Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 169,259 (bp)   Positions: 402
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
HXB4/IpcvMcwi (2020) 
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
Septin9
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
A
A
-
-
T
A
G
C
-
T
T
T
T
T
C
A
G
T
-
T
T
C
C
T
C
A
T
T
T
A
A
T
A
A
T
G
G
C
G
A
2
T
A
-
C
-
G
A
T
C
C
G
G
T
C
-
C
C
C
A
C
T
G
-
C
C
A
A
G
2
2
T
C
C
A
T
T
T
-
T
C
3
-
-
C
G
A
-
A
A
C
T
A
A
T
G
A
T
A
T
-
G
A
G
C
C
A
G
G
-
A
T
C
C
G
G
T
-
A
-
C
C
T
A
A
C
A
T
C
A
G
C
C
A
A
G
A
C
G
T
-
G
G
A
T
A
C
A
T
G
A
G
A
C
G
3
G
G
G
T
A
G
A
A
A
C
A
C
T
T
T
C
C
G
A
-
C
A
C
T
T
A
A
A
T
T
-
A
C
T
C
C
A
4
6
C
A
T
6
4
C
G
4
2
T
C
T
G
A
A
G
-
T
C
3
A
T
T
C
A
C
T
T
T
G
-
G
G
C
28
T
A
G
-
T
-
A
T
-
C
A
G
C
A
G
-
-
T
G
C
A
G
G
T
C
2
2
G
G
A
T
T
A
T
C
G
G
G
G
G
A
C
-
G
T
-
C
T
-
A
C
6
G
-
A
C
A
A
-
C
A
A
T
T
C
-
T
A
A
G
A
T
G
G
A
A
3
C
C
T
G
T
G
A
G
C
A
C
A
G
C
T
C
C
C
G
T
G
G
T
A
-
-
G
C
G
-
C
T
T
-
G
A
A
C
A
T
C
A
T
-
5
7
C
T
G
T
G
A
C
A
A
-
A
C
-
T
C
T
T
C
A
T
T
T
T
T
T
20
T
G
G
A
G
A
T
T
T
G
A
T
4
T
T
A
G
T
G
A
T
T
  102,411,899
  102,414,799
  102,415,901
  102,417,667
  102,417,938
  102,419,873
  102,420,623
  102,421,140
  102,421,354
  102,421,786
  102,422,113
  102,422,166
  102,422,169
  102,422,202
  102,422,205
  102,422,361
  102,422,663
  102,422,756
  102,422,913
  102,422,987
  102,423,687
  102,424,005
  102,424,070
  102,424,118
  102,424,451
  102,424,491
  102,424,560
  102,424,874
  102,424,932
  102,425,020
  102,425,777
  102,425,898
  102,426,052
  102,426,445
  102,426,680
  102,427,030
  102,427,136
  102,427,416
  102,427,708
  102,427,836
  102,428,144
  102,428,729
  102,428,731
  102,428,733
  102,429,456
  102,429,551
  102,429,707
  102,429,994
  102,430,586
  102,430,922
  102,431,015
  102,432,279
  102,432,586
  102,433,781
  102,433,981
  102,434,035
  102,434,107
  102,434,261
  102,434,331
  102,434,351
  102,434,416
  102,434,977
  102,435,215
  102,436,423
  102,437,703
  102,437,770
  102,437,774
  102,437,853
  102,438,054
  102,438,517
  102,438,642
  102,438,728
  102,438,866
  102,439,007
  102,439,159
  102,439,533
  102,439,664
  102,440,559
  102,440,707
  102,441,798
  102,442,676
  102,443,140
  102,443,457
  102,443,634
  102,443,684
  102,445,616
  102,447,421
  102,447,963
  102,448,227
  102,450,048
  102,451,592
  102,451,638
  102,451,667
  102,451,862
  102,452,898
  102,453,643
  102,455,581
  102,455,769
  102,458,763
  102,458,794
  102,458,816
  102,460,053
  102,460,217
  102,461,017
  102,463,783
  102,463,983
  102,464,139
  102,465,630
  102,465,652
  102,466,367
  102,466,649
  102,466,712
  102,467,053
  102,467,155
  102,467,199
  102,467,618
  102,467,748
  102,468,196
  102,468,245
  102,468,394
  102,468,473
  102,468,610
  102,468,889
  102,468,915
  102,469,238
  102,469,580
  102,469,617
  102,469,721
  102,469,724
  102,469,828
  102,469,983
  102,470,732
  102,470,760
  102,471,345
  102,471,558
  102,471,793
  102,471,921
  102,471,967
  102,472,079
  102,472,253
  102,472,267
  102,472,269
  102,472,378
  102,472,469
  102,472,555
  102,472,558
  102,472,575
  102,472,598
  102,472,608
  102,472,675
  102,472,709
  102,472,751
  102,473,022
  102,473,196
  102,473,200
  102,473,253
  102,473,263
  102,473,375
  102,473,379
  102,473,391
  102,473,905
  102,474,054
  102,474,112
  102,474,173
  102,474,217
  102,474,766
  102,474,780
  102,475,042
  102,475,044
  102,475,533
  102,476,734
  102,476,811
  102,478,118
  102,478,444
  102,479,446
  102,479,510
  102,479,886
  102,480,250
  102,480,477
  102,480,935
  102,481,229
  102,481,535
  102,482,469
  102,482,797
  102,483,109
  102,483,900
  102,483,929
  102,483,995
  102,484,079
  102,484,435
  102,484,645
  102,485,714
  102,486,085
  102,486,330
  102,486,357
  102,487,831
  102,488,039
  102,488,219
  102,488,764
  102,488,808
  102,488,827
  102,488,872
  102,488,913
  102,488,947
  102,489,229
  102,489,372
  102,489,392
  102,489,603
  102,490,041
  102,490,043
  102,490,124
  102,490,152
  102,490,171
  102,490,219
  102,490,242
  102,490,295
  102,490,336
  102,490,356
  102,490,468
  102,490,531
  102,490,532
  102,490,589
  102,490,825
  102,491,072
  102,491,220
  102,491,268
  102,492,316
  102,492,464
  102,492,500
  102,492,809
  102,492,911
  102,492,959
  102,493,001
  102,493,154
  102,493,293
  102,493,404
  102,493,794
  102,494,813
  102,495,104
  102,495,106
  102,495,115
  102,495,476
  102,495,493
  102,496,341
  102,496,774
  102,498,202
  102,499,540
  102,499,845
  102,500,890
  102,501,937
  102,502,548
  102,503,064
  102,503,160
  102,504,207
  102,504,627
  102,504,987
  102,505,179
  102,505,355
  102,505,383
  102,505,777
  102,505,900
  102,506,294
  102,506,501
  102,506,737
  102,506,782
  102,507,648
  102,507,671
  102,509,361
  102,509,652
  102,509,863
  102,510,218
  102,510,541
  102,510,692
  102,510,877
  102,511,353
  102,511,378
  102,511,389
  102,511,400
  102,511,410
  102,511,425
  102,511,429
  102,512,175
  102,513,008
  102,513,009
  102,513,110
  102,513,167
  102,514,226
  102,514,454
  102,514,905
  102,515,018
  102,515,435
  102,515,598
  102,517,825
  102,517,967
  102,519,118
  102,519,633
  102,520,590
  102,520,616
  102,520,830
  102,520,873
  102,520,918
  102,520,970
  102,520,981
  102,521,301
  102,521,752
  102,524,978
  102,525,146
  102,528,465
  102,530,589
  102,532,192
  102,532,624
  102,539,025
  102,540,112
  102,549,543
  102,549,683
  102,550,376
  102,551,828
  102,551,928
  102,551,982
  102,552,445
  102,552,555
  102,552,736
  102,553,131
  102,554,154
  102,555,081
  102,555,268
  102,555,435
  102,555,597
  102,555,976
  102,556,252
  102,556,380
  102,557,219
  102,557,849
  102,558,263
  102,558,436
  102,558,478
  102,558,556
  102,558,642
  102,558,830
  102,558,995
  102,559,380
  102,559,451
  102,560,123
  102,560,174
  102,560,374
  102,560,388
  102,560,411
  102,560,513
  102,560,969
  102,560,992
  102,561,204
  102,561,229
  102,561,525
  102,561,532
  102,562,405
  102,562,590
  102,562,690
  102,563,105
  102,563,305
  102,563,599
  102,564,126
  102,564,194
  102,564,387
  102,564,448
  102,564,725
  102,566,760
  102,567,988
  102,568,285
  102,569,154
  102,569,676
  102,569,764
  102,570,376
  102,570,866
  102,571,254
  102,572,230
  102,572,923
  102,573,196
  102,573,569
  102,573,862
  102,574,448
  102,574,547
  102,574,563
  102,575,609
  102,576,268
  102,576,432
  102,576,448
  102,576,500
  102,576,599
  102,576,603
  102,576,659
  102,577,098
  102,577,259
  102,577,389
  102,577,394
  102,577,467
  102,577,539
  102,577,697
  102,577,706
  102,577,763
  102,578,345
  102,578,656
  102,578,836
A
G
G
4
T
C
G
A
T
5
G
-/A
-/A
-/A
-/A
-
C
A
C
3
C
C
T
T
G
T
G
-
G
C
G
G
G
T
G
C
A
A
T
A
G
-
C
G
4
T
4
A
G
C
T
T
T
A
C
-
C
T
G
T
G
T
C
A
5
T
G
G
G
A
-
-
C
T
-
G
C
A/-
-
-/G
C
T
-
10
-/C
T
C
G
8
G
G
T
C
G
G/-
A
A
G
C
T
C
G
A
G
T
T
T
G
A
A
10
G
G
G
G
A
A
C
17
G
4
T
G
C
G
C
T
G
C
T
G
A
T
T
G
G
A
G
G
T
C
A
A
A
T
G
G
T
C
C
A
G
A
G
T
A
-
A
T
C
C
G
T
G
G
G
T
G
T
C
C
G
T
T
A
G
2
G
G
T
A
C
C
G
G
C
G
3
T
A
C
T
T
G
-
-
T
A/T
-
-
-
T
A
-
-
C
T
C
T
G
G
A
12
G
T
-
G
A
C
T
G
T
C
C
C
A
C
A
A
T
-
C
G
A
4
G/-
C
C
G/A
4
T
G
A
T
G
T
C
G
A
A
T
G
T
T
C
T
-
-
A
A
G
C
-
G
C
T
A
C
A
A
A
G
T
A
-/A
-/C
6
-/T
C
2
G
T
-
A/-
G
G
G
G
G
G
T
C
T
C
C
T
2
C
G
C
C
G
C
A
A
G
G
-
-
T
G
-
C
A
G
A
T
C
T
G
A
T
G
T
T
-/A
A
G
A
A
C
G
T
4
A
G
A
3
T
C
C
2
A
G
G
G
G
C
T
G
C
C
-
-
T
A
A
C
A
G
T
G
G
T
C
T
4
C
A
C
C
T
C
C
A
C
C
C
C
-
C
A
A
C
A
G
C
-
A
A
C
C
-
-
C
G
A
C
A
G
A
C