Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 124,515 (bp)   Positions: 396
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
SHR/OlalpcvMcwi (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
Tmprss15
A
A
A
C
G
G
C
T
G
A
T
T
A
T
T
T
A
G
C
T
C
C
T
A
A
G
A
-
-
T
T
C
G
C
A
G
A
A
C
A
T
T
G
G
G
G
G
C
C
A
-
G
T
T
G
G
T
T
A
C
G
A
4
T
T
A
A
T
A
A
G
G
T
A
G
C
A
G
T
C
-
A
T
G
T
A
-
C
G
A
C
A
T
C
C
T
A
C
A
G
C
A
A
A
A
G
A
C
G
T
G
A
A
A
T
T
6
C
C
C
C
G
-
C
G
A
-
C
A
C
A
C
-
T
C
T
T
A
A
C
C
G
G
C
18
G
C
T
G
G
A
-
C
A
A
G
C
-
T
G
T
19
C
G
T
C
T
A
-
T
T
G
A
A
G
C
G
A
A
T
G
A
C
C
G
T
A
T
G
T
A
A
T
T
T
T
-
T
T
C
G
C
C
C
T
C
G
T
C
-
T
T
T
C
G
T
C
G
A
G
A
23
93
T
G
C
8
T
G
A
C
G
C
C
G
A
-
-
A
G
G
A
C
G
G
A
G
C
T
G
C
-
C
C
G
G
C
T
A
A
A
C
G
A
G
T
A
A
A
C
T
G
-
T
A
C
A
A
T
T
-
-
G
T
G
G
-
A
A
T
C
C
A
A
4
T
T
T
T
-
T
A
A
2
A
G
A
C
G
T
G
C
G
G
G
T
C
3
6
T
-
G
G
T
G
T
G
A
A
G
A
G
-
G
C
A
T
C
A
T
T
T
C
G
G
C
C
A
T
C
A
G
T
T
-
C
-
-
T
C
A
110
G
C
A
-
-
T
T
-
T
2
G
T
G
-
7
-
G
G
G
C
C
C
T
3
-
-
A
-
-
G
-
C
-
G
  17,678,540
  17,679,037
  17,680,569
  17,681,081
  17,682,138
  17,682,628
  17,682,820
  17,682,876
  17,683,392
  17,684,504
  17,685,682
  17,686,903
  17,686,993
  17,688,013
  17,688,308
  17,689,294
  17,689,459
  17,689,493
  17,690,652
  17,690,670
  17,691,118
  17,691,174
  17,691,399
  17,691,411
  17,691,420
  17,691,611
  17,692,378
  17,692,383
  17,692,932
  17,693,417
  17,693,452
  17,693,464
  17,694,039
  17,695,428
  17,695,482
  17,695,715
  17,696,437
  17,696,920
  17,697,112
  17,697,321
  17,697,330
  17,698,104
  17,698,433
  17,698,838
  17,699,387
  17,699,957
  17,701,271
  17,701,747
  17,702,557
  17,702,616
  17,707,476
  17,708,360
  17,709,041
  17,709,084
  17,709,140
  17,711,084
  17,712,065
  17,712,110
  17,712,998
  17,714,356
  17,714,545
  17,714,706
  17,715,139
  17,716,177
  17,716,961
  17,717,450
  17,718,087
  17,718,365
  17,718,755
  17,719,908
  17,720,171
  17,720,608
  17,721,079
  17,721,088
  17,721,371
  17,721,987
  17,722,090
  17,722,152
  17,722,629
  17,723,308
  17,723,900
  17,723,916
  17,724,107
  17,724,264
  17,724,367
  17,724,368
  17,724,673
  17,724,903
  17,726,624
  17,727,225
  17,727,657
  17,728,418
  17,728,746
  17,728,819
  17,729,373
  17,729,737
  17,730,257
  17,730,258
  17,730,263
  17,730,383
  17,730,539
  17,730,550
  17,731,051
  17,731,123
  17,731,520
  17,731,529
  17,731,907
  17,732,352
  17,732,369
  17,732,849
  17,733,302
  17,733,317
  17,733,805
  17,734,118
  17,734,194
  17,734,242
  17,734,403
  17,734,456
  17,735,959
  17,736,001
  17,736,716
  17,736,777
  17,737,471
  17,737,472
  17,737,582
  17,737,590
  17,737,622
  17,737,655
  17,737,671
  17,737,879
  17,738,056
  17,738,439
  17,738,467
  17,738,938
  17,739,447
  17,739,739
  17,740,309
  17,740,805
  17,740,884
  17,741,405
  17,743,218
  17,743,326
  17,743,778
  17,744,013
  17,744,216
  17,744,822
  17,747,194
  17,747,649
  17,748,045
  17,749,382
  17,750,270
  17,751,761
  17,751,927
  17,752,832
  17,753,786
  17,753,912
  17,755,752
  17,756,362
  17,756,414
  17,756,842
  17,756,923
  17,757,219
  17,757,325
  17,757,336
  17,757,504
  17,757,512
  17,757,623
  17,757,629
  17,757,776
  17,758,352
  17,758,354
  17,758,662
  17,758,758
  17,759,348
  17,759,479
  17,759,685
  17,759,800
  17,759,964
  17,760,396
  17,760,409
  17,760,452
  17,760,594
  17,760,618
  17,760,695
  17,760,812
  17,760,966
  17,761,074
  17,761,098
  17,761,172
  17,761,381
  17,761,760
  17,761,973
  17,764,211
  17,764,255
  17,764,258
  17,764,261
  17,764,264
  17,764,267
  17,764,270
  17,764,429
  17,767,312
  17,767,453
  17,768,294
  17,768,445
  17,768,672
  17,768,687
  17,768,734
  17,768,843
  17,768,889
  17,769,325
  17,769,487
  17,769,627
  17,769,634
  17,769,772
  17,769,903
  17,770,274
  17,770,553
  17,770,645
  17,770,853
  17,770,892
  17,770,913
  17,771,252
  17,771,276
  17,771,389
  17,771,496
  17,772,351
  17,772,816
  17,774,098
  17,774,152
  17,774,334
  17,775,205
  17,776,272
  17,777,684
  17,777,757
  17,778,230
  17,778,637
  17,778,663
  17,778,666
  17,778,961
  17,779,241
  17,779,391
  17,779,453
  17,779,718
  17,779,725
  17,779,947
  17,781,230
  17,781,359
  17,781,540
  17,782,335
  17,782,611
  17,782,773
  17,783,052
  17,783,174
  17,783,605
  17,783,614
  17,783,730
  17,783,749
  17,783,768
  17,783,825
  17,783,957
  17,784,020
  17,784,071
  17,784,170
  17,784,392
  17,784,455
  17,784,490
  17,784,607
  17,784,691
  17,784,702
  17,784,721
  17,784,975
  17,785,006
  17,785,015
  17,785,047
  17,785,264
  17,785,279
  17,785,790
  17,785,929
  17,785,971
  17,786,031
  17,786,365
  17,786,366
  17,786,367
  17,786,482
  17,786,672
  17,786,676
  17,786,883
  17,786,953
  17,786,966
  17,787,157
  17,787,190
  17,787,214
  17,787,219
  17,787,221
  17,787,265
  17,787,331
  17,787,335
  17,787,339
  17,787,343
  17,787,617
  17,787,658
  17,787,788
  17,787,843
  17,788,021
  17,788,022
  17,788,024
  17,788,336
  17,788,524
  17,788,589
  17,788,596
  17,788,903
  17,789,117
  17,789,133
  17,789,678
  17,789,680
  17,789,940
  17,789,943
  17,790,880
  17,790,913
  17,790,966
  17,791,255
  17,791,268
  17,791,401
  17,791,583
  17,791,793
  17,791,899
  17,792,400
  17,792,486
  17,792,737
  17,792,989
  17,793,142
  17,793,144
  17,793,264
  17,793,336
  17,793,529
  17,793,596
  17,793,601
  17,793,668
  17,793,680
  17,793,789
  17,794,056
  17,794,328
  17,794,595
  17,794,962
  17,795,105
  17,795,197
  17,795,264
  17,795,381
  17,795,648
  17,795,703
  17,795,878
  17,795,965
  17,796,282
  17,796,300
  17,796,854
  17,796,925
  17,797,117
  17,797,313
  17,797,318
  17,797,610
  17,797,920
  17,798,061
  17,798,190
  17,798,234
  17,798,355
  17,798,402
  17,798,896
  17,799,578
  17,799,783
  17,799,879
  17,799,971
  17,799,985
  17,799,991
  17,800,054
  17,800,092
  17,800,201
  17,800,214
  17,800,329
  17,800,376
  17,800,431
  17,800,501
  17,800,525
  17,800,780
  17,800,929
  17,801,171
  17,801,197
  17,801,289
  17,801,327
  17,801,494
  17,801,546
  17,801,569
  17,801,572
  17,801,689
  17,801,876
  17,802,129
  17,802,245
G
G
G
T
A
A
T
C
A
G
C
C
T
G
A
C
-
A
A
-
T
T
A
T
-
T
-
G
A
C
A
T
A
G
G
A
G
C
T
T
A
C
T
A
-
A
A
T
G
G
A
-
C
C
A
T
C
C
G
T
A
C
-
G
C
G
T
C
G
G
-
A
G
C
A
T
C
A
C
T
T
T
C
A
A
T
5
A
A
G
A
G
C
T
T
C
T
A
C
A
G
C
G
-
G
A
C
T
A
A
A
G
T
C
C
C
-
G
T
G
T
C
4
-
C
G
A
A
G
T
G
T
2
A
G
A
C
G
G
T
T
C
A
T
18/-
A
A
C
A
T
G
5
T
G
-
A
T
A
C
A
C
-
T
C
-
G
-
-/C
A
G
-
T
-
C
A
T
A
G
C
C
A
G
T
T
A
C
T
C
T
C
G
G
G
-/C
C/-
C
3/C
C
C
T
A
T
T
T
G
T
A
G
T
A
G
C
G
T
A
C
T
A
G
A
T
-
-
A/-
G/A
T
-
C
A
G
T
A
A
T
A
-
C
C
-
A
T
G
T
A
A
G
A
T
C
C
T
G
-
A
T
A
T
C
G
-
G
G
A
G
T
C
G
C
G
G
C
A
C
G
G
G
G
C
C
G
C
2
C
A
A
T
G
G
C
C
A
G/-
G
A/G
-
-/C
C/-
-/C
C
4
A
C
G
-
T/-
C
T
T
C
C
A
-/T
C
A
T
C
G
-
-
C
A
-
-
A
C
A
T
C
C
T
G
A
T
A
-
G
C/G
A
G
C
C
C
G
A
A
T
G
G
-
T
G
A
G
-
A
-
C
A
G
T
G
-
A
G
T
T
T
A
-
G
C
-
T
-
A
C
-
A
T
A
T
T
-
T
A
-
A
C
G
A
A
A
A
-
A
A