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CHEBI ONTOLOGY - ANNOTATIONS

The Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology is downloaded weekly from EMBL-EBI at http://www.ebi.ac.uk/chebi/. The data is made available under the Creative Commons License (CC BY 3.0, http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/). For more information see: Degtyarenko et al. (2008) ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Res. 36, D344–D350.

Term:cyanine dye
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Accession:CHEBI:37960 term browser browse the term
Definition:Cyanine dyes are synthetic dyes with the general formula R2N[CH=CH]nCH=N(+)R2 <-> R2N(+)=CH[CH=CH]nNR2 (n is a small number) in which the nitrogen and part of the conjugated chain usually form part of a heterocyclic system, such as imidazole, pyridine, pyrrole, quinoline and thiazole.
Synonyms:exact_synonym: cyanine dyes
 related_synonym: Cyaninfarbstoff;   Zyaninfarbstoff


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C3-thiacarbocyanine cation term browser
Symbol Object Name Qualifiers Evidence Notes Source PubMed Reference(s) RGD Reference(s) Position
G Kcnh2 potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 decreases activity ISO Dithiazanine results in decreased activity of KCNH2 protein CTD PMID:28551711 NCBI chr 4:10,826,834...10,859,009
Ensembl chr 4:10,826,928...10,859,008
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indocyanine green term browser
Symbol Object Name Qualifiers Evidence Notes Source PubMed Reference(s) RGD Reference(s) Position
G Abcb11 ATP binding cassette subfamily B member 11 multiple interactions
decreases activity
ISO Indocyanine Green inhibits the reaction [ABCB11 protein results in increased transport of Taurocholic Acid]
Indocyanine Green results in decreased activity of ABCB11 protein
CTD PMID:24014644 NCBI chr 3:54,016,854...54,112,797
Ensembl chr 3:54,017,127...54,112,730
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G Abcb4 ATP binding cassette subfamily B member 4 affects export ISO ABCB4 protein affects the export of Indocyanine Green CTD PMID:11302927 NCBI chr 4:25,150,998...25,209,489
Ensembl chr 4:25,151,953...25,209,202
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G Bax BCL2 associated X, apoptosis regulator increases expression ISO Indocyanine Green results in increased expression of BAX mRNA; Indocyanine Green results in increased expression of BAX protein CTD PMID:23675521 NCBI chr 1:95,940,001...95,945,407
Ensembl chr 1:95,938,808...95,945,368
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G Casp9 caspase 9 increases expression ISO Indocyanine Green results in increased expression of CASP9 mRNA; Indocyanine Green results in increased expression of CASP9 protein CTD PMID:23675521 NCBI chr 5:154,108,872...154,126,628
Ensembl chr 5:154,109,046...154,126,626
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G Slc16a2 solute carrier family 16 member 2 multiple interactions ISO Indocyanine Green inhibits the reaction [SLC16A2 protein results in increased uptake of Triiodothyronine] CTD PMID:28119167 NCBI chr  X:68,725,365...68,848,572
Ensembl chr  X:68,723,261...68,848,771
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G Slc22a7 solute carrier family 22 member 7 multiple interactions ISO Indocyanine Green inhibits the reaction [SLC22A7 protein results in increased uptake of Glutarates] CTD PMID:12065749 NCBI chr 9:14,547,073...14,554,354
Ensembl chr 9:14,547,849...14,553,921
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G Slc22a8 solute carrier family 22 member 8 multiple interactions EXP Indocyanine Green inhibits the reaction [SLC22A8 protein results in increased uptake of estrone sulfate] CTD PMID:10224140 NCBI chr 1:205,496,331...205,516,378
Ensembl chr 1:205,498,084...205,517,450
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mitoTracker Green FM term browser
Symbol Object Name Qualifiers Evidence Notes Source PubMed Reference(s) RGD Reference(s) Position
G Abcb1a ATP binding cassette subfamily B member 1A increases export
multiple interactions
ISO ABCB1 protein results in increased export of mitotracker green FM
LCL161 inhibits the reaction [ABCB1 protein results in increased export of mitotracker green FM]
CTD PMID:32497533 NCBI chr 4:25,357,467...25,529,941
Ensembl chr 4:25,158,362...25,442,709
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Term paths to the root
Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19808
    role 19757
      application 19467
        dye 1316
          cyanine dye 9
            1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine + 0
            1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine iodide 0
            1,1'-diethyl-2,2'-cyanine halide + 0
            2-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
            3,3'-dipentyloxacarbocyanine 0
            4-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
            BoBo-1 0
            BoBo-1(4+) + 0
            BoBo-3 0
            BoBo-3(4+) + 0
            C3-indocyanine 0
            C3-indocyanine cation + 0
            C3-oxacyanine 0
            C3-oxacyanine cation + 0
            C3-thiacarbocyanine 0
            C3-thiacarbocyanine cation + 1
            C5-oxacyanine 0
            C5-oxacyanine cation + 0
            C7-indocyanine + 0
            C7-indocyanine cation + 0
            C7-oxacyanine 0
            C7-oxacyanine cation + 0
            Cy2 dye 0
            Cy3 dye + 0
            Cy3B dye NHS ester 0
            Cy5 dye + 0
            Cy7 dye 0
            CypHer5 0
            FUN-1 0
            NIR-1 dye 0
            NIR-1(2-) + 0
            NIR-2 dye 0
            NIR-2(2-) + 0
            NIR-3 dye 0
            NIR-3(2-) + 0
            NIR-4 dye 0
            NIR-4(2-) + 0
            NIR-820 dye 0
            PicoGreen 0
            Po-Pro-1 0
            Po-Pro-1(2+) + 0
            Po-Pro-3 0
            Po-Pro-3(2+) + 0
            PoPo-1 0
            PoPo-1(4+) + 0
            PoPo-3 0
            PoPo-3(4+) + 0
            SNIR1 dye 0
            SNIR1(1-) + 0
            SNIR2 dye 0
            SNIR2(1-) + 0
            SNIR3 dye 0
            SNIR4 dye 0
            SNIR4(2-) + 0
            SYBR Green I 0
            To-Pro-1 0
            To-Pro-1(2+) + 0
            To-Pro-3 0
            To-Pro-3(2+) + 0
            ToTo-1 0
            ToTo-1(4+) + 0
            ToTo-3 0
            ToTo-3(4+) + 0
            Yo-Pro-1 0
            Yo-Pro-1(2+) + 0
            Yo-Pro-3 0
            Yo-Pro-3(2+) + 0
            YoYo-1 0
            YoYo-1(4+) + 0
            YoYo-3 0
            YoYo-3(4+) + 0
            carbocyanin DBTC 0
            carbocyanin DBTC(1+) + 0
            cyanine conjugate + 0
            diIC18(7)(1+) + 0
            dimethylindole red 0
            indocyanine green 7
            mitoTracker Green FM 1
            omocianine 0
            pinacyanol cation + 0
            pinacyanol iodide 0
            thiazole orange 0
            thiazole orange cation + 0
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19808
    subatomic particle 19807
      composite particle 19807
        hadron 19807
          baryon 19807
            nucleon 19807
              atomic nucleus 19807
                atom 19807
                  main group element atom 19704
                    main group molecular entity 19704
                      p-block molecular entity 19704
                        carbon group molecular entity 19626
                          organic molecular entity 19616
                            heteroorganic entity 19280
                              organonitrogen compound 18531
                                cyanine dye 9
                                  1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine + 0
                                  1,1',3,3'-tetraethyl-5,5',6,6'-tetrachloroimidacarbocyanine iodide 0
                                  1,1'-diethyl-2,2'-cyanine halide + 0
                                  2-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
                                  3,3'-dipentyloxacarbocyanine 0
                                  4-(4-dimethylaminostyryl)-1-ethylpyridinium iodide 0
                                  BoBo-1 0
                                  BoBo-1(4+) + 0
                                  BoBo-3 0
                                  BoBo-3(4+) + 0
                                  C3-indocyanine 0
                                  C3-indocyanine cation + 0
                                  C3-oxacyanine 0
                                  C3-oxacyanine cation + 0
                                  C3-thiacarbocyanine 0
                                  C3-thiacarbocyanine cation + 1
                                  C5-oxacyanine 0
                                  C5-oxacyanine cation + 0
                                  C7-indocyanine + 0
                                  C7-indocyanine cation + 0
                                  C7-oxacyanine 0
                                  C7-oxacyanine cation + 0
                                  Cy2 dye 0
                                  Cy3 dye + 0
                                  Cy3B dye NHS ester 0
                                  Cy5 dye + 0
                                  Cy7 dye 0
                                  CypHer5 0
                                  FUN-1 0
                                  NIR-1 dye 0
                                  NIR-1(2-) + 0
                                  NIR-2 dye 0
                                  NIR-2(2-) + 0
                                  NIR-3 dye 0
                                  NIR-3(2-) + 0
                                  NIR-4 dye 0
                                  NIR-4(2-) + 0
                                  NIR-820 dye 0
                                  PicoGreen 0
                                  Po-Pro-1 0
                                  Po-Pro-1(2+) + 0
                                  Po-Pro-3 0
                                  Po-Pro-3(2+) + 0
                                  PoPo-1 0
                                  PoPo-1(4+) + 0
                                  PoPo-3 0
                                  PoPo-3(4+) + 0
                                  SNIR1 dye 0
                                  SNIR1(1-) + 0
                                  SNIR2 dye 0
                                  SNIR2(1-) + 0
                                  SNIR3 dye 0
                                  SNIR4 dye 0
                                  SNIR4(2-) + 0
                                  SYBR Green I 0
                                  To-Pro-1 0
                                  To-Pro-1(2+) + 0
                                  To-Pro-3 0
                                  To-Pro-3(2+) + 0
                                  ToTo-1 0
                                  ToTo-1(4+) + 0
                                  ToTo-3 0
                                  ToTo-3(4+) + 0
                                  Yo-Pro-1 0
                                  Yo-Pro-1(2+) + 0
                                  Yo-Pro-3 0
                                  Yo-Pro-3(2+) + 0
                                  YoYo-1 0
                                  YoYo-1(4+) + 0
                                  YoYo-3 0
                                  YoYo-3(4+) + 0
                                  carbocyanin DBTC 0
                                  carbocyanin DBTC(1+) + 0
                                  cyanine conjugate + 0
                                  diIC18(7)(1+) + 0
                                  dimethylindole red 0
                                  indocyanine green 7
                                  mitoTracker Green FM 1
                                  omocianine 0
                                  pinacyanol cation + 0
                                  pinacyanol iodide 0
                                  thiazole orange 0
                                  thiazole orange cation + 0
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