Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 1,514,258 (bp)   Positions: 419
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
BN/NHsdMcwi (2020) 
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
Pde4d
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
A
A
G
-
C
C
G
A
-
G
A
-
-
G
G
A
-
-
C
A
T
-
A
T
-
-
-
-
-
-
G
T
A
A
T
T
A
C
G
G
-
G
T
A
-
A
T
A
T
A
-
-
-
A
T
C
-
A
A
-
-
T
G
G
G
-
T
G
T
-
G
A
C
-
G
-
-
A
-
T
-
T
C
-
-
-
-
-
-
A
-
T
A
A
G
-
-
-
T
-
G
A
C
T
G
-
T
-
-
-
T
2
-
T
A
G
-
-
T
A
2
G
-
-
-
T
-
A
C
A
4
-
G
-
C
-
T
T
C
-
T
G
G
-
-
T
A
T
T
-
2
-
-
C
G
T
A
-
T
-
-
-
T
A
-
-
C
T
-
T
T
T
T
T
T
-
-
-
-
-
-
-
-
-
A
-
A
A
-
A
-
-
-
-
T
A
-
G
T
-
G
-
-
-
G
-
A
A
A
-
T
A
A
-
A
-
A
T
T
T
-
-
C
T
-
C
-
C
-
-
T
G
-
T
T
-
-
C
G
-
T
-
-
G
-
-
-
-
-
A
-
-
-
-
-
-
-
A
-
A
-
C
-
T
-
G
T
T
-
G
T
G
-
T
-
-
-
G
-
-
-
-
-
-
T
-
T
A
G
C
G
-
-
T
-
A
T
-
G
-
T
T
-
-
2
G
T
-
T
A
T
T
G
-
A
C
-
-
T
G
G
-
T
-
-
C
C
G
T
G
G
G
-
T
-
-
A
-
-
G
G
T
-
G
C
T
T
G
A
3
C
T
G
-
G
A
-
G
-
G
T
G
-
T
-
-
C
-
-
T
-
T
T
-
G
-
T
T
T
T
2
T
G
-
-
G
T
G
G
T
-
G
G
-
T
T
G
A
-
T
G
G
C
C
C
C
C
G
C
T
2
G
T
-
C
-
A
C
A
  40,019,364
  40,024,732
  40,225,534
  40,229,769
  40,420,597
  40,420,598
  40,525,770
  40,653,317
  40,658,753
  40,658,866
  40,660,900
  40,664,672
  40,664,722
  40,664,762
  40,664,901
  40,664,905
  40,664,976
  40,665,017
  40,665,099
  40,665,105
  40,665,236
  40,665,285
  40,665,293
  40,665,398
  40,665,522
  40,665,640
  40,665,666
  40,665,703
  40,665,714
  40,665,886
  40,665,914
  40,665,926
  40,666,027
  40,666,042
  40,666,183
  40,666,288
  40,666,492
  40,666,527
  40,666,549
  40,666,636
  40,666,797
  40,666,812
  40,666,839
  40,666,871
  40,666,899
  40,666,904
  40,666,926
  40,666,941
  40,666,969
  40,667,121
  40,667,139
  40,667,259
  40,667,300
  40,667,309
  40,667,405
  40,667,477
  40,667,513
  40,667,586
  40,667,604
  40,667,725
  40,667,811
  40,667,827
  40,667,897
  40,667,909
  40,674,566
  40,674,621
  40,674,688
  40,674,749
  40,674,773
  40,674,797
  40,674,902
  40,674,948
  40,674,969
  40,675,003
  40,675,013
  40,675,028
  40,675,140
  40,675,165
  40,675,273
  40,675,307
  40,675,420
  40,675,485
  40,675,504
  40,675,813
  40,675,905
  40,675,914
  40,675,935
  40,675,958
  40,675,976
  40,675,995
  40,676,037
  40,676,127
  40,676,135
  40,676,138
  40,676,969
  40,677,058
  40,677,124
  40,677,150
  40,677,225
  40,677,240
  40,677,251
  40,677,298
  40,677,322
  40,677,349
  40,677,459
  40,677,588
  40,677,710
  40,677,747
  40,677,793
  40,677,867
  40,678,042
  40,678,062
  40,678,087
  40,678,131
  40,678,136
  40,678,187
  40,678,280
  40,678,293
  40,678,385
  40,678,415
  40,678,430
  40,678,434
  40,678,442
  40,678,484
  40,678,523
  40,678,592
  40,678,614
  40,678,618
  40,678,671
  40,678,739
  40,678,776
  40,678,787
  40,678,801
  40,678,833
  40,678,882
  40,678,902
  40,678,914
  40,678,973
  40,679,014
  40,679,084
  40,679,127
  40,679,164
  40,679,170
  40,679,240
  40,679,345
  40,679,350
  40,679,353
  40,679,363
  40,679,375
  40,679,479
  40,679,482
  40,679,492
  40,679,500
  40,679,503
  40,679,542
  40,679,632
  40,679,647
  40,679,657
  40,679,670
  40,679,724
  40,679,740
  40,679,802
  40,679,822
  40,679,913
  40,679,969
  40,679,983
  40,680,014
  40,680,085
  40,680,102
  40,680,129
  40,680,243
  40,680,278
  40,680,433
  40,680,443
  40,680,497
  40,680,570
  40,680,591
  40,680,599
  40,680,620
  40,680,681
  40,680,721
  40,680,771
  40,680,783
  40,680,803
  40,680,810
  40,680,892
  40,680,992
  40,681,022
  40,681,213
  40,681,327
  40,681,392
  40,681,403
  40,681,429
  40,681,527
  40,681,540
  40,681,772
  40,681,887
  40,681,906
  40,681,918
  40,682,051
  40,682,245
  40,682,353
  40,682,414
  40,682,435
  40,682,482
  40,682,619
  40,682,739
  40,682,769
  40,682,844
  40,682,925
  40,682,955
  40,682,963
  40,683,131
  40,683,238
  40,683,322
  40,683,453
  40,683,749
  40,683,776
  40,683,840
  40,683,896
  40,683,900
  40,683,935
  40,683,949
  40,684,065
  40,684,085
  40,684,109
  40,684,213
  40,684,287
  40,684,328
  40,684,380
  40,684,590
  40,684,630
  40,684,750
  40,684,923
  40,684,927
  40,685,043
  40,685,046
  40,685,085
  40,685,112
  40,685,204
  40,685,223
  40,685,242
  40,685,340
  40,685,384
  40,685,417
  40,685,735
  40,685,839
  40,685,858
  40,685,940
  40,685,949
  40,685,964
  40,686,026
  40,686,033
  40,686,041
  40,686,098
  40,686,218
  40,686,256
  40,686,270
  40,686,365
  40,686,411
  40,686,500
  40,686,519
  40,686,523
  40,686,527
  40,686,538
  40,686,544
  40,686,552
  40,686,635
  40,686,698
  40,686,716
  40,686,738
  40,686,744
  40,686,881
  40,686,886
  40,686,949
  40,686,984
  40,687,030
  40,687,095
  40,687,242
  40,687,410
  40,687,453
  40,687,475
  40,687,480
  40,687,631
  40,687,809
  40,687,817
  40,687,835
  40,687,869
  40,687,899
  40,688,000
  40,688,108
  40,688,131
  40,688,160
  40,688,210
  40,688,282
  40,688,342
  40,688,411
  40,688,470
  40,688,528
  40,688,608
  40,688,625
  40,688,660
  40,688,670
  40,688,675
  40,688,830
  40,688,831
  40,688,994
  40,689,008
  40,689,019
  40,689,228
  40,689,229
  40,689,274
  40,689,281
  40,689,291
  40,689,386
  40,689,449
  40,689,504
  40,689,507
  40,689,548
  40,689,593
  40,689,620
  40,689,654
  40,689,676
  40,689,724
  40,689,763
  40,689,835
  40,689,846
  40,689,850
  40,689,909
  40,689,910
  40,690,034
  40,690,055
  40,690,080
  40,690,162
  40,690,205
  40,690,225
  40,690,239
  40,690,318
  40,690,335
  40,690,363
  40,690,395
  40,690,413
  40,690,422
  40,690,447
  40,690,549
  40,690,562
  40,690,687
  40,690,706
  40,690,756
  40,690,760
  40,690,842
  40,690,856
  40,690,866
  40,690,888
  40,690,980
  40,691,031
  40,691,050
  40,691,094
  40,691,099
  40,691,117
  40,691,121
  40,691,138
  40,691,156
  40,691,233
  40,691,283
  40,691,327
  40,691,335
  40,691,456
  40,691,851
  40,691,874
  40,692,047
  40,692,083
  40,692,357
  40,692,424
  40,692,497
  40,692,579
  40,692,589
  40,692,611
  40,692,651
  40,692,851
  40,692,860
  40,692,881
  40,692,901
  40,692,924
  40,693,835
  40,694,371
  40,694,598
  40,694,821
  40,694,858
  40,695,184
  40,695,886
  40,696,408
  40,696,985
  40,697,632
  40,703,248
  40,703,826
  40,703,856
  40,704,841
  40,706,812
  40,714,962
  40,730,012
  40,772,333
  40,855,109
  40,855,121
  40,876,353
  40,876,357
  40,876,375
  40,932,095
  40,959,945
  40,983,334
  41,039,441
  41,098,377
  41,124,484
  41,124,487
  41,124,495
  41,249,342
  41,334,187
  41,366,787
  41,491,337
-/G
G/-
-/C
-/A
T/-
T/-
G/A
-
A
T
T
A
T
T
-
T
A
T
-
-
-
G
-
-
A
A
G
T
T
A
-
-
-
T
A
A
T
-
-
-
T
-
-
-
G
-
-
-
-
T
T
G
A
-
A
-
T
-
T
T
A
-
-
-
-
G
-
-
-
A
-
-
-
C
-
T
T
-
T
-
G
-
-
T
A
T
A
G
A
-
G
-
-
-
-/T
A
T
C
A
A
-
-
-
A
T
A
A
A
A
T
A
-
G
A
-
-
G
T
G
-
-
A
T
G
T
A
G
-
A
-
-
2
-
A
-
A
A
-
-
T
A
-
-
T
T
A
T
A
A
G
-
A
G
A
-
-
-
T
-
A
G
T
-
-
A
T
A
A
G
-
-
-
A
-
-
G
A
C
A
T
G
G
G
G
-
T
-
-
T
-
T
T
T
G
-
-
G
-
-
C
T
A
A
A
T
G
T
-
-
C
-
T
-
A
-
T
-
-
-
-
G
A
-
-
A
T
C
-
T
A
-
-
T
-
-
T
T
-
-
G
-
A
A
-
C
A
T
2
T
-
G
G
G
G
T
T
A
T
A
-
2
-
G
A
G
T
-
-
2
-
-
-
T
-
G
G
C
-
T
T
T
A
T
G
-
G
A
-
-
-
-
A
G
A
T
-
-
A
-
T
-
-
G
A
-
-/A
-
C
-
T
C
-
-
C
T
-
T
A
-
-
T
T
-
A
C
-
G
T/T
G
T
-
-
G
-/A
T
G
-
G
G
T
-
A
G
-
-
A
-
-
-
-
-
-
T
A
-
-
T
-
T
T
A
-
C
G
T
T
-
G
C
-
A
-
-
T
-
T
-
-
-
-
-
-
-
T
G
-
-
-
-
-
T
-
-
T
-
-
-
-
T
-
C/-
T/-
-
-/T
T/-
T/-
T/-
T/-
A/-
-
2/-
C/-
T/A
-/2
C/G
-/A
A/-
G/-
-/G