Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources

CHEBI ONTOLOGY - ANNOTATIONS

The Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology is downloaded weekly from EMBL-EBI at http://www.ebi.ac.uk/chebi/. The data is made available under the Creative Commons License (CC BY 3.0, http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/). For more information see: Degtyarenko et al. (2008) ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Res. 36, D344–D350.
Term:primary ammonium ion
go back to main search page
Accession:CHEBI:65296 term browser browse the term
Definition:An ammonium ion derivative resulting from the protonation of the nitrogen atom of a primary amino compound. Major species at pH 7.3.
Synonyms:related_synonym: Formula=H3NR;   SMILES=[NH3+][*];   a primary amine;   substituted ammonium
 cyclic_relationship: is_conjugate_acid_of CHEBI:50994


show annotations for term's descendants           Sort by:
Term paths to the root
Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 22178
    chemical entity 22208
      molecular entity 22169
        ion 17696
          organic ion 10063
            organic cation 9099
              primary ammonium ion 0
                (1R,2S)-tranylcypromine(1+) + 0
                (1S,2R)-tranylcypromine(1+) + 0
                (2S)-2-amino-3-methylbutan-1-ol(1+) 0
                (2S)-2-aminobutan-1-ol(1+) 0
                (S)-2-aminopropan-1-ol(1+) 0
                (S)-isoleucinol(1+) 0
                (S)-leucinol(1+) 0
                (S)-methioninol(1+) 0
                1-ammonio-1-deoxy-scyllo-inositol 0
                1-cyclohexylethanaminium 0
                1-hexadecyl-2-ammonio-2-deoxy-sn-glycerol + 0
                1-phenylpropan-1-aminium 0
                2-aminocyclohexan-1-ol(1+) 0
                2-aminopentan-1-ol(1+) 0
                2-aminopropan-1-ol(1+) + 0
                2-ammonio-2-deoxy-D-galactopyranose 0
                2-ammonio-2-deoxy-D-glucopyranose + 0
                2-deoxystreptamine cation + 0
                2-hydroxy-1-phenylethan-1-aminium 0
                3,5-dimethylcyclohexan-1-aminium 0
                3-amino-3-deoxy-D-glucopyranose(1+) 0
                3-amino-5-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-4,4-dimethylpyrrolidin-2-one(1+) 0
                3-aminobutan-1-ol(1+) 0
                3-aminobutan-2-ol(1+) 0
                3-methoxytyraminium 0
                3-methylcyclopentanaminium 0
                3-phenylpropylaminium 0
                4-carboxyanilinium 0
                4-hydroxyhexan-3-aminium 0
                4-methoxytyraminium 0
                4-phenylbutan-2-aminium 0
                5-ammoniolevulinic acid + 0
                5-hydroxyoctan-4-aminium 0
                5-hydroxypentan-2-aminium 0
                5-methoxytryptamine(1+) 0
                5-methyltryptaminium 0
                6-hydroxy-pseudooxy-nornicotinium 0
                L-tyrosinal(1+) 0
                N(5)-acyl-L-ornithine ester(1+) 0
                N-(4-ammoniobutylpyrrolinium) ion(2+) 0
                N-(D-erythrulosyl)-cadaverine(2+) 0
                aldehydo-D-kanosamine(1+) 0
                alkylaminium + 0
                alpha-D-kanosamine(1+) 0
                alpha-amino acid ester(1+) 0
                alpha-aminopropiononitrile(1+) 0
                aralkylammonium + 0
                arterolane(1+) + 0
                arylmethylammonium + 0
                beta-D-Galp-(1->4)-[beta-D-Galp-(1->4)-beta-D-Glcp-(1->6)]-beta-D-GlcpNAc-O[CH2]3NH3(+) 0
                beta-D-galactosyl-(1<->1')-sphinganine(1+) 0
                beta-D-glucosaminyl-(1->4)-N-acetyl-D-glucosamine(1+) 0
                beta-alaninium amide 0
                beta-ammoniopropionitrile + 0
                carcininium 0
                cyclopentylammonium 0
                dopamine quinone(1+) 0
                fumisoquin A(1+) 0
                gamma-L-glutamylbutirosin B(3+) 0
                gamma-L-glutamylputrescinium(1+) 0
                garomefrine(1+) + 0
                huperzine A(1+) 0
                huprine 19(2+) 0
                indol-3-ylmethylamine(1+) 0
                kynuramine(1+) 0
                omega-ammonioaldehyde + 0
                primary aliphatic ammonium ion + 0
                primary methyl ammonium ion 0
                pyroglutamine(1+) 0
                thiamine(2+) + 0
                thiobenzyl benzyloxycarbonyl-L-lysinate(1+) + 0
                tryptaminium + 0
                two-alkyl ammonium ion + 0
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 22178
    subatomic particle 22170
      composite particle 22170
        hadron 22201
          baryon 22170
            nucleon 22170
              atomic nucleus 22170
                atom 22170
                  main group element atom 22104
                    main group molecular entity 22104
                      s-block molecular entity 21729
                        hydrogen molecular entity 21646
                          hydrides 20758
                            inorganic hydride 18672
                              pnictogen hydride 18652
                                nitrogen hydride 18519
                                  ammonium 8211
                                    ammonium ion derivative 8196
                                      primary ammonium ion 0
                                        (1R,2S)-tranylcypromine(1+) + 0
                                        (1S,2R)-tranylcypromine(1+) + 0
                                        (2S)-2-amino-3-methylbutan-1-ol(1+) 0
                                        (2S)-2-aminobutan-1-ol(1+) 0
                                        (S)-2-aminopropan-1-ol(1+) 0
                                        (S)-isoleucinol(1+) 0
                                        (S)-leucinol(1+) 0
                                        (S)-methioninol(1+) 0
                                        1-ammonio-1-deoxy-scyllo-inositol 0
                                        1-cyclohexylethanaminium 0
                                        1-hexadecyl-2-ammonio-2-deoxy-sn-glycerol + 0
                                        1-phenylpropan-1-aminium 0
                                        2-aminocyclohexan-1-ol(1+) 0
                                        2-aminopentan-1-ol(1+) 0
                                        2-aminopropan-1-ol(1+) + 0
                                        2-ammonio-2-deoxy-D-galactopyranose 0
                                        2-ammonio-2-deoxy-D-glucopyranose + 0
                                        2-deoxystreptamine cation + 0
                                        2-hydroxy-1-phenylethan-1-aminium 0
                                        3,5-dimethylcyclohexan-1-aminium 0
                                        3-amino-3-deoxy-D-glucopyranose(1+) 0
                                        3-amino-5-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-4,4-dimethylpyrrolidin-2-one(1+) 0
                                        3-aminobutan-1-ol(1+) 0
                                        3-aminobutan-2-ol(1+) 0
                                        3-methoxytyraminium 0
                                        3-methylcyclopentanaminium 0
                                        3-phenylpropylaminium 0
                                        4-carboxyanilinium 0
                                        4-hydroxyhexan-3-aminium 0
                                        4-methoxytyraminium 0
                                        4-phenylbutan-2-aminium 0
                                        5-ammoniolevulinic acid + 0
                                        5-hydroxyoctan-4-aminium 0
                                        5-hydroxypentan-2-aminium 0
                                        5-methoxytryptamine(1+) 0
                                        5-methyltryptaminium 0
                                        6-hydroxy-pseudooxy-nornicotinium 0
                                        L-tyrosinal(1+) 0
                                        N(5)-acyl-L-ornithine ester(1+) 0
                                        N-(4-ammoniobutylpyrrolinium) ion(2+) 0
                                        N-(D-erythrulosyl)-cadaverine(2+) 0
                                        aldehydo-D-kanosamine(1+) 0
                                        alkylaminium + 0
                                        alpha-D-kanosamine(1+) 0
                                        alpha-amino acid ester(1+) 0
                                        alpha-aminopropiononitrile(1+) 0
                                        aralkylammonium + 0
                                        arterolane(1+) + 0
                                        arylmethylammonium + 0
                                        beta-D-Galp-(1->4)-[beta-D-Galp-(1->4)-beta-D-Glcp-(1->6)]-beta-D-GlcpNAc-O[CH2]3NH3(+) 0
                                        beta-D-galactosyl-(1<->1')-sphinganine(1+) 0
                                        beta-D-glucosaminyl-(1->4)-N-acetyl-D-glucosamine(1+) 0
                                        beta-alaninium amide 0
                                        beta-ammoniopropionitrile + 0
                                        carcininium 0
                                        cyclopentylammonium 0
                                        dopamine quinone(1+) 0
                                        fumisoquin A(1+) 0
                                        gamma-L-glutamylbutirosin B(3+) 0
                                        gamma-L-glutamylputrescinium(1+) 0
                                        garomefrine(1+) + 0
                                        huperzine A(1+) 0
                                        huprine 19(2+) 0
                                        indol-3-ylmethylamine(1+) 0
                                        kynuramine(1+) 0
                                        omega-ammonioaldehyde + 0
                                        primary aliphatic ammonium ion + 0
                                        primary methyl ammonium ion 0
                                        pyroglutamine(1+) 0
                                        thiamine(2+) + 0
                                        thiobenzyl benzyloxycarbonyl-L-lysinate(1+) + 0
                                        tryptaminium + 0
                                        two-alkyl ammonium ion + 0
paths to the root