Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_5.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 107,177 (bp)   Positions: 272
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 5.0  
SHR/NHsd (KNAW) 
.005
.005
--
.003
.117
.024
--
.135
.045
.023
.02
--
.015
.234
.214
.792
.494
.006
.01
.407
.394
.154
.404
--
--
--
--
--
--
--
--
.225
.499
.035
--
--
.022
.061
.138
.171
.077
.001
.023
.001
.002
.046
.126
--
--
.014
.167
.002
.003
.004
.026
.044
.004
.146
.045
.004
.018
.001
--
--
--
--
--
--
--
.172
.124
.003
.069
.011
.143
--
--
.042
--
--
.646
.05
--
.836
1.0
.998
1.0
.803
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.088
.032
.182
.057
.089
.085
.281
.001
--
.131
.004
.023
.003
.09
.264
.048
.707
.071
.184
.421
.13
--
--
--
--
--
--
.064
.021
.047
.045
.116
.069
.194
.066
.1
.013
.02
.029
.015
.823
.026
.007
.007
.049
.039
--
--
--
.017
.002
.001
.001
.001
.001
.425
.093
.016
.072
.01
.019
.002
.005
.009
.011
.148
.017
.143
.209
.609
.042
.06
.021
.006
.003
.003
.0
.001
.0
.001
.001
.028
.002
.524
.01
.003
.003
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.012
.002
.199
.0
--
--
--
--
--
--
--
.015
.032
.019
--
.012
.434
.181
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.12
.0
.66
.093
.001
.012
.036
.663
.325
.029
.078
.038
.096
.046
.19
.091
.018
.019
.149
.207
.054
.729
--
--
.246
.106
.175
.352
.084
.024
.025
.893
.898
.006
.004
.025
.013
.001
.132
--
--
.0
.002
.0
.001
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
T
T
A
G
A
C
G
G
G
T
C
T
20
16
G
G
C
C
G
C
T
G
G
2
C
T
T
T
A
A
T
T
C
8
4
T
2
2
G
G
2
G
G
A
T
T
3
2
C
C
A
2
T
8
C
4
T
5
C
C
C
A
4
A
C
A
T
G
A
A
T
G
G
2
T
A
C
G
C
A
A
T
A
G
T
C
T
C
G
G
G
2
T
T
G
A
G
C
G
A
14
8
6
4
C
T
C
T
A
A
A
A
A
A
16
A
C
2
6
2
T
T
T
T
A
A
T
T
A
C
C
6
C
A
A
T
T
C
T
A
G
T
C
G
T
T
A
T
C
A
C
G
G
C
G
G
A
C
T
C
G
C
A
A
C
A
T
A
G
T
A
A
T
T
C
G
T
C
T
4
4
G
T
A
A
G
A
C
A
T
A
G
G
G
T
G
C
T
10
G
T
G
A
G
A
T
T
T
A
A
A
T
T
G
G
6
4
2
C
C
G
T
G
C
C
G
T
T
T
G
A
A
C
C
2
A
T
A
T
A
G
T
C
C
A
C
A
T
C
C
G
T
C
C
8
A
T
A
A
G
A
T
G
A
A
A
C
A
A
C
G
  169,097,908
  169,098,329
  169,098,832
  169,099,320
  169,099,428
  169,099,539
  169,099,592
  169,099,797
  169,099,805
  169,100,070
  169,100,144
  169,101,735
  169,103,131
  169,103,447
  169,103,451
  169,104,264
  169,105,006
  169,108,052
  169,108,366
  169,108,611
  169,108,749
  169,108,966
  169,109,088
  169,109,474
  169,110,284
  169,110,285
  169,110,747
  169,111,154
  169,111,275
  169,111,977
  169,112,329
  169,112,367
  169,112,441
  169,112,499
  169,112,585
  169,112,612
  169,112,890
  169,112,930
  169,112,971
  169,114,099
  169,114,105
  169,114,331
  169,114,595
  169,115,907
  169,116,248
  169,118,699
  169,119,758
  169,119,948
  169,119,949
  169,120,408
  169,121,071
  169,121,942
  169,122,206
  169,122,207
  169,122,288
  169,124,681
  169,128,862
  169,131,373
  169,131,460
  169,132,350
  169,132,477
  169,132,501
  169,132,851
  169,133,583
  169,133,716
  169,133,779
  169,134,143
  169,134,156
  169,134,684
  169,136,347
  169,136,349
  169,136,592
  169,137,372
  169,137,748
  169,137,918
  169,138,232
  169,138,264
  169,138,300
  169,139,368
  169,139,403
  169,139,800
  169,140,123
  169,140,592
  169,140,634
  169,140,740
  169,140,948
  169,141,350
  169,141,666
  169,142,153
  169,142,471
  169,142,593
  169,142,711
  169,142,830
  169,143,184
  169,143,981
  169,144,303
  169,144,791
  169,145,160
  169,145,213
  169,145,465
  169,145,684
  169,145,798
  169,147,397
  169,149,807
  169,149,809
  169,149,900
  169,150,614
  169,150,958
  169,151,711
  169,152,463
  169,154,485
  169,154,488
  169,154,502
  169,154,554
  169,154,604
  169,154,788
  169,156,006
  169,156,891
  169,158,418
  169,158,611
  169,158,614
  169,158,631
  169,158,646
  169,158,664
  169,158,666
  169,158,764
  169,158,884
  169,159,113
  169,159,195
  169,159,264
  169,159,302
  169,159,532
  169,159,688
  169,159,904
  169,159,963
  169,160,115
  169,160,126
  169,160,158
  169,160,171
  169,160,315
  169,160,418
  169,160,517
  169,160,856
  169,160,931
  169,161,052
  169,161,501
  169,161,558
  169,161,941
  169,162,258
  169,162,382
  169,162,388
  169,162,549
  169,163,109
  169,163,112
  169,163,642
  169,163,760
  169,163,883
  169,163,896
  169,163,952
  169,164,067
  169,164,193
  169,164,400
  169,164,960
  169,165,334
  169,165,430
  169,165,751
  169,165,764
  169,165,772
  169,165,971
  169,166,287
  169,166,595
  169,166,602
  169,166,604
  169,166,827
  169,166,849
  169,167,141
  169,167,159
  169,167,529
  169,167,774
  169,167,834
  169,168,953
  169,169,018
  169,169,144
  169,169,203
  169,169,523
  169,169,524
  169,170,057
  169,170,335
  169,172,131
  169,172,183
  169,172,573
  169,172,678
  169,174,292
  169,175,035
  169,175,042
  169,175,255
  169,175,451
  169,176,174
  169,176,483
  169,178,000
  169,178,324
  169,178,805
  169,179,163
  169,179,187
  169,180,039
  169,180,405
  169,181,675
  169,181,837
  169,182,133
  169,182,897
  169,183,499
  169,184,125
  169,186,232
  169,186,664
  169,186,911
  169,187,139
  169,187,377
  169,187,395
  169,187,397
  169,188,361
  169,189,496
  169,189,920
  169,190,295
  169,190,704
  169,191,160
  169,192,453
  169,192,590
  169,192,956
  169,193,400
  169,193,541
  169,193,569
  169,193,903
  169,193,910
  169,194,699
  169,194,986
  169,195,521
  169,195,797
  169,195,957
  169,195,980
  169,195,988
  169,196,365
  169,196,510
  169,197,446
  169,197,520
  169,198,414
  169,198,443
  169,198,491
  169,198,636
  169,198,706
  169,199,706
  169,199,775
  169,200,380
  169,201,044
  169,201,361
  169,201,541
  169,201,707
  169,201,780
  169,201,781
  169,201,934
  169,201,938
  169,202,078
  169,202,284
  169,202,341
  169,202,419
  169,202,493
  169,202,649
  169,202,756
  169,202,808
  169,203,496
  169,203,888
  169,203,949
  169,204,558
C
7
T/-
G
A
C
5
2
2
A
-
-
C
20/-
-
A
C
T
T
C
A
C
C
A
2/-
-
-
C
-
G
G
C
T/19
T
-
-
G
2/-
2/-
2
C
-
13
A
C
C
T/-
3/-
-
T
2
G
2/-
T/-
-
T
-
-
-
A
A
T
-
-
G
T
T
C
A
G
G
C
C
A
-
C
3
T
C
A
G
G
C
A/2
A
C
G
C
T
T
A
C
-
C
A
A
C
A
2
A
2
-
-
6/-
4/-
T
G
T
C
13
-
-
-
-
2
-
G
2
-
6/-
2/-
3
2
A
A
G
C
A
G
C
A
T
-
A
-
G
G
C
T
C
-
A
A
T
A
C
G
C
G
T
G
T
A
A
T
A
A
C
T
-
T
A
T
C
G
A
C
C
T
C
22
A/5
A/5
C
G
T
A
C
A
4
-
-
A
C
T
C
T
G
T
G
C
T
T
G/-
G/-
C
A
4/3
G
-
A
-
A
C
5
G
G
C
C
G
G
G
C
C
-
A
-
4/-
-
T
T
A
4
A
2
A
A
16
G
C
T
G
G
T
T
-
3
C
T
C
C
7/9
C
T
5
G
T
T
C
-
T
A
C
G
T
-
G
C
G
T
T
T
C
A
T
T
G
T
G
2
T
A