtKB/Swiss-Prot |
NCBI Gene | 298282 | ENTREZGENE |
Pfam | Peptidase_M48 | UniProtKB/Swiss-Prot |
PhenoGen | Oma1 | PhenoGen |
UniProt | D3ZS74 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
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2013-11-19 | Oma1 | OMA1 zinc metallopeptidase | Oma1 | zinc metallopeptidase homolog (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2012-10-05 | Oma1 | zinc metallopeptidase homolog (S. cerevisiae) | Oma1 | OMA1 homolog, zinc metallopeptidase (S. cerevisiae) | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2008-04-30 | Oma1 | OMA1 homolog, zinc metallopeptidase (S. cerevisiae) | Oma1_predicted | OMA1 homolog, zinc metallopeptidase (S. cerevisiae) (predicted) | 'predicted' is removed | 2292626 | APPROVED |
2006-03-30 | Oma1_predicted | OMA1 homolog, zinc metallopeptidase (S. cerevisiae) (predicted) | RGD1304821_predicted | similar to RIKEN cDNA 2010001O09 (predicted) | Symbol and Name updated | 1299863 | APPROVED |
2005-01-20 | RGD1304821_predicted | similar to RIKEN cDNA 2010001O09 (predicted) | LOC298282_predicted | Symbol and Name status set to approved | 1331353 | APPROVED | |
2005-01-12 | LOC298282_predicted | similar to RIKEN cDNA 2010001O09 (predicted) | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |