Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 80,715 (bp)   Positions: 515
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
MR/N (2020) 
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
Tpd52
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
C
C
A
4
2
T
A
T
T
3
T
G
A
C
G
-
-
G
A
A
T
T
-
G
G
A
C
G
A
C
2
2
2
-
C
12
T
T
A
C
C
T
A
C
G
T
G
G
T
T
-
T
C
C
12
-
2
C
C
T
T
-
C
-
G
T
-
G
-
A
T
T
A
A
T
G
G
C
A
C
C
T
A
C
4
2
G
T
T
T
G
T
-
C
T
G
A
A
C
T
A
A
T
A
A
T
C
T
T
T
C
T
C
C
C
G
C
C
A
A
-
G
C
2
4
C
G
A
G
T
T
G
G
G
A
G
A
G
C
G
C
T
C
G
T
-
G
T
T
G
C
-
A
C
G
T
G
2
C
G
A
G
C
-
-
A
T
A
T
G
T
A
A
G
T
A
G
A
24
C
A
G
T
C
C
A
A
C
G
G
C
T
C
T
C
C
A
T
A
A
A
T
T
A
G
A
G
T
C
G
G
C
C
T
A
G
G
A
T
C
T
-
C
G
G
G
-
T
C
A
A
C
G
A
C
G
A
T
G
T
A
T
G
G
C
T
G
T
G
C
A
G
G
G
A
G
T
C
A
T
T
G
C
T
G
G
C
A
T
T
A
T
C
7
A
T
C
A
A
A
A
A
-
-
C
2
T
G
G
C
G
A
C
G
G
A
T
G
A
G
T
C
C
G
G
2
G
A
T
G
A
T
G
G
C
C
C
C
G
A
A
G
T
C
C
T
G
G
C
C
T
C
-
-
A
A
C
T
C
T
G
T
A
T
A
T
A
-
G
T
C
T
C
T
T
-
C
G
C
G
T
G
T
A
C
A
T
A
T
T
T
C
A
A
T
C
C
A
C
T
T
T
T
T
G
G
-
C
3
G
A
A
G
-
T
A
T
C
A
T
T
C
G
-
C
T
G
G
T
T
A
A
T
-
-
7
G
C
A
T
A
-
-
G
A
-
A
C
T
G
-
A
G
A
G
-
T
T
T
A
G
G
C
A
G
-
T
C
G
C
-
T
3
G
-
A
-
A
-
A
-
A
A
C
A
T
G
T
A
-
C
G
-
G
C
-
2
-
G
A
A
A
A
G
A
C
T
C
C
-
C
A
-
-
A
G
-
T
G
A
T
C
G
C
-
-
-
C
G
G
G
T
-
G
-
  92,735,866
  92,735,919
  92,736,169
  92,736,173
  92,736,591
  92,736,634
  92,736,810
  92,736,817
  92,736,895
  92,736,898
  92,736,909
  92,736,989
  92,739,348
  92,739,728
  92,739,731
  92,739,775
  92,739,904
  92,739,931
  92,740,140
  92,740,632
  92,741,836
  92,741,958
  92,742,281
  92,742,422
  92,742,509
  92,742,862
  92,742,867
  92,743,144
  92,743,170
  92,743,371
  92,743,409
  92,743,427
  92,743,438
  92,743,491
  92,743,595
  92,743,647
  92,743,704
  92,744,064
  92,744,467
  92,745,196
  92,745,735
  92,745,797
  92,746,049
  92,746,274
  92,746,403
  92,746,526
  92,746,527
  92,746,555
  92,746,645
  92,746,759
  92,747,069
  92,747,337
  92,747,424
  92,747,695
  92,747,857
  92,747,871
  92,747,874
  92,747,998
  92,748,765
  92,749,344
  92,749,433
  92,750,109
  92,750,115
  92,750,150
  92,750,172
  92,750,459
  92,750,874
  92,751,033
  92,752,516
  92,752,580
  92,752,637
  92,752,685
  92,753,743
  92,753,785
  92,753,863
  92,753,870
  92,754,030
  92,754,214
  92,754,494
  92,755,515
  92,756,331
  92,756,346
  92,757,335
  92,757,368
  92,757,512
  92,757,540
  92,757,548
  92,757,561
  92,757,565
  92,757,569
  92,757,791
  92,757,804
  92,758,080
  92,758,143
  92,758,254
  92,758,460
  92,758,550
  92,758,813
  92,759,055
  92,759,381
  92,760,758
  92,761,224
  92,761,402
  92,761,626
  92,761,772
  92,762,864
  92,763,190
  92,763,867
  92,763,875
  92,764,013
  92,764,091
  92,764,217
  92,764,274
  92,765,002
  92,766,136
  92,766,759
  92,768,617
  92,768,690
  92,769,698
  92,771,157
  92,771,584
  92,771,627
  92,772,445
  92,772,468
  92,773,578
  92,775,594
  92,775,629
  92,775,834
  92,776,509
  92,776,616
  92,776,618
  92,776,647
  92,776,980
  92,777,044
  92,777,126
  92,777,340
  92,777,435
  92,777,582
  92,777,723
  92,777,939
  92,777,946
  92,777,960
  92,778,062
  92,778,067
  92,778,079
  92,778,282
  92,778,302
  92,778,509
  92,778,526
  92,778,648
  92,779,088
  92,779,205
  92,779,214
  92,779,236
  92,779,405
  92,779,441
  92,779,482
  92,779,503
  92,779,571
  92,779,710
  92,779,961
  92,780,385
  92,780,693
  92,780,722
  92,780,815
  92,780,838
  92,780,991
  92,781,066
  92,781,339
  92,781,548
  92,781,646
  92,781,673
  92,781,894
  92,782,236
  92,782,241
  92,782,691
  92,782,740
  92,783,333
  92,783,371
  92,783,433
  92,783,529
  92,783,567
  92,783,712
  92,783,807
  92,784,144
  92,784,193
  92,784,327
  92,784,385
  92,784,471
  92,784,510
  92,784,637
  92,784,832
  92,785,148
  92,785,300
  92,785,337
  92,785,737
  92,785,896
  92,785,916
  92,786,007
  92,786,296
  92,786,330
  92,786,776
  92,787,541
  92,787,686
  92,787,762
  92,788,201
  92,788,472
  92,788,572
  92,788,612
  92,788,733
  92,788,945
  92,789,126
  92,789,206
  92,789,451
  92,789,699
  92,789,735
  92,789,982
  92,790,311
  92,790,320
  92,790,467
  92,790,734
  92,791,109
  92,791,311
  92,791,532
  92,791,576
  92,792,061
  92,792,262
  92,792,407
  92,792,645
  92,792,733
  92,792,971
  92,793,014
  92,793,231
  92,793,269
  92,793,319
  92,793,321
  92,793,688
  92,793,852
  92,793,889
  92,794,131
  92,794,158
  92,794,205
  92,794,226
  92,794,368
  92,794,439
  92,794,490
  92,794,734
  92,794,838
  92,794,859
  92,795,249
  92,795,335
  92,795,846
  92,795,847
  92,795,914
  92,796,298
  92,796,357
  92,796,409
  92,796,483
  92,796,488
  92,796,489
  92,796,491
  92,796,508
  92,796,915
  92,796,925
  92,796,926
  92,796,949
  92,797,027
  92,797,039
  92,797,071
  92,797,084
  92,797,255
  92,797,355
  92,797,498
  92,797,507
  92,797,663
  92,797,670
  92,797,678
  92,797,697
  92,797,709
  92,797,711
  92,797,713
  92,797,715
  92,797,790
  92,797,877
  92,797,958
  92,798,019
  92,798,040
  92,798,070
  92,798,112
  92,798,116
  92,798,326
  92,798,365
  92,798,554
  92,798,564
  92,798,710
  92,798,722
  92,798,918
  92,799,079
  92,799,162
  92,799,206
  92,799,240
  92,799,439
  92,799,445
  92,799,633
  92,799,642
  92,799,707
  92,799,888
  92,799,890
  92,799,904
  92,800,027
  92,800,040
  92,800,050
  92,800,813
  92,800,825
  92,800,842
  92,800,850
  92,801,225
  92,801,377
  92,801,652
  92,801,815
  92,801,993
  92,802,031
  92,802,041
  92,802,042
  92,802,050
  92,802,208
  92,802,722
  92,802,751
  92,802,864
  92,802,870
  92,803,099
  92,803,136
  92,803,268
  92,803,269
  92,803,580
  92,803,667
  92,803,749
  92,803,766
  92,803,803
  92,803,873
  92,804,147
  92,804,387
  92,804,603
  92,805,453
  92,805,521
  92,805,965
  92,805,979
  92,806,161
  92,806,253
  92,806,449
  92,806,477
  92,806,814
  92,806,848
  92,806,893
  92,806,962
  92,806,991
  92,807,004
  92,807,144
  92,807,145
  92,807,199
  92,807,310
  92,807,324
  92,807,345
  92,807,446
  92,807,474
  92,807,503
  92,807,603
  92,807,678
  92,807,683
  92,807,816
  92,807,827
  92,807,846
  92,808,034
  92,808,046
  92,808,226
  92,808,255
  92,808,373
  92,808,393
  92,808,414
  92,808,446
  92,808,568
  92,808,631
  92,808,637
  92,808,648
  92,808,672
  92,808,777
  92,808,792
  92,808,859
  92,808,869
  92,808,898
  92,808,899
  92,808,996
  92,809,004
  92,809,069
  92,809,085
  92,809,260
  92,809,319
  92,809,324
  92,809,396
  92,809,418
  92,809,426
  92,809,502
  92,809,513
  92,809,605
  92,809,835
  92,809,868
  92,809,926
  92,809,928
  92,810,001
  92,810,029
  92,810,147
  92,810,227
  92,810,269
  92,810,359
  92,810,361
  92,810,371
  92,810,401
  92,810,508
  92,810,509
  92,810,519
  92,810,526
  92,810,750
  92,810,810
  92,811,018
  92,811,122
  92,811,179
  92,811,264
  92,811,380
  92,811,419
  92,811,431
  92,811,482
  92,811,509
  92,811,520
  92,811,619
  92,811,624
  92,811,743
  92,811,748
  92,811,750
  92,811,821
  92,811,915
  92,811,961
  92,811,970
  92,812,073
  92,812,161
  92,812,196
  92,812,236
  92,812,344
  92,812,349
  92,812,365
  92,812,366
  92,812,390
  92,812,476
  92,812,484
  92,812,499
  92,812,509
  92,812,549
  92,812,614
  92,812,653
  92,812,704
  92,812,777
  92,812,783
  92,812,834
  92,812,883
  92,812,928
  92,812,936
  92,812,965
  92,813,063
  92,813,076
  92,813,114
  92,813,117
  92,813,224
  92,813,408
  92,813,434
  92,813,447
  92,813,452
  92,813,478
  92,813,580
  92,813,708
  92,813,850
  92,813,988
  92,813,991
  92,813,994
  92,813,997
  92,814,079
  92,814,097
  92,814,140
  92,814,271
  92,814,356
  92,814,397
  92,814,428
  92,814,659
  92,814,683
  92,814,721
  92,814,770
  92,814,777
  92,814,859
  92,814,900
  92,814,939
  92,814,965
  92,815,055
  92,815,149
  92,815,176
  92,815,183
  92,815,241
  92,815,246
  92,815,286
  92,815,289
  92,815,346
  92,815,639
  92,815,643
  92,815,646
  92,815,704
  92,815,779
  92,815,911
  92,816,069
G
T
G
-
-
C
T
C
G
-
-
C
C
A
A
T/G
G
T
-/G
T
C
G
-/G
A
A
G
T
A
G
T
-
-
-
2
T
-
C
G
G
T
G
C
G
T
A
C
A
A
C
C
6
C
T
G
-
2
-
G
T
A
C
5
T
G
-
C
3
A
2
G
C
C
G
G
C
A
A
T
G
T
T
C
G
T
-
-
T
C/-
C
C
A
C
G
G
C
A
G
G
T
A/C
C
-
G
G
T
G
G
C
C
G
T
C
T
T
-
A
T
T
G
C
T
T
T
-
-
-
A
T
T
A
A
T
C
A
T
A
G
A
A
A
T
C
A
A
-
G
T
A
G
A
A
9
T/-
G
T
A
A
-
T
A
G
A
T
6
5
G
C
T
A
A
C
G
G
A
G
C
A
G
-
G
C
A
C
G
T
G
G
G
A
A
T
C
T
C
G
T
G
G
G
C
G
C
C
G
C
G
T
C
T
C
A
G
T
G
C
T
A
G
C
A
C
5
T
A
A
A
C
C
T
G
C
-
A
T
T
A
G
C
A
C
T
C
A
T
T
C
A
A
A
T
G
A
A
A
G
A
C
T
G
A
C
A
G/-
C/-
A/-
A
T
G
-
G
G
-
A
-
T
C
T
G/-
G/-
G
G
G
A
T
T
-
C
-
A
T
T
-/G
T
A
A
G
C
A
G
A
C
T
T
A
A
-
T
G
G
A
G
C
A
A
T
T
G
T
C
G
G
T
C
T
T
G
C
A
T
G
C
G
C
G
-
G
T
A
T
C
A
C
G
C
G
C
G
4
A
C
T
C
T
C
C
G
T
T
T
A
C
A
C
G
-
G
G
G
G
-
A
T
G
G
G
T
T
G
A
A
C
C
-
A
T
A
2
T
-
A
G
G
C
G
C
C
C
T
C
-/G
A
T
A
A
T
C
A
A
C
G
-
G
C
G
G
-
A
G
G
C
T
A
A
A
G
G
-
T
G
-
A
-
A
G
-
C
-
G
-
G
-
A
-
G
-
T
C
G
C
G/A
G
-
-
A
G
G
G
G
T
-
A
G
-
A
-
C
-
-
G
T
-
-
G
-
-
A
-
G
T
G/-
-/G
G
G
-
-
-
-
-
T
A
-
G
T
T
T
A
-/T
C
C
-
A
G
A
G
T
A
C
-
-
A
T
-
A
-
T