Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 196,112 (bp)   Positions: 325
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
BXH2/CubMcwi (2020) 
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
Smoc1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120103570
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Slc8a3
Slc8a3
Slc8a3
Slc8a3
-
-
G
A
C
T
G
A
C
-
G
G
C
T
4
2
2
C
G
C
C
-
A
C
A
G
G
A
T
21
A
G
A
T
T
A
A
C
C
4
-
C
C
C
C
C
C
C
T
G
G
C
G
-
T
G
T
A
A
C
T
2
A
C
G
A
C
T
C
G
C
C
T
G
G
A
A
T
T
C
C
T
A
A
A
T
A
C
A
A
C
G
A
C
T
A
C
C
10
G
T
T
C
T
T
A
A
C
A
T
C
12
G
C
C
T
A
C
G
C
T
A
-
C
A
A
C
G
C
C
T
T
-
G
T
T
C
A
G
A
T
-
C
T
C
C
G
-
19
13
T
A
A
C
-
T
T
T
T
T
T
T
C
C
G
T
A
-
T
A
C
C
A
G
-
T
A
T
G
C
A
-
-
-
G
T
T
T
G
T
T
-
G
C
A
A
T
A
T
T
C
C
G
G
C
C
C
C
-
2
C
G
A
T
C
A
T
G
T
G
T
A
9
C
G
G
G
A
A
2
-
G
C
-
C
G
A
A
G
T
T
G
G
C
-
C
A
G
G
A
C
T
G
C
T
-
G
T
A
T
A
2
C
A
A
C
G
G
A
-
A
-
T
A
C
T
T
G
G
T
T
G
T
C
-
C
G
A
G
G
A
C
C
A
A
C
G
G
A
G
T
T
T
G
3
C
C
T
C
A
A
A
8
G
T
-
T
2
G
T
T
T
C
C
C
  100,701,518
  100,703,623
  100,708,866
  100,709,830
  100,709,832
  100,710,609
  100,710,677
  100,710,680
  100,710,739
  100,710,995
  100,711,029
  100,711,031
  100,712,479
  100,717,518
  100,718,186
  100,718,958
  100,719,129
  100,720,457
  100,721,543
  100,721,554
  100,722,033
  100,723,062
  100,723,270
  100,723,340
  100,723,770
  100,723,772
  100,723,999
  100,724,310
  100,724,730
  100,725,204
  100,726,565
  100,726,717
  100,726,774
  100,726,881
  100,727,029
  100,728,272
  100,728,995
  100,730,728
  100,730,952
  100,731,026
  100,733,528
  100,734,217
  100,734,220
  100,734,221
  100,734,224
  100,734,225
  100,734,228
  100,734,233
  100,735,874
  100,737,084
  100,737,183
  100,737,514
  100,739,051
  100,739,094
  100,739,110
  100,739,675
  100,739,862
  100,740,514
  100,741,048
  100,741,302
  100,741,321
  100,741,631
  100,742,118
  100,742,229
  100,742,631
  100,742,704
  100,742,862
  100,743,324
  100,744,103
  100,744,516
  100,744,762
  100,744,836
  100,745,009
  100,745,058
  100,745,145
  100,745,318
  100,745,533
  100,745,613
  100,746,122
  100,746,399
  100,746,472
  100,746,686
  100,747,148
  100,747,236
  100,747,337
  100,748,452
  100,749,984
  100,751,273
  100,751,859
  100,752,269
  100,754,207
  100,754,962
  100,755,518
  100,755,730
  100,755,948
  100,758,365
  100,760,420
  100,762,262
  100,762,907
  100,762,915
  100,763,946
  100,769,677
  100,770,453
  100,770,706
  100,771,072
  100,771,676
  100,772,305
  100,776,906
  100,777,947
  100,778,467
  100,778,696
  100,778,936
  100,779,243
  100,780,031
  100,781,894
  100,782,970
  100,783,951
  100,784,168
  100,785,404
  100,785,448
  100,786,622
  100,786,924
  100,787,289
  100,787,298
  100,787,427
  100,787,465
  100,787,766
  100,788,014
  100,788,054
  100,788,402
  100,788,633
  100,788,831
  100,789,951
  100,791,695
  100,796,910
  100,800,526
  100,800,624
  100,801,832
  100,802,881
  100,802,949
  100,802,955
  100,803,191
  100,803,218
  100,803,575
  100,809,868
  100,812,046
  100,815,074
  100,815,258
  100,815,551
  100,815,572
  100,815,586
  100,815,651
  100,815,755
  100,815,841
  100,815,998
  100,816,326
  100,816,701
  100,816,920
  100,816,980
  100,817,236
  100,817,646
  100,817,986
  100,818,051
  100,818,172
  100,818,483
  100,818,502
  100,819,122
  100,819,317
  100,819,886
  100,820,629
  100,821,533
  100,821,721
  100,821,822
  100,821,830
  100,821,938
  100,822,057
  100,822,090
  100,822,118
  100,822,155
  100,822,939
  100,823,123
  100,823,393
  100,823,421
  100,823,427
  100,823,440
  100,823,992
  100,824,546
  100,824,817
  100,824,849
  100,825,026
  100,825,062
  100,825,438
  100,825,542
  100,825,622
  100,825,686
  100,825,802
  100,825,884
  100,826,227
  100,826,436
  100,826,601
  100,826,694
  100,827,018
  100,827,050
  100,828,190
  100,828,284
  100,828,521
  100,828,939
  100,828,965
  100,828,978
  100,829,432
  100,831,143
  100,832,022
  100,833,397
  100,834,647
  100,835,062
  100,835,147
  100,836,226
  100,837,039
  100,837,916
  100,839,003
  100,839,091
  100,840,326
  100,840,402
  100,840,479
  100,840,651
  100,840,954
  100,841,142
  100,841,304
  100,841,559
  100,841,632
  100,841,723
  100,841,790
  100,841,974
  100,841,979
  100,842,116
  100,842,597
  100,842,660
  100,842,807
  100,842,925
  100,843,163
  100,843,235
  100,843,273
  100,843,361
  100,843,545
  100,845,110
  100,846,557
  100,848,722
  100,849,486
  100,851,267
  100,852,636
  100,854,926
  100,855,665
  100,855,888
  100,855,970
  100,856,627
  100,857,806
  100,858,309
  100,858,463
  100,858,505
  100,859,111
  100,859,335
  100,859,352
  100,859,594
  100,860,137
  100,860,501
  100,860,807
  100,861,722
  100,861,773
  100,861,803
  100,862,203
  100,862,392
  100,862,823
  100,863,000
  100,863,138
  100,863,348
  100,863,573
  100,863,863
  100,863,906
  100,864,348
  100,864,580
  100,864,597
  100,864,925
  100,866,311
  100,866,815
  100,868,895
  100,869,179
  100,869,191
  100,871,160
  100,871,592
  100,872,153
  100,872,537
  100,872,660
  100,872,664
  100,873,357
  100,874,818
  100,874,983
  100,875,246
  100,875,474
  100,876,163
  100,877,590
  100,877,647
  100,877,977
  100,878,475
  100,879,067
  100,879,854
  100,880,217
  100,881,583
  100,881,952
  100,883,160
  100,884,206
  100,885,010
  100,885,071
  100,886,234
  100,886,250
  100,886,603
  100,887,865
  100,890,780
  100,891,971
  100,892,005
  100,892,019
  100,892,453
  100,892,829
  100,894,058
  100,896,201
  100,897,183
C
2
T
C
T
G
C
T
T
T
C
A
T
C
-
-
-
T
A
T
A
3
G
T
-
-
A
G
C
-
G
A
G
C
G
G
G
T
T
-
T
T/-
T/-
-/T
T/-
-/T
T/-
T/-
C
A
A
T
A
G
C
A
C
G
G
A
C
-
G
T
A
C
T
-
G
A
T
T
C
T
A
C
T
C
-
A
A
C
G
G
C
C
G
G
G
-/T
T
-
G
T
C
G
T
T
-
A/-
C
A/C
G
C
C
G
G
T
G
-
T
-
A
A
T
C
G
A
C
T
C
G
A
A
T
G
T
A
A
A
-/A
A
2
T
-
C
T
C
C
G
C
4
A/G
-
T
T
A
2
-
-
G
G
G
T
4
C
C
C
C
C
C
C
T
T
A
C
G
T
C
G
T
T
G
A
G
C
T
C
T
G
G
G
-/7
-/G
G/-
C
C
C
A
C
C
2
A
T
G
G
C
G
C
G
T
T
A
A
T
T
T
T
6
-
T
A
G
C
T
G
C
A
A
T
G
G
-
A
A
A
A
G
G
-
A
A
G
9
T
A
C
G
T
-
C
C
A
T
C
T
G
-
T
G
G
G
A
G
G
6
A
C
G
C
G
-
T
G
G
T
A
C
T
T
G
T
G
C
T
C
C
C
A
A
C
A
C
T
T
T
A
G
A
A
G
G/A
T
T
G
G
A
A
G
C
C
C
C
A
-
T
A
C
T
G
T
G
-
C
C
A
G
-
A
C
C
G/C
-
T/-
T