Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 325,364 (bp)   Positions: 469
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LEXF1C/Stm (2019) 
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
Macf1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
A
T
C
A
C
A
C
C
G
T
A
T
T
A
C
C
C
T
A
G
A
C
T
A
C
T
A
C
C
C
3
A
T
-
T
-
2
A
C
T
C
-
T
T
G
T
-
T
C
G
C
T
G
A
-
21
T
A
A
C
T
G
A
10
A
G
5
T
T
T
C
A
G
T
A
G
T
-
T
A
A
A
A
T
-
G
G
T
C
-
C
T
G
C
C
G
C
A
A
A
-
C
C
-
T
9
A
C
7
2
C
G
-
T
C
G
4
G
C
C
T
T
T
A
C
C
G
2
63
G
A
T
-
G
T
2
G
G
A
C
-
G
-
A
C
T
-
C
A
G
-
C
A
-
G
A
C
C
C
C
G
4
-
C
A
C
2
G
G
T
C
C
C
C
T
A
-
-
A
-
C
C
T
-
G
A
A
G
T
C
C
G
C
A
-
A
G
G
C
A
T
-
C
-
A
G
A
G
G
C
G
G
T
T
C
C
T
T
G
11
C
G
T
T
C
T
C
T
G
T
A
A
2
4
G
G
-
G
A
G
7
A
G
2
G
A
A
A
C
A
C
-
G
A
A
C
2
G
C
-
G
A
T
C
-
A
A
A
C
C
A
G
G
-
A
C
4
-
C
T
C
-
A
C
G
G
C
C
C
C
G
C
6
A
A
A
C
T
G
G
G
C
C
C
T
A
C
G
A
C
C
C
G
T
T
C
T
G
2
T
T
A
C
T
T
C
A
A
A
A
4
C
A
T
-
A
T
G
T
T
G
T
T
A
C
A
T
A
G
T
G
A
A
T
-
G
T
G
G
C
C
G
T
C
T
A
G
T
T
3
4
G
G
C
C
-
C
G
G
A
G
T
T
3
T
G
T
G
A
T
G
12
G
A
A
A
A
A
A
C
C
G
A
A
A
A
T
A
A
C
8
T
C
2
C
G
A
G
C
C
G
2
C
G
35
A
A
T
T
T
T
T
T
T
2
-
G
T
A
T
G
T
T
A
-
C
T
T
C
-
C
C
C
T
T
T
A
C
T
A
A
A
G
-
T
A
T
A
-
  135,624,000
  135,624,620
  135,626,184
  135,626,562
  135,626,947
  135,627,092
  135,627,186
  135,627,775
  135,627,831
  135,630,630
  135,631,181
  135,631,508
  135,631,869
  135,632,043
  135,632,254
  135,632,402
  135,632,403
  135,633,014
  135,635,344
  135,635,423
  135,635,570
  135,636,765
  135,636,833
  135,636,989
  135,637,393
  135,637,684
  135,637,733
  135,637,739
  135,637,841
  135,637,890
  135,638,139
  135,638,513
  135,638,853
  135,638,866
  135,638,918
  135,639,264
  135,639,483
  135,639,606
  135,639,673
  135,639,707
  135,639,733
  135,639,736
  135,639,775
  135,640,631
  135,640,794
  135,640,813
  135,640,824
  135,640,828
  135,640,900
  135,640,970
  135,642,349
  135,642,678
  135,642,922
  135,643,338
  135,644,076
  135,644,547
  135,644,677
  135,644,881
  135,644,926
  135,645,285
  135,645,346
  135,646,066
  135,646,103
  135,646,135
  135,646,996
  135,647,337
  135,647,343
  135,647,832
  135,647,864
  135,648,083
  135,648,123
  135,648,584
  135,648,682
  135,648,810
  135,650,083
  135,650,272
  135,650,409
  135,650,665
  135,650,673
  135,650,883
  135,651,214
  135,651,569
  135,652,410
  135,652,811
  135,653,401
  135,653,640
  135,653,644
  135,653,685
  135,654,893
  135,655,085
  135,655,673
  135,655,998
  135,656,237
  135,656,465
  135,657,595
  135,658,092
  135,658,328
  135,659,011
  135,659,012
  135,659,013
  135,659,373
  135,659,890
  135,660,174
  135,660,625
  135,660,770
  135,660,782
  135,661,349
  135,661,640
  135,661,645
  135,661,964
  135,662,338
  135,662,425
  135,662,456
  135,664,512
  135,665,209
  135,665,219
  135,665,285
  135,665,351
  135,665,417
  135,665,520
  135,665,521
  135,665,695
  135,666,170
  135,666,352
  135,666,353
  135,666,392
  135,666,447
  135,667,063
  135,667,150
  135,667,279
  135,667,370
  135,667,381
  135,668,129
  135,669,866
  135,670,820
  135,671,099
  135,672,123
  135,672,488
  135,672,498
  135,673,216
  135,673,995
  135,674,296
  135,674,473
  135,674,499
  135,674,515
  135,674,541
  135,674,843
  135,675,980
  135,676,012
  135,676,485
  135,679,324
  135,680,352
  135,680,755
  135,681,004
  135,681,296
  135,682,971
  135,684,007
  135,684,292
  135,685,034
  135,687,220
  135,690,234
  135,690,279
  135,691,945
  135,691,975
  135,692,462
  135,692,692
  135,693,422
  135,693,423
  135,693,604
  135,694,709
  135,696,053
  135,697,899
  135,697,989
  135,698,025
  135,698,575
  135,698,612
  135,699,186
  135,700,062
  135,700,550
  135,702,743
  135,703,005
  135,704,193
  135,704,431
  135,704,988
  135,705,147
  135,705,166
  135,706,968
  135,707,611
  135,708,026
  135,708,456
  135,708,525
  135,708,602
  135,709,379
  135,709,801
  135,712,467
  135,712,620
  135,712,762
  135,713,531
  135,714,005
  135,715,206
  135,715,729
  135,717,416
  135,717,640
  135,717,755
  135,717,843
  135,718,487
  135,719,122
  135,720,785
  135,720,924
  135,720,931
  135,725,206
  135,726,103
  135,727,352
  135,727,929
  135,728,065
  135,728,636
  135,728,640
  135,728,818
  135,728,946
  135,729,678
  135,730,677
  135,731,079
  135,731,483
  135,732,361
  135,734,211
  135,734,703
  135,735,068
  135,735,101
  135,735,257
  135,735,327
  135,736,206
  135,736,353
  135,736,467
  135,736,470
  135,736,521
  135,736,529
  135,736,897
  135,736,964
  135,737,412
  135,738,076
  135,739,148
  135,739,243
  135,740,908
  135,741,144
  135,741,153
  135,742,125
  135,742,687
  135,742,950
  135,743,128
  135,744,022
  135,744,768
  135,747,116
  135,747,673
  135,747,689
  135,750,234
  135,751,833
  135,758,034
  135,764,179
  135,767,077
  135,767,852
  135,769,862
  135,773,978
  135,774,070
  135,776,680
  135,783,351
  135,787,764
  135,790,733
  135,791,294
  135,791,871
  135,792,949
  135,794,282
  135,794,494
  135,794,497
  135,796,004
  135,797,385
  135,797,535
  135,802,390
  135,803,194
  135,803,882
  135,805,308
  135,809,709
  135,810,248
  135,811,240
  135,811,320
  135,811,859
  135,813,133
  135,814,873
  135,814,875
  135,814,877
  135,814,879
  135,814,885
  135,815,635
  135,815,771
  135,815,851
  135,815,883
  135,815,908
  135,816,470
  135,816,966
  135,817,938
  135,817,958
  135,817,962
  135,822,079
  135,824,963
  135,827,484
  135,827,901
  135,828,844
  135,828,896
  135,829,551
  135,830,046
  135,832,174
  135,833,930
  135,833,932
  135,834,726
  135,834,907
  135,834,910
  135,834,916
  135,835,798
  135,838,350
  135,838,781
  135,839,336
  135,840,210
  135,840,342
  135,840,474
  135,842,216
  135,842,910
  135,843,084
  135,843,138
  135,843,861
  135,843,867
  135,843,868
  135,844,301
  135,844,304
  135,844,462
  135,844,574
  135,844,871
  135,844,984
  135,845,178
  135,845,221
  135,845,633
  135,846,051
  135,846,411
  135,846,883
  135,846,981
  135,847,166
  135,847,178
  135,847,807
  135,847,900
  135,848,729
  135,848,943
  135,849,056
  135,849,607
  135,850,192
  135,850,437
  135,851,076
  135,855,136
  135,855,282
  135,856,355
  135,856,380
  135,857,204
  135,857,209
  135,857,215
  135,857,549
  135,860,613
  135,861,256
  135,866,909
  135,867,333
  135,867,771
  135,871,304
  135,873,253
  135,873,359
  135,873,393
  135,874,169
  135,875,217
  135,876,746
  135,879,709
  135,879,727
  135,880,715
  135,880,945
  135,881,306
  135,881,413
  135,884,761
  135,888,746
  135,888,750
  135,889,925
  135,890,509
  135,896,691
  135,897,708
  135,901,938
  135,902,038
  135,902,057
  135,904,564
  135,905,575
  135,906,440
  135,906,452
  135,907,062
  135,907,065
  135,907,068
  135,907,071
  135,907,074
  135,907,087
  135,907,090
  135,907,884
  135,908,818
  135,916,712
  135,916,793
  135,916,943
  135,917,006
  135,917,193
  135,918,305
  135,920,240
  135,920,617
  135,921,162
  135,921,784
  135,922,385
  135,922,479
  135,922,593
  135,923,986
  135,926,886
  135,927,088
  135,929,954
  135,930,086
  135,930,307
  135,932,211
  135,933,854
  135,934,079
  135,934,164
  135,934,677
  135,934,909
  135,934,911
  135,934,913
  135,934,915
  135,934,917
  135,935,559
  135,935,982
  135,936,143
  135,936,900
  135,937,526
  135,938,713
  135,939,568
  135,939,637
  135,939,963
  135,940,641
  135,940,924
  135,941,241
  135,941,540
  135,942,001
  135,942,187
  135,942,537
  135,942,758
  135,943,430
  135,943,432
  135,943,585
  135,943,710
  135,944,025
  135,944,028
  135,944,561
  135,944,832
  135,944,903
  135,944,996
  135,945,013
  135,945,025
  135,945,055
  135,945,079
  135,945,279
  135,945,985
  135,946,960
  135,948,657
  135,948,674
  135,948,717
-
-
T
C
T
G
T
T
T
C
G
G
C
G
T
-
T
C
G
A
G
T
A
T
G
C
-
A
T
T
-
-
C
6
C
2
-
G
T
C
C/T
-/18
C
C
A
C
A
A
T
T
A
C
A
T
T
-
G
G
G
T
A
A
C
-
G
-
5/-
C
C
-
-/T
C
C
A/-
T
A
C
2
C
G
C
G
G
G
4
A
A
G
T
C
T
C
T
G
T
A
G
-/T
-/T
A/T
T
T
T
62
A
-
G
T
-
-
T
A/-
C
C
T
A
-
A
T
T
C
C
C
G
T
A
C
-
-
T
T/-
C/-
A
T
C
-
C
-/T
-
T
2
-
2
G
T
G
2
T
T
A
G
T
G
A
A
T
G
T
T
T
A
-
11
G
C
T
-
A/-
A
C
T
T
G
G
C
G
13
A
T
2
T
T
A
5
A
G
G
C
C
G
T
C
G
G
-/8
-
A
A
T
T
C
A
T
20
-
T
G
T
A
T
A
A
C
C
T
T
A
A
A
-
T
T
C
G
T
-
A
A
A
G
G
G
-
-
C
A
A
A
T
A
-
T
-/T
-
C
G
C
G
A
G
A
2
-
G
G
T
-
A
T
T
A
G
C
-
6
G
G
C
T
G
G
-/T
-/T
9
G
T
-
C
A
C
T
4
T
T
T
A
G/-
G/-
G/-
G/-
-/C
T
6/-
-/G
G/-
G/-
T
C
-/A
-/A
-/A
A/-
T
T
A
G
A
-
G
G
-/G
-/G
A
T/-
-
-
C
A
-
C
A
-
T
-
-
T
G
-/T
-/T
T
4/-
G/-
G
C
17
C
C
A
C
C
A
A
C
T
T
G
C
G
A
A
A
G
T
C
3
A
C
C
C
T
A/T
T
C
-
A
T
A
-
G
-
-
A
A
A
T
7
G
C
A
G
A
-/C
C
-
C
A
C
C
G/-
-/C
A
-
A
C
-/T
T/-
T/-
T/-
T/-
T
T
A
G
G/-
A/G
T
-/A
G
T
T
-
C
A
-
-/T
A
-/C
A
A
T
T
-
T
A
-
G
G
-/A
-/A
A
A
A
C
C
-
4
A
C
T
A
C
C
C
C
G
-
C
C
T
T
T
T
T
C
C
G
A/G
T
C
G
T
G
T
2
C
C
C
G
T