Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 216,138 (bp)   Positions: 596
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LL/MavRrrcAek (2020) 
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
Samd4a
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
-
T
C
T
T
A
C
G
C
A
T
C
4
-
G
T
G
G
T
-
G
A
G
C
T
G
C
T
T
T
A
C
A
G
A
-
T
G
14
G
T
G
-
T
T
C
C
C
G
2
G
T
A
T
A
T
T
G
G
G
G
T
C
G
-
A
G
T
G
T
T
C
-
C
T
A
2
T
G
G
C
A
-
G
A
C
C
C
A
C
-
A
C
A
T
C
A
4
G
A
G
G
G
G
A
C
G
T
T
T
T
T
T
T
T
G
A
C
C
G
T
A
T
C
G
A
C
T
T
A
A
G
G
C
T
T
G
A
G
8
A
G
C
C
-
T
A
T
C
G
A
A
C
A
A
A
C
T
T
C
C
G
T
C
C
C
C
C
C
G
T
G
-
G
A
G
A
2
G
C
A
T
G
C
A
G
A
-
C
C
T
G
A
C
G
A
A
T
A
A
T
G
G
T
8
C
43
G
A
-
G
T
-
T
A
G
C
T
A
C
4
G
C
T
G
A
A
G
A
C
T
T
G
T
C
C
T
C
G
T
C
G
C
-
A
G
-
C
C
C
T
C
A
T
C
T
T
G
G
G
A
A
C
G
A
T
C
C
A
G
T
A
G
A
T
T
C
A
T
T
C
T
A
G
C
G
27
G
A
G
T
A
A
C
G
C
A
C
T
A
2
T
G
C
T
C
C
A
G
-
C
G
C
T
T
G
G
G
A
A
C
G
A
A
A
A
A
C
A
G
C
G
2
-
-
T
T
A
C
C
C
A
A
A
G
-
G
G
A
-
G
A
2
T
G
A
G
G
T
A
C
C
C
A
A
G
G
A
C
C
T
T
T
-
G
C
T
A
G
A
-
3
T
3
38
3
C
T
-
-
T
5
T
-
A
T
T
A
A
G
G
A
G
T
A
C
T
C
-
A
T
C
108
G
C
C
A
C
T
C
G
G
T
G
A
A
T
A
G
T
G
C
T
C
A
T
G
G
C
-
T
G
-
-
T
G
-
-
-
C
G
A
A
T
T
G
-
C
T
-
A
-
-
A
C
T
T
C
T
A
A
T
-
C
T
C
T
T
A
-
A
A
G
G
3
C
G
T
T
T
T
A
T
A
C
A
C
2
A
-
2
-
C
A
G
G
C
G
-
A
G
C
T
G
C
C
4
A
C
T
G
G
G
G
G
G
G
G
T
A
A
A
A
A
A
2
A
A
-
G
G
G
C
T
T
24
A
T
-
C
T
A
T
-
C
A
G
G
C
C
A
G
C
C
A
G
A
G
-
C
A
A
G
C
-
T
G
2
4
G
G
G
G
A
A
A
A
-
2
C
A
C
-
-
-
G
  20,136,694
  20,136,726
  20,136,941
  20,138,001
  20,138,324
  20,138,648
  20,138,769
  20,138,867
  20,139,005
  20,139,098
  20,139,150
  20,139,152
  20,139,274
  20,139,288
  20,139,299
  20,139,331
  20,140,067
  20,140,232
  20,140,330
  20,140,360
  20,142,648
  20,144,928
  20,145,364
  20,145,451
  20,147,105
  20,147,168
  20,147,319
  20,147,596
  20,147,776
  20,147,907
  20,147,912
  20,148,061
  20,148,111
  20,148,112
  20,148,474
  20,148,545
  20,148,621
  20,148,625
  20,148,629
  20,149,083
  20,149,281
  20,151,204
  20,151,854
  20,152,394
  20,154,591
  20,156,282
  20,157,103
  20,157,696
  20,158,304
  20,158,306
  20,158,786
  20,159,258
  20,159,261
  20,159,549
  20,159,823
  20,160,726
  20,160,788
  20,160,831
  20,161,731
  20,161,960
  20,162,018
  20,162,030
  20,162,265
  20,162,524
  20,162,547
  20,162,888
  20,162,999
  20,163,204
  20,163,238
  20,163,446
  20,163,516
  20,163,550
  20,164,449
  20,165,311
  20,165,533
  20,165,537
  20,165,644
  20,165,701
  20,165,803
  20,165,831
  20,166,018
  20,166,025
  20,166,193
  20,166,653
  20,166,737
  20,166,812
  20,167,847
  20,168,194
  20,168,441
  20,169,083
  20,169,355
  20,169,803
  20,170,007
  20,171,405
  20,172,069
  20,172,721
  20,173,913
  20,174,443
  20,174,552
  20,174,601
  20,175,278
  20,176,660
  20,176,690
  20,177,092
  20,178,375
  20,179,106
  20,179,708
  20,180,552
  20,180,896
  20,180,898
  20,180,900
  20,180,902
  20,180,904
  20,180,906
  20,180,916
  20,180,972
  20,181,912
  20,182,301
  20,182,370
  20,183,399
  20,183,505
  20,183,546
  20,183,838
  20,183,896
  20,184,303
  20,184,380
  20,185,014
  20,185,243
  20,185,446
  20,185,991
  20,186,056
  20,186,070
  20,186,158
  20,186,165
  20,186,173
  20,186,181
  20,186,190
  20,186,271
  20,186,287
  20,186,359
  20,186,448
  20,186,450
  20,187,070
  20,187,721
  20,187,966
  20,188,457
  20,189,132
  20,189,213
  20,189,417
  20,189,521
  20,189,645
  20,189,649
  20,189,652
  20,189,653
  20,189,661
  20,190,359
  20,191,231
  20,191,302
  20,191,477
  20,191,765
  20,192,056
  20,192,357
  20,197,339
  20,197,776
  20,199,254
  20,199,257
  20,199,263
  20,199,721
  20,199,883
  20,200,032
  20,201,192
  20,201,584
  20,201,793
  20,202,259
  20,202,664
  20,202,786
  20,202,816
  20,202,875
  20,203,795
  20,203,864
  20,203,914
  20,204,355
  20,204,374
  20,205,099
  20,205,214
  20,205,670
  20,205,814
  20,206,312
  20,207,205
  20,207,274
  20,209,056
  20,209,161
  20,209,263
  20,209,411
  20,209,826
  20,210,415
  20,210,612
  20,211,426
  20,211,429
  20,211,437
  20,211,595
  20,211,968
  20,212,894
  20,213,636
  20,213,742
  20,213,833
  20,213,835
  20,213,853
  20,214,211
  20,214,776
  20,215,338
  20,215,357
  20,215,364
  20,215,390
  20,215,423
  20,215,596
  20,215,599
  20,215,651
  20,215,741
  20,215,746
  20,215,915
  20,216,477
  20,216,626
  20,217,296
  20,217,576
  20,217,709
  20,217,757
  20,217,985
  20,218,171
  20,218,287
  20,218,501
  20,218,595
  20,219,156
  20,219,237
  20,219,285
  20,219,342
  20,219,570
  20,219,669
  20,220,190
  20,220,455
  20,220,539
  20,220,601
  20,221,203
  20,221,709
  20,221,776
  20,221,918
  20,221,983
  20,222,094
  20,222,142
  20,222,250
  20,222,328
  20,223,010
  20,224,464
  20,224,925
  20,225,747
  20,225,787
  20,225,870
  20,225,871
  20,226,073
  20,226,095
  20,226,730
  20,226,943
  20,227,276
  20,227,277
  20,227,591
  20,227,720
  20,227,896
  20,228,324
  20,228,444
  20,228,702
  20,229,835
  20,230,136
  20,230,612
  20,231,014
  20,231,746
  20,231,775
  20,231,933
  20,231,934
  20,233,283
  20,233,297
  20,233,330
  20,233,351
  20,233,993
  20,234,073
  20,234,179
  20,234,463
  20,234,829
  20,235,129
  20,235,475
  20,236,290
  20,236,320
  20,236,479
  20,238,149
  20,238,574
  20,239,622
  20,239,744
  20,239,895
  20,240,304
  20,240,847
  20,240,926
  20,241,043
  20,241,239
  20,241,251
  20,241,463
  20,241,621
  20,241,704
  20,242,866
  20,243,033
  20,243,075
  20,243,404
  20,244,104
  20,244,140
  20,244,822
  20,244,844
  20,245,049
  20,245,916
  20,246,845
  20,247,003
  20,247,061
  20,247,861
  20,247,862
  20,248,131
  20,248,600
  20,248,997
  20,249,436
  20,249,452
  20,249,761
  20,249,857
  20,250,300
  20,250,315
  20,250,422
  20,250,621
  20,250,639
  20,250,644
  20,250,899
  20,251,963
  20,252,278
  20,252,279
  20,252,584
  20,252,771
  20,253,213
  20,253,277
  20,253,492
  20,253,738
  20,254,118
  20,254,418
  20,254,586
  20,255,068
  20,255,095
  20,255,255
  20,255,503
  20,255,685
  20,256,486
  20,257,146
  20,257,191
  20,258,066
  20,258,150
  20,258,265
  20,258,422
  20,259,177
  20,259,264
  20,259,295
  20,259,544
  20,259,621
  20,259,811
  20,260,409
  20,260,501
  20,260,565
  20,260,615
  20,260,795
  20,260,805
  20,260,810
  20,260,869
  20,261,250
  20,261,438
  20,262,181
  20,262,329
  20,262,342
  20,262,398
  20,263,226
  20,263,232
  20,263,236
  20,263,418
  20,263,552
  20,263,595
  20,263,708
  20,263,847
  20,263,857
  20,263,872
  20,263,873
  20,264,652
  20,265,188
  20,265,202
  20,265,428
  20,265,480
  20,265,655
  20,266,026
  20,266,405
  20,267,641
  20,267,935
  20,268,267
  20,268,491
  20,268,501
  20,268,722
  20,269,595
  20,269,960
  20,270,065
  20,270,096
  20,270,100
  20,270,161
  20,270,207
  20,270,296
  20,270,298
  20,270,329
  20,270,612
  20,270,617
  20,270,715
  20,270,743
  20,270,770
  20,271,201
  20,271,509
  20,271,875
  20,272,138
  20,272,180
  20,272,195
  20,272,224
  20,272,242
  20,272,329
  20,272,369
  20,272,412
  20,272,496
  20,272,761
  20,272,778
  20,272,829
  20,272,830
  20,272,871
  20,272,872
  20,272,926
  20,272,928
  20,272,953
  20,273,430
  20,273,589
  20,273,597
  20,273,599
  20,273,919
  20,274,506
  20,274,918
  20,275,392
  20,275,825
  20,275,993
  20,278,514
  20,279,476
  20,279,563
  20,279,957
  20,280,059
  20,280,075
  20,280,306
  20,280,671
  20,280,884
  20,281,048
  20,283,223
  20,285,468
  20,285,795
  20,286,114
  20,286,950
  20,288,167
  20,288,691
  20,289,353
  20,289,919
  20,290,327
  20,291,615
  20,291,747
  20,291,756
  20,291,762
  20,291,777
  20,291,782
  20,291,797
  20,291,862
  20,293,021
  20,293,272
  20,294,757
  20,295,785
  20,298,387
  20,299,964
  20,301,435
  20,302,094
  20,302,296
  20,302,649
  20,302,888
  20,303,173
  20,303,247
  20,303,459
  20,303,737
  20,303,903
  20,304,007
  20,304,374
  20,304,376
  20,304,393
  20,304,410
  20,304,421
  20,304,495
  20,304,548
  20,304,840
  20,304,853
  20,304,859
  20,304,864
  20,304,879
  20,305,552
  20,305,581
  20,305,738
  20,305,760
  20,306,123
  20,306,124
  20,306,173
  20,310,204
  20,311,999
  20,312,174
  20,313,466
  20,313,640
  20,314,138
  20,314,630
  20,314,634
  20,315,401
  20,316,236
  20,317,813
  20,318,455
  20,320,203
  20,320,542
  20,320,743
  20,320,930
  20,320,938
  20,320,940
  20,320,942
  20,320,944
  20,320,946
  20,322,048
  20,322,135
  20,322,598
  20,323,146
  20,323,367
  20,323,637
  20,323,874
  20,324,544
  20,325,232
  20,325,558
  20,325,584
  20,326,274
  20,327,794
  20,327,886
  20,328,228
  20,329,111
  20,329,368
  20,329,634
  20,330,291
  20,330,681
  20,330,712
  20,331,281
  20,332,235
  20,332,345
  20,334,423
  20,335,112
  20,337,164
  20,337,245
  20,337,777
  20,340,791
  20,341,445
  20,342,427
  20,343,392
  20,343,572
  20,343,772
  20,343,990
  20,344,206
  20,344,365
  20,344,853
  20,345,348
  20,345,529
  20,345,573
  20,346,982
  20,347,022
  20,347,223
  20,347,429
  20,347,923
  20,348,340
  20,349,698
  20,349,707
  20,349,711
  20,349,712
  20,349,855
  20,350,339
  20,350,493
  20,350,663
  20,350,993
  20,351,402
  20,351,406
  20,351,537
  20,351,721
C
A
-
-
G
C
T
C
A
G
C
T
-
T
A
G
T
A
C
15
A
G
T
T
C
A
T
G
C
G
G
T
G
A
T
6
G
A
-
A
C
A
-/2
C
C
T
T
T
G/-
2/-
A
C
G
C
-
A
G
A
A
A
T
G
G
A
G
G
A
C
C
C
G
T
4
A
C
G
-
C
A
C
T
G
16
A
G
T
T
T
G
A
T
G
T
T
A
T
G
-
A
C
T
A
A
A
G
T
A
C
C
C
C
C
C
C
-/C
A
G
T
T
A
C
G
C
A
A
G
G
C
C
G
G
A
-/C
T
C
-/C
A
G
A
-
G
A
-/T
T
12
G
G
G
T
T
G/-
G/-
-/T
-/G
G/-
T
T
C
C
T
G
A
C
T
T
T
G
A
T
A
C
A
C
A
G
A
G
-
A
T
G
G
A
T
G
A
G
A
T
T
G
C
C
T
A
T
T
C
G
G
A
A
A
T/C
-
-
-
-/C
G
3
A
C
A
C
G
A
T
C
G
T
-
A
T
-
A
T
G
C
G
G
C
C
A
C
T
T
G/A
T
T/-
G
T
T
T
G
C
A
-/2
G
G
G
C
T
G
-
T
C
C
A
A
C
T
-
T
A
G
C
T
T
G
T
C
T
A
T
C
C
T
G
G
C
T
C/-
G
A
G
A
-
C/A
G
A
A
C
G
T
A/-
-/T
G
T
C
T/-
-
C
A
T
C
T
T
C
A
-/7
T
A
T
C
C
A
A
A
G
G/T
A
-/A
G
G
C
G
G
T
G
A
T
T
-
6
A
C
C
G
T
T
G
G
G
G
A
T
A
A
G
T
A
G
-
C
T
G
A
A
C
G
T
T
T
G
G
A
-
C
T
T
A
C
A
12
A
T
C
G
A
G
2
-
C
-
-
-
-
C
2
T
G
-
C
A
G
G
C
C
G
C
A
G
A
A
G
A
C
T
9
G
C
-
-
-/A
T
G
G
T
C
T
A
A
C
A
T
T
G
T
T
-
A
T
C
T
G
C
A
A
T
2
C
C
G
3
G
C
4
3
T
T
T
G
G
C
G
-
A
T
C
T
G
C
A
G
T
C
G
T
C
G
G
T/C
-/5
C/T
T/C
C/T
T/C
C
G
2
G
C
T
A
-
G
A
C
A
A
A
G
A
G
A
G
G
-
G
2
-
2
T
A/G
G/C
G/T
T
A
3
T
A
T
C
T
T
T
-
C
G
A
A
A
A
C
-/A
A
A
A
C
T/-
T/-
T/-
-/T
T/-
-/T
-
T
T
5
A
A
A
G
C
C
-
G
C
T
G
C
G
G
2
T
G
A
A
T
T
C
A
T
A
G
A
G
A
7
T
-
G
A
-
A
C
A
-
-
A
A
A
T/-
G
G
C/-
C/-
T
-
T
C
T
G
7
2
A