Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 196,112 (bp)   Positions: 488
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
FHH/EurMcwi (2019) 
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120103570
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Slc8a3
Slc8a3
Slc8a3
Slc8a3
Slc8a3
Slc8a3
2
G
T
G
A
A
-
G
G
T
A
C
G
C
A
A
-
G
G
A
T
T
T
2
-
G
G
C
G
T
-
T
T
C
-
A
3
A
9
T
A
G
A
T
T
G
T
C
A
-
C
C
A
C
-
C
C
C
C
C
C
G
T
T
G
G
C
T
G
G
-
T
T
G
T
A
A
C
T
2
C
A
C
G
A
C
T
C
C
C
T
G
G
A
T
T
-
C
T
A
A
A
G
T
A
C
T
T
G
A
T
G
C
-
T
T
A
G
C
A
-
G
C
T
A
T
T
G
-
-
T
C
A
T
A
A
-
G
A
T
-
T
G
C
C
T
A
-
-
G
G
C
T
A
C
G
G
T
-
C
A
C
T
A
C
G
C
C
C
C
G
10
T
C
T
4
T
A
G
T
C
T
A
T
T
A
T
C
C
C
G
G
G
A
T
-
C
-
C
-
A
8
G
C
C
A
C
T
10
8
A
T
T
T
C
C
C
T
T
G
T
T
A
G
G
G
A
C
T
C
G
G
T
A
C
-
A
G
C
G
C
G
T
19
13
T
T
C
C
C
C
T
T
T
T
A
-
T
-
T
T
C
C
G
G
T
G
G
A
T
G
A
G
G
A
T
T
G
-
A
G
C
A
T
G
C
2
T
G
G
G
G
C
T
C
C
A
C
A
G
T
T
A
G
G
C
T
T
G
G
C
A
-
-
G
C
C
C
T
A
T
T
G
-
A
T
-
C
T
-
8
C
T
A
T
T
A
G
G
A
G
A
A
C
T
A
A
G
T
A
-
C
G
T
G
G
G
A
G
G
T
C
A
-
A
T
T
G
T
3
T
G
C
G
T
G
A
A
A
T
C
A
C
C
C
A
T
G
A
A
G
G
T
-
G
G
G
C
C
G
T
A
-
T
T
2
C
A
A
G
G
A
-
G
-
-
T
A
C
T
T
G
T
T
T
A
C
G
C
C
T
G
C
C
C
-
A
A
C
G
G
A
G
T
T
T
G
3
C
C
T
-
C
A
A
A
T
T
8
G
T
G
C
C
A
-
C
T
A
C
A
A
T
T
T
5
2
A
T
T
-
-
C
A
T
A
T
T
  100,705,653
  100,710,150
  100,710,609
  100,710,677
  100,710,680
  100,710,794
  100,710,995
  100,711,029
  100,711,031
  100,711,425
  100,711,824
  100,711,974
  100,712,137
  100,712,479
  100,712,671
  100,712,682
  100,713,127
  100,713,565
  100,713,615
  100,713,903
  100,716,258
  100,716,878
  100,717,518
  100,718,297
  100,720,190
  100,720,448
  100,720,744
  100,721,169
  100,721,543
  100,721,803
  100,722,564
  100,722,637
  100,722,763
  100,722,764
  100,723,062
  100,723,270
  100,723,277
  100,724,310
  100,724,409
  100,724,730
  100,726,565
  100,726,717
  100,726,774
  100,726,881
  100,727,029
  100,727,164
  100,727,766
  100,729,067
  100,729,838
  100,731,063
  100,731,230
  100,731,699
  100,731,827
  100,732,867
  100,733,528
  100,734,220
  100,734,224
  100,734,228
  100,734,233
  100,734,237
  100,734,241
  100,734,391
  100,734,584
  100,735,874
  100,737,084
  100,737,183
  100,737,514
  100,737,656
  100,739,043
  100,739,051
  100,739,094
  100,739,110
  100,739,416
  100,739,675
  100,739,862
  100,740,514
  100,741,048
  100,741,302
  100,741,321
  100,741,631
  100,741,696
  100,742,118
  100,742,229
  100,742,631
  100,742,704
  100,742,862
  100,743,324
  100,744,103
  100,744,762
  100,744,836
  100,745,009
  100,745,058
  100,745,145
  100,745,318
  100,745,613
  100,746,122
  100,746,267
  100,746,399
  100,746,686
  100,747,236
  100,747,249
  100,747,337
  100,748,052
  100,748,452
  100,749,984
  100,751,273
  100,752,263
  100,752,265
  100,753,019
  100,755,518
  100,755,948
  100,756,561
  100,757,849
  100,757,921
  100,757,968
  100,757,989
  100,758,365
  100,759,735
  100,760,823
  100,761,481
  100,762,169
  100,762,756
  100,763,647
  100,763,946
  100,765,956
  100,766,068
  100,769,677
  100,770,301
  100,770,571
  100,770,572
  100,770,706
  100,771,187
  100,771,676
  100,771,758
  100,772,305
  100,772,794
  100,772,880
  100,773,112
  100,773,768
  100,773,885
  100,774,705
  100,775,082
  100,775,105
  100,775,888
  100,776,906
  100,777,516
  100,777,603
  100,777,762
  100,778,805
  100,778,867
  100,778,890
  100,779,269
  100,782,970
  100,783,951
  100,784,168
  100,785,179
  100,785,404
  100,786,622
  100,787,289
  100,787,298
  100,787,427
  100,787,633
  100,787,710
  100,787,722
  100,787,766
  100,788,014
  100,788,054
  100,788,180
  100,788,278
  100,788,402
  100,788,403
  100,788,630
  100,788,633
  100,788,672
  100,789,304
  100,789,986
  100,791,513
  100,791,750
  100,791,965
  100,792,369
  100,792,392
  100,793,666
  100,795,114
  100,796,135
  100,796,910
  100,797,659
  100,798,282
  100,798,313
  100,799,295
  100,800,624
  100,800,949
  100,801,267
  100,802,440
  100,802,949
  100,802,955
  100,803,109
  100,803,403
  100,803,421
  100,803,728
  100,803,913
  100,806,854
  100,806,895
  100,806,908
  100,806,927
  100,806,928
  100,807,002
  100,807,202
  100,807,443
  100,807,614
  100,807,763
  100,808,227
  100,808,402
  100,808,634
  100,808,838
  100,808,978
  100,808,979
  100,809,444
  100,809,996
  100,810,000
  100,810,378
  100,810,464
  100,810,473
  100,810,492
  100,810,618
  100,810,819
  100,810,842
  100,810,851
  100,810,896
  100,811,140
  100,811,917
  100,811,953
  100,812,433
  100,812,449
  100,812,541
  100,812,967
  100,813,051
  100,813,173
  100,813,391
  100,813,754
  100,813,919
  100,814,872
  100,815,074
  100,815,269
  100,815,551
  100,815,572
  100,815,586
  100,815,703
  100,815,820
  100,815,840
  100,815,841
  100,815,945
  100,816,326
  100,816,701
  100,816,920
  100,816,980
  100,817,001
  100,817,175
  100,817,236
  100,817,560
  100,817,646
  100,817,986
  100,818,051
  100,818,176
  100,818,467
  100,818,483
  100,818,502
  100,818,789
  100,818,949
  100,819,122
  100,819,886
  100,819,925
  100,821,822
  100,822,155
  100,822,868
  100,823,785
  100,824,032
  100,824,817
  100,825,152
  100,825,438
  100,825,802
  100,826,808
  100,827,010
  100,827,410
  100,827,746
  100,828,959
  100,828,965
  100,829,432
  100,830,088
  100,831,450
  100,832,022
  100,832,044
  100,832,380
  100,832,383
  100,832,404
  100,832,412
  100,832,623
  100,832,638
  100,832,819
  100,833,610
  100,833,653
  100,833,792
  100,834,647
  100,835,147
  100,835,371
  100,835,391
  100,835,474
  100,836,226
  100,839,091
  100,840,651
  100,840,954
  100,841,213
  100,841,304
  100,841,723
  100,841,979
  100,842,117
  100,842,234
  100,842,237
  100,842,238
  100,842,555
  100,842,660
  100,843,163
  100,843,235
  100,843,361
  100,843,429
  100,843,731
  100,844,177
  100,844,419
  100,844,429
  100,844,469
  100,844,593
  100,844,597
  100,845,022
  100,845,941
  100,846,077
  100,846,081
  100,846,251
  100,846,409
  100,846,523
  100,846,891
  100,846,981
  100,847,029
  100,847,681
  100,847,825
  100,848,216
  100,848,496
  100,848,722
  100,848,744
  100,849,184
  100,849,250
  100,849,306
  100,849,450
  100,849,468
  100,849,520
  100,849,652
  100,849,727
  100,849,768
  100,849,786
  100,849,975
  100,850,085
  100,851,165
  100,851,272
  100,851,304
  100,851,480
  100,851,737
  100,851,763
  100,852,856
  100,853,001
  100,853,289
  100,853,309
  100,853,370
  100,853,468
  100,853,714
  100,854,330
  100,854,909
  100,854,948
  100,855,222
  100,855,275
  100,855,490
  100,855,558
  100,855,665
  100,855,775
  100,855,949
  100,855,970
  100,856,250
  100,856,413
  100,856,576
  100,856,627
  100,856,836
  100,856,847
  100,856,922
  100,857,174
  100,857,249
  100,857,312
  100,857,806
  100,857,975
  100,858,011
  100,858,264
  100,858,318
  100,858,436
  100,858,457
  100,858,463
  100,858,505
  100,858,567
  100,859,111
  100,859,233
  100,859,352
  100,859,594
  100,860,009
  100,860,137
  100,860,156
  100,860,259
  100,860,501
  100,861,537
  100,861,773
  100,862,203
  100,862,823
  100,863,000
  100,863,138
  100,863,348
  100,863,573
  100,863,863
  100,864,348
  100,864,580
  100,864,597
  100,866,311
  100,866,770
  100,866,815
  100,868,818
  100,870,010
  100,871,063
  100,871,078
  100,872,153
  100,872,660
  100,872,664
  100,872,874
  100,873,022
  100,873,357
  100,874,818
  100,874,983
  100,875,246
  100,875,474
  100,876,163
  100,877,590
  100,877,647
  100,877,977
  100,878,475
  100,879,067
  100,879,854
  100,880,217
  100,881,583
  100,881,952
  100,882,562
  100,883,160
  100,884,206
  100,885,010
  100,885,071
  100,885,299
  100,885,523
  100,886,234
  100,886,250
  100,886,603
  100,886,911
  100,887,051
  100,887,489
  100,887,629
  100,887,865
  100,888,215
  100,888,571
  100,888,623
  100,888,813
  100,889,797
  100,890,069
  100,890,780
  100,891,075
  100,891,470
  100,891,542
  100,891,971
  100,892,018
  100,892,453
  100,892,829
  100,893,336
  100,893,827
  100,894,058
  100,894,086
  100,894,555
  100,894,574
  100,894,698
  100,896,828
-
A
G
C
T
G
T
C
A
A
T
T
A
T
-
G
C
C
A
G
C
C
C
-
G
C
A
T
A
C
A
A
A
A
3
G
-
G
-
C
G
A
G
C
G
A
G
A
G
8
-
T
C
T
T
T/-
-/T
-/T
T/-
T/-
-/T
A
C
C
A
A
T
G
A
A
G
C
-
A
C
G
G
A
C
-
T/-
G
T
A
C
T
-
G
T
T
C
T
A
C
C
-
-/A
A
C
G
C
C
T
C
G
G
T/A
T/A
T
G
C
-/T
A
C
C
-
G
A
T
G
T
A
T
C
-
C
A/C
C
-/4
-/3
C
T
G
C
G
C
C
T
C
C
6
A
A
G
T
C
C
A
7
A
A
G
C
G
A
A
C
C
A
A
T
T
C
G
T
A
A
T
A
A
A
-
A/-
T
G
-
C
G
A
C
A
C
T
C
-
G
-
T
G
T
A
C
A
G
C
12
G
A
T
T
G
-
A
-
T
G
T
C
-
-
-/G
C
C
G
T
T
A
G
C
A
-
C
G
A
A
C
G
T
C
T
A
A
C
G
T
A
G
A
T
A
-
A
-
-
-
G
C
A
T
T
T
C
C
C
C
G
T
C
T
C
C
T
-
A
A
C
T
A
G
C
A
G
T
T
T
A
C
A
2
G
A
A
T
A
A
T
-
C
A
A
A
A
T
C
T
-
-
T
C
A
G
C
G
A
A
A
C
G
A
A
T
G
A
9
A
-/T
T/-
-/T
-
C
-
C
A
2
C
C
3
T
C
3
-
T
C
G
C
C
G
T
A
G
A
C
G
G
C
G
G
A
C
G
A
T
T
C
T
A
T
G
T
A
G
T
G
4
C
C
C
A
G
-
C
A
T
A
C
A
T
G
G
G
T
G
G
T
T
G
G
T
G
C
A
A
C
-/6
A
A
T
A
A
T
C
G
23
C
C
-
T
G
G
A
A
G
4
C
T
T
G
C
T
C
C
A
A
C
C
T
T
A
T
T
C
A
A/G
T
T
2
T
G
G
A
A
G
C
C
C
C
A
-
T
A
C
-/T
T
G
T
G
C
C
-
C
C
A
T
-
G
A
T
C
G
T
G
G
G
C
G
-
-
G
C
G/C
10
A
-
T
C
G
C
G