Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 289,280 (bp)   Positions: 370
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
HXB2/IpcvMcwi (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
Rasal2
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
A
G
4
C
G
-
C
C
-
C
A
9
C
G
A
A
T
8
A
A
T
T
T
T
T
C
T
A
A
A
C
A
G
A
T
C
T
T
A
-
T
C
T
-
A
T
C
C
T
22
C
T
2
C
T
A
A
T
A
-
C
T
C
C
C
G
T
T
T
A
C
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
-
A
8
G
C
G
A
C
C
2
4
A
G
A
A
T
G
-
A
C
C
C
-
T
-
C
A
A
C
A
T
T
T
G
G
2
A
C
A
T
A
-
G
T
G
C
C
-
A
G
G
A
11
G
C
C
A
A
G
A
A
G
C
8
-
G
-
G
G
-
A
T
T
A
G
T
G
2
T
C
A
A
G
C
C
G
20
C
-
C
C
T
C
T
7
2
4
A
T
T
2
35
T
G
T
T
T
C
A
A
T
C
G
T
G
G
9
G
G
T
G
G
T
C
G
-
A
3
2
C
A
C
A
T
A
A
A
10
T
A
A
G
A
-
G
G
8
C
A
2
-
A
G
14
C
T
C
G
C
T
G
T
T
G
G
A
2
6
T
T
A
A
A
T
A
T
A
A
T
A
A
A
-
G
T
G
G
C
-
C
A
A
T
G
T
G
G
T
A
C
-
C
T
A
A
C
A
A
T
C
A
3
G
C
2
A
4
4
T
T
T
-
A
G
C
T
A
T
C
-
C
T
C
A
T
A
G
C
T
-
A
G
C
C
G
G
2
A
A
A
C
T
G
T
T
A
G
T
G
C
G
A
A
G
T
-
-
C
G
C
C
104
A
C
-
G
A
A
C
G
T
C
T
-
T
5
-
C
-
  69,299,010
  69,299,055
  69,299,057
  69,302,637
  69,305,825
  69,305,859
  69,305,883
  69,311,000
  69,312,140
  69,313,812
  69,315,487
  69,322,297
  69,326,915
  69,332,244
  69,332,246
  69,333,104
  69,333,976
  69,334,218
  69,334,262
  69,335,856
  69,335,867
  69,336,830
  69,336,838
  69,338,098
  69,338,779
  69,339,861
  69,341,430
  69,342,727
  69,344,272
  69,345,274
  69,351,201
  69,353,008
  69,354,382
  69,357,420
  69,359,225
  69,361,394
  69,361,750
  69,365,255
  69,367,238
  69,368,184
  69,369,547
  69,370,553
  69,371,317
  69,371,413
  69,372,755
  69,375,437
  69,375,598
  69,376,450
  69,376,499
  69,377,909
  69,378,104
  69,378,740
  69,379,091
  69,379,282
  69,379,390
  69,379,592
  69,379,682
  69,381,529
  69,381,947
  69,384,253
  69,384,699
  69,385,166
  69,385,170
  69,386,773
  69,387,233
  69,388,389
  69,390,844
  69,391,243
  69,392,114
  69,392,324
  69,393,002
  69,394,276
  69,394,724
  69,396,253
  69,398,478
  69,399,386
  69,400,151
  69,402,237
  69,402,507
  69,402,654
  69,402,942
  69,403,493
  69,404,130
  69,404,182
  69,404,259
  69,404,271
  69,404,925
  69,405,294
  69,406,335
  69,406,571
  69,406,619
  69,406,648
  69,406,794
  69,406,876
  69,406,881
  69,407,070
  69,407,242
  69,407,452
  69,408,244
  69,410,248
  69,412,663
  69,413,193
  69,414,040
  69,416,594
  69,417,647
  69,417,798
  69,418,516
  69,418,860
  69,419,965
  69,424,282
  69,426,859
  69,427,072
  69,429,231
  69,429,570
  69,431,055
  69,431,123
  69,432,224
  69,432,541
  69,434,381
  69,435,506
  69,435,616
  69,437,990
  69,439,052
  69,440,144
  69,440,494
  69,442,007
  69,444,480
  69,445,131
  69,445,893
  69,446,023
  69,447,565
  69,449,355
  69,450,340
  69,450,448
  69,452,439
  69,452,918
  69,452,920
  69,453,358
  69,454,412
  69,455,347
  69,456,206
  69,456,956
  69,456,961
  69,458,158
  69,459,821
  69,459,855
  69,460,241
  69,460,588
  69,460,842
  69,461,106
  69,467,365
  69,467,415
  69,469,263
  69,469,612
  69,471,325
  69,472,419
  69,473,427
  69,474,691
  69,475,022
  69,475,178
  69,478,118
  69,478,149
  69,478,160
  69,478,975
  69,479,601
  69,479,789
  69,480,043
  69,482,635
  69,482,654
  69,482,719
  69,483,581
  69,484,373
  69,484,399
  69,486,331
  69,486,778
  69,486,865
  69,486,953
  69,487,056
  69,487,201
  69,487,286
  69,487,734
  69,488,701
  69,488,705
  69,488,729
  69,489,078
  69,489,152
  69,489,890
  69,490,021
  69,490,076
  69,490,304
  69,490,418
  69,490,463
  69,490,550
  69,491,044
  69,491,126
  69,491,578
  69,491,690
  69,491,699
  69,492,610
  69,492,848
  69,494,158
  69,494,267
  69,494,483
  69,494,507
  69,494,512
  69,495,106
  69,495,808
  69,496,339
  69,496,515
  69,496,527
  69,497,061
  69,497,647
  69,498,341
  69,498,626
  69,498,656
  69,498,696
  69,498,705
  69,498,796
  69,498,927
  69,499,188
  69,499,377
  69,500,315
  69,501,569
  69,501,623
  69,502,668
  69,502,987
  69,503,330
  69,503,333
  69,504,789
  69,506,495
  69,507,193
  69,507,344
  69,508,463
  69,510,164
  69,510,346
  69,510,975
  69,511,597
  69,511,876
  69,512,313
  69,512,351
  69,514,126
  69,514,427
  69,514,895
  69,515,608
  69,515,733
  69,515,821
  69,516,200
  69,516,521
  69,516,524
  69,516,676
  69,516,883
  69,516,884
  69,518,628
  69,518,630
  69,518,639
  69,518,642
  69,518,643
  69,518,644
  69,518,646
  69,518,647
  69,518,648
  69,518,650
  69,518,666
  69,518,682
  69,519,259
  69,519,494
  69,519,628
  69,519,842
  69,520,313
  69,521,136
  69,521,547
  69,521,626
  69,522,175
  69,523,828
  69,524,900
  69,525,185
  69,525,797
  69,526,468
  69,526,758
  69,528,788
  69,528,872
  69,529,747
  69,529,819
  69,531,551
  69,533,632
  69,534,321
  69,536,043
  69,536,752
  69,536,773
  69,536,842
  69,537,769
  69,537,773
  69,538,609
  69,538,658
  69,538,809
  69,539,842
  69,539,876
  69,540,469
  69,540,537
  69,540,538
  69,540,540
  69,541,111
  69,541,253
  69,542,391
  69,543,034
  69,543,653
  69,544,394
  69,544,590
  69,544,635
  69,544,636
  69,544,794
  69,544,946
  69,545,057
  69,545,105
  69,545,106
  69,545,128
  69,545,129
  69,545,389
  69,545,393
  69,545,399
  69,545,641
  69,545,692
  69,545,770
  69,545,917
  69,547,225
  69,548,020
  69,549,007
  69,549,662
  69,549,888
  69,550,198
  69,550,361
  69,550,494
  69,550,665
  69,550,784
  69,551,536
  69,552,125
  69,552,138
  69,552,190
  69,552,236
  69,552,258
  69,553,746
  69,554,059
  69,554,309
  69,554,310
  69,554,832
  69,555,305
  69,555,472
  69,556,074
  69,556,452
  69,556,645
  69,557,798
  69,557,998
  69,558,144
  69,559,486
  69,560,204
  69,560,729
  69,560,745
  69,561,178
  69,561,562
  69,563,792
  69,564,714
  69,565,287
  69,565,541
  69,565,837
  69,566,054
  69,566,161
  69,566,882
  69,566,955
  69,567,362
  69,567,857
G
T
-
G
A
14
T
T
10
T
G
-
T
-
C
-
C
-
C
G
C
C
C
C
C
-
A
G
G
-
T
T
A
T
C
-
C
C/-
G
A
G
T
C
A
-
-
T
T
A
-
T
C
-
A
C
G
-
C
G
3
G
C
A
-
G
A
G
C
C
C
-
G
T
G
-
A
T
A
G
G/-
G
2
G
-
A
G
A/-
-
T
T
?
-
T
A
T
G
C
C
T
G
A
T
T
A
C
7
G
T
G
T
-
-
C
C
T/-
A
-
-
T
G
C
-
2
A
C
T
G
A
A
T
T
A
G
-
C
A
T
G/-
C
A
C
C
A
T
-
A
A
2
T
-
A
-
C
C
G
A
C
C
2/-
G
A
T
A/-
A
A
T
T
-
T/-
14
T
T
C
T
G
-
-
-
G
C
C
-
-
C/-
A
C
G
G
A
G
G
C
G
A
-
A
A
-
A
C
-
C
C
C
T
T
A
T
-
-
T
G
A
-/T
-/A
T/-
-/G
-/T
-
-
G
T
A
G
7
A
A
-
T
G
-
2
C
T
-
T
C
T/TT
A
G
C
A
-
A
C
-/C
-
-
-
G
A
G
G/-
-/G
C/-
-/G
-/C
G/-
-/G
-/C
-/G
-/G
-/G
6
A
C
-
A
T
2
T
G
G
-
T
C
A
A
C
C
A
T
T
-
G
G
T
G
G
C
G
G
-
C
A
-
G
4/-
4/-
A/-
A/-
C
A
G
A
T
T/C
A/G
T/C
C/T
-/3
T
-
A
T
C
G
A
T
C
T
G
A
A
T
A
A
-
T
-
G
T
G
A
C
C
G
A
C
C
T
A
-/C
A/C
A
C
T
3
T
A
A/-
T
-
G
T
2
T
G
T
-
A
-
-
C
A
C
-
A
T
C