Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_5.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 76,864 (bp)   Positions: 339
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 5.0  
WKY/N (KNAW) 
.0
.0
.003
.001
.0
.0
.034
.003
.008
.001
.04
.003
.006
.001
.028
.021
.588
.078
.022
.001
.0
.0
.0
.002
.004
.031
.002
.018
.017
.051
.003
.024
--
--
--
--
--
.008
.006
.016
.032
.012
.011
.017
.012
.026
.005
.008
.06
.12
.016
.012
.013
.014
.001
.095
.03
.007
.005
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.004
.359
.364
.045
.005
.196
.002
.003
.001
.001
.002
.009
.002
.0
.0
.0
.0
.0
.001
.001
.023
.0
.001
.036
--
--
--
--
--
.007
.094
.005
.001
.001
.0
.014
.008
.347
.001
.009
.0
.101
.001
.014
.007
.001
.006
.015
.0
.002
--
--
--
--
--
--
.005
.001
--
--
.172
.071
.07
.032
.024
.047
.0
.003
.0
.002
.001
.037
.002
--
--
.154
.008
.018
.008
.02
.042
.001
.0
.105
.558
.072
.299
.023
.002
.047
.046
.053
.256
.007
.082
.0
.004
.001
.005
.044
.0
.0
.279
.003
.019
.002
.001
.003
.006
.001
.006
.058
.0
.001
.98
.092
.0
.001
.0
.002
.0
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.014
.093
--
--
.043
.005
.394
.002
.001
.034
.11
.019
.005
.001
.001
--
.487
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.001
.008
.008
.005
.125
.002
.0
.007
.001
.005
--
--
--
--
--
--
--
--
.407
.056
.029
.01
.013
.017
.02
.011
.044
.088
.087
.004
.051
.274
.059
.0
.002
.001
.423
.142
.179
.001
1.0
.078
.048
.0
.017
.0
.041
.943
.884
.463
.127
.074
.007
.0
.004
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
LOC102551002
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
G
C
T
A
G
G
C
A
T
T
T
G
T
C
C
A
C
G
C
C
A
A
T
C
A
C
A
T
C
C
C
C
G
G
T
T
G
A
G
4
G
T
A
C
C
C
G
10
G
T
T
A
A
G
C
C
G
G
A
C
A
G
A
T
G
A
G
G
A
T
G
T
G
C
A
T
T
T
T
A
C
T
C
G
A
C
T
T
T
C
A
A
C
C
A
T
T
C
C
5
A
A
A
T
C
C
G
A
G
G
T
C
T
C
G
A
A
T
T
C
T
C
T
T
3
T
T
A
G
G
A
T
T
C
C
A
A
T
27
A
T
C
G
4
A
C
C
T
C
C
T
C
T
C
T
T
T
A
T
G
G
3
G
A
C
T
G
C
A
G
C
G
C
C
T
T
A
G
T
2
A
G
A
G
G
T
T
G
T
T
C
T
C
T
T
C
T
A
T
G
T
C
C
A
T
T
A
G
T
G
T
G
C
C
A
A
T
T
C
A
G
A
T
T
T
G
C
A
T
A
2
G
T
C
G
T
T
G
A
G
A
T
T
T
T
G
A
A
C
T
G
C
C
C
C
A
T
A
G
G
C
A
C
T
T
G
C
A
C
A
A
C
C
C
T
T
T
C
G
A
T
A
C
G
T
T
T
T
A
G
C
T
A
G
T
A
G
G
C
T
A
C
G
C
T
A
C
A
A
G
T
G
A
3
A
G
G
T
T
C
T
C
T
G
T
T
A
A
C
C
4
G
G
2
C
C
G
C
  14,683,996
  14,683,999
  14,684,089
  14,684,128
  14,684,130
  14,684,162
  14,684,349
  14,684,474
  14,684,557
  14,684,703
  14,684,941
  14,684,947
  14,684,996
  14,685,142
  14,685,225
  14,685,233
  14,685,489
  14,685,646
  14,685,788
  14,685,880
  14,685,883
  14,685,980
  14,686,098
  14,686,239
  14,686,290
  14,686,293
  14,686,431
  14,686,998
  14,687,186
  14,688,569
  14,688,796
  14,688,870
  14,689,350
  14,689,916
  14,690,436
  14,690,468
  14,690,746
  14,691,143
  14,691,233
  14,691,473
  14,691,485
  14,691,489
  14,691,592
  14,692,304
  14,692,531
  14,692,891
  14,693,379
  14,693,464
  14,693,558
  14,693,630
  14,693,740
  14,693,747
  14,693,757
  14,693,778
  14,694,282
  14,694,496
  14,694,569
  14,694,616
  14,694,659
  14,694,705
  14,694,812
  14,695,009
  14,695,011
  14,695,093
  14,695,230
  14,695,300
  14,695,502
  14,695,589
  14,695,599
  14,695,630
  14,695,644
  14,695,677
  14,695,976
  14,696,190
  14,696,254
  14,696,381
  14,696,480
  14,696,795
  14,696,913
  14,696,974
  14,697,109
  14,697,201
  14,697,260
  14,697,269
  14,697,355
  14,697,361
  14,697,447
  14,697,463
  14,697,570
  14,697,572
  14,697,579
  14,697,598
  14,697,670
  14,697,761
  14,698,018
  14,698,071
  14,698,107
  14,698,174
  14,698,215
  14,698,333
  14,698,338
  14,698,355
  14,698,408
  14,698,424
  14,698,693
  14,698,700
  14,698,702
  14,698,833
  14,698,855
  14,698,932
  14,699,033
  14,699,034
  14,699,061
  14,699,083
  14,699,109
  14,699,134
  14,699,140
  14,699,144
  14,699,781
  14,699,821
  14,699,841
  14,699,949
  14,699,994
  14,699,995
  14,700,234
  14,700,297
  14,700,337
  14,700,532
  14,700,626
  14,700,643
  14,700,652
  14,700,659
  14,700,733
  14,701,088
  14,701,093
  14,701,116
  14,701,139
  14,701,140
  14,701,220
  14,701,411
  14,701,497
  14,701,607
  14,701,652
  14,701,719
  14,701,887
  14,702,379
  14,702,589
  14,702,788
  14,702,937
  14,702,969
  14,703,129
  14,703,239
  14,703,425
  14,703,898
  14,703,983
  14,704,050
  14,704,598
  14,704,745
  14,704,862
  14,705,360
  14,705,480
  14,705,490
  14,705,754
  14,706,060
  14,707,381
  14,707,654
  14,707,987
  14,708,076
  14,708,630
  14,708,860
  14,710,213
  14,710,866
  14,711,240
  14,711,305
  14,712,145
  14,712,443
  14,712,684
  14,713,342
  14,713,789
  14,714,430
  14,714,532
  14,714,643
  14,714,855
  14,714,856
  14,714,918
  14,715,461
  14,715,896
  14,716,338
  14,716,690
  14,716,731
  14,717,462
  14,717,666
  14,717,948
  14,718,057
  14,718,398
  14,718,410
  14,719,134
  14,719,598
  14,720,276
  14,721,102
  14,721,326
  14,721,381
  14,721,697
  14,721,861
  14,722,006
  14,722,320
  14,722,338
  14,722,390
  14,722,715
  14,722,792
  14,722,945
  14,723,002
  14,723,134
  14,723,211
  14,723,358
  14,723,381
  14,723,496
  14,723,508
  14,723,629
  14,723,674
  14,723,725
  14,723,748
  14,723,754
  14,723,855
  14,723,941
  14,723,969
  14,724,025
  14,724,079
  14,724,099
  14,724,101
  14,724,115
  14,724,127
  14,724,474
  14,724,597
  14,724,738
  14,724,842
  14,725,389
  14,725,508
  14,725,884
  14,727,521
  14,727,579
  14,728,816
  14,729,950
  14,730,370
  14,733,150
  14,733,509
  14,734,395
  14,734,856
  14,735,098
  14,735,155
  14,735,814
  14,736,416
  14,737,311
  14,738,840
  14,739,363
  14,740,970
  14,741,181
  14,741,579
  14,742,379
  14,742,789
  14,743,227
  14,744,145
  14,744,431
  14,744,640
  14,744,899
  14,745,097
  14,745,654
  14,745,974
  14,746,325
  14,747,139
  14,748,626
  14,748,756
  14,749,331
  14,749,349
  14,749,890
  14,749,951
  14,749,957
  14,751,229
  14,751,257
  14,751,466
  14,751,490
  14,751,593
  14,751,660
  14,751,665
  14,752,194
  14,752,680
  14,752,681
  14,752,794
  14,752,985
  14,753,101
  14,753,214
  14,753,227
  14,753,309
  14,753,635
  14,753,998
  14,754,019
  14,754,204
  14,754,316
  14,754,593
  14,754,638
  14,754,679
  14,754,708
  14,755,610
  14,755,985
  14,756,064
  14,756,319
  14,756,679
  14,756,766
  14,756,771
  14,756,892
  14,757,167
  14,757,196
  14,757,278
  14,757,329
  14,757,349
  14,757,530
  14,757,774
  14,757,801
  14,757,806
  14,757,878
  14,757,971
  14,757,991
  14,757,997
  14,758,266
  14,758,355
  14,758,409
  14,758,432
  14,758,668
  14,758,688
  14,758,976
  14,759,532
  14,759,734
  14,759,736
  14,759,740
  14,759,744
  14,759,854
  14,759,989
  14,760,608
  14,760,774
A
T
A
G
G
T
A
G
G
-
C
C
A
G
2
G
G
T
A
A
T
G
G
A
2
G
T
G
C
T
T
T
C/A
G/A
A
G
5
A
G
G/-
-
A
C
G
A
C/A
T
2
10/-
A
C
C
G
T
C
T
G
A
A
-
T
G
A
G
C
T
T
A
A
G
A
T
G
A
T
C
A
T/C
C
C
G
T
C
T
A
G
T
G
-
A
G
T
G
-
T
A/G
A
C
A
T
-
G
G
-
A
T
T
G/T
C
A
T
A
A
G
T
A
C
G
T/A
4
G
T/A
C/A
T/G
C
-
A
-
G
T
A
G
C
C
T
T
A/G
A/G
C
27/-
C
C
T
A
4/-
A/T
T
T
C
T
T
G
T
C
G
C
C
-
3
C
C
A
-
G/A
G
G
T/5
C
T
G
A
-
A
G
A
C
-
G
A
2
-
2
G/T
A/T
A
A
C
C
A
-
G
T
A
G
G
C
G
C
-
G
T
A
A
T
G
G
C
T
A
A
C
T/G
A
2
T
G
G
C
G
T
T
T
T
C
G
A
A
A
2
2
G
-
A
C
T
C
C
A
A
G
A
A/G
-
C
G
C
T
G
G
T
3
A
T
C/G
C/T
G
A/G
C
C
T
2
T
T
T
G
T/-
A
T
2
G
-
G
A
A
T
-
A
T/-
T
A
T
T/C
G
G
3/GA
T/G
T/G
A
2
G
A
T
C
G
T
A
G
A
A
T
C
11
A
A
G
C
3/4
A
G
G
T
C
T
G
-
G
A
A
C
T/C
T
C
T
A
T
C
G
C
G
T
T
4/-
G/C
G/C
2/-
T
G
A
A