Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 148,346 (bp)   Positions: 382
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LEXF11/Stm (2020) 
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
Oxct1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
G
A
T
C
T
-
2
C
-
A
-
-
G
T
T
T
T
T
T
C
C
G
-
6
-
G
C
T
A
T
T
T
T
G
T
G
T
T
T
T
T
A
A
T
A
A
C
C
A
G
8
T
G
G
A
C
A
C
A
G
T
T
C
A
G
A
C
T
A
G
6
T
T
G
G
A
C
T
T
C
G
A
2
T
T
C
C
A
A
T
C
T
T
T
T
C
G
C
A
C
C
C
-
A
C
G
C
G
G
A
C
G
T
G
C
C
G
T
G
C
G
C
C
C
-
-
T
-
T
T
-
C
A
T
C
G
A
C
70
G
T
C
G
A
G
-
T
A
C
-
G
8
T
C
C
-
A
T
A
C
T
T
C
-
A
C
A
T
A
-
T
C
C
T
A
T
T
G
A
T
A
A
A
T
A
G
T
C
A
A
-
T
C
T
T
C
T
C
G
C
T
C
T
T
G
A
G
-
-
-
A
C
G
C
C
-
A
T
G
C
T
G
G
G
G
A
G
G
G
G
G
T
T
G
-
-
G
G
G
A
T
C
A
-
T
T
G
G
T
T
T
A
A
4
C
-
T
T
G
G
T
C
C
T
-
A
-
C
C
-
-
G
C
T
C
G
11
A
T
C
C
A
2
G
T
A
G
T
G
A
-
T
C
C
G
A
C
G
T
A
T
A
A
T
C
C
C
T
A
C
-
G
A
A
T
T
T
A
C
A
A
T
A
G
A
A
G
A
C
T
A
C
G
G
A
C
T
A
G
A
C
G
-
-
C
C
A
-
-
C
G
C
C
T
G
2
A
C
G
A
A
T
G
C
T
G
C
T
A
C
C
T
G
A
C
C
C
G
3
G
-
A
  53,236,377
  53,236,413
  53,238,471
  53,238,786
  53,238,818
  53,239,079
  53,239,313
  53,239,633
  53,239,713
  53,239,877
  53,239,888
  53,240,137
  53,240,237
  53,240,902
  53,241,280
  53,241,330
  53,241,438
  53,241,783
  53,242,316
  53,242,324
  53,242,626
  53,242,746
  53,242,994
  53,243,096
  53,243,315
  53,244,044
  53,244,534
  53,246,204
  53,246,328
  53,246,774
  53,246,815
  53,246,873
  53,246,974
  53,247,125
  53,247,128
  53,247,129
  53,247,132
  53,247,167
  53,247,171
  53,247,175
  53,247,179
  53,247,292
  53,247,445
  53,247,617
  53,248,142
  53,248,710
  53,248,727
  53,249,626
  53,249,835
  53,249,871
  53,250,048
  53,250,230
  53,250,294
  53,250,447
  53,250,937
  53,251,371
  53,252,182
  53,252,340
  53,252,465
  53,252,715
  53,252,744
  53,252,746
  53,253,022
  53,253,028
  53,253,033
  53,253,057
  53,253,132
  53,253,165
  53,253,285
  53,254,005
  53,254,224
  53,254,291
  53,254,345
  53,254,372
  53,254,829
  53,254,860
  53,255,261
  53,255,396
  53,255,403
  53,255,415
  53,255,457
  53,255,533
  53,255,633
  53,255,681
  53,255,815
  53,256,152
  53,256,172
  53,256,301
  53,256,616
  53,256,750
  53,256,970
  53,257,036
  53,257,048
  53,257,079
  53,257,118
  53,257,129
  53,257,320
  53,257,418
  53,257,610
  53,257,653
  53,257,778
  53,257,805
  53,257,818
  53,257,932
  53,258,523
  53,259,104
  53,259,268
  53,260,355
  53,261,062
  53,261,511
  53,261,567
  53,261,854
  53,262,349
  53,262,366
  53,262,475
  53,262,620
  53,263,205
  53,263,607
  53,264,008
  53,264,772
  53,265,138
  53,265,942
  53,266,188
  53,266,383
  53,266,781
  53,267,258
  53,267,412
  53,269,235
  53,270,096
  53,270,300
  53,270,421
  53,270,935
  53,271,035
  53,271,064
  53,271,370
  53,271,408
  53,271,682
  53,271,797
  53,272,170
  53,272,188
  53,272,538
  53,272,625
  53,272,697
  53,273,247
  53,273,460
  53,273,530
  53,273,584
  53,273,885
  53,273,923
  53,274,017
  53,274,628
  53,274,674
  53,275,152
  53,275,602
  53,275,813
  53,275,844
  53,275,975
  53,276,034
  53,276,099
  53,276,130
  53,276,169
  53,276,646
  53,276,725
  53,276,861
  53,276,967
  53,277,123
  53,277,300
  53,277,486
  53,277,774
  53,277,876
  53,277,942
  53,278,286
  53,278,317
  53,278,805
  53,279,095
  53,280,795
  53,280,800
  53,280,818
  53,280,889
  53,281,040
  53,281,545
  53,281,595
  53,281,764
  53,281,853
  53,281,919
  53,281,929
  53,282,319
  53,282,595
  53,282,681
  53,283,218
  53,283,222
  53,283,411
  53,283,416
  53,283,422
  53,283,449
  53,283,451
  53,283,698
  53,284,075
  53,284,354
  53,284,502
  53,284,568
  53,284,888
  53,285,184
  53,285,500
  53,285,792
  53,285,881
  53,286,292
  53,286,615
  53,286,618
  53,286,620
  53,287,558
  53,288,067
  53,288,120
  53,288,430
  53,288,693
  53,290,213
  53,290,247
  53,290,437
  53,290,568
  53,290,725
  53,290,851
  53,291,352
  53,293,081
  53,294,416
  53,294,418
  53,294,432
  53,294,434
  53,294,448
  53,294,450
  53,294,456
  53,294,462
  53,294,472
  53,294,484
  53,294,562
  53,294,695
  53,294,711
  53,294,730
  53,294,893
  53,295,540
  53,295,774
  53,296,047
  53,296,750
  53,297,128
  53,297,907
  53,297,996
  53,299,343
  53,299,861
  53,299,967
  53,299,984
  53,300,346
  53,301,101
  53,301,209
  53,302,841
  53,302,851
  53,303,036
  53,303,462
  53,303,482
  53,304,317
  53,304,665
  53,305,119
  53,305,511
  53,305,934
  53,306,049
  53,306,324
  53,307,089
  53,308,616
  53,310,628
  53,311,227
  53,311,477
  53,311,656
  53,311,841
  53,312,290
  53,312,333
  53,312,507
  53,313,780
  53,313,916
  53,314,447
  53,316,736
  53,317,998
  53,318,604
  53,318,730
  53,318,859
  53,319,057
  53,321,993
  53,322,774
  53,323,069
  53,323,149
  53,324,412
  53,324,711
  53,325,740
  53,325,928
  53,326,167
  53,326,453
  53,328,181
  53,329,128
  53,329,171
  53,329,262
  53,329,459
  53,329,472
  53,331,499
  53,333,862
  53,334,386
  53,334,482
  53,335,007
  53,335,089
  53,335,718
  53,335,779
  53,336,083
  53,336,113
  53,336,752
  53,336,912
  53,337,086
  53,337,132
  53,337,222
  53,344,375
  53,344,402
  53,344,605
  53,344,674
  53,344,862
  53,344,941
  53,345,029
  53,345,059
  53,345,082
  53,345,158
  53,345,252
  53,345,304
  53,345,368
  53,345,622
  53,345,795
  53,346,104
  53,346,236
  53,346,892
  53,354,140
  53,354,586
  53,354,930
  53,355,139
  53,355,488
  53,355,694
  53,356,093
  53,356,193
  53,357,143
  53,360,782
  53,361,996
  53,361,997
  53,364,306
  53,364,309
  53,364,454
  53,364,647
  53,364,938
  53,364,958
  53,365,303
  53,365,473
  53,365,948
  53,365,988
  53,366,313
  53,366,578
  53,366,990
  53,367,172
  53,367,189
  53,367,530
  53,367,555
  53,367,624
  53,367,706
  53,367,762
  53,370,016
  53,370,132
  53,377,112
  53,378,409
  53,378,435
  53,378,514
  53,379,174
  53,380,419
  53,380,685
  53,380,804
  53,381,042
  53,381,885
  53,381,887
  53,382,064
  53,382,073
  53,383,337
  53,383,431
  53,384,340
C
G
C
A
G
G
-
-/T
2
G
TT/A
2
A
C
C
G
G
C
-/C
-/T
G
A
4
-
8
A
T
C
G
C
C
C
C
-/T
A/-
T/-
-/A
C/-
-/C
C/-
C
T
G
C
C
G
T
G
T
A
-
A
T
A
G
T
-
T
C
T
C
C
T
G
C
C
T
C
G
C
-
A
A
A
A
G
T
C
G
T
A
G
-
C
C
G
T
G
G
C
T
G
C
C
C
G
A
T
G
A
T
T
A
G
T
A
A
T
A
-
T
A
C
T
A
T
A
G
A
T
A
A/T
T
T
T
T
-/C
-/2
A
A
16
T
T
C
T
A
G
T
-
A/-
C
T
A
T
C
5
C
T
T
T
A
-
C
A
T
A
C
C
G
T
C
C
T
3
G
T
T
C
G
AT/T
A
T
T
C
G
A
C
T
T
C
G
C
C
C
G
A
G
G
-
G
5
C
A
C
C
A
G
T
A
G
C
G
A
C
A
G
A
12
C
13
G
T
A
T
A
A
G
-/C
A
T
C
A
A
-/T
-/A
G/-
A/-
A/-
A/-
-/T
-/A
-/A
-/G
-/A
12
30
A
T
T
G
C
G
G
C
A
G
C
A
C
A
C
G
G
-
C/T
A
C
C
A
A
C
T
T
C
-/2
G
T
T
G
2
G
T
G
C
T
C
-
G
G
T
T
-
-
T
G
G
A
C
A
T
2
C
T
T
A
G
T
A
C
G
C
G
G
G
T
T
A
G
G
T
T
T
-
T
C
C
C
G
T
T
G
G
-
C
G
G
A
T
T
G
G
T
T
C
G
A
C
C
-
G
T
C
7
5
-/A
-/A
G
15
T
T
A
T
T
A
A
-
G
G
A
G
G
A
A
A
G
C
T
G
G
G
T
A
T
G
-
T
T
A
-
A
T
G