Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  FTP Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   

ONTOLOGY REPORT - ANNOTATIONS


Term:dUMP
go back to main search page
Accession:CHEBI:17622 term browser browse the term
Definition:A pyrimidine 2'-deoxyribonucleoside 5'-monophosphate having uracil as the nucleobase.
Synonyms:exact_synonym: 2'-deoxy-5'-uridylic acid
 related_synonym: 2'-Deoxyuridine 5'-phosphate;   2'-deoxyuridine 5'-monophosphate;   Deoxyuridine 5'-phosphate;   Deoxyuridine monophosphate;   Deoxyuridylic acid;   Formula=C9H13N2O8P;   InChI=1S/C9H13N2O8P/c12-5-3-8(11-2-1-7(13)10-9(11)14)19-6(5)4-18-20(15,16)17/h1-2,5-6,8,12H,3-4H2,(H,10,13,14)(H2,15,16,17)/t5-,6+,8+/m0/s1;   InChIKey=JSRLJPSBLDHEIO-SHYZEUOFSA-N;   SMILES=O[C@H]1C[C@@H](O[C@@H]1COP(O)(O)=O)n1ccc(=O)[nH]c1=O;   deoxyuridylate
 alt_id: CHEBI:10532;   CHEBI:14094;   CHEBI:19263;   CHEBI:42245;   CHEBI:46286;   CHEBI:46288;   CHEBI:47722
 xref: CAS:964-26-1 "ChemIDplus";   CAS:964-26-1 "KEGG COMPOUND";   DrugBank:DB03800;   HMDB:HMDB0001409;   KEGG:C00365;   KNApSAcK:C00019282
 xref_mesh: MESH:C007267
 xref: MetaCyc:DUMP;   PDBeChem:DU;   PDBeChem:UMP;   PMID:22770225 "Europe PMC";   PMID:24147825 "Europe PMC";   Reaxys:42143 "Reaxys";   Wikipedia:Deoxyuridine_monophosphate
 cyclic_relationship: is_conjugate_acid_of CHEBI:246422


show annotations for term's descendants       view all columns           Sort by:
 
dUMP term browser
Symbol Object Name JBrowse Chr Start Stop Reference
G Abcc5 ATP binding cassette subfamily C member 5 JBrowse link 11 84,395,982 84,490,215 RGD:6480464
G Tyms thymidylate synthetase JBrowse link 9 121,918,875 121,931,564 RGD:6480464

Term paths to the root
Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19669
    role 19613
      biological role 19611
        biochemical role 19138
          metabolite 19106
            dUMP 2
              2'-deoxy-5-(4,5-dihydroxypentyl)uridine 5'-monophosphate 0
              5,6-dihydroxy-2'-deoxyuridine 5'-monophosphate 0
              5-carboxy-2'-deoxyuridine 5'-monophosphate 0
              dUMP 3'-end residue 0
              dUMP 5'-end residue 0
              dUMP residue + 0
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19669
    subatomic particle 19665
      composite particle 19665
        hadron 19665
          baryon 19665
            nucleon 19665
              atomic nucleus 19665
                atom 19665
                  main group element atom 19545
                    p-block element atom 19545
                      chalcogen 19233
                        oxygen atom 19188
                          oxygen molecular entity 19188
                            hydroxides 18965
                              oxoacid 18076
                                pnictogen oxoacid 8534
                                  phosphorus oxoacid 8429
                                    phosphoric acids 7314
                                      phosphoric acid 7314
                                        phosphoric acid derivative 6965
                                          phosphate 6965
                                            organic phosphate 6964
                                              carbohydrate phosphate 1496
                                                phospho sugar 1431
                                                  aldose phosphate 1429
                                                    aldopentose phosphate 1423
                                                      deoxyaldopentose phosphate 9
                                                        2-deoxyribose phosphate 9
                                                          2'-deoxyribonucleotide 8
                                                            2'-deoxyribonucleoside 5'-phosphate 8
                                                              2'-deoxyribonucleoside 5'-monophosphate 3
                                                                pyrimidine 2'-deoxyribonucleoside 5'-monophosphate 3
                                                                  dUMP 2
                                                                    2'-deoxy-5-(4,5-dihydroxypentyl)uridine 5'-monophosphate 0
                                                                    5,6-dihydroxy-2'-deoxyuridine 5'-monophosphate 0
                                                                    5-carboxy-2'-deoxyuridine 5'-monophosphate 0
                                                                    dUMP 3'-end residue 0
                                                                    dUMP 5'-end residue 0
                                                                    dUMP residue + 0
paths to the root

NHLBI Logo

RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.