Send us a Message



Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   

CHEBI ONTOLOGY - ANNOTATIONS

The Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology is downloaded weekly from EMBL-EBI at http://www.ebi.ac.uk/chebi/. The data is made available under the Creative Commons License (CC BY 3.0, http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/). For more information see: Degtyarenko et al. (2008) ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Res. 36, D344–D350.

Term:valerate
go back to main search page
Accession:CHEBI:31011 term browser browse the term
Definition:A short-chain fatty acid anion that is the conjugate base of valeric acid; present in ester form as component of many steroid-based pharmaceuticals.
Synonyms:related_synonym: CH3-[CH2]3-COO(-);   Formula=C5H9O2;   InChI=1S/C5H10O2/c1-2-3-4-5(6)7/h2-4H2,1H3,(H,6,7)/p-1;   InChIKey=NQPDZGIKBAWPEJ-UHFFFAOYSA-M;   SMILES=CCCCC([O-])=O;   n-propylacetate;   pentanoate;   pentanoic acid, ion(1-)
 alt_id: CHEBI:14751;   CHEBI:25890
 xref: Beilstein:3903735;   CAS:10023-74-2;   Gmelin:325619;   PMID:17314444;   PMID:18783570;   Reaxys:3903735
 cyclic_relationship: is_conjugate_base_of CHEBI:17418


show annotations for term's descendants           Sort by:
 
sodium valproate term browser
Symbol Object Name Qualifiers Evidence Notes Source PubMed Reference(s) RGD Reference(s) Position
G Hdac8 histone deacetylase 8 decreases activity EXP Sodium valproate attenuates the reaction [deoxycorticosterone acetate increases activity of Hdac8 protein in the heart] RGD PMID:23868068 RGD:9681716 NCBI chr  X:72,163,777...72,370,058
Ensembl chr  X:72,163,777...72,370,044
JBrowse link

Term paths to the root
Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19761
    role 19711
      biological role 19711
        biochemical role 19301
          metabolite 19282
            eukaryotic metabolite 18954
              plant metabolite 17440
                valerate 1
                  (2R,3R)-2,3-dihydroxy-3-methylpentanoate 0
                  (2R,3S)-2-hydroxy-3-methylpentanoate 0
                  (2S)-2-[(R)-1-carboxyethylamino]pentanoate 0
                  (R)-2-hydroxy-4-methylpentanoate 0
                  (S)-3-methyl-2-oxovalerate 0
                  (S)-4-amino-5-oxopentanoate 0
                  2,4-diaminopentanoate + 0
                  2-amino-4-oxopentanoic acid zwitterion + 0
                  2-oxopentanoate 0
                  3-hydroxy-3-methyl-2-oxopentanoate + 0
                  3-methyl-2-oxovalerate + 0
                  4-methyl-2-oxopentanoate 0
                  5-amino-2-oxopentanoate 0
                  5-guanidino-2-oxopentanoate 0
                  5-hydroxypentanoate + 0
                  5-oxopentanoate + 0
                  acetylpyruvate 0
                  mevalonate + 0
                  ornithinate + 0
                  oxopentanoates + 0
                  valproate + 1
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19761
    subatomic particle 19759
      composite particle 19759
        hadron 19759
          baryon 19759
            nucleon 19759
              atomic nucleus 19759
                atom 19759
                  main group element atom 19653
                    p-block element atom 19653
                      carbon group element atom 19569
                        carbon atom 19559
                          organic molecular entity 19559
                            organic ion 8453
                              organic anion 3034
                                carboxylic acid anion 2395
                                  monocarboxylic acid anion 1497
                                    fatty acid anion 103
                                      saturated fatty acid anion 102
                                        straight-chain saturated fatty acid anion 8
                                          valerate 1
                                            (2R,3R)-2,3-dihydroxy-3-methylpentanoate 0
                                            (2R,3S)-2-hydroxy-3-methylpentanoate 0
                                            (2S)-2-[(R)-1-carboxyethylamino]pentanoate 0
                                            (R)-2-hydroxy-4-methylpentanoate 0
                                            (S)-3-methyl-2-oxovalerate 0
                                            (S)-4-amino-5-oxopentanoate 0
                                            2,4-diaminopentanoate + 0
                                            2-amino-4-oxopentanoic acid zwitterion + 0
                                            2-oxopentanoate 0
                                            3-hydroxy-3-methyl-2-oxopentanoate + 0
                                            3-methyl-2-oxovalerate + 0
                                            4-methyl-2-oxopentanoate 0
                                            5-amino-2-oxopentanoate 0
                                            5-guanidino-2-oxopentanoate 0
                                            5-hydroxypentanoate + 0
                                            5-oxopentanoate + 0
                                            acetylpyruvate 0
                                            mevalonate + 0
                                            ornithinate + 0
                                            oxopentanoates + 0
                                            valproate + 1
paths to the root