Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 202,575 (bp)   Positions: 288
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
MWF/Hsd (2019) 
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
Mapkap1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
-
A
T
8
C
C
G
C
G
C
T
-
A
C
C
A
G
T
G
-
A
C
C
T
A
G
T
T
A
-
C
C
11
T
G
C
G
T
T
T
-
T
A
-
C
A
-
A
G
A
A
A
-
G
G
T
A
-
G
G
A
G
T
T
C
A
C
T
A
C
A
T
T
A
A
T
T
G
C
A
A
G
C
C
G
C
4
C
C
A
-
G
A
-
A
12
G
T
C
G
21
C
A
C
G
T
C
C
T
G
G
A
C
C
C
T
C
C
A
T
T
A
C
A
C
G
A
T
C
T
T
G
2
T
C
A
T
6
A
A
G
A
A
T
A
A
G
G
C
T
T
T
T
T
G
T
G
A
-
C
A
C
A
G
T
T
-
T
C
A
T
A
-
C
G
T
A
A
C
A
G
A
C
C
C
T
C
C
T
C
A
C
A
A
G
T
C
T
A
G
A
T
T
-
G
T
A
T
-
A
C
T
G
A
C
C
G
G
-
G
A
T
-
G
G
-
G
G
A
-
-
C
T
C
A
A
C
A
T
A
C
C
T
C
C
C
T
A
A
T
G
G
A
T
G
G
G
T
A
G
A
T
A
T
-
A
C
C
T
T
T
A
T
C
G
-
A
T
G
C
C
G
C
A
T
A
G
T
  17,716,224
  17,717,076
  17,718,691
  17,720,904
  17,722,542
  17,722,677
  17,723,592
  17,724,020
  17,724,068
  17,726,100
  17,726,329
  17,726,884
  17,728,125
  17,728,597
  17,728,607
  17,731,006
  17,732,544
  17,740,130
  17,742,910
  17,743,377
  17,743,570
  17,747,308
  17,747,526
  17,747,679
  17,749,489
  17,750,074
  17,750,723
  17,752,463
  17,755,109
  17,757,087
  17,758,324
  17,758,599
  17,761,173
  17,762,873
  17,762,912
  17,762,978
  17,764,446
  17,770,934
  17,772,985
  17,774,054
  17,774,433
  17,777,333
  17,778,420
  17,778,513
  17,778,610
  17,780,799
  17,781,303
  17,782,582
  17,784,069
  17,785,539
  17,785,602
  17,785,603
  17,785,832
  17,786,950
  17,788,103
  17,788,106
  17,789,213
  17,790,128
  17,790,483
  17,792,071
  17,792,302
  17,792,314
  17,792,656
  17,792,800
  17,793,079
  17,793,237
  17,794,845
  17,794,913
  17,795,801
  17,795,868
  17,796,021
  17,796,096
  17,796,097
  17,796,193
  17,796,580
  17,796,733
  17,797,578
  17,797,886
  17,800,145
  17,800,233
  17,802,287
  17,804,222
  17,804,411
  17,805,138
  17,805,164
  17,805,901
  17,806,542
  17,808,202
  17,809,127
  17,809,145
  17,809,498
  17,809,910
  17,810,176
  17,810,538
  17,811,397
  17,811,459
  17,811,505
  17,812,602
  17,812,854
  17,813,266
  17,814,658
  17,814,789
  17,815,553
  17,816,076
  17,816,156
  17,817,786
  17,818,162
  17,818,315
  17,820,115
  17,820,144
  17,820,571
  17,820,988
  17,821,233
  17,821,503
  17,822,484
  17,822,559
  17,822,620
  17,822,858
  17,822,947
  17,823,310
  17,825,398
  17,826,733
  17,826,950
  17,828,207
  17,828,350
  17,828,786
  17,828,871
  17,829,949
  17,831,678
  17,832,059
  17,832,123
  17,833,263
  17,833,840
  17,834,993
  17,835,250
  17,835,723
  17,836,160
  17,837,033
  17,837,753
  17,839,410
  17,839,540
  17,839,551
  17,839,878
  17,840,420
  17,840,647
  17,840,650
  17,841,808
  17,841,980
  17,842,419
  17,842,547
  17,842,549
  17,842,557
  17,842,586
  17,844,098
  17,844,101
  17,844,523
  17,845,105
  17,845,283
  17,845,547
  17,845,736
  17,845,896
  17,846,209
  17,846,393
  17,846,425
  17,846,584
  17,847,127
  17,847,299
  17,848,398
  17,848,492
  17,848,702
  17,849,016
  17,849,438
  17,849,472
  17,849,890
  17,850,766
  17,850,855
  17,850,978
  17,851,203
  17,851,204
  17,851,611
  17,852,173
  17,852,583
  17,852,770
  17,852,899
  17,852,976
  17,853,144
  17,853,433
  17,853,481
  17,853,581
  17,855,318
  17,856,140
  17,856,214
  17,856,711
  17,856,908
  17,857,332
  17,857,333
  17,857,889
  17,858,015
  17,858,110
  17,858,587
  17,859,550
  17,859,723
  17,860,596
  17,860,842
  17,861,029
  17,861,043
  17,861,143
  17,861,145
  17,861,345
  17,861,865
  17,863,520
  17,863,521
  17,864,272
  17,865,658
  17,866,550
  17,866,930
  17,866,994
  17,867,520
  17,869,741
  17,869,820
  17,869,888
  17,870,165
  17,870,335
  17,870,388
  17,872,313
  17,873,079
  17,873,320
  17,874,538
  17,875,163
  17,875,565
  17,875,566
  17,876,428
  17,877,044
  17,877,099
  17,877,614
  17,880,044
  17,880,100
  17,880,112
  17,880,291
  17,880,310
  17,880,345
  17,880,476
  17,880,489
  17,880,508
  17,881,015
  17,881,303
  17,882,028
  17,882,078
  17,883,963
  17,884,213
  17,885,125
  17,885,159
  17,885,160
  17,885,166
  17,885,848
  17,885,870
  17,886,151
  17,886,318
  17,886,322
  17,886,440
  17,886,693
  17,888,600
  17,888,715
  17,888,785
  17,889,178
  17,889,318
  17,890,014
  17,890,304
  17,891,169
  17,891,726
  17,892,023
  17,892,459
  17,892,663
  17,893,440
  17,893,537
  17,893,553
  17,896,274
  17,896,527
  17,896,726
  17,898,864
  17,900,792
  17,903,716
  17,905,081
  17,907,327
  17,910,811
  17,914,746
  17,915,574
  17,916,509
8
G
C
-
T
G
A
A
A
T
A
T
G
G
T
G
A
G
C
5
-
T
T
A
G
C
C
C
G
4
T
T
-
A
T
T
T
C
C
C
2
-
G
A
T
-
T
G
T
G
A/-
A/G
18
T
T
G
T
2
A
C
G
A
C
C
T
G
A
A
G
G
G
G
A
G
G
G
-
A
T
G
G
A
A
T
A
T
-
T
G
G
-/6
T
G
T
T
-
A
G
T
A
-
A
-
T
A
C
T
A
C
A
C
G
T
T
A
C
G
T
G
C
A
-
T
G
G
A
G
C
T
G
G
T
-
-
T
G
C
-
T
G
C
G
G
C
G
G
A
A
G
T/A
A
A
C
C
A
A
A
G
3
A
G
T
G
T
C
G
T
C
T
C
C
C
C
T
A
G
G
C
T
G
T
G
T
T
T
T/C
T
T
C
T
G
T
G
C
T
G
T
C
G
T
G
C
A
G
A
C
G
C
8
C
G
C
A
G
T
A
A
C
12
T
G
C
39
A
C
11
A
C
G
5
5
A
A
T
C
G
T
G
C
G
A
T
C
T
T
A
C
G
C
C
A
C
G
C
C
G/C
A
G
G
A
C
C
G
C
7
G
T
T
C
C
C
G
A
A
A
T
T
C
T
T
T
A
T
T
C
G
C
A