Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 129,526 (bp)   Positions: 362
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
WN/N (2020) 
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
T
C
C
C
T
T
C
C
7
C
A
T
C
T
-
6
C
G
3
T
T
A
A
A
G
T
A
A
C
C
G
T
T
G
T
T
G
C
C
G
G
A
-
-
C
G
A
T
-
G
G
A
A
T
A
C
G
-
C
A
C
-
A
G
C
G
G
T
G
T
T
A
A
-
A
-
C
C
T
C
C
A
A
G
T
A
A
A
G
C
C
T
A
C
G
C
T
C
C
C
C
A
T
G
G
-
34
A
A
T
G
-
A
T
A
G
A
G
A
C
C
G
T
G
C
C
-
A
C
T
A
G
T
G
T
G
C
A
T
G
G
-
G
A
T
C
T
C
C
-
A
C
G
T
T
C
G
C
G
A
C
A
G
T
C
C
A
A
A
G
G
G
G
C
G
C
A
A
T
-
T
C
T
A
G
C
C
T
T
T
G
T
A
T
G
-
9
C
C
C
T
G
T
C
T
T
T
A
G
C
C
G
G
G
A
T
-
C
C
C
C
T
C
A
C
A
A
C
C
G
C
A
G
A
A
A
C
A
C
C
4
T
C
-
C
-
T
T
A
G
A
-
T
A
T
A
-
66
A
T
C
A
A
-
C
C
A
G
G
-
C
G
T
-
T
A
G
-
T
3
-
A
T
C
T
G
A
T
T
A
G
A
G
G
G
C
A
G
T
T
G
C
C
T
T
T
C
C
G
T
T
G
T
C
T
T
T
T
A
-
C
T
C
C
A
A
C
C
G
T
C
A
T
A
A
C
A
C
A
A
G
A
T
A
T
C
T
A
A
A
T
T
A
T
T
T
C
C
G
G
T
  183,830,179
  183,834,517
  183,834,639
  183,838,114
  183,838,199
  183,839,482
  183,839,714
  183,839,736
  183,839,738
  183,839,740
  183,839,754
  183,840,177
  183,840,513
  183,841,082
  183,841,905
  183,842,724
  183,843,128
  183,843,208
  183,843,213
  183,843,699
  183,843,765
  183,844,886
  183,846,075
  183,847,431
  183,847,433
  183,848,507
  183,852,223
  183,854,421
  183,854,442
  183,856,733
  183,857,151
  183,857,279
  183,858,061
  183,858,539
  183,858,629
  183,858,814
  183,858,910
  183,860,068
  183,860,307
  183,860,310
  183,860,371
  183,860,375
  183,860,444
  183,860,769
  183,860,832
  183,861,025
  183,861,071
  183,861,475
  183,861,679
  183,862,132
  183,862,135
  183,862,783
  183,863,351
  183,863,948
  183,864,454
  183,865,100
  183,865,611
  183,865,878
  183,865,931
  183,865,963
  183,866,292
  183,866,452
  183,867,055
  183,867,073
  183,867,207
  183,867,227
  183,867,554
  183,867,892
  183,867,969
  183,868,015
  183,868,311
  183,869,412
  183,869,657
  183,869,663
  183,869,913
  183,869,983
  183,870,093
  183,870,261
  183,870,769
  183,870,898
  183,870,927
  183,871,256
  183,871,644
  183,871,662
  183,871,763
  183,872,001
  183,872,032
  183,872,125
  183,872,411
  183,872,842
  183,873,042
  183,873,379
  183,873,746
  183,873,751
  183,874,018
  183,874,225
  183,874,389
  183,874,566
  183,874,817
  183,874,949
  183,875,223
  183,875,230
  183,875,347
  183,875,378
  183,875,447
  183,875,495
  183,875,657
  183,875,760
  183,875,766
  183,875,820
  183,875,891
  183,876,018
  183,876,094
  183,877,075
  183,877,529
  183,877,748
  183,877,984
  183,877,999
  183,878,152
  183,878,301
  183,878,500
  183,878,651
  183,878,989
  183,879,141
  183,880,211
  183,880,268
  183,880,404
  183,880,561
  183,880,585
  183,880,634
  183,880,706
  183,880,817
  183,880,993
  183,881,005
  183,881,438
  183,882,033
  183,882,058
  183,882,086
  183,882,844
  183,882,850
  183,883,400
  183,883,558
  183,884,253
  183,884,276
  183,884,480
  183,884,625
  183,884,696
  183,884,910
  183,885,479
  183,885,772
  183,885,891
  183,886,160
  183,886,215
  183,886,324
  183,886,479
  183,886,625
  183,886,716
  183,886,738
  183,886,740
  183,886,757
  183,887,009
  183,887,037
  183,888,061
  183,888,080
  183,888,369
  183,888,380
  183,888,390
  183,888,433
  183,888,465
  183,888,548
  183,888,569
  183,888,858
  183,888,954
  183,889,277
  183,889,416
  183,889,435
  183,889,560
  183,889,613
  183,889,767
  183,889,811
  183,890,007
  183,890,434
  183,891,309
  183,891,422
  183,891,744
  183,892,115
  183,892,564
  183,893,179
  183,893,623
  183,893,911
  183,895,013
  183,895,046
  183,896,307
  183,896,731
  183,897,503
  183,897,896
  183,897,932
  183,897,933
  183,898,231
  183,898,247
  183,898,739
  183,898,757
  183,898,895
  183,898,968
  183,903,605
  183,903,851
  183,903,921
  183,904,405
  183,905,340
  183,906,697
  183,906,932
  183,906,938
  183,907,029
  183,907,038
  183,907,111
  183,907,502
  183,907,643
  183,907,945
  183,908,044
  183,908,655
  183,908,685
  183,909,452
  183,910,890
  183,910,909
  183,910,911
  183,912,046
  183,912,513
  183,912,987
  183,913,513
  183,914,177
  183,914,341
  183,914,582
  183,914,648
  183,914,875
  183,914,916
  183,914,954
  183,915,030
  183,915,079
  183,915,133
  183,915,305
  183,915,387
  183,915,614
  183,915,931
  183,916,043
  183,916,083
  183,916,233
  183,916,254
  183,916,259
  183,916,272
  183,917,073
  183,917,181
  183,917,699
  183,917,830
  183,918,118
  183,918,268
  183,918,392
  183,921,505
  183,923,423
  183,923,448
  183,925,375
  183,925,821
  183,926,229
  183,926,879
  183,927,596
  183,927,938
  183,928,006
  183,928,293
  183,928,294
  183,928,305
  183,928,553
  183,929,527
  183,929,538
  183,929,893
  183,930,888
  183,931,331
  183,932,151
  183,932,916
  183,933,265
  183,933,270
  183,933,415
  183,934,044
  183,937,383
  183,937,420
  183,937,659
  183,938,441
  183,938,943
  183,939,446
  183,940,681
  183,941,305
  183,941,591
  183,941,867
  183,942,931
  183,943,207
  183,943,214
  183,943,499
  183,943,501
  183,943,639
  183,943,696
  183,943,927
  183,944,131
  183,944,133
  183,944,229
  183,944,536
  183,944,709
  183,944,776
  183,944,941
  183,945,619
  183,945,755
  183,945,757
  183,945,833
  183,946,428
  183,947,057
  183,947,638
  183,948,352
  183,948,639
  183,948,800
  183,949,253
  183,949,415
  183,949,566
  183,949,690
  183,949,693
  183,949,700
  183,949,929
  183,950,006
  183,950,248
  183,950,482
  183,950,769
  183,950,824
  183,950,861
  183,950,863
  183,950,872
  183,950,875
  183,951,104
  183,951,187
  183,951,191
  183,951,395
  183,951,724
  183,951,775
  183,951,780
  183,951,781
  183,953,040
  183,953,165
  183,953,391
  183,954,065
  183,954,565
  183,954,662
  183,955,255
  183,955,346
  183,955,352
  183,955,412
  183,955,425
  183,955,433
  183,956,648
  183,956,784
  183,957,842
  183,957,860
  183,958,088
  183,958,180
  183,958,246
  183,958,394
  183,958,699
  183,959,189
A
-/G
-/T
A
G
C
C
G
-
-
-/G
G
C
T
C
C
-
T
A
-
A
C
G
-
C
A
G
G
G
G
T
C
C
-
A
G
G
A
T
G
A
C
T
8
2
T
A
G
C
9
A
A
G
C
C
C
T
A
4
G
G
T/-
T
G
A
G
A
A
C
A
C
G
-
G
C
G
3
A
T
C
T
T
C
-
T
C
C
-/T
G
A
G
T
A
T
A
A
T
C
T
T
A
T
C
C
A
A
2
-
G/-
G
C
A
T
C
C
G
A
C
A
T
T
T
A
C
C
T
A
6
G
-/T
G
C
A
A
A
C
A
A
C
C
A
A
3
A
G
G
T
C
T
T
T
G
T
A
C
G
T
A
T
C
G
G
G
A
C
T
T
G
G
-/T
T
A
A
A
A
A
A
-
T
G
8
G
T
A
C
A
G
T
C
A
G
A
C
G
C
C
T
-
G/-
G/-
G
G
A
C
A
G
C
C
G
A
-/T
-
A
A
A
T
A
T
T
T
T
T
-
T
G
A
G
G
T
T
A
T
G
A
T
G
T
T
G
T
T
-
C
A
A
A
2
-/C
A
G
T
G
2
C
C
C
C
A
-
-
G
G
G
T
T
T
T
G
A
A
T
G
A
C
3
-
G
A
T
G
-
40
G
C
T
-
A
G
G
C
G
A
G
A
A
C
A
G
A
C
C
A
T
T
C
C
C
-
-
A
C
C
A
C
A
C
C
C
C
G
2
T
C
-
G
G
C
T
T
T
C
T
G
C
G
G
-
G
A
G
G
A
T
A
T
C
T
C
G
G
G
C
C
G
C
A
G
T
T
A
A
C