Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 140,106 (bp)   Positions: 249
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
SHRSP/A3NCrl (2019) 
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
Tbl1xr1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
T
-
G
-
A
A
T
-
-
C
T
C
4
G
G
C
C
A
G
C
C
-
C
C
C
A
T
G
C
A
2
T
A
C
G
C
C
T
G
A
T
G
A
G
T
G
-
C
C
C
C
C
C
T
T
C
G
A
-
C
T
A
C
C
C
T
T
A
-
-
T
G
T
T
T
T
G
T
G
A
T
-
G
C
T
G
C
G
T
A
A
T
T
-
-
A
A
C
C
G
A
T
C
T
A
T
C
G
A
C
-
C
A
C
C
T
C
T
A
C
G
G
C
G
G
C
T
A
-
G
G
A
A
C
A
A
A
A
C
C
G
C
4
T
C
T
A
G
T
G
A
C
A
T
T
C
G
T
C
G
T
G
A
C
T
T
G
4
G
G
A
C
G
T
G
A
A
T
C
T
C
C
T
T
G
C
T
2
T
A
A
-
C
C
2
3
T
C
C
G
A
A
A
T
C
T
T
T
T
A
C
A
G
C
T
C
G
T
C
G
G
C
G
T
T
A
T
C
T
A
T
C
G
T
G
T
T
C
T
6
-
T
T
C
-
G
G
A
  104,793,213
  104,797,777
  104,798,759
  104,798,788
  104,799,951
  104,801,533
  104,802,858
  104,803,961
  104,803,969
  104,804,424
  104,805,853
  104,805,870
  104,806,402
  104,806,455
  104,807,546
  104,807,928
  104,808,085
  104,808,100
  104,808,231
  104,809,355
  104,809,768
  104,810,059
  104,810,371
  104,810,656
  104,811,399
  104,811,489
  104,811,652
  104,812,244
  104,812,400
  104,812,473
  104,812,898
  104,812,926
  104,813,032
  104,813,231
  104,813,751
  104,813,817
  104,813,827
  104,814,114
  104,814,155
  104,814,568
  104,814,576
  104,814,683
  104,814,986
  104,815,188
  104,815,909
  104,816,153
  104,816,422
  104,817,217
  104,817,728
  104,817,829
  104,818,002
  104,818,548
  104,819,387
  104,819,741
  104,820,109
  104,820,202
  104,820,845
  104,821,006
  104,821,179
  104,821,214
  104,821,392
  104,821,596
  104,822,028
  104,822,952
  104,823,832
  104,823,926
  104,824,312
  104,824,613
  104,825,108
  104,825,169
  104,825,170
  104,825,431
  104,825,548
  104,825,933
  104,826,389
  104,826,771
  104,827,848
  104,827,855
  104,828,572
  104,828,643
  104,829,081
  104,829,355
  104,829,532
  104,829,711
  104,829,858
  104,830,104
  104,830,146
  104,830,232
  104,830,953
  104,831,271
  104,831,726
  104,831,745
  104,831,946
  104,832,161
  104,832,346
  104,833,132
  104,833,196
  104,833,346
  104,833,393
  104,833,869
  104,834,120
  104,834,209
  104,834,269
  104,834,405
  104,834,476
  104,834,489
  104,834,532
  104,834,664
  104,834,726
  104,834,871
  104,835,346
  104,835,971
  104,836,362
  104,836,792
  104,838,264
  104,838,817
  104,839,594
  104,839,923
  104,840,202
  104,840,444
  104,840,743
  104,841,034
  104,842,160
  104,842,793
  104,842,954
  104,843,339
  104,843,390
  104,844,418
  104,844,834
  104,845,410
  104,846,311
  104,846,656
  104,848,329
  104,848,793
  104,849,880
  104,849,881
  104,850,219
  104,851,168
  104,851,497
  104,852,047
  104,852,576
  104,852,734
  104,853,132
  104,853,567
  104,854,034
  104,854,557
  104,854,912
  104,855,674
  104,855,868
  104,855,907
  104,856,072
  104,856,252
  104,856,435
  104,856,436
  104,856,514
  104,856,546
  104,857,054
  104,857,558
  104,858,193
  104,859,507
  104,861,508
  104,862,243
  104,864,539
  104,865,257
  104,865,729
  104,868,468
  104,869,674
  104,870,573
  104,873,089
  104,873,318
  104,875,478
  104,875,924
  104,877,586
  104,877,907
  104,878,182
  104,878,849
  104,878,909
  104,878,936
  104,879,746
  104,882,084
  104,882,845
  104,883,198
  104,885,954
  104,888,040
  104,888,041
  104,888,258
  104,888,805
  104,889,815
  104,890,164
  104,890,845
  104,890,892
  104,891,810
  104,892,496
  104,892,994
  104,893,002
  104,893,758
  104,894,552
  104,894,556
  104,894,913
  104,894,970
  104,895,579
  104,898,710
  104,898,712
  104,898,714
  104,899,295
  104,899,374
  104,899,375
  104,899,383
  104,899,459
  104,899,944
  104,901,184
  104,901,190
  104,901,637
  104,903,187
  104,903,419
  104,903,443
  104,903,713
  104,905,122
  104,905,167
  104,905,276
  104,905,496
  104,906,429
  104,906,470
  104,906,669
  104,906,838
  104,907,420
  104,907,632
  104,909,702
  104,909,991
  104,911,357
  104,913,241
  104,914,125
  104,914,479
  104,916,297
  104,916,855
  104,917,073
  104,917,080
  104,917,083
  104,917,086
  104,917,089
  104,917,108
  104,917,121
  104,917,131
  104,917,139
  104,917,233
  104,917,472
  104,917,976
  104,922,374
  104,923,893
C
C
11
A
A
T
G
C
G
3
T
G
T
-
C
A
A
T
G
A
G
A
4
T
A
T
G
G
C
G
G
-
G
C
T
A
T
T
C
A
G
C
A
G
A
A
A
4
G
T
T
T
T
T
A
C
T
A
C
2
A
-
G
T
T
T
C
-/C
G
2
6
C
A
-
C
G
C
A
C
A
G
C
T
A
T
C
C
T
T
C
G
-
C
-
C
A
T
C
T
T
A
G
C
G
G
C
C
A
A
G
T
T
T
G
T
T
C
T
C
G
T
C
-
G
A
A
T
C
G
A
A
C
G
T
T
G
T
-
C
-
A
T
T
4/-
-
T
C
G
C
C/-
A
C
T
G
-
C
T
C
G
T
A
-
A
-
T
C
C
A
-
A
A
G
T
A
-
A
G
-
C
T
C
G
T/-
A
A
A
T
A
-
C
-
C/-
T
-
T
-
-
A
G/-
T
A
T/-
T
T
C
T
C
C
-/A
C
C
T
G
A
G
C
T
A
C
T
A
A
T
A
C
A
C
-
T
A
G
C
T
A
A
C
-/G
G/-
?
G
-
2
G
G
T
2
T
C
T