Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_5.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 224,488 (bp)   Positions: 179
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Genes ( - ) 
Rnor 5.0  
SS/JrHsdMcwi (KNAW) 
.13
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.005
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.074
--
--
--
--
--
.004
.258
.022
.128
.138
--
.01
.009
.056
.007
--
--
.015
.049
.046
.209
.009
.008
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.102
.034
.057
.018
.001
--
--
--
--
--
.022
--
.007
.005
.005
.006
.007
.007
.033
.032
.004
.005
.041
.162
.058
.02
--
--
--
.053
.005
--
--
.005
.082
.086
--
.007
.018
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.015
--
--
--
--
--
--
--
.111
.001
.004
.013
.003
--
--
--
--
.002
--
.235
.002
.426
.118
--
--
--
--
--
--
--
.029
.032
.145
--
--
--
--
--
--
--
.786
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.002
.049
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
Vom2r38
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
C
G
2
G
A
2
T
A
A
A
C
A
10
A
G
G
G
G
G
4
A
C
4
2
4
4
G
G
2
C
C
C
3
G
A
2
C
G
G
9
C
G
3
18
T
G
A
A
C
C
C
A
C
A
G
C
T
A
2
T
T
A
C
4
3
8
7
6
C
6
A
8
4
2
C
G
2
10
G
4
C
4
3
C
A
T
T
4
T
2
T
T
A
A
A
A
4
T
A
A
C
2
T
C
A
C
A
11
G
10
T
C
A
6
4
G
30
20
6
C
T
T
G
A
T
9
C
A
T
A
3
G
4
6
A
4
G
A
A
C
A
A
A
C
G
T
8
4
T
G
G
G
A
G
A
3
A
T
A
4
G
A
T
A
G
A
C
2
T
G
T
T
A
C
A
G
A
A
G
  100,000,546
  100,001,438
  100,001,487
  100,001,798
  100,002,084
  100,002,175
  100,002,178
  100,008,198
  100,018,370
  100,018,440
  100,018,553
  100,022,234
  100,027,129
  100,034,810
  100,053,855
  100,053,856
  100,053,903
  100,053,906
  100,062,916
  100,089,187
  100,091,037
  100,094,020
  100,094,846
  100,095,090
  100,105,249
  100,112,382
  100,114,583
  100,119,401
  100,119,666
  100,119,974
  100,121,305
  100,121,522
  100,121,732
  100,123,089
  100,123,090
  100,124,213
  100,125,590
  100,125,592
  100,126,936
  100,127,155
  100,127,750
  100,127,757
  100,131,727
  100,131,731
  100,131,900
  100,132,221
  100,135,713
  100,137,194
  100,137,425
  100,137,530
  100,137,537
  100,138,298
  100,138,342
  100,138,388
  100,140,894
  100,140,899
  100,147,752
  100,147,951
  100,148,749
  100,149,314
  100,149,456
  100,149,952
  100,150,070
  100,152,649
  100,152,650
  100,152,665
  100,152,666
  100,152,667
  100,153,953
  100,156,192
  100,156,828
  100,157,393
  100,157,397
  100,157,399
  100,157,436
  100,159,220
  100,159,515
  100,159,517
  100,159,922
  100,159,965
  100,161,003
  100,161,085
  100,161,676
  100,161,683
  100,164,202
  100,165,667
  100,169,418
  100,170,607
  100,170,841
  100,173,748
  100,174,007
  100,174,177
  100,174,201
  100,175,571
  100,177,503
  100,177,816
  100,177,824
  100,177,914
  100,177,931
  100,177,962
  100,178,008
  100,178,033
  100,178,034
  100,178,075
  100,178,127
  100,178,232
  100,178,234
  100,178,586
  100,178,884
  100,179,203
  100,179,497
  100,180,358
  100,180,421
  100,180,443
  100,180,445
  100,181,402
  100,181,551
  100,181,677
  100,181,938
  100,182,117
  100,182,192
  100,182,213
  100,182,372
  100,183,420
  100,183,435
  100,183,618
  100,183,640
  100,184,062
  100,184,313
  100,184,597
  100,184,748
  100,185,204
  100,185,215
  100,186,343
  100,186,476
  100,187,248
  100,187,257
  100,187,285
  100,187,291
  100,187,423
  100,187,560
  100,187,759
  100,187,776
  100,188,124
  100,188,127
  100,188,133
  100,188,631
  100,188,635
  100,188,735
  100,188,747
  100,189,177
  100,189,543
  100,189,643
  100,190,452
  100,190,485
  100,190,733
  100,190,736
  100,191,680
  100,191,863
  100,195,478
  100,195,516
  100,195,532
  100,197,377
  100,197,978
  100,198,146
  100,198,283
  100,198,625
  100,198,731
  100,198,735
  100,199,071
  100,199,520
  100,199,528
  100,199,551
  100,199,554
  100,199,685
  100,200,077
  100,200,979
  100,205,918
  100,217,356
C/A
G/-
2/-
G/-
A/-
2/-
T/3
A/13
A/-
A/2
11
A/-
-
A/T
-
A
-
-
2
-
A/-
3
-
2/-
-
4/-
G/13
G/3
2/-
C/4
CG/CT
2
3/-
G/2
A/-
-
C/-
G/-
?
-
C/4
G/-
3/-
18/-
T/16
G/17
A/4
2
16
C/5
C/34
9
C/-
2
-
2
T/2
A/2
2/-
T/2
2
2
2
4/-
3/-
8/-
7/-
6/-
2
6/-
-
8/-
4/-
2/-
5/9
G/-
2/-
10/8
G/2
4/-
2
-
3/-
C/6
A/2
T/-
T/-
4/-
2
-
-
T/-
A/2
A/2
-
A/2
-
T/2
A/G
A/G
C/G
2/-
T/-
C/3
A/-
C/2
A/2
?
G/2
10/-
T/5
C/G
A/G
6/-
4/-
A
30/-
20/-
6/-
CA/CG
T/108
C
C
A/-
G
9/-
C/2
A/4
T/-
A/2
3/-
G/2
4/-
6/-
A/-
4/-
G/A
G
A/G
C/5
A/2
A/2
A/2
C/4
G/2
T/2
8/-
4/-
T/-
G/2
G/12
G/-
2
G/-
A/-
3/-
A/3
G
C
-
A
G
G
G
G/A
G
A
-
4
A
2
2
C
-
-
A
G
2
2