Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 148,346 (bp)   Positions: 448
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
SS/JrHsdMcwi (2019) 
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
T
T
-
G
G
G
T
T
-
C
C
T
-
-
G
4
C
2
C
G
T
T
C
T
T
A
T
C
12
G
T
A
C
G
-
6
-
2
A
G
A
G
C
C
A
G
T
C
G
A
T
T
T
-
A
T
G
G
C
C
A
G
8
T
G
G
A
C
G
C
-
A
C
A
G
T
T
C
A
G
A
C
A
G
T
T
G
G
A
T
C
T
T
C
G
A
2
T
T
C
A
A
T
T
T
T
C
G
C
A
C
C
C
-
A
C
G
C
A
C
C
G
C
4
T
9
G
C
T
C
-
G
-
C
-
-
A
A
T
A
A
T
G
G
-
T
T
-
T
-
A
T
-
T
T
T
G
T
C
A
A
A
A
T
C
A
T
T
T
C
C
T
G
-
C
G
G
A
-
-
-
C
G
A
A
A
G
C
C
C
G
A
A
G
T
G
G
-
96
G
G
A
G
G
G
G
G
T
2
A
-
10
G
C
C
G
G
C
-
C
T
G
T
A
C
T
A
A
C
T
G
G
T
C
C
T
C
G
T
2
G
A
T
C
T
-
-
C
T
T
A
T
T
T
T
G
G
A
G
T
G
A
T
T
T
A
C
C
G
T
C
G
G
C
T
C
T
G
T
T
G
T
C
G
T
C
-
-
T
T
G
G
T
A
G
G
T
C
C
-
-
-
T
A
G
C
C
A
G
C
G
T
G
C
A
G
C
C
A
G
G
G
C
T
C
T
G
T
A
G
T
A
C
A
A
G
T
A
A
T
C
G
C
G
G
-
A
T
G
T
A
A
A
C
A
A
C
A
T
C
T
A
T
G
T
C
C
T
A
C
-
A
T
C
C
2
G
G
G
G
A
G
G
A
C
T
A
C
C
G
T
A
T
A
G
A
C
T
-
G
T
A
C
C
-
C
G
T
C
A
C
C
A
C
G
C
C
T
G
2
A
C
G
A
A
T
G
C
T
G
G
C
C
T
A
C
G
C
A
C
T
C
C
3
G
-
A
  53,236,592
  53,236,679
  53,237,659
  53,237,679
  53,237,690
  53,237,763
  53,238,256
  53,238,471
  53,238,720
  53,238,722
  53,238,786
  53,238,803
  53,238,808
  53,239,079
  53,239,293
  53,239,505
  53,239,632
  53,239,633
  53,239,703
  53,240,091
  53,240,237
  53,240,902
  53,241,218
  53,241,267
  53,241,280
  53,241,494
  53,241,533
  53,241,783
  53,241,901
  53,241,942
  53,242,081
  53,242,364
  53,242,617
  53,242,626
  53,242,674
  53,242,994
  53,243,096
  53,243,315
  53,243,375
  53,243,510
  53,243,547
  53,243,575
  53,244,044
  53,244,523
  53,244,534
  53,244,732
  53,244,845
  53,245,252
  53,245,897
  53,246,176
  53,246,328
  53,246,774
  53,246,815
  53,246,873
  53,247,399
  53,247,561
  53,247,617
  53,247,719
  53,248,312
  53,248,608
  53,249,626
  53,249,835
  53,249,871
  53,250,048
  53,250,230
  53,250,294
  53,250,447
  53,250,937
  53,251,371
  53,251,805
  53,251,817
  53,252,088
  53,252,182
  53,252,340
  53,252,465
  53,252,715
  53,252,744
  53,252,746
  53,253,022
  53,253,028
  53,253,033
  53,253,057
  53,253,132
  53,253,285
  53,254,005
  53,254,291
  53,254,345
  53,254,372
  53,254,829
  53,254,860
  53,254,922
  53,255,261
  53,255,396
  53,255,403
  53,255,415
  53,255,457
  53,255,533
  53,255,633
  53,255,681
  53,255,815
  53,256,152
  53,256,301
  53,256,616
  53,256,750
  53,257,048
  53,257,079
  53,257,118
  53,257,129
  53,257,320
  53,257,418
  53,257,610
  53,257,653
  53,257,778
  53,257,805
  53,257,818
  53,257,932
  53,258,523
  53,259,104
  53,259,268
  53,259,355
  53,261,196
  53,261,567
  53,261,854
  53,262,586
  53,262,997
  53,263,607
  53,265,424
  53,265,856
  53,265,942
  53,266,241
  53,266,383
  53,266,781
  53,267,115
  53,267,258
  53,267,319
  53,267,339
  53,267,342
  53,268,257
  53,268,409
  53,268,495
  53,268,858
  53,268,922
  53,268,964
  53,268,982
  53,269,022
  53,269,220
  53,269,448
  53,270,096
  53,270,421
  53,271,064
  53,272,168
  53,273,247
  53,273,260
  53,274,016
  53,276,646
  53,280,795
  53,280,800
  53,280,818
  53,281,040
  53,281,231
  53,281,545
  53,281,595
  53,281,764
  53,281,919
  53,282,319
  53,282,595
  53,282,681
  53,283,449
  53,283,779
  53,284,568
  53,284,649
  53,285,151
  53,285,500
  53,285,545
  53,285,675
  53,285,751
  53,285,764
  53,285,792
  53,285,881
  53,286,615
  53,286,618
  53,286,620
  53,286,813
  53,287,027
  53,287,368
  53,287,558
  53,287,648
  53,287,684
  53,288,067
  53,288,501
  53,288,693
  53,289,675
  53,290,247
  53,291,042
  53,291,454
  53,291,878
  53,293,081
  53,293,147
  53,294,352
  53,294,383
  53,294,416
  53,294,418
  53,294,432
  53,294,434
  53,294,448
  53,294,450
  53,294,456
  53,294,462
  53,294,472
  53,294,617
  53,294,666
  53,294,679
  53,294,699
  53,294,730
  53,295,102
  53,295,145
  53,295,207
  53,296,550
  53,296,750
  53,297,907
  53,299,302
  53,299,343
  53,299,861
  53,299,984
  53,300,347
  53,301,040
  53,301,101
  53,301,209
  53,303,061
  53,304,127
  53,304,317
  53,304,665
  53,305,119
  53,305,511
  53,305,934
  53,306,049
  53,306,324
  53,306,909
  53,307,089
  53,307,094
  53,307,370
  53,307,422
  53,308,616
  53,309,039
  53,309,740
  53,311,366
  53,311,656
  53,311,841
  53,311,852
  53,311,860
  53,311,961
  53,311,972
  53,312,016
  53,312,018
  53,312,028
  53,312,083
  53,312,196
  53,312,204
  53,312,387
  53,312,401
  53,312,507
  53,312,620
  53,312,688
  53,312,981
  53,312,992
  53,313,112
  53,313,174
  53,313,372
  53,313,499
  53,313,692
  53,313,743
  53,313,838
  53,313,890
  53,313,916
  53,313,969
  53,314,286
  53,314,312
  53,315,355
  53,315,691
  53,315,841
  53,315,882
  53,315,966
  53,316,035
  53,317,050
  53,317,334
  53,317,683
  53,317,882
  53,317,985
  53,318,163
  53,318,250
  53,318,597
  53,318,832
  53,318,896
  53,318,940
  53,319,439
  53,319,693
  53,320,002
  53,320,095
  53,320,096
  53,320,723
  53,321,847
  53,321,899
  53,322,552
  53,322,774
  53,323,069
  53,323,149
  53,323,174
  53,323,191
  53,323,495
  53,323,515
  53,323,741
  53,324,075
  53,324,412
  53,324,432
  53,324,483
  53,324,519
  53,324,711
  53,325,402
  53,325,551
  53,325,602
  53,325,692
  53,325,796
  53,325,825
  53,326,006
  53,326,167
  53,326,287
  53,326,495
  53,326,629
  53,326,657
  53,327,481
  53,327,512
  53,327,625
  53,327,690
  53,327,851
  53,327,870
  53,327,872
  53,327,967
  53,327,989
  53,328,324
  53,328,437
  53,328,495
  53,328,581
  53,328,726
  53,328,858
  53,329,175
  53,329,267
  53,329,342
  53,329,360
  53,329,472
  53,329,602
  53,329,795
  53,330,132
  53,330,358
  53,330,379
  53,330,543
  53,330,563
  53,331,499
  53,331,874
  53,331,928
  53,332,711
  53,333,014
  53,333,536
  53,333,603
  53,333,692
  53,334,254
  53,335,007
  53,335,779
  53,335,847
  53,336,083
  53,336,113
  53,336,752
  53,336,912
  53,337,222
  53,344,124
  53,344,127
  53,344,151
  53,344,166
  53,344,171
  53,344,179
  53,344,187
  53,344,197
  53,344,206
  53,344,211
  53,345,158
  53,345,622
  53,345,795
  53,346,104
  53,346,236
  53,354,476
  53,354,510
  53,354,586
  53,354,818
  53,354,930
  53,355,488
  53,355,694
  53,356,093
  53,356,193
  53,357,125
  53,358,089
  53,358,362
  53,358,778
  53,358,919
  53,359,800
  53,360,221
  53,361,274
  53,361,979
  53,362,384
  53,362,760
  53,363,164
  53,363,852
  53,363,990
  53,364,306
  53,364,309
  53,364,454
  53,364,958
  53,365,303
  53,365,473
  53,365,948
  53,365,988
  53,366,313
  53,366,578
  53,366,990
  53,367,172
  53,367,189
  53,367,530
  53,367,555
  53,367,624
  53,367,706
  53,367,762
  53,370,016
  53,370,132
  53,376,558
  53,377,112
  53,377,746
  53,378,409
  53,378,435
  53,379,174
  53,380,685
  53,380,692
  53,380,804
  53,381,042
  53,381,402
  53,381,885
  53,381,887
  53,382,073
  53,383,337
  53,383,431
  53,384,340
A
G
C
11
A
A
A
C
C
G
A
T
C
G
A
T
-
-/T
-
T
A
C
C
T
C
C
C
C
T
-
A
C/-
G
G
T
4
-
8
-
G
A
G
A
A
T
C
A
A
T
A
G
C
C
C
T
G
C
A
A
T
G
T
A
-
A
T
A
G
T
A
T
3
-
T
C
T
C
C
T
G
C
C
T
G
C
A
A
A
A
G
C
T
C
G
T
A
G
-
C
C
G
G
G
C
C
C
C
G
A
T
G
A
T
T
A
G
T
A
A
G
-
T
A
T
-
G
-
A
A/T
C
T
T
A
T
T
3
T
G
G
C
C
G
C
A
C
2
A
A
16
C
2
T
-
G
C
A
C
T
C
T
G
C
C
G
G
G
-
C
C
C
G
T
C
A
C
T
A
A
G
12
C
13
T
A
T
G
T
A
T
T
A
A
G
T
A
-
A
A
2
-
-/T
A/-
G/-
A/-
A/-
A/-
T/-
-/A
-/A
-
T
2
-
A
T
T
A
A
G
C
T
G
C
C
T
T
C
G
-
T
C
A
A
C
T
T
C
T
A
C/-
2/-
T/-
G
G
T
G
2
G
T
G
C
G
C
C
C
C
A
-
G
T
C
T
G
C
C
C
-
T
T
T
C
T
A
C
T
-
A
C
A
A
G
A
C
T
A
C
T
T
T
-
C
C
T
G
G
C
A
A
A
T
6
A
A
G
G
A
T
T
G
A
A
A
C
C
A
T
A
T
T
T
C
-
C
G
C
T
C
A
C
T
A
C
G
A
G
T
A
C
C
G
A
T
A
-
C
A
4
G
C
C
C
G
G
T
T
G
G
G
G
G
G
C
T
C
A
G
A
T
G
G
T
T
T
A/-
G/-
G
-
C/-
-/C
-/C
C/-
T/-
A/-
C
T
T
G
G
T
T
C
C
G
C
C
-
G
A
C
A
A
C
G
T
-
12
T
T
C
-/G
T
A/-
A/-
G
T
A
T
T
A
A
-
G
G
A
G
G
A
A
A
G
C
A
T
T
G
G
T
T
T
G
-
G
T
T
-
A
T
G