Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 164,023 (bp)   Positions: 405
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
PVG/Seac (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
G
A
T
G
4
G
6
A
G
T
A
T
A
3
G
C
G
T
T
G
T
A
C
A
C
A
A
G
A
G
C
G
A
C
T
A
C
G
A
C
T
A
T
-
-
G
G
G
G
T
T
T
4
T
A
T
G
-
T
T
T
C
-
T
G
C
A
T
A
G
A
T
T
C
G
G
C
C
G
-
A
G
G
C
G
T
C
A
G
2
C
A
A
-
C
C
-
-
C
G
G
T
T
C
A
G
C
T
T
A
C
A
C
C
T
A
G
T
G
A
T
T
T
C
A
T
C
C
C
A
2
C
G
G
A
C
G
C
A
G
T
G
G
T
G
C
G
G
C
G
C
2
C
A
G
-
G
G
C
A
-
A
A
A
A
A
A
A
T
A
A
T
C
8
T
T
-
T
-
G
G
A
T
G
T
T
T
C
C
C
A
2
C
A
8
6
C
T
G
C
A
T
-
G
C
T
T
A
C
T
T
A
G
2
T
A
T
C
C
G
T
C
T
3
C
G
C
A
T
G
G
G
T
G
C
-
C
C
T
C
A
G
C
G
A
C
C
C
T
T
G
A
C
-
G
-
G
C
A
C
T
A
C
A
G
G
G
C
T
T
T
T
G
T
T
T
A
T
C
A
G
A
G
A
A
G
T
G
A
A
T
C
A
G
A
A
T
-
G
-
A
A
G
A
C
G
G
C
C
T
-
T
G
G
G
C
C
A
G
C
G
A
C
G
T
G
C
G
3
A
A
T
C
C
G
C
G
T
A
C
C
A
C
G
A
C
C
G
T
4
T
T
A
G
C
A
C
T
A
A
C
G
A
A
G
C
G
A
A
T
C
C
T
C
T
G
G
G
A
T
A
G
C
C
C
T
G
A
G
T
A
G
T
C
T
T
C
C
G
A
C
A
T
T
T
  17,584,668
  17,585,455
  17,586,372
  17,586,430
  17,586,544
  17,587,117
  17,587,509
  17,588,610
  17,588,666
  17,589,206
  17,589,256
  17,589,464
  17,589,818
  17,590,529
  17,590,722
  17,590,998
  17,591,120
  17,591,138
  17,591,325
  17,591,484
  17,592,121
  17,593,285
  17,593,417
  17,594,329
  17,595,412
  17,595,516
  17,597,117
  17,597,294
  17,598,928
  17,600,811
  17,601,450
  17,602,193
  17,604,366
  17,604,760
  17,604,875
  17,604,892
  17,604,933
  17,605,100
  17,605,146
  17,605,245
  17,605,336
  17,605,915
  17,605,964
  17,606,043
  17,606,081
  17,606,228
  17,606,687
  17,607,111
  17,607,296
  17,607,297
  17,607,415
  17,607,432
  17,607,461
  17,607,644
  17,607,784
  17,607,806
  17,607,911
  17,608,115
  17,608,131
  17,608,203
  17,608,275
  17,608,276
  17,608,618
  17,608,638
  17,608,640
  17,608,729
  17,608,733
  17,608,742
  17,608,806
  17,608,926
  17,608,988
  17,609,047
  17,609,161
  17,609,211
  17,609,428
  17,609,437
  17,609,674
  17,610,365
  17,611,337
  17,611,464
  17,611,483
  17,612,391
  17,612,714
  17,613,190
  17,613,243
  17,614,882
  17,616,110
  17,616,355
  17,616,406
  17,616,502
  17,616,798
  17,617,225
  17,617,286
  17,617,304
  17,617,360
  17,617,479
  17,617,492
  17,617,496
  17,617,518
  17,617,539
  17,617,555
  17,617,610
  17,617,690
  17,617,691
  17,617,692
  17,617,702
  17,617,789
  17,617,852
  17,617,958
  17,618,047
  17,618,597
  17,619,027
  17,620,485
  17,620,497
  17,620,505
  17,620,985
  17,621,946
  17,623,459
  17,623,544
  17,624,326
  17,625,080
  17,628,047
  17,628,858
  17,629,372
  17,629,995
  17,630,848
  17,631,371
  17,631,479
  17,631,514
  17,631,811
  17,631,823
  17,632,059
  17,632,290
  17,632,442
  17,632,603
  17,632,681
  17,635,166
  17,635,495
  17,635,825
  17,636,493
  17,637,155
  17,638,555
  17,638,850
  17,641,877
  17,643,349
  17,644,521
  17,644,540
  17,645,795
  17,646,186
  17,646,438
  17,648,318
  17,648,711
  17,649,039
  17,649,528
  17,650,264
  17,650,863
  17,650,882
  17,651,395
  17,651,563
  17,652,330
  17,652,703
  17,653,980
  17,654,742
  17,654,746
  17,654,748
  17,654,750
  17,654,752
  17,654,756
  17,654,908
  17,654,983
  17,655,915
  17,656,254
  17,657,227
  17,658,232
  17,658,894
  17,659,358
  17,661,715
  17,662,426
  17,662,544
  17,663,006
  17,664,053
  17,664,312
  17,664,476
  17,664,845
  17,665,665
  17,665,667
  17,665,671
  17,666,778
  17,668,804
  17,669,815
  17,672,784
  17,673,148
  17,673,153
  17,673,453
  17,673,813
  17,673,833
  17,673,834
  17,673,838
  17,673,866
  17,673,868
  17,674,288
  17,674,706
  17,674,727
  17,675,676
  17,676,605
  17,676,730
  17,676,914
  17,677,130
  17,677,762
  17,677,889
  17,678,096
  17,678,345
  17,678,529
  17,678,549
  17,678,641
  17,678,861
  17,678,961
  17,679,054
  17,679,132
  17,679,666
  17,680,564
  17,680,688
  17,680,895
  17,681,509
  17,681,589
  17,681,874
  17,682,045
  17,682,293
  17,682,323
  17,682,328
  17,682,574
  17,682,821
  17,682,847
  17,683,032
  17,683,059
  17,683,275
  17,683,283
  17,683,472
  17,683,765
  17,683,808
  17,683,963
  17,684,678
  17,684,700
  17,684,746
  17,684,797
  17,684,951
  17,685,315
  17,685,425
  17,686,303
  17,687,229
  17,687,262
  17,687,325
  17,687,439
  17,687,683
  17,688,360
  17,688,433
  17,689,840
  17,690,517
  17,690,579
  17,690,751
  17,691,069
  17,691,217
  17,691,302
  17,692,666
  17,693,140
  17,693,250
  17,693,648
  17,693,831
  17,694,588
  17,694,734
  17,695,169
  17,695,335
  17,695,716
  17,695,782
  17,696,921
  17,697,096
  17,699,436
  17,699,999
  17,700,128
  17,700,242
  17,700,381
  17,700,430
  17,701,341
  17,701,941
  17,702,286
  17,702,757
  17,703,295
  17,703,427
  17,704,412
  17,704,811
  17,705,110
  17,705,242
  17,705,507
  17,705,825
  17,706,288
  17,706,318
  17,706,320
  17,706,337
  17,706,341
  17,706,395
  17,706,430
  17,706,493
  17,706,749
  17,706,800
  17,706,887
  17,706,888
  17,706,896
  17,706,955
  17,707,176
  17,707,271
  17,707,288
  17,707,411
  17,707,478
  17,707,479
  17,707,569
  17,708,473
  17,708,698
  17,708,754
  17,708,892
  17,709,123
  17,709,140
  17,709,478
  17,710,052
  17,710,187
  17,710,379
  17,710,691
  17,710,712
  17,710,771
  17,712,957
  17,712,962
  17,713,008
  17,713,058
  17,713,146
  17,713,340
  17,713,345
  17,713,407
  17,713,408
  17,713,476
  17,713,517
  17,713,571
  17,714,050
  17,714,076
  17,714,587
  17,715,357
  17,717,080
  17,717,215
  17,717,263
  17,718,116
  17,718,151
  17,718,590
  17,718,643
  17,718,647
  17,720,137
  17,720,140
  17,720,145
  17,720,148
  17,720,637
  17,721,619
  17,721,721
  17,722,465
  17,722,711
  17,726,608
  17,727,065
  17,727,155
  17,728,417
  17,729,206
  17,730,209
  17,730,850
  17,731,375
  17,731,789
  17,731,937
  17,731,983
  17,732,159
  17,732,549
  17,732,729
  17,735,375
  17,735,771
  17,736,073
  17,736,431
  17,737,246
  17,737,248
  17,737,590
  17,738,037
  17,738,274
  17,738,774
  17,738,883
  17,739,181
  17,739,887
  17,740,000
  17,740,125
  17,740,965
  17,741,521
  17,741,729
  17,742,813
  17,742,916
  17,743,103
  17,743,487
  17,743,817
  17,743,947
  17,744,041
  17,744,288
  17,745,976
  17,746,114
  17,746,816
  17,747,217
C
G
C
C
-
A
-
T
C
A
G
A
T
-
A
T
A
A
C
C
C
T
T
G
T
C
G
C
T
C
G
C
G
T
C
G
A
C
G
G
C
G
C
A
T
C
A
T
T
C
C
A
-
C
G
C
A
T
C
C
C
A
A
C
A
T
-
C
G
A
C
C
A
T
T
A
T
T
T
3
C
A
T
T
A
G
-
G
A
-
T
G
G
7
T
T
5
3
G
A
T
G
C
T
G
A
T
C
C
C
T
-
T/-
-/T
C/-
T
A
G
A
G
C
C
G
G
G/-
A
T
G
A
-
-
T
A
C
G
T
A
A
T
C
C
A/-
C
C
-
T
A
A
A
A
T
-
T
T
A
3
-/A
A
T
-
A
T
T
-/T
?
?
-/G
-/G
C
C
G
G
A
-
A
C
T
G
T
A
A
T
C
A
-/C
C/-
-/C
T
T
G
G
-
-/A
G
-
-
A/-
-/A
C/T
G
T
C
4
T
A
C
G
T
T
C
A
G
A
-
-
T
C
T
A
A
C
T
C
-
T
A
T
G
G
T
A
A
A
A
T
T
T
T
C
T
G
T
T
A
G
T
A
G
C
C
A
G
A/-
T
A
A
A
T
G
G
C
G
T
G
A
A
A
T
G
C
C
A
A
-
C
A
C
C
T
G
A
G
A
-
G
A
G
A
T
C
G
T
G
A
T
-
C
2
A
10
G
-
A
G
T
A
C
T
A
C
C
C
-
T
T
A
-
G
A
T
T
C
A
A
C
A
T
A
-
C
G
C
G
T
C
A
A
A
T
T
T
G
G
A
G
T
T
A
C
-
G
G
G
A
T
G
G
C
G
G
T
T
G
G
A
T
A
G
C
C
T
A
C
T
C
A
A
A
G
A
T/-
T
T
T
A
C
A
G
A
C
G
A
C
T
C
C/-
T
T
C
G
T
G
C
C
C