Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 164,023 (bp)   Positions: 348
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LEXF1A/Stm (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
LOC120102215
--
--
--
--
--
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
Sema3c
-
C
G
4
A
G
T
G
C
C
-
-
A
C
C
C
T
C
A
T
G
A
C
A
-
C
A
G
A
G
A
A
G
C
T
6
6
T
G
G
A
C
C
A
T
A
G
A
-
C
-
T
A
A
T
G
2
C
G
G
C
A
T
G
A
-
T
G
-
-
A
G
-
C
G
T
A
2
G
T
A
-
C
G
T
C
T
G
C
C
A
C
G
T
G
G
A
C
A
2
C
G
A
C
G
G
C
A
T
G
G
T
G
C
G
G
C
G
-
2
C
G
G
9
G
G
C
A
A
A
A
A
T
A
T
C
8
T
-
-
T
-
G
G
A
T
T
T
T
C
G
C
C
C
A
2
C
8
6
C
T
-
A
-
A
A
C
T
T
G
A
2
A
T
G
T
G
G
C
T
G
T
T
3
C
G
C
C
T
G
G
G
T
C
C
C
A
-
T
C
T
G
A
A
G
C
G
A
C
G
C
C
8
T
G
T
A
4
C
-
G
T
G
A
G
T
C
A
C
C
G
C
T
T
T
T
G
T
T
G
A
T
C
A
G
A
G
A
A
A
G
G
T
G
A
T
C
A
G
A
A
T
-
G
-
A
A
G
A
C
G
G
C
T
T
A
G
G
C
A
C
C
A
G
T
7
A
C
G
C
C
T
T
T
C
C
C
G
A
A
T
A
T
A
C
G
G
A
C
G
G
7
A
C
T
T
A
A
G
G
-
A
T
T
C
G
T
T
G
-
A
G
A
A
G
T
G
C
-
C
C
G
A
T
G
T
A
G
  17,583,605
  17,584,773
  17,586,430
  17,586,544
  17,587,627
  17,588,666
  17,592,121
  17,592,798
  17,592,994
  17,593,101
  17,593,240
  17,593,241
  17,593,285
  17,593,354
  17,593,417
  17,593,987
  17,594,055
  17,594,153
  17,594,329
  17,594,496
  17,594,955
  17,594,967
  17,595,093
  17,595,213
  17,595,307
  17,595,382
  17,595,557
  17,595,885
  17,595,886
  17,595,902
  17,595,928
  17,595,967
  17,596,015
  17,596,192
  17,596,257
  17,596,306
  17,596,322
  17,596,333
  17,596,356
  17,596,388
  17,596,434
  17,596,600
  17,596,815
  17,596,934
  17,596,971
  17,603,806
  17,603,882
  17,603,930
  17,603,940
  17,604,130
  17,604,313
  17,604,324
  17,604,366
  17,604,581
  17,604,702
  17,604,727
  17,604,732
  17,604,808
  17,604,827
  17,604,841
  17,604,850
  17,604,853
  17,604,875
  17,605,100
  17,605,146
  17,605,686
  17,605,964
  17,607,212
  17,608,115
  17,608,618
  17,608,988
  17,609,428
  17,611,464
  17,611,954
  17,612,391
  17,612,427
  17,616,355
  17,616,502
  17,617,737
  17,617,958
  17,619,027
  17,620,077
  17,620,497
  17,621,946
  17,622,538
  17,622,931
  17,625,080
  17,626,255
  17,626,501
  17,626,680
  17,627,205
  17,627,650
  17,628,005
  17,628,047
  17,628,367
  17,629,942
  17,629,995
  17,631,514
  17,631,811
  17,631,823
  17,632,059
  17,632,442
  17,632,603
  17,632,681
  17,633,802
  17,635,166
  17,635,495
  17,635,825
  17,637,155
  17,638,555
  17,638,850
  17,641,877
  17,643,349
  17,644,521
  17,644,540
  17,645,795
  17,646,186
  17,646,438
  17,648,351
  17,648,711
  17,649,039
  17,649,926
  17,650,264
  17,650,874
  17,650,882
  17,651,395
  17,651,563
  17,652,330
  17,653,980
  17,654,746
  17,654,748
  17,654,750
  17,654,908
  17,654,983
  17,657,164
  17,657,227
  17,658,232
  17,658,894
  17,661,715
  17,662,124
  17,662,426
  17,662,544
  17,663,006
  17,664,053
  17,664,312
  17,665,665
  17,665,667
  17,665,671
  17,665,673
  17,666,778
  17,667,332
  17,668,212
  17,668,222
  17,671,040
  17,672,784
  17,673,148
  17,673,153
  17,673,813
  17,673,833
  17,673,834
  17,673,838
  17,674,727
  17,676,066
  17,676,460
  17,677,027
  17,677,542
  17,677,762
  17,677,889
  17,678,096
  17,678,100
  17,678,345
  17,678,549
  17,678,861
  17,678,961
  17,679,005
  17,679,113
  17,679,666
  17,679,721
  17,680,160
  17,680,564
  17,680,677
  17,680,895
  17,681,326
  17,681,509
  17,681,589
  17,681,874
  17,681,948
  17,682,045
  17,682,323
  17,682,328
  17,682,574
  17,682,821
  17,682,847
  17,683,059
  17,683,067
  17,683,164
  17,683,234
  17,683,275
  17,683,765
  17,683,808
  17,683,921
  17,683,961
  17,683,963
  17,684,025
  17,684,678
  17,684,700
  17,684,746
  17,684,797
  17,684,951
  17,685,189
  17,685,315
  17,685,425
  17,685,898
  17,686,303
  17,686,477
  17,686,576
  17,687,325
  17,687,436
  17,687,439
  17,687,683
  17,688,018
  17,688,481
  17,690,012
  17,690,579
  17,690,827
  17,691,069
  17,691,138
  17,691,217
  17,691,302
  17,692,562
  17,693,140
  17,693,831
  17,694,588
  17,694,734
  17,695,169
  17,695,335
  17,695,716
  17,695,782
  17,696,921
  17,698,859
  17,699,436
  17,699,999
  17,700,128
  17,700,242
  17,700,381
  17,700,430
  17,701,341
  17,701,567
  17,701,941
  17,702,286
  17,702,475
  17,702,757
  17,703,295
  17,703,427
  17,704,811
  17,705,110
  17,705,242
  17,705,507
  17,706,197
  17,706,288
  17,706,318
  17,706,320
  17,706,337
  17,706,341
  17,706,395
  17,706,430
  17,706,493
  17,706,749
  17,706,800
  17,706,887
  17,706,888
  17,706,896
  17,707,176
  17,707,271
  17,707,411
  17,707,468
  17,707,478
  17,707,479
  17,707,532
  17,707,875
  17,708,473
  17,708,698
  17,708,754
  17,708,892
  17,709,213
  17,709,239
  17,709,478
  17,710,052
  17,710,069
  17,710,272
  17,710,306
  17,710,379
  17,710,628
  17,710,983
  17,711,797
  17,711,915
  17,712,178
  17,712,340
  17,712,362
  17,713,008
  17,713,058
  17,713,517
  17,713,610
  17,713,621
  17,713,807
  17,713,850
  17,713,980
  17,714,076
  17,714,587
  17,715,149
  17,715,577
  17,715,640
  17,717,080
  17,718,134
  17,718,643
  17,718,647
  17,721,721
  17,722,741
  17,722,742
  17,728,769
  17,731,277
  17,731,375
  17,731,789
  17,732,159
  17,732,549
  17,732,595
  17,732,729
  17,732,796
  17,733,083
  17,733,462
  17,733,512
  17,733,688
  17,734,131
  17,735,192
  17,735,234
  17,735,759
  17,736,073
  17,736,568
  17,737,236
  17,737,848
  17,738,774
  17,739,181
  17,739,201
  17,741,729
  17,742,121
  17,745,739
  17,745,976
  17,746,495
2
G
C
-
C
C
C
T
T
T
A
2
T
G
T
T
A
T
G
-
A
G
T
G
T
G
C
C
T
T
G
T
A
T
A
-
-
-/A
A
A
G
A
T
G
C
C
C
C
14
T
A
C
G
T
C
-
-
T
A
C
T
C
C
C
G
A
C
T
T
A
C
T
3
T
A
C
G
-
C
C
-
A
T/-
A
A
T
C
C
T
T
G
T
A
C
A
A
G/-
A
-
-
T
C
G
T
A
A
A
T
C
A/-
C
C
-
T
A
A
A
A
2
-
T
A
A
-
-/A
A
T
-
T
T/-
?
?
C
C
G
A
-
A
T
T
G
T
A
A
T
-/C
C/-
-/C
C/-
T
A
T
-
T
G
-
A/-
8/-
-
-/A
-/A
4
T
2
T
G
T
C
A
A
G
-
T
C
A
A
A
C
T
C
A
C
G
-
T
A
A
T
G
T
A
A
A
T
A
T
C
T
C
T
A
A
G
G
T
T
A
G
T
A
A
G
-
C
C
C
G
-
A/-
T
A
A
T
G
T
C
T
G
T
T
A
T
G
C
C
A
A
-
C
T
C
C
T
G
A
G
A
T
-
G
C
A
G
A
C
G
T
G
A
T
-
C
2
A
10
G
-
A
G
T
A
C
A
C
C
G
-
T
T
G
A
-
G
A
G
-
C
A
T
A
T
C
G
C
T
T
G
A
T
G
C
T
C
G
T
A
A
G
G
T
A
-
G
T
G
G
G
G
A
A
A
C
C
C
T
A
C
A
A
3
G
T
G
G
A
C
A
A
A
T
A
A
C
C
A
-
G
A