Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_5.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 124,589 (bp)   Positions: 536
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 5.0  
FHH/EurMcwi (MCW) 
.003
.0
.079
.0
.0
.002
.123
.011
.0
.001
--
--
.224
.004
.039
.004
.01
.005
.0
--
--
--
.364
.001
.011
.011
.03
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.0
.001
.034
.002
.086
.1
.007
--
--
--
--
.055
.0
.007
.003
.013
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.066
.002
.001
.317
.079
.023
--
--
--
.33
--
--
--
.004
.285
.853
.18
.005
.0
.0
.005
.081
.002
.008
.019
.03
.03
.184
.005
.145
.002
.049
.047
.002
.001
.006
.018
.045
.122
.997
1.0
1.0
1.0
.998
1.0
--
--
.087
.782
--
--
--
--
--
--
--
--
.001
.005
.003
.0
.001
.001
.0
.002
.002
.007
.0
.042
.002
.0
.003
.088
.013
.087
.061
.013
.997
.918
.009
.087
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.002
.002
.015
.005
.002
.001
--
--
--
--
.801
.442
.003
.002
.098
.003
.175
.225
.188
.156
--
--
.037
.002
.008
.011
.164
.003
.058
.079
.072
.001
.006
.0
.116
.005
.017
.195
.098
.008
.015
--
--
--
--
--
.001
--
1.0
.982
.995
.989
.992
.819
.975
.965
.859
.805
.99
.967
.968
.931
.818
.831
.979
.987
.156
.008
.411
--
--
--
--
--
--
--
.758
--
.0
--
.024
.131
.079
--
.004
.556
.0
--
--
--
--
.049
.177
--
.009
.0
.066
.017
.042
.001
.011
.011
.0
.133
.015
.311
.003
.001
.0
.002
.006
.008
.122
.998
.007
.009
.003
.007
.023
.0
.0
.006
.003
.022
.0
.002
.0
.005
.027
.005
.193
.191
.183
.007
.119
.008
.015
.018
.109
.015
.174
.234
.611
.019
.01
.007
.0
.064
.001
.026
.006
.001
--
.387
.667
.726
.758
.004
.009
.085
.004
.002
.008
.005
--
--
.004
.125
.1
.097
.024
.021
.017
.012
.0
.191
.008
.011
.559
.019
.766
.001
.021
--
--
--
--
.001
.006
.002
.006
.0
.005
.232
.194
.0
.002
.688
.953
.969
.002
.002
.0
.001
.004
.011
.102
.0
.777
.003
.007
.033
.074
.001
.0
.046
.001
.0
.001
.002
.0
.012
.035
.003
.004
.002
.008
.25
.105
--
--
--
.006
.01
.028
.002
.02
.393
.066
.001
.015
.007
.518
.001
.002
.014
.001
.15
.328
.015
.0
.003
.004
.997
.002
.003
.06
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.039
.004
.0
.01
.009
.308
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Ptx3
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
Veph1
A
T
A
A
T
T
A
A
G
G
T
C
C
A
C
G
A
A
G
A
G
C
C
G
C
C
C
A
T
A
T
G
C
T
C
C
C
C
T
A
C
C
G
A
C
G
G
A
G
G
T
T
G
G
G
G
G
G
T
G
T
G
A
T
2
G
C
G
G
T
T
G
C
C
G
A
T
C
A
T
C
G
T
G
C
C
G
C
A
G
A
G
C
G
G
G
T
C
A
A
C
C
A
11
A
2
C
C
G
G
C
T
T
C
C
G
T
G
A
C
5
T
C
A
A
G
C
C
C
C
T
G
T
A
T
A
T
C
C
C
A
T
T
C
G
C
A
A
A
G
T
C
G
C
T
C
G
C
T
G
4
T
C
A
A
G
C
T
A
C
G
G
G
2
C
T
2
4
G
C
T
C
C
T
A
C
C
C
C
T
C
T
A
C
3
G
C
A
10
G
A
T
C
C
T
8
3
T
C
T
G
G
G
G
G
T
C
G
T
G
T
C
T
A
C
C
T
G
A
T
3
T
4
T
A
T
T
T
G
C
C
G
A
A
A
A
T
C
2
T
A
T
C
2
A
C
T
T
T
A
C
G
T
T
T
T
4
2
A
T
T
2
4
3
C
C
T
T
T
A
T
C
C
C
C
G
G
T
T
C
9
3
T
G
3
A
G
A
G
T
A
A
G
2
G
C
A
C
G
T
G
C
A
G
C
A
A
G
A
G
2
A
G
G
A
T
A
2
T
T
T
A
T
A
11
G
G
C
C
T
T
A
A
G
T
A
T
C
G
C
A
A
T
A
T
T
T
T
T
A
G
T
G
G
A
G
3
C
C
G
A
G
T
T
C
G
A
T
G
T
G
G
8
C
C
C
T
G
T
C
C
C
C
A
T
A
17
A
C
G
4
T
C
C
C
C
4
G
A
T
A
8
A
C
C
G
G
G
G
G
G
G
A
G
G
G
C
C
C
A
A
A
T
A
8
C
C
G
C
T
A
C
G
C
A
A
4
A
T
G
C
A
A
A
A
A
G
T
G
A
C
T
C
A
A
G
G
T
C
T
G
T
T
2
T
G
G
T
G
C
C
G
G
T
C
C
T
T
T
C
A
A
2
T
C
T
G
G
T
A
T
T
T
G
T
T
G
G
T
C
T
T
G
A
G
G
A
C
G
C
G
T
A
C
A
2
2
G
T
C
12
C
T
A
C
A
  177,232,356
  177,232,588
  177,232,751
  177,232,780
  177,232,798
  177,232,989
  177,233,224
  177,234,208
  177,234,317
  177,236,104
  177,236,979
  177,237,241
  177,237,701
  177,237,840
  177,237,995
  177,238,038
  177,238,166
  177,238,243
  177,238,347
  177,239,030
  177,239,083
  177,239,375
  177,239,530
  177,239,696
  177,239,758
  177,239,895
  177,240,014
  177,240,301
  177,240,303
  177,240,338
  177,240,381
  177,240,492
  177,240,544
  177,240,614
  177,240,700
  177,240,767
  177,240,782
  177,240,902
  177,240,950
  177,241,049
  177,241,052
  177,241,067
  177,241,220
  177,241,223
  177,242,976
  177,243,197
  177,243,363
  177,244,059
  177,244,130
  177,244,162
  177,244,224
  177,244,253
  177,244,289
  177,244,304
  177,244,311
  177,244,345
  177,244,347
  177,244,349
  177,244,353
  177,244,354
  177,244,357
  177,244,366
  177,244,401
  177,244,421
  177,244,422
  177,244,472
  177,244,476
  177,244,489
  177,244,506
  177,244,523
  177,244,613
  177,244,616
  177,244,619
  177,244,624
  177,244,625
  177,244,633
  177,244,658
  177,244,678
  177,244,689
  177,244,708
  177,244,727
  177,244,757
  177,244,827
  177,244,876
  177,244,886
  177,244,888
  177,244,941
  177,245,155
  177,245,228
  177,245,440
  177,245,443
  177,245,471
  177,245,473
  177,245,490
  177,245,588
  177,245,629
  177,245,690
  177,245,771
  177,245,788
  177,245,862
  177,246,009
  177,246,258
  177,246,318
  177,246,411
  177,246,826
  177,246,886
  177,246,930
  177,246,967
  177,247,008
  177,247,012
  177,247,157
  177,247,232
  177,247,707
  177,247,790
  177,247,822
  177,248,515
  177,248,521
  177,248,526
  177,248,533
  177,248,573
  177,248,578
  177,248,587
  177,248,593
  177,248,596
  177,248,628
  177,248,813
  177,248,836
  177,248,844
  177,248,891
  177,248,892
  177,248,924
  177,249,017
  177,249,030
  177,249,108
  177,249,109
  177,249,115
  177,249,119
  177,249,134
  177,249,142
  177,249,157
  177,249,341
  177,249,344
  177,249,347
  177,249,351
  177,249,352
  177,249,597
  177,250,077
  177,250,085
  177,250,091
  177,250,120
  177,250,303
  177,250,321
  177,250,512
  177,251,034
  177,251,959
  177,252,146
  177,252,249
  177,252,356
  177,252,592
  177,253,019
  177,253,092
  177,253,582
  177,253,775
  177,253,987
  177,254,045
  177,254,537
  177,254,678
  177,255,120
  177,255,177
  177,255,271
  177,255,549
  177,255,552
  177,255,650
  177,255,756
  177,255,807
  177,256,131
  177,256,515
  177,256,525
  177,256,798
  177,256,908
  177,256,935
  177,257,095
  177,257,289
  177,257,755
  177,257,895
  177,257,949
  177,257,951
  177,258,121
  177,258,201
  177,258,283
  177,258,566
  177,258,694
  177,258,773
  177,258,788
  177,258,811
  177,258,828
  177,259,322
  177,260,024
  177,260,245
  177,260,332
  177,260,446
  177,261,215
  177,261,256
  177,261,299
  177,261,306
  177,261,314
  177,261,353
  177,261,357
  177,261,400
  177,261,412
  177,261,449
  177,261,514
  177,261,625
  177,261,633
  177,261,637
  177,262,498
  177,262,635
  177,262,735
  177,262,826
  177,263,180
  177,263,232
  177,263,249
  177,263,744
  177,264,343
  177,264,555
  177,264,600
  177,265,198
  177,265,280
  177,265,379
  177,265,454
  177,265,458
  177,265,595
  177,265,671
  177,266,021
  177,266,096
  177,266,125
  177,266,496
  177,266,632
  177,266,706
  177,266,773
  177,267,153
  177,267,327
  177,267,343
  177,267,578
  177,267,633
  177,267,866
  177,268,214
  177,268,272
  177,269,961
  177,269,962
  177,270,157
  177,270,194
  177,270,556
  177,274,000
  177,274,279
  177,274,738
  177,274,787
  177,275,064
  177,276,194
  177,276,230
  177,277,137
  177,278,533
  177,280,299
  177,280,413
  177,280,881
  177,283,040
  177,283,116
  177,283,118
  177,284,164
  177,284,703
  177,287,496
  177,288,136
  177,288,145
  177,288,146
  177,288,170
  177,288,311
  177,288,641
  177,289,979
  177,290,502
  177,290,802
  177,290,846
  177,290,873
  177,291,206
  177,291,218
  177,291,240
  177,291,301
  177,291,587
  177,291,834
  177,292,656
  177,294,624
  177,294,918
  177,294,924
  177,294,926
  177,294,930
  177,299,592
  177,304,085
  177,306,438
  177,306,475
  177,306,517
  177,306,518
  177,306,544
  177,306,582
  177,306,597
  177,306,599
  177,306,609
  177,306,612
  177,306,623
  177,306,628
  177,306,654
  177,306,694
  177,306,711
  177,306,715
  177,306,722
  177,306,724
  177,307,765
  177,309,944
  177,311,908
  177,313,026
  177,316,795
  177,317,101
  177,325,653
  177,325,691
  177,325,845
  177,326,823
  177,331,154
  177,333,090
  177,334,386
  177,334,841
  177,334,876
  177,338,314
  177,346,798
  177,347,501
  177,347,748
  177,389,354
  177,389,984
  177,400,075
  177,404,414
  177,406,217
  177,407,843
  177,408,851
  177,409,472
  177,411,429
  177,427,846
  177,429,264
  177,429,384
  177,429,558
  177,429,579
  177,430,168
  177,430,329
  177,430,501
  177,430,813
  177,430,992
  177,431,030
  177,431,664
  177,431,812
  177,431,952
  177,432,106
  177,432,128
  177,432,300
  177,432,320
  177,432,355
  177,433,549
  177,433,803
  177,433,901
  177,433,931
  177,434,031
  177,434,161
  177,434,197
  177,434,273
  177,434,355
  177,434,454
  177,434,565
  177,434,612
  177,434,831
  177,434,914
  177,435,089
  177,435,092
  177,435,162
  177,435,200
  177,435,357
  177,435,395
  177,435,593
  177,435,608
  177,435,642
  177,435,644
  177,435,646
  177,435,659
  177,435,689
  177,435,751
  177,435,754
  177,435,851
  177,435,966
  177,436,179
  177,436,458
  177,436,639
  177,436,726
  177,436,736
  177,436,827
  177,437,121
  177,437,622
  177,439,241
  177,439,388
  177,439,410
  177,439,414
  177,439,418
  177,440,283
  177,442,126
  177,442,153
  177,442,198
  177,442,200
  177,445,158
  177,446,306
  177,446,332
  177,446,453
  177,447,410
  177,449,274
  177,449,283
  177,449,284
  177,449,305
  177,449,311
  177,449,313
  177,449,315
  177,449,508
  177,450,410
  177,450,887
  177,451,223
  177,451,350
  177,451,704
  177,452,018
  177,453,231
  177,453,268
  177,454,655
  177,454,809
  177,454,813
  177,455,151
  177,456,661
  177,456,665
  177,456,930
  177,457,433
  177,457,600
  177,457,678
  177,459,070
  177,459,775
  177,460,562
  177,461,594
  177,461,976
  177,462,783
  177,462,797
  177,463,167
  177,463,168
  177,463,633
  177,463,642
  177,463,889
  177,464,124
  177,464,243
  177,465,116
  177,465,605
  177,465,793
  177,465,926
  177,466,653
  177,467,506
  177,467,798
  177,467,951
  177,469,771
  177,470,988
  177,471,042
  177,471,490
  177,471,829
  177,471,922
  177,472,344
  177,472,741
  177,473,107
  177,473,909
  177,474,198
  177,474,929
  177,475,004
  177,475,041
  177,475,075
  177,475,080
  177,475,124
  177,475,295
  177,475,796
  177,476,831
  177,477,019
  177,477,307
  177,477,495
  177,480,033
  177,480,407
  177,480,744
  177,480,864
  177,481,132
  177,481,180
  177,481,190
  177,481,325
  177,481,388
  177,482,291
  177,482,352
  177,482,737
  177,482,741
  177,483,214
  177,484,212
  177,484,435
  177,497,787
  177,497,964
  177,498,953
  177,499,104
  177,499,224
  177,499,767
  177,500,316
  177,500,384
  177,500,427
  177,500,823
  177,500,824
  177,501,058
  177,501,232
  177,501,392
  177,501,506
  177,502,672
  177,502,963
  177,503,169
  177,503,311
  177,503,333
  177,503,336
  177,503,342
  177,503,362
  177,503,363
  177,503,421
  177,504,102
  177,504,158
  177,504,413
  177,506,133
  177,507,413
  177,508,213
  177,509,484
  177,510,487
  177,512,262
G
C
G
G
C
C
-
A/G
C
A
G
T
T
G
G
A
G
C
A
G
A
T
T
A
G
T
T
G
C
C
T/A
A
C/G
T/C
C/A
C/T
C/A
C/T
T/C
G
T
C/A
A
T/G
C/A
G/2
G/T
A/G
G/C
G/C
T/G
T/C
G/T
G/A
G/A
G/A
G/A
G/C
T/G
G/A
T/A
G/C
A/G
T/2
2/-
G/A
C/T
G/T
G/A
T/A
T/C
G/T
C/G
C/T
G/A
A/C
T/A
C/T
A/C
T/C
C/T
G/A
T/C
G/T
C/A
C/2
G/A
C/T
A/T
G/A
A/T
G/A
C/T
G/A
G/C
G/T
T/C
C/G
-
T
T
T
G
-
-
-
C/G
3
C
3/C
T
G
C
T
T
A
C
T
T
T
-
A
G
T
G
A
A
G
T
T
A
A
C
G
C
G
A
G
2
G
G
C
C
T
T
A
-
5
C
C
C
G
A
T
C
T
G/C
T
C
10
-
C
2
2
T
A
G
C
G
2
A
A
2
-
T
G
-
-
A
T
G
T
C/A
C
T
G
T
T
T
-
T
T/-
2
G
-
A
A
G
-
10
T
-
C/2
C/2
T/C
8/-
-
-
C/2
T/-
A
A
A
A
C
-
T
C
C
C
C
5/T
G
G
T
T
C
A
T
2
-
C
-
C
G
G
-
C
A
T
5
T
T
G
G
T
C
T
2/-
T/-
11
T/A
T
2/-
G
C/T
T/C
T/G
9
A/G
9/5
A
T/-
8
G
C
4/-
2/-
C
C
T/G
-
4/-
3/-
C/T
2
6
2
G
C
T/G
T
T
A
T
A
A
G
C
C/2
-
-
T/2
T
-
7/5
A
G
4
T/A
G
4
G/-
2/-
A
A
T
A
G/A
T/-
G/A
G
3
G/-
T
C
A/G
G/T
A/T
C
-
-
2
A
2
T/G
G
-
T/A
C
-
-
T/G
A/C
-
3
A
G
T
C
C
6
C
T
C
G
C
G
A
T
G
2
C
G
A
C
C
A
C
4
A
C
A
A
-
A
-
T
A
A
G
A
C
C
T
T
T
-
T
-
T
A
-
C/3
T
T
-
A
C
T
T
A
G
G
C
G
-
C
T
A
-
T/A
G
C/G
C/G
2
-
G/A
14
G
T
-
A/G
T
7
T
T
T
T
T
T
T
G
A
A
G/T
T
G
T
G
G
22
G
2
-
C/G
C/G
C
G
3
G
T
A
T
C
G
-
A/T
C
A
T
C
T
G
G
-
A
-
A
-
T
G
T
G
C
A
A
C
T
G
G/T
C
C
-
-
T
A
C
A
T
T
C
T
A
T
A
C
C
C
T
G
C
-
C
T
C
A
A
C
T
C
C
4
A
-
C
A
2
16
T
C
A
A
T
A
T
G
T
A
C/T
C
T/-
A/2
C/T
A/2
-
2/-
A
C
A
12/-
T
C
4/5
A
C