Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 129,526 (bp)   Positions: 552
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
ACI/N (2020) 
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
Plpp4
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
C
T
T
G
T
T
-
A
C
T
C
T
C
G
T
C
G
T
20
C
C
C
C
C
C
G
G
C
T
G
G
C
T
C
A
C
G
C
C
C
G
G
G
C
T
T
G
C
G
C
3
A
T
T
G
-
C
T
A
T
T
G
G
A
T
G
G
T
T
-
C
G
T
C
T
-
T
G
C
C
G
A
T
T
C
C
C
2
T
-
A
A
G
T
A
A
C
-
C
6
C
C
T
T
-
A
G
A
T
T
A
A
A
A
-
-
A
G
-
2
10
C
T
-
T
G
-
T
A
A
3
-
-
A
G
G
-
G
T
C
C
T
C
G
T
T
T
T
A
C
11
C
T
G
A
A
C
C
G
G
A
C
-
-
G
-
T
T
G
A
C
-
C
G
A
C
A
G
-
5
C
T
-
T
T
G
C
C
C
C
C
C
G
C
T
G
A
C
T
A
A
A
G
T
A
-
T
G
C
T
C
A
A
A
G
A
C
C
C
C
G
T
C
G
C
T
C
G
C
T
A
T
G
G
-
A
A
T
G
-
G
A
T
A
G
A
G
A
C
C
G
T
G
C
C
T
T
-
A
A
A
A
A
A
A
C
A
C
A
C
A
C
A
C
A
C
A
C
A
C
10
C
G
A
A
C
A
4
T
C
T
C
A
T
G
G
6
A
G
G
C
A
T
C
T
C
C
C
3
A
C
G
T
C
G
C
G
A
C
A
G
T
C
C
A
A
A
A
G
G
G
C
G
A
A
G
C
C
C
C
2
C
G
-
C
C
T
G
T
A
C
C
T
T
C
T
T
C
A
T
A
A
C
A
T
T
T
A
A
C
T
T
G
G
A
G
G
G
C
A
-
C
C
C
C
T
C
A
T
C
-
T
A
A
C
-
A
A
-
C
T
G
-
G
G
C
18
T
G
7
T
A
T
A
C
A
C
T
T
A
T
T
-
66
A
C
T
A
A
-
A
A
A
G
A
T
C
C
T
C
G
-
C
G
G
A
A
G
A
G
C
A
T
T
G
3
G
G
G
T
T
T
G
3
-
A
T
A
A
A
G
C
A
G
C
T
T
T
C
G
A
A
-
-
C
G
G
G
C
A
T
T
T
C
C
A
T
T
T
T
C
G
G
T
C
T
T
G
T
T
A
-
C
T
C
C
A
A
C
C
G
T
C
A
T
A
A
C
A
C
A
A
A
T
A
T
C
T
A
A
A
T
T
A
T
T
T
C
G
G
C
T
  183,829,994
  183,830,050
  183,830,179
  183,830,438
  183,830,610
  183,830,937
  183,831,662
  183,832,073
  183,832,381
  183,832,421
  183,832,924
  183,833,087
  183,833,252
  183,833,341
  183,833,435
  183,833,689
  183,833,804
  183,834,517
  183,834,633
  183,834,636
  183,834,639
  183,834,648
  183,834,652
  183,834,656
  183,834,660
  183,834,863
  183,835,034
  183,835,368
  183,835,385
  183,835,600
  183,835,710
  183,836,014
  183,836,195
  183,836,276
  183,836,434
  183,836,847
  183,836,873
  183,837,160
  183,837,572
  183,837,843
  183,838,458
  183,838,571
  183,839,030
  183,839,166
  183,839,245
  183,839,482
  183,839,518
  183,839,614
  183,839,643
  183,839,754
  183,840,008
  183,840,177
  183,840,202
  183,840,513
  183,840,728
  183,840,822
  183,840,824
  183,840,886
  183,840,977
  183,841,491
  183,841,493
  183,841,778
  183,841,825
  183,841,858
  183,841,905
  183,842,018
  183,842,334
  183,842,384
  183,842,699
  183,842,724
  183,842,806
  183,842,921
  183,843,115
  183,843,151
  183,843,157
  183,843,372
  183,843,922
  183,844,094
  183,844,287
  183,844,322
  183,844,867
  183,844,876
  183,844,883
  183,844,886
  183,844,898
  183,844,992
  183,845,292
  183,845,410
  183,845,590
  183,845,879
  183,846,019
  183,846,075
  183,846,234
  183,846,686
  183,846,959
  183,846,975
  183,847,046
  183,847,095
  183,847,402
  183,847,421
  183,847,679
  183,847,743
  183,847,934
  183,848,017
  183,848,097
  183,848,273
  183,848,277
  183,848,313
  183,848,344
  183,848,574
  183,849,607
  183,850,160
  183,850,566
  183,850,581
  183,850,585
  183,850,586
  183,851,447
  183,851,588
  183,851,621
  183,851,623
  183,851,697
  183,852,620
  183,853,026
  183,853,633
  183,853,825
  183,853,942
  183,854,144
  183,854,310
  183,854,421
  183,854,442
  183,854,531
  183,854,535
  183,854,790
  183,854,922
  183,855,469
  183,856,006
  183,857,019
  183,857,279
  183,858,061
  183,858,088
  183,858,325
  183,858,383
  183,858,447
  183,858,629
  183,858,666
  183,858,814
  183,858,897
  183,858,910
  183,858,924
  183,858,941
  183,859,248
  183,859,315
  183,859,413
  183,859,682
  183,859,691
  183,859,922
  183,860,307
  183,860,310
  183,860,371
  183,860,375
  183,860,444
  183,860,541
  183,860,699
  183,860,769
  183,860,807
  183,860,832
  183,861,270
  183,861,679
  183,863,195
  183,863,351
  183,864,582
  183,865,931
  183,865,963
  183,866,241
  183,866,292
  183,866,452
  183,866,487
  183,866,791
  183,867,055
  183,867,158
  183,867,228
  183,867,969
  183,868,062
  183,868,171
  183,868,311
  183,868,366
  183,868,421
  183,868,446
  183,868,456
  183,868,580
  183,868,659
  183,868,807
  183,868,843
  183,868,930
  183,868,997
  183,869,026
  183,869,200
  183,869,368
  183,869,412
  183,869,452
  183,869,505
  183,869,667
  183,869,705
  183,869,719
  183,869,983
  183,870,114
  183,870,176
  183,870,207
  183,870,769
  183,870,898
  183,871,209
  183,871,644
  183,872,032
  183,872,125
  183,872,186
  183,872,411
  183,872,524
  183,872,935
  183,873,042
  183,873,379
  183,873,422
  183,873,746
  183,874,018
  183,874,225
  183,874,389
  183,874,566
  183,874,817
  183,874,913
  183,874,949
  183,875,159
  183,875,347
  183,875,378
  183,875,447
  183,875,495
  183,875,657
  183,875,766
  183,875,820
  183,875,891
  183,876,018
  183,876,094
  183,876,390
  183,877,075
  183,877,529
  183,877,748
  183,877,984
  183,877,999
  183,878,152
  183,878,301
  183,878,500
  183,878,651
  183,878,989
  183,879,141
  183,880,211
  183,880,404
  183,880,426
  183,880,435
  183,880,449
  183,880,501
  183,880,585
  183,880,591
  183,880,597
  183,880,615
  183,880,621
  183,880,627
  183,880,633
  183,880,634
  183,880,639
  183,880,640
  183,880,645
  183,880,646
  183,880,651
  183,880,652
  183,880,657
  183,880,658
  183,880,663
  183,880,664
  183,880,669
  183,880,670
  183,880,675
  183,880,676
  183,880,680
  183,880,691
  183,880,700
  183,880,726
  183,880,742
  183,880,778
  183,880,817
  183,880,980
  183,881,005
  183,881,038
  183,882,033
  183,882,086
  183,882,844
  183,882,850
  183,883,400
  183,883,558
  183,883,769
  183,884,267
  183,884,276
  183,884,279
  183,884,320
  183,884,480
  183,884,625
  183,884,696
  183,884,910
  183,885,479
  183,885,577
  183,885,772
  183,885,892
  183,886,160
  183,886,215
  183,886,324
  183,886,625
  183,886,716
  183,886,738
  183,886,740
  183,886,757
  183,887,009
  183,887,037
  183,888,061
  183,888,080
  183,888,369
  183,888,380
  183,888,390
  183,888,433
  183,888,465
  183,888,548
  183,888,549
  183,888,569
  183,888,954
  183,889,277
  183,889,416
  183,889,435
  183,889,613
  183,889,767
  183,889,894
  183,891,309
  183,892,255
  183,892,325
  183,894,078
  183,894,378
  183,897,453
  183,897,896
  183,898,218
  183,898,243
  183,898,247
  183,898,757
  183,898,895
  183,898,968
  183,899,240
  183,899,384
  183,899,632
  183,899,714
  183,900,577
  183,900,799
  183,903,921
  183,904,405
  183,904,531
  183,904,599
  183,904,655
  183,904,697
  183,904,869
  183,904,900
  183,905,049
  183,905,059
  183,905,182
  183,905,318
  183,905,340
  183,905,619
  183,905,631
  183,905,639
  183,905,745
  183,906,100
  183,906,176
  183,906,182
  183,906,697
  183,907,029
  183,907,038
  183,907,486
  183,907,502
  183,907,945
  183,908,044
  183,908,173
  183,908,685
  183,909,452
  183,910,890
  183,910,909
  183,910,911
  183,911,904
  183,912,046
  183,912,398
  183,912,401
  183,912,513
  183,912,987
  183,913,513
  183,914,013
  183,914,954
  183,915,030
  183,916,083
  183,916,233
  183,916,259
  183,917,181
  183,917,830
  183,917,831
  183,917,929
  183,917,962
  183,917,966
  183,917,988
  183,917,990
  183,917,993
  183,919,002
  183,919,049
  183,919,339
  183,919,442
  183,919,695
  183,920,307
  183,920,449
  183,921,057
  183,921,308
  183,921,505
  183,922,422
  183,923,291
  183,923,423
  183,923,448
  183,923,655
  183,923,719
  183,923,767
  183,923,769
  183,924,360
  183,924,383
  183,925,375
  183,925,379
  183,925,598
  183,925,649
  183,925,759
  183,925,774
  183,926,229
  183,926,729
  183,927,132
  183,927,286
  183,927,854
  183,927,938
  183,928,293
  183,928,305
  183,928,473
  183,928,483
  183,928,817
  183,928,925
  183,929,147
  183,929,893
  183,930,135
  183,930,423
  183,930,644
  183,930,888
  183,933,213
  183,934,044
  183,934,271
  183,935,108
  183,935,757
  183,936,235
  183,936,617
  183,936,727
  183,936,975
  183,937,280
  183,937,373
  183,937,420
  183,937,659
  183,937,669
  183,937,673
  183,938,163
  183,938,274
  183,938,306
  183,938,369
  183,938,672
  183,938,699
  183,938,839
  183,938,897
  183,938,943
  183,939,008
  183,939,446
  183,940,681
  183,941,104
  183,941,311
  183,941,599
  183,941,619
  183,943,214
  183,943,499
  183,943,501
  183,943,639
  183,943,696
  183,943,967
  183,944,131
  183,944,133
  183,944,536
  183,944,709
  183,945,193
  183,945,619
  183,945,858
  183,946,428
  183,947,057
  183,947,544
  183,947,638
  183,947,867
  183,948,352
  183,948,639
  183,948,800
  183,949,253
  183,949,352
  183,949,415
  183,949,566
  183,949,690
  183,949,693
  183,949,700
  183,949,929
  183,950,006
  183,950,248
  183,950,482
  183,950,769
  183,950,824
  183,950,861
  183,950,863
  183,950,872
  183,950,875
  183,951,104
  183,951,187
  183,951,191
  183,951,395
  183,951,724
  183,951,775
  183,951,780
  183,951,781
  183,953,040
  183,953,391
  183,954,065
  183,954,565
  183,954,662
  183,955,255
  183,955,346
  183,955,352
  183,955,412
  183,955,425
  183,955,433
  183,956,648
  183,956,784
  183,957,842
  183,957,860
  183,958,088
  183,958,246
  183,958,394
  183,958,908
  183,959,057
  183,959,189
-
C
A
A
C
-
8
-
T
A
T
G
T
T
C
T
A
-/G
-
G/-
-/T
-/G
G/-
G/-
G
A
A
T
C
A
A
T
C
A
G
T
A
T
T
T
A
A
A
T
C
C
A
G
T
G/-
-
G
C
C
A
T
A
C
C
A
C
A
C
C
C
A
-
A
A
C
G
A
C
T
C
3
C
A
-
T
A
T
C
C
-
T
T
-
C
2
C
G
A
C/-
G
T
T
C
T
-
T
T
-
G
3
G
A
G
C
G
T
G
G
-
2
6
C
A
2
-
-
T
-
42
-
A
A
C
G
G
-
G
C
G
A
C
T
C
C
T
-
C
T
A
C
G
C
G
G
A
-
-/A
G
C
G
G
T
G
A
C
T
T
T
8
A
2
C
C
A
G
T
4
G
A
G
T/-
G
A
T
-
T
C
24
C
C
A
A
A
T
T
T
T
A
T
G
A
G
G
G
G
G
C
A
C
G
3
-/C
A
T
C
T
C
C
-/T
T
G
T/A
T
G
T
T
A
A
A
T
C
T
A
T
-/G
C
C
A
A
2
-/G
G
C
A
T
T
C
C
G
A
C
A
T
T
T
A
C
C
A
T
A
C
A
G
G
G
G
G
G
-/G
-/T
-/G
T/-
-/G
T/-
G
T
G
T
G
T
G
T
G
T
-
G
T
G
G
T
C
-
A
T
C
A
C
C
A
A
-
G
A
A
G
G
G
T
C
T
T
T
-
G
T
A
G
T
A
T
C
G
G
G
A
C
T
T
G
G
-/T
T
T
A
A
A
A
-
T
T
T
T
G
T
-
T
C
4
G/-
G/-
G
A
C
G
T
T
C
A
T
C
C
T
G
C
T
G
T
G
A
C
C
G
G
G
C
C
T
A
G
A
A
A
T
T
T
T
G
T
T
-
T
G
A
A
-/4
T/A
G
G
T
G
G
T
A
A
-/C
T
2
A
A
A
-
A
-
-
C
G
G
G
T
T
G
G
C
C
C
C
A
-
G
T
A
T
C
2
-
C
T
A
T
C
G
T
C
T
A
T
T
A
A
G
G
C
T
A
T
-
C
C
A
-
-
C
C
C
G
-
C
-
40
G
C
G
C
C
C
G
G
A
T
G
C
-
T
A
G
G
5
2
T
A
A
C
A
G
A
C
C
T
T
T
C
C
C
C
T
A
-
C
A
C
C
A
C
C
G
2
T
C
-
G
G
C
T
T
T
C
T
G
C
G
G
-
G
A
G
G
T
A
T
C
T
C
G
G
G
C
C
G
C
A
G
T
A
A
T
C