Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 129,526 (bp)   Positions: 460
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
GK/FarMcwi (2019) 
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
C
T
T
G
T
G
G
G
G
G
A
C
C
C
T
T
C
T
20
C
C
C
C
C
C
C
C
A
C
C
T
A
A
-
G
A
C
C
C
T
G
2
G
G
T
G
C
G
A
T
T
C
T
T
-
C
G
T
C
T
A
C
G
C
-
-
C
T
G
C
C
G
A
T
T
C
C
C
2
T
-
A
A
G
T
A
A
C
-
C
6
C
C
-
-
T
T
-
A
G
A
T
T
A
A
A
A
-
-
A
G
-
2
10
18
C
T
-
T
G
-
T
A
A
3
-
-
A
G
G
-
G
T
C
C
T
C
G
T
T
T
T
A
C
11
C
T
G
A
A
C
C
G
G
A
C
-
-
G
T
T
G
A
C
-
C
G
A
C
A
G
-
5
C
7
T
T
16
C
T
A
A
A
-
C
T
G
C
A
A
A
A
C
C
C
G
G
G
C
C
T
C
T
T
T
T
T
T
T
C
C
A
T
C
C
G
-
A
T
-
G
T
G
T
A
A
A
C
C
G
A
G
G
A
T
C
T
-
C
T
A
G
T
G
A
T
C
A
T
G
A
6
-
C
A
T
C
T
G
C
-
A
G
C
G
T
C
G
C
G
A
C
A
G
T
C
C
A
A
A
G
G
G
G
G
C
G
A
A
T
-
-
A
C
T
C
G
A
C
G
A
G
A
G
C
T
A
G
A
G
3
G
-
T
A
G
G
G
C
C
C
G
C
T
3
G
T
A
T
G
C
A
A
C
A
G
T
T
C
A
T
A
A
C
A
T
T
T
A
A
C
T
T
G
G
A
C
G
G
T
-
C
C
C
A
C
T
T
C
A
C
A
C
C
C
-
C
G
A
A
A
A
A
A
T
T
T
A
C
-
T
A
-
G
A
A
-
66
A
T
C
A
A
-
C
C
A
G
G
-
C
G
G
T
-
T
A
G
-
3
C
C
-
A
T
C
T
G
G
C
T
A
G
G
G
T
G
G
C
A
C
T
T
C
C
A
G
C
T
T
A
G
C
A
T
C
A
A
G
T
  183,829,994
  183,830,050
  183,830,179
  183,830,438
  183,830,610
  183,831,235
  183,831,544
  183,831,696
  183,831,994
  183,832,101
  183,832,291
  183,832,367
  183,832,469
  183,832,615
  183,833,435
  183,834,363
  183,834,377
  183,834,517
  183,834,633
  183,834,636
  183,834,639
  183,834,648
  183,834,652
  183,834,656
  183,834,660
  183,834,664
  183,834,773
  183,834,878
  183,835,123
  183,835,208
  183,835,385
  183,836,434
  183,837,464
  183,837,530
  183,837,576
  183,837,657
  183,837,843
  183,838,669
  183,838,670
  183,839,245
  183,839,348
  183,839,387
  183,839,389
  183,839,479
  183,839,482
  183,839,643
  183,839,754
  183,840,115
  183,840,177
  183,840,202
  183,841,021
  183,841,082
  183,841,905
  183,842,699
  183,842,724
  183,842,806
  183,842,921
  183,843,115
  183,843,151
  183,843,157
  183,843,204
  183,843,208
  183,843,213
  183,843,244
  183,843,372
  183,843,421
  183,843,508
  183,843,922
  183,844,094
  183,844,287
  183,844,322
  183,844,867
  183,844,876
  183,844,883
  183,844,886
  183,844,898
  183,844,992
  183,845,292
  183,845,410
  183,845,590
  183,845,879
  183,846,019
  183,846,075
  183,846,234
  183,846,686
  183,846,959
  183,846,975
  183,847,046
  183,847,095
  183,847,402
  183,847,421
  183,847,679
  183,847,743
  183,847,766
  183,847,768
  183,847,934
  183,848,017
  183,848,097
  183,848,273
  183,848,277
  183,848,313
  183,848,344
  183,848,574
  183,849,607
  183,850,160
  183,850,566
  183,850,581
  183,850,585
  183,850,586
  183,851,447
  183,851,588
  183,851,621
  183,851,623
  183,851,697
  183,852,519
  183,852,620
  183,853,026
  183,853,633
  183,853,825
  183,853,942
  183,854,144
  183,854,310
  183,854,421
  183,854,442
  183,854,531
  183,854,535
  183,854,790
  183,854,922
  183,855,469
  183,856,006
  183,857,019
  183,857,279
  183,858,061
  183,858,088
  183,858,325
  183,858,383
  183,858,447
  183,858,629
  183,858,666
  183,858,814
  183,858,897
  183,858,910
  183,858,924
  183,858,941
  183,859,248
  183,859,315
  183,859,413
  183,859,682
  183,859,691
  183,859,922
  183,860,307
  183,860,310
  183,860,371
  183,860,375
  183,860,444
  183,860,541
  183,860,699
  183,860,769
  183,860,807
  183,861,270
  183,861,679
  183,863,195
  183,863,351
  183,864,582
  183,865,931
  183,865,963
  183,866,241
  183,866,292
  183,866,452
  183,866,487
  183,866,791
  183,867,055
  183,867,158
  183,867,241
  183,867,449
  183,867,969
  183,868,311
  183,869,151
  183,869,398
  183,869,412
  183,869,657
  183,869,663
  183,869,983
  183,870,093
  183,870,769
  183,870,898
  183,871,210
  183,871,256
  183,871,644
  183,872,032
  183,872,125
  183,872,411
  183,872,524
  183,873,042
  183,873,057
  183,873,368
  183,873,422
  183,873,940
  183,874,127
  183,874,389
  183,874,566
  183,874,817
  183,875,159
  183,875,179
  183,875,180
  183,875,181
  183,875,183
  183,875,185
  183,875,186
  183,875,223
  183,875,230
  183,875,347
  183,875,378
  183,875,400
  183,875,434
  183,875,447
  183,875,657
  183,875,820
  183,875,891
  183,876,097
  183,876,323
  183,876,363
  183,876,537
  183,876,544
  183,876,984
  183,877,075
  183,877,748
  183,877,856
  183,877,931
  183,877,984
  183,877,999
  183,878,171
  183,878,599
  183,878,641
  183,880,003
  183,880,404
  183,880,449
  183,880,589
  183,880,634
  183,880,706
  183,880,817
  183,880,993
  183,881,005
  183,881,438
  183,881,575
  183,882,033
  183,882,086
  183,882,844
  183,882,850
  183,883,400
  183,883,541
  183,883,769
  183,884,253
  183,884,361
  183,884,480
  183,884,625
  183,884,696
  183,884,910
  183,885,076
  183,885,772
  183,885,891
  183,886,160
  183,886,186
  183,886,215
  183,886,324
  183,886,625
  183,886,716
  183,886,738
  183,886,740
  183,886,757
  183,887,009
  183,887,037
  183,888,061
  183,888,080
  183,888,369
  183,888,380
  183,888,390
  183,888,433
  183,888,465
  183,888,548
  183,888,561
  183,888,565
  183,888,569
  183,888,703
  183,889,277
  183,889,416
  183,889,435
  183,889,613
  183,889,767
  183,889,811
  183,890,219
  183,890,224
  183,890,225
  183,890,713
  183,891,276
  183,891,309
  183,891,564
  183,891,744
  183,892,223
  183,892,589
  183,892,635
  183,892,826
  183,893,241
  183,893,249
  183,893,559
  183,893,623
  183,893,820
  183,894,096
  183,894,581
  183,894,819
  183,894,880
  183,895,230
  183,895,835
  183,896,307
  183,896,992
  183,897,286
  183,897,896
  183,898,237
  183,898,243
  183,898,247
  183,898,306
  183,898,477
  183,898,547
  183,898,757
  183,898,871
  183,898,895
  183,898,968
  183,899,508
  183,899,714
  183,899,961
  183,900,574
  183,900,575
  183,900,717
  183,901,110
  183,901,269
  183,902,950
  183,903,921
  183,904,405
  183,904,531
  183,904,599
  183,904,655
  183,904,697
  183,904,869
  183,904,900
  183,905,049
  183,905,059
  183,905,182
  183,905,318
  183,905,340
  183,905,619
  183,905,631
  183,905,639
  183,905,745
  183,906,100
  183,906,176
  183,906,182
  183,906,511
  183,907,038
  183,907,111
  183,907,555
  183,907,945
  183,908,044
  183,908,173
  183,908,685
  183,908,823
  183,909,452
  183,910,402
  183,910,890
  183,910,909
  183,910,911
  183,912,046
  183,912,987
  183,913,237
  183,913,513
  183,913,553
  183,914,013
  183,914,177
  183,914,479
  183,914,747
  183,914,749
  183,914,751
  183,914,753
  183,914,755
  183,914,757
  183,914,792
  183,914,794
  183,914,796
  183,914,954
  183,915,610
  183,916,083
  183,916,259
  183,917,699
  183,917,830
  183,918,220
  183,918,268
  183,921,505
  183,923,423
  183,923,448
  183,925,375
  183,925,821
  183,926,229
  183,926,879
  183,927,596
  183,927,938
  183,928,006
  183,928,293
  183,928,294
  183,928,305
  183,928,553
  183,929,527
  183,929,538
  183,929,893
  183,930,319
  183,930,888
  183,931,331
  183,932,151
  183,932,916
  183,933,265
  183,933,270
  183,934,044
  183,936,118
  183,936,825
  183,937,343
  183,937,420
  183,937,659
  183,938,441
  183,938,943
  183,939,446
  183,941,016
  183,941,154
  183,941,591
  183,941,867
  183,942,304
  183,942,958
  183,943,214
  183,943,319
  183,943,499
  183,943,501
  183,943,639
  183,943,696
  183,943,791
  183,944,131
  183,944,133
  183,944,536
  183,944,709
  183,945,193
  183,946,958
  183,948,957
  183,949,415
  183,949,929
  183,950,482
  183,950,863
  183,951,398
  183,951,494
  183,951,495
  183,952,987
  183,954,565
  183,955,412
  183,955,448
  183,957,860
-
C
A
A
C
A
T
?
A
A
-
T
T
T
C
A
T
-/G
-
-/G
T/-
G/-
-/G
-/G
G
G
T
G
T
T
C
G
G
C
T
C
T
T
T
C
T
-
A
A
C
T
-/G
A
G
C
C
T
C
A
C
G
A
C
T
C
G
T
A
T
3
6
-/T
C
A
-
T
A
T
C
C
-
T
T
-
C
2
C
G
A
C/-
G
T
T
C
T
-
T
T
20
44
-
G
3
G
A
G
C
G
T
G
G
-
2
6
C
A
2
-
-
-
T
-
42
-
A
A
C
G
G
-
G
C
G
A
C
T
C
C
T
-
C
T
A
C
G
C
G
G
A
-
-/A
G
C
G
G
T
G
A
C
T
T
T
8
A
C
C
A
G
T
4
G
A
G
-/T
G
A
T
-
T
-
C
C
-
T
G
-
G
G
3
T
C
A
T
C
C
T/-
G
T/A
G
T
A
T
C
T
T
C
T
G/-
G/-
-/G
-/G
G/-
-/G
G/-
A
T
C
C
T
T
A
2
G
C
4
A
G
A
C
T
C
G
T
T
A
C
A
A
G
G
A
C
6
-/T
G
C
A
A
A
G
C
A
C
C
A
G
-
3
T
G
G
T
C
T
T
T
G
T
T
A
G
T
A
T
C
G
G
G
A
C
T
T
G
G
-/T
T
T
T
A
A
A
A
-
T
G
2
7
C
T
C
T
A
C
A
A
G
C
G
C
G
C
G
A
G
A
-
A
C
C
G
A
C
C
G/-
-/G
T
T
A
G
-
A
C
G
C
T
T
G
T
G
G
C
C
C
T
G
C
T
G
T
G
A
C
C
G
G
G
C
C
T
A
G
G
A
A
-
T
T
G
T
-/T
T
G
-
T
G
A
G
T
T
G
G
T
A
C/-
-/C
C/-
-/C
C/-
-/C
C
C
C
G
-
A
-/C
G
2
A
C
C
A
-
-
G
G
G
T
T
T
T
G
A
A
T
G
A
T
C
3
-
G
A
T
-
-/T
T
40
G
C
T
-
A
A
T
C
G
A
A
A
C
A
C
A
G
A
C
C
T
T
T
A
T
C
C
G
T
T
T
A
T
T
G
A
A