Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 146,098 (bp)   Positions: 230
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
BXH3/CubMcwi (2020) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Ccni
Ccni
Ccni
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
Septin11
-
C
G
A
A
-
G
T
16
-
T
C
C
G
T
A
-
T
T
A
A
T
-
A
G
C
C
G
G
C
A
A
A
A
G
T
G
G
A
T
A
T
C
T
-
A
G
C
A
-
-
G
-
T
T
-
-
C
T
A
A
A
C
C
G
G
T
C
-
A
G
A
T
T
T
A
T
T
T
T
A
A
A
G
T
C
G
A
A
T
A
G
A
A
T
G
A
C
C
T
G
G
18
A
-
G
G
G
G
-
-
C
G
5
A
C
T
T
C
C
3
C
A
A
C
A
C
T
T
T
T
-
C
G
A
6
C
T
C
-
-
-
-
32
C
A
A
G
G
G
G
A
A
A
C
C
T
C
G
A
14
G
T
-
T
C
T
C
C
A
T
C
A
-
G
5
-
A
A
C
A
A
G
C
A
G
G
G
-
-
G
G
T
C
-
T
G
A
T
G
T
-
G
-
G
G
T
4
A
G
2
G
-
A
A
T
T
A
-
G
-
G
T
A
T
C
A
C
A
A
  14,846,029
  14,846,808
  14,847,377
  14,847,442
  14,848,489
  14,850,835
  14,853,102
  14,858,251
  14,861,109
  14,861,423
  14,862,573
  14,862,659
  14,866,896
  14,866,991
  14,867,024
  14,868,027
  14,868,069
  14,868,624
  14,869,257
  14,870,183
  14,870,337
  14,871,050
  14,871,278
  14,871,342
  14,871,847
  14,871,875
  14,872,300
  14,873,050
  14,873,389
  14,874,563
  14,874,953
  14,875,218
  14,875,597
  14,876,136
  14,878,214
  14,878,577
  14,879,599
  14,881,926
  14,883,748
  14,884,573
  14,884,824
  14,885,413
  14,889,767
  14,890,293
  14,890,859
  14,892,933
  14,893,628
  14,893,631
  14,894,254
  14,894,402
  14,894,474
  14,897,955
  14,898,384
  14,898,576
  14,899,276
  14,899,826
  14,899,828
  14,900,751
  14,902,880
  14,903,212
  14,903,245
  14,904,132
  14,904,274
  14,904,355
  14,905,114
  14,905,205
  14,907,275
  14,907,796
  14,907,844
  14,908,387
  14,908,561
  14,909,162
  14,910,922
  14,911,472
  14,911,474
  14,911,809
  14,912,886
  14,913,187
  14,913,227
  14,913,252
  14,913,376
  14,913,732
  14,915,242
  14,915,245
  14,915,463
  14,918,130
  14,918,848
  14,922,240
  14,922,300
  14,922,334
  14,922,869
  14,923,893
  14,923,904
  14,925,066
  14,929,018
  14,929,914
  14,932,612
  14,932,857
  14,933,457
  14,933,788
  14,936,059
  14,936,060
  14,936,240
  14,936,297
  14,936,398
  14,936,407
  14,936,411
  14,936,413
  14,936,415
  14,936,424
  14,936,440
  14,936,573
  14,936,737
  14,936,883
  14,937,117
  14,938,930
  14,939,379
  14,939,518
  14,940,213
  14,941,020
  14,941,498
  14,941,526
  14,941,546
  14,941,828
  14,942,056
  14,942,272
  14,942,607
  14,942,761
  14,943,219
  14,943,341
  14,943,421
  14,943,774
  14,944,094
  14,944,188
  14,944,418
  14,945,714
  14,946,210
  14,946,296
  14,946,706
  14,946,765
  14,946,802
  14,947,031
  14,947,036
  14,947,314
  14,947,505
  14,947,612
  14,947,882
  14,947,923
  14,947,924
  14,947,927
  14,947,928
  14,947,961
  14,947,973
  14,947,977
  14,947,986
  14,948,083
  14,948,217
  14,948,299
  14,949,040
  14,949,538
  14,949,550
  14,949,970
  14,950,305
  14,950,333
  14,950,770
  14,951,102
  14,952,148
  14,952,261
  14,952,344
  14,952,412
  14,952,523
  14,952,539
  14,952,546
  14,952,737
  14,952,820
  14,952,836
  14,953,593
  14,955,511
  14,955,867
  14,956,417
  14,956,623
  14,957,840
  14,959,596
  14,964,157
  14,965,702
  14,965,824
  14,965,971
  14,966,766
  14,967,514
  14,967,520
  14,967,576
  14,967,626
  14,967,669
  14,967,675
  14,967,953
  14,968,028
  14,968,191
  14,968,252
  14,968,265
  14,968,305
  14,968,367
  14,968,775
  14,968,790
  14,968,806
  14,968,883
  14,969,344
  14,969,368
  14,969,738
  14,970,048
  14,972,462
  14,973,419
  14,973,750
  14,974,976
  14,975,174
  14,975,373
  14,975,473
  14,976,229
  14,976,408
  14,976,831
  14,979,125
  14,979,443
  14,979,587
  14,979,894
  14,981,069
  14,982,072
  14,983,778
  14,984,236
  14,984,984
  14,986,484
  14,987,398
A
T
A
G
G
C
A
C/-
-
4
G
T
T
A
A
G
T
C
G/-
T
C
G
A
G
A
T
T
A/-
A
T
T
T
C
-
T
C
A
A
G
-
G
C
T
C
11
G
A
T
G
2
3
A
A
C
C
10
2
T
C
G
G
C
G
A/-
A
A
C
T
-/T
G
T
-
A
C/-
C/-
G
C
G
G
C
T/-
T
G
T
A
T
A
G
T
G
G
-/A
-/G
G
C
C
T
T
T
A
-/A
C/-
-
G
2
C/-
C
C
C
2
8
T
A
-
C
A
C
C
T
T
-
T
G
C
T
G
T
-
C
C
A
6
G
A
G
-
T
C
T
2
G
6
10
-
T
T
G
-/A
-/A
A
A
G
G
G
A/-
T
G
T
A
G
-
A
-/C
-/T
C
A
C
T
G
G
C
T
G
C
A
-
A
G
G
T
G
G
-/A
T
G
A
A
A
G
5
C
A
A
T
C
C
T
G
C
A
C
6
A
2
A
A
C
-
G
A
-
A
T
G
C
C
A
G
7
A
A
A
C
T
C
A
G
T
G
T