Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 150,397 (bp)   Positions: 380
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
FHH/EurMcwi (2019) 
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
Runx1t1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
45
-
G
-
T
C
6
-
G
G
A
C
C
T
A
C
14
C
A
C
-
C
G
T
A
C
T
G
C
C
A
G
A
T
T
-
A
T
A
A
A
T
T
C
A
A
G
C
C
G
G
C
C
9
-
T
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
G
G
T
A
C
C
T
A
-
A
A
C
T
A
C
C
T
T
T
T
G
T
T
T
G
G
A
T
T
T
A
-
T
10
A
A
A
C
G
-
-
-
-
T
G
A
C
G
2
A
A
A
C
A
C
A
G
G
T
A
C
C
C
C
C
T
T
A
C
A
G
G
A
T
G
A
T
A
G
T
G
C
2
G
T
C
T
G
T
C
T
C
G
A
G
C
C
C
C
C
G
4
2
A
A
A
G
A
G
C
G
T
T
C
C
C
C
C
C
T
4
2
G
A
A
A
C
T
4
8
-
A
T
T
A
G
C
C
T
C
-
A
T
T
C
C
C
G
C
C
T
T
C
G
G
A
G
3
G
G
A
C
A
T
10
G
C
G
A
T
T
4
G
T
T
A
-
G
G
A
A
G
G
T
A
A
G
C
G
G
A
C
C
G
G
-
-
G
T
8
C
G
G
C
C
T
T
T
T
T
T
C
T
A
T
G
G
T
A
T
A
T
C
C
C
34
G
2
C
A
A
T
A
T
A
T
C
G
G
9
G
G
G
G
G
G
T
A
9
A
C
T
T
C
C
3
A
A
A
T
C
A
C
-
G
C
T
A
T
G
A
A
G
T
A
C
G
A
C
T
A
A
T
-
A
-
T
T
G
G
A
A
-
A
C
G
G
T
G
T
A
2
T
G
T
-
T
T
A
C
A
-
-
A
  27,188,895
  27,193,268
  27,193,300
  27,193,645
  27,193,982
  27,195,012
  27,197,842
  27,198,272
  27,199,306
  27,199,765
  27,200,502
  27,201,373
  27,201,925
  27,202,193
  27,202,345
  27,202,747
  27,202,999
  27,203,051
  27,203,186
  27,203,640
  27,203,930
  27,203,980
  27,204,014
  27,204,319
  27,204,962
  27,205,303
  27,205,526
  27,205,763
  27,207,229
  27,210,208
  27,210,421
  27,212,700
  27,216,670
  27,219,808
  27,219,926
  27,220,176
  27,220,495
  27,220,757
  27,221,019
  27,221,090
  27,221,139
  27,221,239
  27,221,245
  27,221,377
  27,222,042
  27,222,367
  27,222,464
  27,222,479
  27,222,604
  27,222,639
  27,222,719
  27,222,873
  27,223,052
  27,223,411
  27,223,511
  27,223,538
  27,223,899
  27,224,895
  27,224,897
  27,224,899
  27,224,901
  27,224,903
  27,224,905
  27,224,907
  27,224,923
  27,225,019
  27,225,041
  27,225,369
  27,225,704
  27,226,805
  27,227,054
  27,227,164
  27,227,232
  27,227,377
  27,227,587
  27,228,096
  27,228,697
  27,228,829
  27,229,341
  27,229,466
  27,229,687
  27,229,785
  27,230,036
  27,230,122
  27,230,150
  27,230,439
  27,231,203
  27,231,268
  27,231,283
  27,231,328
  27,231,336
  27,231,456
  27,231,601
  27,231,660
  27,231,858
  27,231,967
  27,232,813
  27,233,228
  27,233,377
  27,233,396
  27,233,408
  27,233,410
  27,233,414
  27,233,629
  27,233,757
  27,233,830
  27,233,834
  27,233,842
  27,233,845
  27,233,880
  27,234,341
  27,234,448
  27,235,465
  27,235,684
  27,235,800
  27,236,052
  27,236,059
  27,236,615
  27,236,703
  27,236,847
  27,236,869
  27,236,913
  27,237,003
  27,237,099
  27,237,264
  27,237,305
  27,237,816
  27,237,945
  27,238,439
  27,238,834
  27,238,956
  27,239,045
  27,239,088
  27,239,738
  27,239,982
  27,240,525
  27,240,713
  27,240,861
  27,240,925
  27,241,677
  27,242,434
  27,242,514
  27,242,593
  27,242,665
  27,242,691
  27,243,064
  27,243,239
  27,243,408
  27,243,475
  27,244,140
  27,244,303
  27,244,529
  27,244,851
  27,244,929
  27,245,179
  27,245,188
  27,245,190
  27,245,645
  27,245,805
  27,246,372
  27,246,418
  27,246,436
  27,246,972
  27,248,580
  27,248,778
  27,248,839
  27,248,861
  27,249,587
  27,249,593
  27,249,878
  27,250,882
  27,251,299
  27,251,777
  27,252,172
  27,252,739
  27,253,373
  27,253,697
  27,253,957
  27,254,174
  27,255,137
  27,255,145
  27,255,147
  27,255,149
  27,255,151
  27,255,161
  27,255,166
  27,255,172
  27,255,185
  27,255,225
  27,255,535
  27,255,541
  27,255,605
  27,256,128
  27,260,447
  27,261,581
  27,262,424
  27,263,117
  27,263,495
  27,265,510
  27,265,695
  27,265,734
  27,265,857
  27,265,873
  27,265,875
  27,266,239
  27,266,406
  27,267,039
  27,267,379
  27,267,438
  27,267,583
  27,267,857
  27,268,077
  27,268,078
  27,269,957
  27,270,165
  27,271,086
  27,271,347
  27,272,405
  27,272,702
  27,273,970
  27,274,635
  27,274,638
  27,274,641
  27,274,644
  27,275,154
  27,275,948
  27,276,114
  27,276,553
  27,276,554
  27,277,387
  27,278,539
  27,279,502
  27,280,198
  27,280,451
  27,280,755
  27,281,145
  27,281,488
  27,281,920
  27,281,923
  27,282,543
  27,283,633
  27,283,767
  27,284,148
  27,284,458
  27,284,630
  27,284,650
  27,284,754
  27,285,085
  27,285,103
  27,285,276
  27,285,345
  27,285,378
  27,285,452
  27,286,239
  27,286,632
  27,286,633
  27,287,881
  27,287,990
  27,289,081
  27,289,692
  27,289,787
  27,289,797
  27,290,616
  27,290,772
  27,290,973
  27,293,592
  27,293,636
  27,295,574
  27,299,331
  27,300,725
  27,304,585
  27,306,013
  27,306,217
  27,306,593
  27,306,594
  27,306,597
  27,306,628
  27,306,837
  27,306,855
  27,306,944
  27,307,098
  27,307,131
  27,307,426
  27,307,440
  27,307,849
  27,307,850
  27,308,245
  27,308,839
  27,309,322
  27,309,340
  27,309,393
  27,309,532
  27,309,758
  27,310,130
  27,310,309
  27,310,589
  27,310,926
  27,311,497
  27,312,487
  27,312,853
  27,312,962
  27,314,443
  27,314,496
  27,314,871
  27,314,945
  27,315,885
  27,316,441
  27,316,442
  27,316,443
  27,316,444
  27,316,666
  27,316,946
  27,317,037
  27,317,162
  27,317,595
  27,317,698
  27,317,836
  27,318,060
  27,318,187
  27,318,236
  27,318,338
  27,318,452
  27,318,770
  27,318,965
  27,319,029
  27,319,055
  27,319,076
  27,319,611
  27,319,623
  27,321,511
  27,321,782
  27,322,553
  27,322,922
  27,323,314
  27,324,137
  27,324,334
  27,324,368
  27,324,478
  27,324,873
  27,324,975
  27,326,018
  27,326,113
  27,326,499
  27,327,677
  27,328,053
  27,328,138
  27,328,266
  27,328,381
  27,328,392
  27,328,711
  27,328,837
  27,329,172
  27,329,261
  27,329,407
  27,329,546
  27,329,603
  27,329,724
  27,329,907
  27,329,949
  27,330,018
  27,330,032
  27,330,042
  27,330,122
  27,330,237
  27,330,334
  27,330,426
  27,330,468
  27,330,738
  27,331,495
  27,331,508
  27,331,570
  27,332,138
  27,334,191
  27,334,918
  27,335,256
  27,335,268
  27,335,617
  27,335,659
  27,335,923
  27,337,387
-
A
C
C
-
T
-
T
T/-
A
G
T
T
C
G
T
-
G
G
C/T
20
G
-/T
C
G
T
G
T
T
T
A/G
A
T/-
C
-
11
-
C
G
G
G
G
A
T
G
G
T
A
T
T
A
T
T
-
8
A
G
-/G
-/G
G/-
-/G
G/-
G/-
G
G/-
G/-
A/-
A
C
G
T
T
C
G
T
G
G
T
C
G
G
A
C
C
C
C
A
G
-
C
A
A
G
C
-
G
G/-
4
T/C
-
G/-
G
G/-
T
A
A
3
A
A
A
T
C
T
A
-
G
G
G
T
G
T
C
C
A
G
-
-
G
T
T
T
C
C
G
A
C
A
A
C
-
A
G
G
G
A
C
C
T
-
T
G
T
A
C
A/C
A
A
T
A
G
A
T
A
T
G
T
A
-
-
G
G
G
A
G
A
A
T
C
C
A
G
G
G
G
G
C
-
-
-/C
G
C
G
A
C
-
8/-
15
G
C
C
G
A
G
G
C
T
C
G
C
C
T
T
T
A
A
G
A
C
T
T
-
-
-
-
A
A
G
T
C
C
-
A/-
T
A
-
A
C
-
-/A
G
G
T
6
A
A
G
G
A/-
A
G
G
G
A
T
A
T
G
A
T
A
A
T
6
A
A
-
T
A
A
A
T
C
C
A/-
A/-
-/A
C
G
-
C
C
T
A
G
-/T
-/C
C
C
T
T
T
-
A
-
T
C
G
C
A/-
A
G
C
T
A
A
-
-/T
T/-
-/T
-/T
T
A
G
C
-
G
T
C
C
T
T
-
C
G
G
G
T
C
T
A
T
T
C
C
C
T
G
-/G
A
G
G
-/G
T
G
T
C
C
G
C
2
C
3
C
C
A
A
T
G
A
G
G
A
A
G
A
C
G
-
G
A
C
A
C
-
G
T
-
10
T
-