Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 45,757 (bp)   Positions: 584
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
BUF/N (2020) 
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
Mocos
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
A
T
T
C
C
2
G
-
G
G
C
C
T
T
C
A
C
G
C
2
T
G
G
C
T
G
A
T
T
A
C
G
G
C
A
T
C
G
A
A
A
C
T
T
T
C
-
G
C
C
C
C
-
-
-
-
T
G
G
T
A
A
G
C
C
T
A
A
T
G
C
G
T
A
T
C
A
T
C
5
G
G
G
G
C
C
G
T
T
C
A
A
A
G
G
C
A
G
G
G
G
C
C
C
G
C
A
-
C
A
G
C
G
T
T
T
3
C
C
A
A
A
T
G
G
T
G
2
T
A
-
-
G
G
G
A
A
A
G
T
C
A
T
C
T
T
116
C
16
T
A
A
A
A
C
T
A
C
A
13
A
G
G
-
C
G
A
T
C
T
A
-
A
T
A
T
G
G
G
-
G
G
C
A
C
A
G
C
C
C
T
T
C
G
A
T
T
T
A
T
A
A
A
A
G
G
G
C
G
-
G
2
G
G
C
A
C
T
A
A
A
-
A
G
A
T
3
T
T
G
G
G
A
C
T
T
C
-
A
G
T
G
T
G
A
A
5
A
G
T
G
-
2
G
C
A
G
-
T
A
C
T
A
C
C
C
T
A
C
C
G
A
G
T
G
C
C
C
G
T
C
T
T
13
T
A
-
C
-
C
A
-
C
A
A
C
A
G
A
T
T
T
G
T
T
G
A
C
59
G
A
G
-
C
A
-
C
G
G
G
T
C
T
-
-
A
A
A
A
A
G
3
A
G
A
C
-
T
C
A
T
T
C
A
T
T
G
A
T
A
G
G
G
G
T
T
A
T
T
C
A
G
C
G
T
T
C
G
G
A
A
A
A
C
G
-
G
-
G
C
-
T
C
T
C
G
C
G
C
A
A
A
A
A
C
C
T
T
A
C
T
2
A
-
C
G
C
G
C
A
C
G
G
G
T
A
C
-
T
T
-
T
A
G
T
C
T
T
A
T
G
T
A
T
T
A
A
T
C
A
C
C
C
C
A
T
A
A
C
A
G
-
G
A
C
C
C
G
13
C
A
-
G
2
2
C
A
G
T
C
T
T
T
G
C
C
G
C
T
T
T
T
G
A
C
T
T
T
T
-
T
T
T
G
G
C
C
C
A
T
C
T
C
C
T
G
T
-
G
A
C
G
T
T
-
C
-
G
-
G
G
G
A
T
A
C
C
6
T
G
A
T
26
C
G
G
T
-
T
G
A
C
C
G
T
T
C
C
A
A
A
G
T
T
A
A
C
G
A
T
G
C
C
C
G
C
T
G
C
6
T
-
A
A
C
A
T
G
C
G
G
5
A
T
  15,931,713
  15,931,850
  15,931,951
  15,932,128
  15,932,245
  15,932,253
  15,932,273
  15,932,447
  15,932,479
  15,932,597
  15,932,646
  15,932,709
  15,932,737
  15,932,911
  15,933,089
  15,933,273
  15,933,348
  15,933,395
  15,933,520
  15,933,617
  15,933,709
  15,934,245
  15,934,303
  15,934,545
  15,934,549
  15,934,582
  15,934,597
  15,934,618
  15,934,627
  15,934,743
  15,934,803
  15,934,824
  15,934,866
  15,934,871
  15,934,901
  15,934,919
  15,934,936
  15,934,947
  15,935,095
  15,935,106
  15,935,157
  15,935,191
  15,935,214
  15,935,309
  15,935,882
  15,935,895
  15,935,928
  15,936,151
  15,936,160
  15,936,286
  15,936,317
  15,936,514
  15,936,660
  15,936,665
  15,936,779
  15,936,780
  15,936,836
  15,936,871
  15,936,875
  15,937,136
  15,937,151
  15,937,181
  15,937,182
  15,937,441
  15,937,444
  15,937,527
  15,937,767
  15,937,836
  15,937,859
  15,937,923
  15,938,089
  15,938,105
  15,938,130
  15,938,204
  15,938,236
  15,938,400
  15,938,437
  15,938,467
  15,938,537
  15,938,642
  15,938,664
  15,938,722
  15,938,730
  15,938,857
  15,938,863
  15,938,886
  15,938,896
  15,938,989
  15,938,995
  15,939,007
  15,939,047
  15,939,163
  15,939,312
  15,939,320
  15,939,434
  15,939,480
  15,939,520
  15,939,527
  15,939,548
  15,939,558
  15,939,595
  15,939,744
  15,939,752
  15,939,836
  15,939,951
  15,940,195
  15,940,196
  15,940,285
  15,940,345
  15,940,346
  15,940,355
  15,940,501
  15,940,576
  15,940,581
  15,940,616
  15,940,630
  15,940,724
  15,940,767
  15,940,828
  15,940,884
  15,940,918
  15,940,924
  15,940,925
  15,940,926
  15,940,939
  15,940,944
  15,940,962
  15,940,976
  15,940,981
  15,941,008
  15,941,057
  15,941,068
  15,941,114
  15,941,116
  15,941,120
  15,941,149
  15,941,156
  15,941,181
  15,941,464
  15,941,477
  15,941,695
  15,941,785
  15,941,802
  15,941,915
  15,942,131
  15,942,153
  15,942,404
  15,942,580
  15,942,942
  15,943,072
  15,943,132
  15,943,250
  15,943,280
  15,943,332
  15,943,427
  15,943,428
  15,943,545
  15,943,845
  15,943,851
  15,943,942
  15,943,952
  15,944,250
  15,944,545
  15,944,582
  15,944,857
  15,944,898
  15,944,983
  15,945,013
  15,945,223
  15,945,286
  15,945,365
  15,945,655
  15,945,797
  15,946,013
  15,946,332
  15,946,337
  15,946,605
  15,946,641
  15,946,699
  15,946,713
  15,946,843
  15,946,928
  15,947,255
  15,947,256
  15,947,432
  15,947,539
  15,947,615
  15,947,878
  15,948,160
  15,948,161
  15,948,227
  15,948,243
  15,948,255
  15,948,259
  15,948,306
  15,948,384
  15,948,423
  15,948,448
  15,948,486
  15,948,542
  15,948,981
  15,949,048
  15,949,090
  15,949,158
  15,949,427
  15,949,442
  15,949,443
  15,949,520
  15,949,537
  15,949,588
  15,949,621
  15,949,624
  15,949,695
  15,949,781
  15,949,827
  15,949,875
  15,949,884
  15,949,930
  15,949,946
  15,949,951
  15,949,956
  15,949,979
  15,950,039
  15,950,266
  15,950,283
  15,950,303
  15,950,466
  15,950,575
  15,950,682
  15,950,724
  15,950,747
  15,950,795
  15,950,802
  15,950,917
  15,951,173
  15,951,253
  15,951,284
  15,951,290
  15,951,410
  15,951,450
  15,951,461
  15,951,530
  15,951,537
  15,951,606
  15,951,618
  15,951,647
  15,951,684
  15,951,705
  15,951,776
  15,951,787
  15,951,808
  15,951,885
  15,951,886
  15,951,891
  15,951,896
  15,951,918
  15,951,935
  15,951,946
  15,952,092
  15,952,096
  15,952,133
  15,952,159
  15,952,190
  15,952,211
  15,952,281
  15,952,308
  15,952,329
  15,952,457
  15,952,459
  15,952,463
  15,952,486
  15,952,518
  15,952,627
  15,952,641
  15,952,656
  15,952,661
  15,952,680
  15,952,743
  15,952,754
  15,952,793
  15,952,887
  15,952,889
  15,952,928
  15,952,959
  15,953,016
  15,953,021
  15,953,039
  15,953,057
  15,953,063
  15,953,083
  15,953,093
  15,953,106
  15,953,259
  15,953,262
  15,953,270
  15,953,276
  15,953,286
  15,953,295
  15,953,303
  15,953,305
  15,953,384
  15,953,402
  15,953,415
  15,953,450
  15,953,473
  15,953,504
  15,953,547
  15,953,633
  15,953,679
  15,953,761
  15,953,793
  15,953,821
  15,953,825
  15,953,891
  15,953,911
  15,953,927
  15,953,934
  15,954,159
  15,954,206
  15,954,252
  15,954,263
  15,954,351
  15,954,358
  15,954,370
  15,954,372
  15,954,380
  15,954,382
  15,954,384
  15,954,413
  15,954,524
  15,954,545
  15,954,556
  15,954,563
  15,954,573
  15,954,583
  15,954,605
  15,954,920
  15,954,963
  15,955,072
  15,955,098
  15,955,908
  15,956,279
  15,956,470
  15,956,476
  15,956,485
  15,956,490
  15,956,501
  15,956,526
  15,956,600
  15,956,642
  15,956,974
  15,956,986
  15,957,000
  15,957,024
  15,957,062
  15,957,100
  15,957,105
  15,957,216
  15,957,220
  15,957,240
  15,957,241
  15,957,247
  15,957,376
  15,957,377
  15,957,383
  15,957,414
  15,957,432
  15,957,457
  15,957,517
  15,957,642
  15,957,660
  15,957,708
  15,957,735
  15,957,809
  15,957,937
  15,958,225
  15,958,316
  15,958,607
  15,959,048
  15,959,077
  15,959,089
  15,959,134
  15,959,141
  15,959,255
  15,959,280
  15,959,284
  15,959,314
  15,959,431
  15,959,506
  15,959,507
  15,959,522
  15,959,924
  15,960,243
  15,960,271
  15,960,326
  15,960,390
  15,960,466
  15,960,490
  15,960,537
  15,960,597
  15,960,638
  15,960,745
  15,960,771
  15,960,773
  15,960,985
  15,961,206
  15,961,223
  15,961,233
  15,961,237
  15,961,238
  15,961,263
  15,961,330
  15,961,350
  15,961,632
  15,961,824
  15,961,927
  15,962,191
  15,962,270
  15,962,489
  15,962,539
  15,962,837
  15,962,958
  15,963,080
  15,963,089
  15,963,144
  15,963,149
  15,963,220
  15,963,422
  15,963,509
  15,963,559
  15,963,568
  15,963,617
  15,963,637
  15,963,916
  15,963,963
  15,964,348
  15,964,394
  15,964,440
  15,964,517
  15,964,600
  15,964,613
  15,964,617
  15,964,621
  15,964,629
  15,964,737
  15,964,803
  15,964,830
  15,964,854
  15,964,862
  15,964,957
  15,964,961
  15,965,088
  15,965,172
  15,965,175
  15,965,215
  15,965,308
  15,965,324
  15,965,336
  15,965,641
  15,965,680
  15,965,681
  15,965,742
  15,965,769
  15,965,812
  15,965,815
  15,966,392
  15,966,574
  15,966,607
  15,966,631
  15,966,740
  15,966,774
  15,966,796
  15,966,888
  15,966,953
  15,967,594
  15,967,871
  15,967,906
  15,968,017
  15,968,190
  15,968,272
  15,968,359
  15,968,455
  15,968,474
  15,968,478
  15,968,482
  15,968,503
  15,968,507
  15,968,511
  15,968,595
  15,968,689
  15,968,708
  15,968,711
  15,968,726
  15,968,761
  15,968,810
  15,968,851
  15,968,853
  15,968,905
  15,968,919
  15,968,946
  15,969,135
  15,969,151
  15,969,335
  15,969,522
  15,969,526
  15,969,555
  15,969,633
  15,969,743
  15,969,904
  15,969,905
  15,970,053
  15,970,080
  15,970,182
  15,970,351
  15,970,470
  15,970,509
  15,970,534
  15,970,668
  15,970,917
  15,971,130
  15,971,307
  15,971,324
  15,971,345
  15,971,370
  15,971,657
  15,971,881
  15,971,933
  15,972,169
  15,972,314
  15,972,381
  15,973,044
  15,973,141
  15,973,295
  15,973,313
  15,973,318
  15,973,444
  15,973,557
  15,973,769
  15,973,845
  15,973,862
  15,973,931
  15,974,186
  15,974,240
  15,974,253
  15,974,256
  15,974,262
  15,974,347
  15,974,348
  15,974,349
  15,974,379
  15,974,403
  15,974,409
  15,974,495
  15,974,608
  15,974,611
  15,974,709
  15,974,768
  15,974,876
  15,974,892
  15,974,960
  15,975,082
  15,975,205
  15,975,244
  15,975,253
  15,975,280
  15,975,342
  15,975,463
  15,975,647
  15,975,810
  15,976,069
  15,976,115
  15,976,139
  15,976,188
  15,976,219
  15,976,225
  15,976,463
  15,976,519
  15,976,538
  15,976,568
  15,976,632
  15,976,658
  15,976,730
  15,976,747
  15,977,107
G
G
A
T
T
-
C
T
T
A
G
T
A/G
C
G
T
A
A
T
-
C
T
A
T
-
A
T
C
C
G
G
T
C
G
G
C
-
T
G
G
C
-
G
C
C
T
T
A
T
T
T
T
18
26
5
27
G
A
A
G
T/C
C
A
T
T
-
G
G
C
-
G/-
C/-
A
G
C
T
G
C
T
-
A
A
A
A
G
T
T
C
C
T
G
C
T
A
A
T
G
A
A
A
C
T
T
T
T
T
G
20
T
G
A
A
A
C
C
C
-
T
G
G
G
C
C
T
A
C
A
-
C
G
11
2
?
-/T
?
G
G
G
A
C
T
G
G
A
C
C
-
G
-
A
T
G
G
G
G
C
C
A
C
-
G/-
A
A
G
T
A
T
C
T
C
G
A
G
C
C
G
T
A
T
A
T
A
T
G
T
C
A
T
T
T
C
C
T
A
C
G
C
A
C
C
T
G
G
C
C
T
A
T
A
16
A
-
A
C
T
G
T
G
G
G
C
23
G
A
G
C
-
C
C
T
A
T
G
G
G
G
T
T
G
T
C
T
C
A
G
C
-
T
C
C
A
3
-
A
-
G
C
A
A
G
T
C
T
T
T
T
C
G
T
T
A
G
A
A
T
A
T
T
A
C
G
C
A
-
C
G
C
T
G
T
G
C
G
T
G
T
G
T
G
C
C
C
A
C
A
T
G
-/T
-
T
T
A
G
T
T
2
T
A
A
C
C
A
C
T
T
G
G
G
T
-
A
-
G
A
G
T
4
G
T
G
C
C
G
T
C
C
A
G
C
T
A
A
T
A
C
C
C
C
C
T
G
A
T
T
C
C
A
A
A
-
C
T
G
T
A
7
T
C
A
T
5
C
T
A
T
C
T
T
T
G
G
G
G
G
T
T
C
C
G
T
C
-
G
G
T
C
A
A
T
G
T
A
A
A
C
G
T
A
C
A
T
C
G
A
C
T
A
C
G
C
T
G
T
C
C
G
G
-
T
T
-/T
T/-
-/T
T
T
C
G
G
T
T
A
6
A
C
T
A
G
A
-
T
G
2
A
-
-
A
G
A
G/A
T/A
G
C
C
C
T
T
A
T
C
C
C
C
A
T
T
-/G
G/-
-/G
C
T
C
G
C
A
A
T
T
T
G
C
T
A
A
T
C
C
C
T
T
C
A
A
A
C
2
T
2
A
3
A
A
A
G
C
G
T
T
-
G
A
G
C
-
T/-
A/-
A
C
2
C
C
G
T
T
A
C
C
T
T
G
G
G
A
C
C
G/-
G
T
A
G
G
A
T
T
T
A
T
C
T
T
-
C
2
G
T
T
G
C
T
A
-/C
-/C
-
G
C