Send us a Message



Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   

CHEBI ONTOLOGY - ANNOTATIONS

The Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology is downloaded weekly from EMBL-EBI at http://www.ebi.ac.uk/chebi/. The data is made available under the Creative Commons License (CC BY 3.0, http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/). For more information see: Degtyarenko et al. (2008) ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Res. 36, D344–D350.

Term:oligonucleotide
go back to main search page
Accession:CHEBI:7754 term browser browse the term
Definition:A nucleobase-containing molecular entity with an oligomeric structure comprised of a linear sequence of nucleotide residues. An oligonucleotide must contain at least 2 nucleotide residues and typically contains fewer than 30.
Synonyms:related_synonym: oligonucleotides



show annotations for term's descendants           Sort by:
 
phosphorothioate oligonucleotide term browser
Symbol Object Name Qualifiers Evidence Notes Source PubMed Reference(s) RGD Reference(s) Position
G Aldh2 aldehyde dehydrogenase 2 family member decreases expression EXP phosphorothioate oligonucleotide decreased mRNA and activity of ALDH2 in rat liver RGD PMID:11535626 RGD:15036815 NCBI chr12:34,949,549...34,982,527 JBrowse link

Term paths to the root
Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19800
    chemical entity 19800
      atom 19799
        nonmetal atom 19686
          nitrogen atom 18767
            nitrogen molecular entity 18767
              nucleobase-containing molecular entity 5381
                oligonucleotide 1
                  (dT)10 0
                  (dT)15 0
                  (dT)20 0
                  (dT)5 0
                  5'-GpCpCpA-3'(3-) 0
                  A3'p5'A3'p5'A 0
                  A8dT5A8 0
                  G12 0
                  G20 0
                  I11 0
                  I25 0
                  N(tele)-(phosphonato-5'AACA-mRNA)-L-histidine(4-) residue 0
                  RNA fragment + 0
                  cyclic oligonucleotide + 0
                  dC21 0
                  dG10 0
                  dG15 0
                  dT10 0
                  dT12 0
                  dT15 0
                  dT2 0
                  dT21 0
                  dT4 0
                  dT5 0
                  dT6 0
                  dT8 0
                  dU5 0
                  m(7)G5'ppp5'N(3'ppp5'N)n 0
                  phosphorothioate oligonucleotide + 1
                  pp5'N(3'ppp5'N)n 0
                  pppA2'p5'A2'p5'A 0
                  pppA2'p5'A2'p5'A2'p5'A2'p5'4A 0
                  single-stranded DNA oligonucleotide + 0
                  tRNA oligonucleotide + 0
                  thymidylyl(3'-5')thymidylyl(3'-5')thymidine 0
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19800
    subatomic particle 19799
      composite particle 19799
        hadron 19799
          baryon 19799
            nucleon 19799
              atomic nucleus 19799
                atom 19799
                  main group element atom 19698
                    p-block element atom 19698
                      carbon group element atom 19619
                        carbon atom 19609
                          organic molecular entity 19609
                            organic molecule 19549
                              organic cyclic compound 19343
                                organic heterocyclic compound 18584
                                  organonitrogen heterocyclic compound 17661
                                    nucleobase 10293
                                      nucleobase-containing molecular entity 5381
                                        oligonucleotide 1
                                          (dT)10 0
                                          (dT)15 0
                                          (dT)20 0
                                          (dT)5 0
                                          5'-GpCpCpA-3'(3-) 0
                                          A3'p5'A3'p5'A 0
                                          A8dT5A8 0
                                          G12 0
                                          G20 0
                                          I11 0
                                          I25 0
                                          N(tele)-(phosphonato-5'AACA-mRNA)-L-histidine(4-) residue 0
                                          RNA fragment + 0
                                          cyclic oligonucleotide + 0
                                          dC21 0
                                          dG10 0
                                          dG15 0
                                          dT10 0
                                          dT12 0
                                          dT15 0
                                          dT2 0
                                          dT21 0
                                          dT4 0
                                          dT5 0
                                          dT6 0
                                          dT8 0
                                          dU5 0
                                          m(7)G5'ppp5'N(3'ppp5'N)n 0
                                          phosphorothioate oligonucleotide + 1
                                          pp5'N(3'ppp5'N)n 0
                                          pppA2'p5'A2'p5'A 0
                                          pppA2'p5'A2'p5'A2'p5'A2'p5'4A 0
                                          single-stranded DNA oligonucleotide + 0
                                          tRNA oligonucleotide + 0
                                          thymidylyl(3'-5')thymidylyl(3'-5')thymidine 0
paths to the root