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ONTOLOGY REPORT - ANNOTATIONS


Term:cyanine dye
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Accession:CHEBI:37960 term browser browse the term
Definition:Cyanine dyes are synthetic dyes with the general formula R2N[CH=CH]nCH=N(+)R2 <-> R2N(+)=CH[CH=CH]nNR2 (n is a small number) in which the nitrogen and part of the conjugated chain usually form part of a heterocyclic system, such as imidazole, pyridine, pyrrole, quinoline and thiazole.
Synonyms:exact_synonym: cyanine dyes
 related_synonym: Cyaninfarbstoff;   Zyaninfarbstoff


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C3-thiacarbocyanine cation term browser
Symbol Object Name JBrowse Chr Start Stop Reference
G Kcnh2 potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 JBrowse link 4 7,355,066 7,387,282 RGD:6480464
indocyanine green term browser
Symbol Object Name JBrowse Chr Start Stop Reference
G Abcb11 ATP binding cassette subfamily B member 11 JBrowse link 3 55,480,024 55,587,946 RGD:6480464
G Abcb4 ATP binding cassette subfamily B member 4 JBrowse link 4 22,133,984 22,192,687 RGD:6480464
G Bax BCL2 associated X, apoptosis regulator JBrowse link 1 101,451,801 101,457,207 RGD:6480464
G Casp9 caspase 9 JBrowse link 5 160,356,211 160,373,774 RGD:6480464
G Slc16a2 solute carrier family 16 member 2 JBrowse link X 74,578,600 74,706,068 RGD:6480464
G Slc22a7 solute carrier family 22 member 7 JBrowse link 9 16,925,321 16,931,119 RGD:6480464
G Slc22a8 solute carrier family 22 member 8 JBrowse link 1 224,799,444 224,818,482 RGD:6480464

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Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19679
    role 19623
      application 19246
        dye 1236
          cyanine dye 8
            1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine + 0
            1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine iodide 0
            1,1'-diethyl-2,2'-cyanine halide + 0
            2-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
            3,3'-dipentyloxacarbocyanine 0
            4-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
            BoBo-1 0
            BoBo-1(4+) + 0
            BoBo-3 0
            BoBo-3(4+) + 0
            C3-indocyanine 0
            C3-indocyanine cation + 0
            C3-oxacyanine 0
            C3-oxacyanine cation + 0
            C3-thiacarbocyanine 0
            C3-thiacarbocyanine cation + 1
            C5-oxacyanine 0
            C5-oxacyanine cation + 0
            C7-indocyanine + 0
            C7-indocyanine cation + 0
            C7-oxacyanine 0
            C7-oxacyanine cation + 0
            Cy2 dye 0
            Cy3 dye + 0
            Cy3B dye NHS ester 0
            Cy5 dye + 0
            Cy7 dye 0
            CypHer5 0
            FUN-1 0
            NIR-1 dye 0
            NIR-1(2-) + 0
            NIR-2 dye 0
            NIR-2(2-) + 0
            NIR-3 dye 0
            NIR-3(2-) + 0
            NIR-4 dye 0
            NIR-4(2-) + 0
            NIR-820 dye 0
            PicoGreen 0
            Po-Pro-1 0
            Po-Pro-1(2+) + 0
            Po-Pro-3 0
            Po-Pro-3(2+) + 0
            PoPo-1 0
            PoPo-1(4+) + 0
            PoPo-3 0
            PoPo-3(4+) + 0
            SNIR1 dye 0
            SNIR1(1-) + 0
            SNIR2 dye 0
            SNIR2(1-) + 0
            SNIR3 dye 0
            SNIR4 dye 0
            SNIR4(2-) + 0
            SYBR Green I 0
            To-Pro-1 0
            To-Pro-1(2+) + 0
            To-Pro-3 0
            To-Pro-3(2+) + 0
            ToTo-1 0
            ToTo-1(4+) + 0
            ToTo-3 0
            ToTo-3(4+) + 0
            Yo-Pro-1 0
            Yo-Pro-1(2+) + 0
            Yo-Pro-3 0
            Yo-Pro-3(2+) + 0
            YoYo-1 0
            YoYo-1(4+) + 0
            YoYo-3 0
            YoYo-3(4+) + 0
            carbocyanin DBTC 0
            carbocyanin DBTC(1+) + 0
            cyanine conjugate + 0
            diIC18(7)(1+) + 0
            dimethylindole red 0
            indocyanine green 7
            mitoTracker Green FM 0
            omocianine 0
            pinacyanol cation + 0
            pinacyanol iodide 0
            thiazole orange 0
            thiazole orange cation + 0
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19679
    subatomic particle 19675
      composite particle 19675
        hadron 19675
          baryon 19675
            nucleon 19675
              atomic nucleus 19675
                atom 19675
                  main group element atom 19555
                    main group molecular entity 19555
                      p-block molecular entity 19555
                        carbon group molecular entity 19438
                          organic molecular entity 19430
                            heteroorganic entity 19012
                              organonitrogen compound 18089
                                cyanine dye 8
                                  1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine + 0
                                  1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine iodide 0
                                  1,1'-diethyl-2,2'-cyanine halide + 0
                                  2-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
                                  3,3'-dipentyloxacarbocyanine 0
                                  4-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
                                  BoBo-1 0
                                  BoBo-1(4+) + 0
                                  BoBo-3 0
                                  BoBo-3(4+) + 0
                                  C3-indocyanine 0
                                  C3-indocyanine cation + 0
                                  C3-oxacyanine 0
                                  C3-oxacyanine cation + 0
                                  C3-thiacarbocyanine 0
                                  C3-thiacarbocyanine cation + 1
                                  C5-oxacyanine 0
                                  C5-oxacyanine cation + 0
                                  C7-indocyanine + 0
                                  C7-indocyanine cation + 0
                                  C7-oxacyanine 0
                                  C7-oxacyanine cation + 0
                                  Cy2 dye 0
                                  Cy3 dye + 0
                                  Cy3B dye NHS ester 0
                                  Cy5 dye + 0
                                  Cy7 dye 0
                                  CypHer5 0
                                  FUN-1 0
                                  NIR-1 dye 0
                                  NIR-1(2-) + 0
                                  NIR-2 dye 0
                                  NIR-2(2-) + 0
                                  NIR-3 dye 0
                                  NIR-3(2-) + 0
                                  NIR-4 dye 0
                                  NIR-4(2-) + 0
                                  NIR-820 dye 0
                                  PicoGreen 0
                                  Po-Pro-1 0
                                  Po-Pro-1(2+) + 0
                                  Po-Pro-3 0
                                  Po-Pro-3(2+) + 0
                                  PoPo-1 0
                                  PoPo-1(4+) + 0
                                  PoPo-3 0
                                  PoPo-3(4+) + 0
                                  SNIR1 dye 0
                                  SNIR1(1-) + 0
                                  SNIR2 dye 0
                                  SNIR2(1-) + 0
                                  SNIR3 dye 0
                                  SNIR4 dye 0
                                  SNIR4(2-) + 0
                                  SYBR Green I 0
                                  To-Pro-1 0
                                  To-Pro-1(2+) + 0
                                  To-Pro-3 0
                                  To-Pro-3(2+) + 0
                                  ToTo-1 0
                                  ToTo-1(4+) + 0
                                  ToTo-3 0
                                  ToTo-3(4+) + 0
                                  Yo-Pro-1 0
                                  Yo-Pro-1(2+) + 0
                                  Yo-Pro-3 0
                                  Yo-Pro-3(2+) + 0
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                                  YoYo-3 0
                                  YoYo-3(4+) + 0
                                  carbocyanin DBTC 0
                                  carbocyanin DBTC(1+) + 0
                                  cyanine conjugate + 0
                                  diIC18(7)(1+) + 0
                                  dimethylindole red 0
                                  indocyanine green 7
                                  mitoTracker Green FM 0
                                  omocianine 0
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                                  pinacyanol iodide 0
                                  thiazole orange 0
                                  thiazole orange cation + 0
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