Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly Rnor_5.0
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 107,177 (bp)   Positions: 311
Conservation 
Genes ( + ) 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Rnor 5.0  
SR/JrHsd (MCW) 
.005
.003
.117
.024
.135
.045
.023
.02
.03
--
--
--
--
.015
.093
.792
.002
.065
.494
.006
.01
.407
.394
.154
.404
--
--
--
--
--
--
--
--
.225
.035
--
--
--
--
--
--
--
--
.014
.125
.171
.077
.003
.005
.023
.008
.667
.0
.0
.046
.063
.121
--
--
.171
.046
.157
.002
.003
.003
.003
.026
.007
.001
.044
.001
.08
.19
.016
.339
.481
.146
.045
.028
.004
.018
.001
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.521
.206
.172
.124
.003
.027
.038
.077
.621
.011
.214
.511
.143
--
--
--
--
--
--
--
.646
.05
--
--
.988
1.0
.998
1.0
1.0
.803
.444
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.031
.058
.224
.111
.077
.983
.139
.001
.068
.281
.906
.245
.001
.093
--
.131
.015
.06
.001
.045
.001
.023
.003
.09
.264
.048
.298
--
.071
.016
.184
.051
.048
.037
.011
.05
.028
.051
.013
.048
.421
.23
.13
.019
--
--
--
--
--
.1
.009
--
--
--
--
--
.003
.024
.54
.001
.007
.0
.005
.001
.036
.209
.107
.01
.047
.038
.064
.003
.003
.0
.001
.0
.001
.001
.018
.071
.524
.01
.0
.003
.003
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.012
.002
.058
.033
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.015
.098
.019
--
.012
.238
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
.0
.66
.093
.001
.006
.036
.325
.037
.029
.043
.078
.038
.096
.046
.19
.091
.018
.02
.054
.729
--
--
.246
.106
.175
.084
.024
.025
.893
.898
.006
.004
.025
.013
.001
.132
--
--
.001
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
Gdpd4
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
A
G
A
G
G
G
2
T
C
A
2
C
T
G
G
T
G
G
C
C
G
C
T
G
G
2
C
T
T
T
A
A
T
C
8
6
4
C
2
A
T
G
T
A
G
G
T
C
G
G
T
T
A
T
G
C
A
C
T
G
T
A
G
C
2
8
C
2
C
C
G
4
G
A
A
T
5
C
C
C
C
T
C
4
G
C
A
T
A
T
G
C
A
A
A
T
T
C
G
C
G
T
G
2
C
A
A
T
G
G
G
A
A
T
C
G
G
T
G
C
T
T
G
A
A
2
A
2
G
G
G
G
G
T
T
C
G
G
G
C
C
A
4
C
C
C
C
C
G
G
T
A
A
T
A
C
A
C
T
A
A
A
A
A
A
A
A
T
C
C
A
G
C
A
C
C
C
T
2
A
6
4
2
T
T
T
A
A
C
A
T
A
G
A
G
C
T
A
G
C
T
T
C
T
G
C
3
16
3
T
T
C
G
T
C
T
T
2
G
T
C
A
A
C
G
A
C
A
T
A
A
C
T
A
A
C
T
G
C
G
T
A
C
T
2
T
T
A
G
C
A
C
C
A
A
T
C
A
A
T
T
4
C
C
A
G
T
G
C
T
A
T
T
G
A
G
C
2
G
A
C
T
A
T
A
G
T
C
A
A
T
G
C
G
T
C
6
A
T
A
A
G
A
T
G
A
A
A
C
G
  169,097,908
  169,099,320
  169,099,428
  169,099,539
  169,099,797
  169,099,805
  169,100,070
  169,100,144
  169,100,145
  169,101,729
  169,101,734
  169,101,735
  169,101,736
  169,103,131
  169,103,260
  169,104,264
  169,104,826
  169,104,843
  169,105,006
  169,108,052
  169,108,366
  169,108,611
  169,108,749
  169,108,966
  169,109,088
  169,109,474
  169,110,284
  169,110,285
  169,110,747
  169,111,154
  169,111,275
  169,111,977
  169,112,329
  169,112,367
  169,112,499
  169,112,585
  169,112,605
  169,112,612
  169,112,615
  169,112,617
  169,112,633
  169,112,655
  169,112,671
  169,113,133
  169,113,315
  169,114,099
  169,114,105
  169,114,334
  169,114,497
  169,114,595
  169,115,712
  169,118,006
  169,118,153
  169,118,597
  169,118,699
  169,119,298
  169,119,757
  169,119,934
  169,119,947
  169,121,072
  169,121,553
  169,121,598
  169,121,942
  169,122,017
  169,122,205
  169,122,206
  169,122,288
  169,122,468
  169,122,744
  169,124,681
  169,125,019
  169,125,369
  169,126,972
  169,127,275
  169,128,902
  169,128,996
  169,131,373
  169,131,460
  169,132,074
  169,132,350
  169,132,477
  169,132,501
  169,133,014
  169,133,339
  169,133,583
  169,133,723
  169,133,779
  169,133,875
  169,134,082
  169,134,143
  169,134,156
  169,134,522
  169,135,687
  169,135,812
  169,136,347
  169,136,349
  169,136,592
  169,136,806
  169,137,126
  169,137,273
  169,137,573
  169,137,748
  169,137,809
  169,137,906
  169,137,918
  169,138,017
  169,138,024
  169,138,026
  169,138,587
  169,138,712
  169,138,905
  169,139,368
  169,139,800
  169,140,123
  169,140,592
  169,140,618
  169,140,637
  169,140,740
  169,140,948
  169,141,103
  169,141,441
  169,141,666
  169,141,926
  169,142,043
  169,142,423
  169,142,758
  169,142,830
  169,142,831
  169,142,922
  169,143,036
  169,143,043
  169,143,050
  169,143,057
  169,143,064
  169,143,184
  169,143,978
  169,144,195
  169,144,236
  169,144,610
  169,145,432
  169,145,783
  169,146,338
  169,147,381
  169,147,401
  169,147,680
  169,148,586
  169,149,396
  169,149,815
  169,149,900
  169,150,082
  169,150,388
  169,150,614
  169,150,826
  169,150,977
  169,151,711
  169,151,756
  169,152,282
  169,152,485
  169,153,605
  169,153,723
  169,154,485
  169,154,488
  169,154,502
  169,154,554
  169,154,604
  169,155,779
  169,155,852
  169,156,006
  169,156,359
  169,156,891
  169,157,303
  169,157,306
  169,157,336
  169,157,438
  169,157,493
  169,157,509
  169,157,545
  169,157,668
  169,157,996
  169,158,418
  169,158,431
  169,158,611
  169,158,613
  169,158,614
  169,158,646
  169,158,664
  169,158,666
  169,158,764
  169,159,963
  169,160,832
  169,161,400
  169,161,501
  169,161,503
  169,161,511
  169,162,002
  169,162,151
  169,162,240
  169,162,332
  169,162,388
  169,162,583
  169,163,027
  169,163,075
  169,164,367
  169,165,243
  169,165,772
  169,166,063
  169,166,416
  169,166,453
  169,166,528
  169,166,547
  169,166,827
  169,166,849
  169,167,141
  169,167,159
  169,167,529
  169,167,774
  169,167,834
  169,168,952
  169,168,955
  169,169,144
  169,169,203
  169,169,441
  169,169,523
  169,169,524
  169,170,016
  169,170,057
  169,170,335
  169,170,864
  169,172,183
  169,172,573
  169,172,678
  169,173,173
  169,173,181
  169,173,187
  169,173,211
  169,173,255
  169,173,415
  169,173,529
  169,173,908
  169,174,176
  169,174,292
  169,175,255
  169,176,013
  169,176,174
  169,176,483
  169,177,735
  169,178,596
  169,178,805
  169,179,187
  169,180,039
  169,180,118
  169,180,405
  169,181,324
  169,181,329
  169,181,357
  169,181,832
  169,182,133
  169,182,244
  169,183,499
  169,184,125
  169,186,232
  169,186,939
  169,187,395
  169,188,193
  169,188,361
  169,188,767
  169,189,985
  169,190,295
  169,190,353
  169,191,160
  169,191,809
  169,192,206
  169,193,400
  169,193,541
  169,193,569
  169,193,903
  169,194,472
  169,194,699
  169,195,521
  169,195,792
  169,195,797
  169,195,841
  169,195,957
  169,195,980
  169,195,988
  169,196,365
  169,196,510
  169,197,446
  169,197,520
  169,198,415
  169,198,636
  169,198,706
  169,199,580
  169,199,775
  169,200,380
  169,201,044
  169,201,361
  169,201,707
  169,201,780
  169,201,781
  169,201,934
  169,201,938
  169,202,078
  169,202,284
  169,202,341
  169,202,419
  169,202,493
  169,202,649
  169,202,756
  169,202,808
  169,204,558
C
G
A
C
G/2
GA/A
A
2/-
T/-
C/-
A/-
2/-
C/-
C
G/A
A
-
G/-
C
T
T
C
A
C
C
A
2/-
-
-
C
-
G
G
C
T
8/-
6/-
-
-
2/-
G
C
A
T/G
G
2
C
3
A
A/13
A
C
C
T
C
A
3
2
2
-
A
-
G
G/A
C/2
2/-
-
T
-
T
A
A
-
C
A/G
3
-
-
T
A
A
T
G
C/G
-
A
T
A/2
-
T
C
A
T
G
G
G
C
C
A
2
T
A
C
T
-
2
2
3
4
A
A
C
G
G
C
5
G/A
A
C
A
T
C
A
A
-
C
2/-
-
-
G/-
G/-
G/-
G/-
G/-
C
-
A
A
A
A
T
T
C
4/-
G
A
T
T
T
A
A
G
T
G/5
C
G
T
3
T
C
-
-
-
-
2
G
3
G
C
2
T
T
C
A
G
T
T
T
C
-
3
-
-
-
2
A
A
G
-
T
T
T/C
A/T
G/A
T
A
T
-
G
A
T
G
C
T
C
A
T
-
-
-
C
G
T
A
C
A
8
T/3
2/-
A
C
T
T
C
G
T
G
C/T
A/G
T/C
T
A/G
C/G
T/C
A/G
A/G
C/A
C
T
T
T
C
-
3/4
G
-
G
-
C
2
T
G
C/T
C/T
A/C
2
C
2
G
G
C
5
-
T
T
T
A
4
C
2
T/G
G
G
C
T
G
A
T
-
A
3
T
C
T
C
C
G/2
C
T
-
T
C
A
T
A
C
G
-
G
C
G
T
T
T
C
A
T
T
G
T
A