Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 214,709 (bp)   Positions: 546
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
SS/JrHsdMcwi (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
Plch1
C
G
G
A
C
C
C
G
A
T
T
T
C
T
T
T
G
G
T
C
T
-
A
G
T
C
A
C
G
T
G
T
C
C
G
G
-
C
G
A
A
A
A
T
C
G
A
A
C
T
A
G
A
A
C
A
G
C
G
T
A
G
T
A
G
A
G
A
-
T
G
A
C
A
C
A
A
A
T
G
-
-
-
-
C
15
G
T
G
A
T
3
A
-
A
G
A
A
T
G
C
G
C
A
G
4
A
G
T
2
C
G
C
G
G
A
G
C
G
A
A
G
C
C
G
A
C
T
T
T
-
-
-
A
A
-
4
C
T
G
C
T
G
C
G
G
A
A
G
A
T
G
C
T
G
A
G
T
-
T
G
T
A
G
C
G
A
T
G
G
C
A
G
A
A
-
A
G
A
T
-
T
A
G
T
G
-
C
-
2
C
G
3
A
-
G
T
A
A
G
A
T
A
A
C
T
3
C
3
G
-
T
G
T
4
G
A
C
T
-
A
A
T
C
G
C
A
2
C
A
T
4
A
-
A
G
A
-
T
G
G
T
C
A
G
A
2
2
G
6
3
G
G
A
T
T
T
T
-
-
G
T
T
G
C
T
C
G
A
T
G
G
G
T
T
G
T
C
T
C
C
A
C
C
3
T
2
T
T
A
A
A
C
A
G
A
A
T
G
G
C
T
A
G
C
A
T
T
C
4
A
T
C
3
G
T
T
C
T
C
T
-
T
A
G
-
C
C
A
A
T
G
T
C
C
5
G
C
C
C
G
C
C
A
T
G
A
G
A
T
G
A
C
A
C
G
A
A
T
A
A
C
A
A
G
A
C
T
A
C
3
G
A
T
-
T
A
T
T
G
T
C
G
A
-
-
G
T
A
G
A
A
G
C
G
T
G
G
A
-
C
C
T
-
-
C
-
T
2
4
2
2
C
A
A
A
G
A
T
T
G
T
T
A
T
C
T
-
-
A
A
A
C
C
G
G
-
2
G
A
C
G
A
T
G
T
C
C
T
-
G
A
A
T
T
G
A
-
G
C
A
A
T
-
G
G
C
C
G
G
A
C
T
C
A
C
T
A
A
G
G
-
C
T
A
C
G
C
7
A
C
C
A
T
T
G
-
C
C
G
C
G
A
-
G
T
C
T
A
A
A
G
A
A
A
C
T
-
-
C
-
T
T
G
A
G
C
C
2
A
T
A
T
-
-
T
C
G
G
T
T
A
A
T
C
-
  148,151,545
  148,152,631
  148,152,705
  148,152,885
  148,152,894
  148,153,326
  148,153,469
  148,153,500
  148,153,987
  148,154,442
  148,160,245
  148,160,968
  148,161,260
  148,161,418
  148,161,846
  148,161,998
  148,162,187
  148,163,291
  148,163,555
  148,163,826
  148,163,919
  148,163,981
  148,164,125
  148,164,584
  148,164,693
  148,165,069
  148,165,070
  148,165,150
  148,165,325
  148,165,378
  148,165,485
  148,165,624
  148,165,781
  148,166,005
  148,166,635
  148,166,727
  148,166,792
  148,167,248
  148,167,252
  148,167,891
  148,168,390
  148,168,537
  148,168,867
  148,168,989
  148,169,418
  148,169,921
  148,170,003
  148,170,073
  148,170,332
  148,170,827
  148,171,797
  148,171,859
  148,172,048
  148,172,254
  148,172,748
  148,173,260
  148,173,424
  148,173,540
  148,173,773
  148,174,196
  148,174,722
  148,174,804
  148,175,048
  148,175,099
  148,175,157
  148,175,310
  148,175,471
  148,175,579
  148,176,736
  148,177,418
  148,177,533
  148,177,946
  148,178,031
  148,178,713
  148,178,751
  148,179,072
  148,179,343
  148,180,379
  148,180,535
  148,180,688
  148,180,709
  148,180,726
  148,180,728
  148,180,729
  148,181,020
  148,181,075
  148,181,505
  148,181,646
  148,181,899
  148,182,083
  148,182,313
  148,182,408
  148,182,822
  148,182,956
  148,183,230
  148,183,440
  148,183,492
  148,184,060
  148,184,555
  148,184,890
  148,184,891
  148,184,970
  148,185,522
  148,185,704
  148,185,770
  148,185,809
  148,186,277
  148,186,512
  148,186,551
  148,186,786
  148,186,839
  148,187,151
  148,187,167
  148,187,726
  148,188,079
  148,188,231
  148,188,246
  148,188,298
  148,188,385
  148,189,114
  148,189,317
  148,189,334
  148,189,387
  148,189,532
  148,190,163
  148,192,180
  148,193,445
  148,193,532
  148,193,534
  148,193,536
  148,193,922
  148,193,956
  148,194,529
  148,194,546
  148,195,038
  148,195,057
  148,195,059
  148,195,066
  148,195,088
  148,195,093
  148,195,108
  148,195,339
  148,195,346
  148,195,353
  148,195,387
  148,195,718
  148,196,040
  148,196,265
  148,196,527
  148,196,567
  148,196,571
  148,196,614
  148,196,754
  148,196,775
  148,196,919
  148,197,085
  148,197,214
  148,197,682
  148,197,744
  148,198,110
  148,198,457
  148,198,499
  148,198,804
  148,199,270
  148,199,364
  148,199,637
  148,199,808
  148,200,142
  148,200,442
  148,201,180
  148,201,204
  148,201,997
  148,203,197
  148,203,320
  148,203,925
  148,204,393
  148,204,465
  148,204,486
  148,204,610
  148,204,875
  148,205,251
  148,205,956
  148,205,966
  148,206,239
  148,206,253
  148,206,664
  148,206,692
  148,206,806
  148,206,813
  148,206,840
  148,207,008
  148,207,522
  148,208,090
  148,208,207
  148,208,532
  148,208,537
  148,208,736
  148,209,050
  148,209,090
  148,209,291
  148,209,372
  148,209,497
  148,210,017
  148,211,611
  148,212,222
  148,212,329
  148,212,489
  148,213,278
  148,213,285
  148,213,673
  148,214,018
  148,214,162
  148,214,407
  148,214,589
  148,215,289
  148,215,572
  148,216,313
  148,216,565
  148,216,582
  148,217,291
  148,217,553
  148,223,883
  148,223,930
  148,224,246
  148,224,919
  148,224,984
  148,225,832
  148,225,889
  148,226,469
  148,227,223
  148,229,023
  148,230,507
  148,230,538
  148,230,583
  148,230,796
  148,231,128
  148,232,175
  148,232,933
  148,233,657
  148,234,835
  148,234,836
  148,234,864
  148,235,319
  148,237,548
  148,238,524
  148,239,100
  148,240,140
  148,240,357
  148,240,393
  148,243,868
  148,244,087
  148,244,955
  148,246,483
  148,247,370
  148,247,608
  148,249,598
  148,249,952
  148,250,959
  148,251,369
  148,252,001
  148,252,136
  148,255,724
  148,258,485
  148,259,136
  148,260,122
  148,260,142
  148,261,393
  148,262,422
  148,262,738
  148,263,328
  148,263,414
  148,263,450
  148,263,626
  148,263,928
  148,264,175
  148,264,968
  148,265,413
  148,266,583
  148,266,674
  148,266,696
  148,266,853
  148,267,389
  148,267,856
  148,268,368
  148,268,677
  148,269,284
  148,269,299
  148,269,304
  148,269,604
  148,269,915
  148,270,975
  148,271,069
  148,271,668
  148,271,858
  148,271,983
  148,272,029
  148,272,259
  148,272,501
  148,272,585
  148,272,746
  148,272,750
  148,272,843
  148,272,878
  148,273,339
  148,273,696
  148,273,791
  148,273,933
  148,274,099
  148,274,191
  148,274,224
  148,274,295
  148,274,559
  148,274,920
  148,275,473
  148,276,221
  148,276,247
  148,276,346
  148,276,487
  148,276,497
  148,276,589
  148,277,127
  148,277,555
  148,277,556
  148,277,557
  148,277,778
  148,277,800
  148,278,824
  148,278,998
  148,279,348
  148,280,118
  148,280,213
  148,280,393
  148,280,533
  148,280,753
  148,280,823
  148,280,858
  148,281,024
  148,281,025
  148,281,118
  148,281,119
  148,281,217
  148,281,287
  148,281,411
  148,281,468
  148,281,665
  148,281,688
  148,281,881
  148,281,929
  148,282,041
  148,282,197
  148,282,290
  148,282,293
  148,282,427
  148,283,581
  148,283,704
  148,283,808
  148,283,986
  148,286,073
  148,288,357
  148,288,440
  148,288,683
  148,288,890
  148,289,172
  148,289,174
  148,289,281
  148,289,614
  148,289,914
  148,289,945
  148,290,039
  148,290,154
  148,290,229
  148,290,308
  148,290,376
  148,290,958
  148,291,099
  148,291,900
  148,292,251
  148,293,651
  148,293,953
  148,294,216
  148,294,518
  148,295,382
  148,295,521
  148,297,809
  148,299,451
  148,301,130
  148,302,212
  148,303,179
  148,303,517
  148,303,610
  148,303,883
  148,303,938
  148,303,939
  148,304,857
  148,306,252
  148,306,310
  148,306,567
  148,307,091
  148,307,203
  148,310,156
  148,310,294
  148,310,371
  148,311,517
  148,311,675
  148,311,719
  148,311,754
  148,312,638
  148,314,469
  148,315,039
  148,315,059
  148,315,076
  148,315,126
  148,315,680
  148,316,066
  148,316,152
  148,317,716
  148,318,762
  148,318,867
  148,318,921
  148,319,155
  148,319,240
  148,319,703
  148,320,534
  148,321,320
  148,321,471
  148,322,024
  148,322,396
  148,322,462
  148,322,463
  148,323,224
  148,323,362
  148,324,086
  148,324,277
  148,325,404
  148,325,430
  148,326,182
  148,326,360
  148,327,210
  148,327,342
  148,327,357
  148,328,327
  148,328,416
  148,328,442
  148,329,022
  148,329,312
  148,329,518
  148,329,846
  148,330,204
  148,330,815
  148,330,829
  148,330,831
  148,330,907
  148,330,954
  148,330,964
  148,330,982
  148,331,074
  148,331,093
  148,331,178
  148,331,431
  148,331,460
  148,331,587
  148,331,704
  148,331,714
  148,331,872
  148,331,902
  148,331,915
  148,331,966
  148,332,056
  148,332,123
  148,332,127
  148,332,147
  148,332,186
  148,332,271
  148,332,514
  148,332,554
  148,332,583
  148,332,632
  148,332,684
  148,332,689
  148,332,939
  148,333,039
  148,333,477
  148,333,624
  148,333,635
  148,333,714
  148,334,541
  148,334,859
  148,335,686
  148,335,743
  148,336,090
  148,336,237
  148,336,305
  148,336,354
  148,336,737
  148,337,564
  148,337,575
  148,338,308
  148,338,317
  148,338,487
  148,338,626
  148,338,814
  148,338,953
  148,339,117
  148,339,371
  148,339,389
  148,339,793
  148,340,142
  148,340,159
  148,340,707
  148,340,965
  148,340,968
  148,341,138
  148,341,794
  148,341,953
  148,342,031
  148,342,365
  148,342,538
  148,342,555
  148,342,580
  148,343,435
  148,343,915
  148,344,516
  148,344,677
  148,345,776
  148,346,630
  148,347,524
  148,347,620
  148,347,671
  148,348,333
  148,349,081
  148,349,221
  148,352,198
  148,352,424
  148,352,932
  148,354,553
  148,356,119
  148,356,427
  148,356,793
  148,357,188
  148,357,984
  148,358,281
  148,358,560
  148,360,297
  148,361,177
  148,362,619
  148,362,924
A
A
A
T
A
T
T
A
G
C
-
C
T
C
C
G
A
T
C
T
C
A
G
A
C
T
G
T
A
C
A
C
T
T
C
A
2
T
A
G
G
G
G
G
A
A
G
C
T
C
-
A
G
G
T
-
A
G
A
G
G
A
C
G
A
G
T
G
T
C
A
G
T
G
T
G
T
C
G
-/A
C
A
2
2
T
-
T
C
A
-
C
-
G
2
G
A
C
T
C
A
T
A
T
G
A
-
C
A
G
-
T
A
T
A
A
T
A
T
A
G
G
A
A
T
A
-
T
-/A
-/A
A/-
C
A
C
G
G
4
-
T
C
A
T
G
A
T
A
A
G
G
T
C
G
C
T
G
A
T
A
G
T
C
A
A
G
A
A
A
G
C
T
A
T
G
C
T
G
2
T
A
G
C
T
C
C
A
C
A
2
T
2
-
T
T
-
G
A
T
-
G
C
A
G
C
G
G
T
C
-
T
-
T
A
C
T
-
-
C
C
T
G
C
T
-
C
T
A
T
G
-
A
G
G
-
C
8
-
A
G
3
G
A
A
C
T
G
A
T
-
-
A
-
-
A
A
G
G
C
C
C
T
2
A
G
C
A/-
T
C
T
A
T
G
-/T
T/-
A
G
C
A
C
T
C
T
A
T
G
T
-
C
-
G
C
G
G
G
T
G
C
G
G
C
A
C
T
G
T
A
G
C
C
C
T
-
-
C
T
-
C
A
C
T
A
T
C
2
G
G
A
3
T
-
G
T
A
A
C
G
A
-
T
G
A
A
A
T
G
T
G
A
C
A
C
C
A
T
T
G
G
A
G
G
A
G
G
T
G/-
-/G
A
C
T
G
G
T
-
A
G
C
20
C
G
-
G
T
C
T
A
C
T
5
T
C
G
C
C
C
T
-
C
C
A
C
G
T
A
T
C
2
-/2
A
T
A
-
-
-
-
A
G
T
G
A
G
C
G
A
C
G
C
C
T
A
2
13
G
G
G
-/A
A
A
A
2
-
A
G
T
A
G
C
C
G
T
T
A
T
-
C
C
G
C
A
G
A
A
T
T
T
C
C
A
A
T
T
C
C
T
T
C
T
G
T
A
T
G
A
C
203
T
C
G
T
A
T
-
G
T
T
G
G
A
A
2
T
A
C
A
A
C
12
A
C
T
C
G
G
-
T
G
G
G
T
C
3
6
T
3
A
A
A
G
C
T
T
-
G
C
G
C
4
A
C
-
A
C/-
A
-
-
-/T
G
T
A