Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 133,713 (bp)   Positions: 303
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
GK/FarMcwi (2019) 
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
Tshr
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
A
T
G
2
C
T
G
C
T
C
T
2
C
C
C
T
G
2
10
A
-
20
A
-
T
C
T
A
C
T
C
C
A
-
2
T
G
A
C
-
T
G
A
G
T
A
G
G
C
T
C
A
G
A
C
G
G
T
C
C
C
C
C
A
C
G
-
-
G
A
C
2
A
G
A
A
C
C
A
C
T
C
A
T
C
G
-
A
C
A
C
G
G
C
C
A
T
A
T
T
T
C
-
C
A
T
C
T
T
A
C
T
T
G
G
A
T
T
G
A
T
G
T
C
A
A
C
C
T
G
G
T
-
G
A
G
A
A
C
2
2
C
A
T
T
G
C
C
A
C
-
A
C
G
G
2
C
G
T
G
4
2
-
13
9
T
G
G
A
C
T
22
G
C
T
G
C
C
G
T
T
C
T
A
C
G
G
T
T
A
G
A
C
C
A
G
A
C
G
-
-
A
A
T
G
8
C
G
C
C
A
-
A
A
C
G
G
C
A
A
C
G
A
T
-
-
G
C
G
G
G
T
A
G
C
-
C
G
T
T
G
G
C
T
A
-
A
T
A
T
C
C
-
C
-
A
G
A
A
G
G
A
T
A
G
C
-
G
G
G
G
C
G
-
A
T
A
A
A
G
T
T
G
T
C
A
T
G
T
T
T
A
C
T
C
C
T
-
A
-
G
A
  110,341,998
  110,342,035
  110,342,396
  110,342,410
  110,342,412
  110,342,535
  110,342,849
  110,343,867
  110,344,043
  110,344,105
  110,344,182
  110,345,575
  110,346,357
  110,346,381
  110,346,383
  110,346,385
  110,346,802
  110,347,186
  110,348,600
  110,348,603
  110,348,612
  110,349,471
  110,350,647
  110,351,583
  110,352,052
  110,353,069
  110,355,372
  110,357,852
  110,358,206
  110,358,814
  110,364,225
  110,366,694
  110,368,916
  110,369,033
  110,372,651
  110,373,056
  110,373,191
  110,373,275
  110,375,601
  110,375,616
  110,375,791
  110,376,235
  110,376,589
  110,376,729
  110,376,840
  110,376,972
  110,377,002
  110,377,381
  110,378,511
  110,378,701
  110,378,787
  110,378,871
  110,380,112
  110,380,170
  110,380,239
  110,380,315
  110,380,425
  110,380,575
  110,380,620
  110,380,963
  110,381,024
  110,381,230
  110,381,400
  110,381,553
  110,383,392
  110,383,414
  110,387,100
  110,387,834
  110,388,019
  110,388,079
  110,388,171
  110,388,440
  110,388,864
  110,388,993
  110,389,398
  110,389,602
  110,389,862
  110,390,039
  110,390,374
  110,390,754
  110,390,990
  110,391,150
  110,391,303
  110,391,799
  110,392,534
  110,392,909
  110,393,031
  110,393,144
  110,393,620
  110,393,839
  110,393,867
  110,394,280
  110,394,295
  110,394,320
  110,394,375
  110,394,444
  110,394,446
  110,394,594
  110,394,633
  110,394,683
  110,396,283
  110,396,669
  110,396,672
  110,396,693
  110,398,943
  110,399,541
  110,399,974
  110,400,530
  110,401,171
  110,401,408
  110,401,505
  110,401,837
  110,401,958
  110,403,130
  110,403,162
  110,403,755
  110,404,137
  110,404,626
  110,404,679
  110,406,275
  110,407,592
  110,409,512
  110,409,667
  110,409,753
  110,409,986
  110,410,133
  110,410,148
  110,410,157
  110,410,771
  110,410,953
  110,411,617
  110,411,800
  110,412,450
  110,412,462
  110,412,746
  110,412,780
  110,413,178
  110,413,180
  110,413,222
  110,413,850
  110,414,085
  110,414,209
  110,414,299
  110,414,316
  110,414,392
  110,414,428
  110,414,896
  110,415,234
  110,416,560
  110,416,860
  110,417,191
  110,417,415
  110,417,425
  110,417,453
  110,417,606
  110,417,663
  110,417,669
  110,417,765
  110,417,882
  110,418,049
  110,418,140
  110,418,955
  110,419,075
  110,419,131
  110,422,465
  110,422,485
  110,423,692
  110,423,696
  110,426,950
  110,428,266
  110,429,385
  110,429,560
  110,431,089
  110,431,885
  110,431,937
  110,431,961
  110,432,116
  110,433,087
  110,433,329
  110,433,352
  110,433,470
  110,433,501
  110,433,505
  110,434,416
  110,434,588
  110,434,826
  110,434,831
  110,435,357
  110,435,686
  110,435,879
  110,437,875
  110,438,261
  110,438,695
  110,439,193
  110,439,226
  110,439,676
  110,439,942
  110,440,354
  110,440,610
  110,440,766
  110,440,963
  110,441,562
  110,442,189
  110,442,190
  110,442,337
  110,442,858
  110,443,013
  110,443,207
  110,443,297
  110,443,824
  110,444,604
  110,445,856
  110,445,958
  110,446,677
  110,446,824
  110,446,841
  110,447,303
  110,447,653
  110,447,722
  110,447,791
  110,447,792
  110,448,433
  110,448,500
  110,448,683
  110,449,271
  110,449,329
  110,449,928
  110,450,316
  110,450,317
  110,450,632
  110,450,770
  110,451,056
  110,451,683
  110,452,257
  110,452,276
  110,452,377
  110,453,022
  110,453,034
  110,453,100
  110,453,181
  110,453,301
  110,453,413
  110,453,523
  110,453,557
  110,453,572
  110,453,611
  110,453,826
  110,453,897
  110,454,050
  110,454,273
  110,454,778
  110,455,587
  110,455,703
  110,455,722
  110,456,484
  110,456,784
  110,457,107
  110,457,231
  110,457,394
  110,457,447
  110,457,495
  110,457,598
  110,457,974
  110,458,625
  110,458,642
  110,458,700
  110,458,766
  110,458,877
  110,459,273
  110,459,340
  110,459,713
  110,459,902
  110,459,940
  110,460,492
  110,461,267
  110,461,557
  110,461,575
  110,461,748
  110,461,882
  110,463,092
  110,464,561
  110,464,846
  110,465,719
  110,466,468
  110,467,665
  110,469,418
  110,470,304
  110,471,627
  110,471,647
  110,471,819
  110,471,840
  110,472,029
  110,472,246
  110,473,373
  110,473,394
  110,473,715
  110,473,873
  110,473,920
  110,474,421
  110,474,957
  110,475,149
  110,475,252
  110,475,281
A
G
C
-
-
A
C
A
T
C
T
C
2/-
G/-
-/G
-/G
C
A
-
-
-/G
A
-
G
3
G
T/-
C
G
A
C
T
A
G
A
-
G/-
T
-/G
G
T
C
T
G
A
-
T
A
C
T
C
T
G
A
-
T
C
A
C
G
G
T
T
A
A/G
A
G/-
T
A
A
-
T
-
C
T
G
G
T
G
G
T
C
T
G
C
T
A
T
T
A
G
T
A
T
T
A
G
C
G
C
C
C
T
A
T
G
C
G
A
C
C
-
A
-
A
A
C
C
C
T
T
C
A
C
A
G
G
G
T
C
-
A
-
2
T
G
A
T
G
A
-
-
G
T
G
C
A
A
A
C
T
2
-/C
A
-/C
-/A
-
G
C
C
A
-
-
2
-
-
A
-
A
-
G
C
-
A
T
-
A
A
T
A
C
C
-
C
C
T
A
A
A
C
G
A
G
T
T
G
A
G
-/T
A
12
A/G
-/G
G/-
C
T
-
A
A
T
T
G
4
T
T/-
A/-
A
A
T
T/-
-/T
T
A
G
C
2
2
A
G
A
A
A
G
G
A
T
C
T
A
C
C
A
A
T
C
T
A
G
C
G
G
A
T
T
T
A
G
A
G
T
A
A
G
A
G
A
T
A
A
A
-/A
A
A
A
3
G
C
G
G
G
T
T/-
-
T
C
T
G
C
A
C
C
C
G
T
-
T
T
C
A
G
2
A
T