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Imported Disease Annotations - ClinVarTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | megacolon | | ISO | RGD:1350670 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Megacolon | ClinVar | PMID:21681106 | |
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Imported Disease Annotations - ClinVarTerm | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | megacolon | | ISO | RGD:1350670 | 8554872 | ClinVar Annotator: match by term: Megacolon | ClinVar | PMID:21681106 | |
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PMID:15060004 | PMID:16641100 | PMID:19056867 | PMID:19946888 | PMID:22658674 | PMID:22681889 | PMID:29476059 |
Prrc2a (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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PRRC2A (Homo sapiens - human) |
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Prrc2a (Mus musculus - house mouse) |
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Prrc2a (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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PRRC2A (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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PRRC2A (Canis lupus familiaris - dog) |
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Prrc2a (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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PRRC2A (Sus scrofa - pig) |
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PRRC2A (Chlorocebus sabaeus - green monkey) |
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Prrc2a (Heterocephalus glaber - naked mole-rat) |
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MARC_11957-11958:1003854518:1 |
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MARC_5045-5046:996690083:1 |
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miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
alimentary part of gastrointestinal system | circulatory system | endocrine system | exocrine system | hemolymphoid system | hepatobiliary system | integumental system | musculoskeletal system | nervous system | renal system | reproductive system | respiratory system | appendage | |
High | |||||||||||||
Medium | 3 | 36 | 49 | 33 | 19 | 33 | 1 | 4 | 71 | 33 | 41 | 11 | 1 |
Low | 7 | 8 | 8 | 8 | 7 | 7 | 3 | 2 | 7 | ||||
Below cutoff |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000001133 ⟹ ENSRNOP00000001133 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000092322 ⟹ ENSRNOP00000075873 | ||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000092646 ⟹ ENSRNOP00000075902 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | ENSRNOT00000111770 ⟹ ENSRNOP00000078944 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NM_212462 ⟹ NP_997627 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006256048 ⟹ XP_006256110 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006256050 ⟹ XP_006256112 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006256051 ⟹ XP_006256113 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006256052 ⟹ XP_006256114 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
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Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_006256053 ⟹ XP_006256115 | ||||||||||||||||
RefSeq Status: | |||||||||||||||||
Type: | CODING | ||||||||||||||||
Position: |
|
||||||||||||||||
Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XM_039098488 ⟹ XP_038954416 | ||||||||
RefSeq Status: | |||||||||
Type: | CODING | ||||||||
Position: |
|
RefSeq Acc Id: | NP_997627 ⟸ NM_212462 |
- UniProtKB: | Q6MG48 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
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- Peptide Label: | isoform X4 |
- UniProtKB: | Q6MG48 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
- Sequence: |
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- Peptide Label: | isoform X2 |
- Sequence: |
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- Peptide Label: | isoform X5 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006256110 ⟸ XM_006256048 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
- Sequence: |
RefSeq Acc Id: | XP_006256113 ⟸ XM_006256051 |
- Peptide Label: | isoform X3 |
- UniProtKB: | A0A0U1RRZ5 (UniProtKB/TrEMBL) |
- Sequence: |
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RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000075902 ⟸ ENSRNOT00000092646 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000001133 ⟸ ENSRNOT00000001133 |
RefSeq Acc Id: | XP_038954416 ⟸ XM_039098488 |
- Peptide Label: | isoform X1 |
RefSeq Acc Id: | ENSRNOP00000078944 ⟸ ENSRNOT00000111770 |
Name | Modeler | Protein Id | AA Range | Protein Structure |
AF-Q6MG48-F1-model_v2 | AlphaFold | Q6MG48 | 1-2161 | view protein structure |
eQTL | View at Phenogen | |
WGCNA | View at Phenogen | |
Tissue/Strain Expression | View at Phenogen |
RGD ID: | 13701400 | ||||||||
Promoter ID: | EPDNEW_R11922 | ||||||||
Type: | multiple initiation site | ||||||||
Name: | Prrc2a_1 | ||||||||
Description: | proline-rich coiled-coil 2A | ||||||||
SO ACC ID: | SO:0000170 | ||||||||
Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | ||||||||
Experiment Methods: | Single-end sequencing. | ||||||||
Position: |
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Chromosome | Start Pos | End Pos | Reference Nucleotide | Variant Nucleotide | Variant Type | Strain |
20 | 5149106 | 5149107 | C | T | snv | ACI/N (MCW), WN/N (MCW), WKY/N (MCW), MR/N (MCW), F344/NRrrc (MCW) |
20 | 5149781 | 5149782 | A | C | snv | WKY/N (MCW), F344/NRrrc (MCW), ACI/N (MCW) |
20 | 5149793 | 5149794 | G | A | snv | MR/N (MCW) |
20 | 5151072 | 5151073 | G | A | snv | Buf/N (MCW) |
Database | Acc Id | Source(s) |
AGR Gene | RGD:1303025 | AgrOrtholog |
BioCyc Gene | G2FUF-4653 | BioCyc |
Ensembl Genes | ENSRNOG00000000852 | Ensembl, ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Ensembl Protein | ENSRNOP00000001133 | UniProtKB/Swiss-Prot |
ENSRNOP00000075873 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOP00000078944 | ENTREZGENE | |
Ensembl Transcript | ENSRNOT00000001133 | UniProtKB/Swiss-Prot |
ENSRNOT00000092322 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL | |
ENSRNOT00000111770 | ENTREZGENE | |
InterPro | BAT2_N | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PRRC2 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL | |
KEGG Report | rno:294250 | UniProtKB/Swiss-Prot |
NCBI Gene | 294250 | ENTREZGENE |
PANTHER | PTHR14038 | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
Pfam | BAT2_N | UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL |
PhenoGen | Prrc2a | PhenoGen |
UniProt | A0A0U1RRZ5 | ENTREZGENE, UniProtKB/TrEMBL |
PRC2A_RAT | UniProtKB/Swiss-Prot, ENTREZGENE |
Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2011-07-28 | Prrc2a | proline-rich coiled-coil 2A | Bat2 | HLA-B associated transcript 2 | Nomenclature updated to reflect human and mouse nomenclature | 1299863 | APPROVED |
2006-03-30 | Bat2 | HLA-B associated transcript 2 | Symbol and Name status set to approved | 1299863 | APPROVED | ||
2005-02-14 | Bat2 | HLA-B associated transcript 2 | Symbol and Name status set to provisional | 70820 | PROVISIONAL |