Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 162,582 (bp)   Positions: 396
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LN/MavRrrcAek (2020) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
Mcu
A
C
5
A
-
C
C
G
A
C
G
2
A
C
C
C
C
C
C
G
G
T
T
T
C
G
T
2
12
A
C
G
3
107
A
T
T
G
T
C
T
-
-
2
T
T
T
T
T
G
G
C
C
-
-
T
G
G
A
C
T
G
C
-
T
A
C
T
A
C
G
G
C
C
37
T
3
T
A
C
C
C
G
C
T
G
G
G
2
C
C
C
T
40
T
C
A
-
T
A
G
-
T
G
A
C
G
A
T
C
C
T
G
-
T
T
G
C
G
G
T
C
A
T
5
A
-
C
G
C
A
G
G
-
A
C
2
A
G
C
G
2
T
T
G
-
C
C
A
C
T
T
G
-
G
C
A
C
-
T
A
A
A
C
T
C
G
T
-
T
G
G
T
G
T
T
-
A
A
T
G
C
T
8
2
A
A
C
C
G
-
C
G
G
G
12
C
T
G
A
G
-
C
A
-
G
T
G
A
-
G
T
C
-
A
C
-
A
C
C
-
C
C
-
-
C
-
A
C
G
A
C
G
A
G
T
G
A
T
A
-
A
C
G
T
-
-
G
G
G
A
G
G
2
G
T
-
A
T
A
-
G
G
-
C
T
C
-
C
T
T
C
T
A
A
A
G
C
T
A
T
A
C
T
C
A
C
G
C
T
T
T
T
-
G
C
G
G
A
4
G
C
T
A
A
T
T
G
G
T
T
G
T
T
A
G
A
2
A
G
T
C
T
T
A
C
C
C
C
A
C
C
G
G
A
C
C
T
G
C
C
G
T
C
T
A
C
A
C
A
C
C
C
A
A
A
T
T
G
T
-
G
14
G
T
G
T
G
-
A
C
G
A
C
T
T
G
A
A
A
A
T
C
A
T
12
G
-
A
7
C
T
A
C
13
A
  27,417,870
  27,417,904
  27,418,549
  27,418,630
  27,418,932
  27,419,133
  27,419,271
  27,419,537
  27,419,726
  27,419,938
  27,420,273
  27,420,484
  27,421,383
  27,421,860
  27,422,414
  27,423,056
  27,423,988
  27,424,319
  27,424,449
  27,424,767
  27,425,712
  27,426,252
  27,426,483
  27,426,647
  27,427,003
  27,427,030
  27,428,104
  27,428,300
  27,428,323
  27,428,334
  27,429,953
  27,430,358
  27,430,830
  27,430,838
  27,431,074
  27,431,160
  27,431,735
  27,431,802
  27,431,958
  27,432,208
  27,432,618
  27,432,621
  27,432,641
  27,432,671
  27,432,770
  27,432,772
  27,432,774
  27,432,776
  27,432,782
  27,432,785
  27,432,817
  27,432,935
  27,433,791
  27,433,804
  27,433,805
  27,434,024
  27,434,959
  27,435,664
  27,436,203
  27,436,303
  27,437,175
  27,437,432
  27,437,433
  27,437,468
  27,437,612
  27,437,648
  27,437,701
  27,437,729
  27,437,736
  27,437,866
  27,437,903
  27,438,038
  27,438,084
  27,438,120
  27,438,141
  27,438,207
  27,438,264
  27,438,305
  27,438,358
  27,438,550
  27,438,763
  27,438,849
  27,438,999
  27,439,286
  27,439,305
  27,439,359
  27,439,381
  27,439,415
  27,439,632
  27,439,687
  27,439,757
  27,439,788
  27,439,820
  27,440,112
  27,440,184
  27,440,330
  27,440,331
  27,440,366
  27,440,400
  27,440,524
  27,440,701
  27,440,848
  27,440,855
  27,440,916
  27,441,023
  27,441,042
  27,441,084
  27,441,188
  27,441,258
  27,441,311
  27,441,384
  27,441,385
  27,441,406
  27,441,438
  27,441,482
  27,441,496
  27,441,637
  27,441,707
  27,441,801
  27,441,818
  27,441,819
  27,441,979
  27,442,013
  27,442,102
  27,442,104
  27,442,238
  27,442,327
  27,442,347
  27,442,547
  27,442,607
  27,442,768
  27,442,777
  27,442,782
  27,442,788
  27,442,865
  27,442,914
  27,443,076
  27,443,332
  27,443,342
  27,443,416
  27,443,506
  27,443,609
  27,443,610
  27,443,612
  27,443,619
  27,443,638
  27,443,794
  27,443,820
  27,444,225
  27,444,580
  27,444,924
  27,445,009
  27,445,092
  27,445,354
  27,445,761
  27,446,222
  27,446,322
  27,446,453
  27,446,592
  27,446,627
  27,448,031
  27,448,085
  27,448,106
  27,448,292
  27,448,347
  27,448,919
  27,449,325
  27,449,580
  27,450,961
  27,451,015
  27,451,169
  27,452,077
  27,452,998
  27,453,154
  27,453,350
  27,453,352
  27,453,396
  27,453,470
  27,453,547
  27,453,648
  27,454,545
  27,454,559
  27,454,573
  27,454,652
  27,454,771
  27,454,779
  27,454,834
  27,455,033
  27,455,084
  27,455,255
  27,455,459
  27,455,999
  27,456,009
  27,456,011
  27,456,013
  27,456,300
  27,456,311
  27,456,351
  27,457,200
  27,458,861
  27,459,028
  27,459,422
  27,460,341
  27,460,936
  27,461,132
  27,461,208
  27,461,671
  27,462,799
  27,463,522
  27,463,631
  27,463,634
  27,464,919
  27,465,107
  27,465,119
  27,465,381
  27,466,055
  27,466,175
  27,466,385
  27,466,614
  27,466,834
  27,467,362
  27,468,141
  27,468,660
  27,468,737
  27,468,771
  27,468,776
  27,468,964
  27,469,052
  27,469,086
  27,469,127
  27,469,263
  27,469,268
  27,469,547
  27,469,580
  27,469,654
  27,469,792
  27,469,910
  27,469,941
  27,470,015
  27,470,050
  27,470,090
  27,470,100
  27,470,558
  27,470,624
  27,470,773
  27,470,798
  27,470,836
  27,471,036
  27,471,289
  27,471,341
  27,471,616
  27,471,709
  27,472,139
  27,472,905
  27,473,097
  27,473,264
  27,473,268
  27,474,231
  27,474,558
  27,474,698
  27,474,730
  27,474,732
  27,475,492
  27,476,119
  27,476,185
  27,476,315
  27,476,361
  27,476,388
  27,477,169
  27,477,977
  27,478,607
  27,478,791
  27,479,101
  27,480,043
  27,480,053
  27,481,598
  27,484,416
  27,484,829
  27,486,096
  27,486,456
  27,487,428
  27,489,933
  27,491,002
  27,491,175
  27,491,644
  27,491,646
  27,491,652
  27,492,295
  27,492,304
  27,495,780
  27,503,433
  27,503,434
  27,503,436
  27,505,322
  27,506,101
  27,506,333
  27,506,360
  27,507,813
  27,507,856
  27,507,870
  27,507,982
  27,508,219
  27,509,267
  27,510,048
  27,512,557
  27,514,068
  27,516,157
  27,516,404
  27,516,592
  27,516,774
  27,516,796
  27,517,004
  27,517,400
  27,517,409
  27,517,809
  27,518,158
  27,518,914
  27,519,195
  27,520,278
  27,520,279
  27,521,682
  27,521,973
  27,522,090
  27,522,100
  27,522,226
  27,522,923
  27,523,660
  27,523,810
  27,524,191
  27,524,842
  27,524,878
  27,525,310
  27,525,913
  27,526,288
  27,526,510
  27,526,566
  27,526,856
  27,527,315
  27,527,387
  27,527,406
  27,528,769
  27,529,221
  27,529,572
  27,530,302
  27,531,384
  27,531,530
  27,531,811
  27,531,987
  27,532,830
  27,533,583
  27,534,543
  27,534,579
  27,534,867
  27,535,060
  27,535,411
  27,536,948
  27,537,209
  27,537,617
  27,537,767
  27,537,876
  27,537,929
  27,539,330
  27,539,338
  27,539,374
  27,539,739
  27,539,901
  27,539,937
  27,540,455
  27,540,646
  27,540,796
  27,541,815
  27,541,920
  27,546,432
  27,553,258
  27,553,259
  27,554,661
  27,555,067
  27,556,073
  27,556,451
  27,556,841
  27,556,891
  27,561,585
  27,561,882
  27,564,076
  27,565,373
  27,568,870
  27,569,211
  27,570,219
  27,570,298
  27,570,300
  27,570,431
  27,571,186
  27,578,630
  27,578,782
  27,578,947
  27,579,053
T
A
-
G
C
T
A
A
T
T
C
-
C
T
T
T
T
T
T
A
A
C
C
C
T
A
C
-
12/-
-/G
T
A
-
-
C
-
C
A
C
T
-/A
2
2
-
A/-
-/A
A/-
A/-
A
A
A
T
G
G
G
C
A
A
G
T
C
A
T
88
C
G
T
C
G
T
T
A
T
T
-
C
-
-/C
G
T
A
T
C
T
G
A
A
A
-
A
T
T
C
-
A
T
C
11
C
G
A
A
A
C
G
T
A
G
C
A
T
G
A
2
A
G
C
G
A
A
G
T
G
-
-
G
4
T
C
T
G
A
A
A
G
A
-
C
A
T
A
-
-/C
C
C
11
T
T
T
T
C
C
T
2
C
G
G
A
2
C
G
G
T
G
C
T
A
C
C
A
A
A
C
A
-/C
C/-
2
G
G
C
A
T
C
-
-
G
G
A
T
-
8
T
-/C
-/C
?
-
-/T
C
A
G
A
A
T
G
A
A
A
A
G
3
A
C
-
C
G
T
G
G
T
G
A
A
-
C
A
-
A
G
T
A
G
-
T
G
T
C
A
-
C
T
A
-
A
A
-
A
C
A
A
A
C
A
T
-
A
A
4
-
C
G
24
A
C
G
G
C
T
T
T/-
C
C
T
C
C
G
-
A
G
G
G
C
G
A
C
A
-
T
C
A
G
A/-
-/A
-/C
T
A
T
A
A
G
-
-
T
C
G
T
A
G
A
A
C
C
A
C
C
G
A
T
-
T
A
C
T
A
G
T
T
T
T
G
G
G
T
C
A
G
T
T
C
A/-
T
T
A
C
T
A
G
T
C
T
G
T
T
T
T
G
G
A
C
C
C
A
A
-
A
G
C
C
A
G
-
T
A
G
T
A
-
A
G
G
T
G
C
T
G
-
-
A
-/2
-
-
A
C
G
T
-
C