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CHEBI ONTOLOGY - ANNOTATIONS

The Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology is downloaded weekly from EMBL-EBI at http://www.ebi.ac.uk/chebi/. The data is made available under the Creative Commons License (CC BY 3.0, http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/). For more information see: Degtyarenko et al. (2008) ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Res. 36, D344–D350.
Term:oligonucleotide
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Accession:CHEBI:7754 term browser browse the term
Definition:A nucleobase-containing molecular entity with an oligomeric structure comprised of a linear sequence of nucleotide residues. An oligonucleotide must contain at least 2 nucleotide residues and typically contains fewer than 30.
Synonyms:related_synonym: oligonucleotides


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phosphorothioate oligonucleotide term browser
Symbol Object Name Qualifiers Evidence Notes Source PubMed Reference(s) RGD Reference(s) Position
G Aldh2 aldehyde dehydrogenase 2 family member decreases expression EXP phosphorothioate oligonucleotide decreased mRNA and activity of ALDH2 in rat liver RGD PMID:11535626 RGD:15036815 NCBI chr12:34,949,549...34,982,527
Ensembl chr12:34,901,219...34,982,521 		JBrowse link
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Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19811
    chemical entity 19840
      atom 19809
        nonmetal atom 19747
          nitrogen atom 18962
            nitrogen molecular entity 18934
              nucleobase-containing molecular entity 5659
                oligonucleotide 1
                  (dT)10 0
                  (dT)15 0
                  (dT)20 0
                  (dT)5 0
                  5'-GpCpCpA-3'(3-) 0
                  A3'p5'A3'p5'A 0
                  A8dT5A8 0
                  A[3'-5']pA[3'-5']pAp[3'](4-) 0
                  A[3'-5']pG[3'-5']pAp[3'](4-) 0
                  G12 0
                  G20 0
                  G[3'-5']pA[3'-5']pAp[3'](4-) 0
                  I11 0
                  I25 0
                  RNA fragment + 0
                  cyclic A(3'-5')pA(3'-5')pA(3'-5')p(3-) 0
                  cyclic oligonucleotide + 0
                  dC21 0
                  dG10 0
                  dG15 0
                  dT10 0
                  dT12 0
                  dT15 0
                  dT2 0
                  dT21 0
                  dT4 0
                  dT5 0
                  dT6 0
                  dT8 0
                  dU5 0
                  m(7)G5'ppp5'N(3'ppp5'N)n 0
                  phosphorothioate oligonucleotide + 1
                  pp5'N(3'ppp5'N)n 0
                  pppA2'p5'A2'p5'A 0
                  pppA2'p5'A2'p5'A2'p5'A2'p5'4A 0
                  single-stranded DNA oligonucleotide + 0
                  tRNA oligonucleotide + 0
                  thymidylyl(3'-5')thymidylyl(3'-5')thymidine 0
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19811
    subatomic particle 19809
      composite particle 19809
        hadron 19840
          baryon 19809
            nucleon 19809
              atomic nucleus 19809
                atom 19809
                  main group element atom 19759
                    p-block element atom 19759
                      carbon group element atom 19708
                        carbon atom 19734
                          organic molecular entity 19705
                            organic molecule 19658
                              organic cyclic compound 19471
                                organic heterocyclic compound 18862
                                  organonitrogen heterocyclic compound 18154
                                    nucleobase 12526
                                      nucleobase-containing molecular entity 5659
                                        oligonucleotide 1
                                          (dT)10 0
                                          (dT)15 0
                                          (dT)20 0
                                          (dT)5 0
                                          5'-GpCpCpA-3'(3-) 0
                                          A3'p5'A3'p5'A 0
                                          A8dT5A8 0
                                          A[3'-5']pA[3'-5']pAp[3'](4-) 0
                                          A[3'-5']pG[3'-5']pAp[3'](4-) 0
                                          G12 0
                                          G20 0
                                          G[3'-5']pA[3'-5']pAp[3'](4-) 0
                                          I11 0
                                          I25 0
                                          RNA fragment + 0
                                          cyclic A(3'-5')pA(3'-5')pA(3'-5')p(3-) 0
                                          cyclic oligonucleotide + 0
                                          dC21 0
                                          dG10 0
                                          dG15 0
                                          dT10 0
                                          dT12 0
                                          dT15 0
                                          dT2 0
                                          dT21 0
                                          dT4 0
                                          dT5 0
                                          dT6 0
                                          dT8 0
                                          dU5 0
                                          m(7)G5'ppp5'N(3'ppp5'N)n 0
                                          phosphorothioate oligonucleotide + 1
                                          pp5'N(3'ppp5'N)n 0
                                          pppA2'p5'A2'p5'A 0
                                          pppA2'p5'A2'p5'A2'p5'A2'p5'4A 0
                                          single-stranded DNA oligonucleotide + 0
                                          tRNA oligonucleotide + 0
                                          thymidylyl(3'-5')thymidylyl(3'-5')thymidine 0
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