Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 161,016 (bp)   Positions: 544
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
LN/MavRrrcAek (2020) 
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
Lrrk2
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
Hmgb1-ps3
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
C
T
-
A
A
T
C
T
C
C
C
A
G
T
C
C
A
G
T
A
C
C
A
T
C
A
T
T
T
C
T
G
G
G
A
C
C
A
T
-
C
2
-
A
G
6
C
A
T
-
A
A
-
5
3
3
G
G
A
G
T
C
G
C
G
C
C
T
C
C
A
T
-
A
G
A
C
C
G
-
A
T
G
-
T
T
G
G
T
T
A
T
G
T
-
C
A
T
A
-
T
A
C
C
T
G
T
G
G
C
-
T
C
4
11
A
A
A
2
A
T
T
G
C
T
8
-
T
T
C
T
C
T
T
T
C
T
115
T
A
C
T
T
C
T
T
T
A
G
G
G
C
T
C
G
T
T
A
T
A
T
A
G
G
C
T
C
T
C
T
C
T
C
T
T
A
T
G
C
G
G
T
3
T
C
T
G
T
2
-
A
A
T
C
T
A
A
T
C
A
T
A
-
-
G
A
C
A
T
T
G
T
G
G
T
A
-
C
G
G
T
T
T
3
-
C
A
G
T
T
C
C
A
G
-
A
T
G
C
C
G
G
C
T
A
A
C
C
A
T
A
C
C
T
T
G
T
T
A
C
A
G
C
T
C
G
A
-
-
T
T
C
C
G
G
A
A
3
T
G
3
T
T
C
C
T
A
G
A
A
T
-
-
G
T
T
C
G
G
A
T
A
A
C
T
T
T
-
-
G
G
T
G
C
T
T
C
T
G
T
5
G
C
A
T
T
T
C
T
T
G
A
C
C
C
C
G
G
C
A
C
T
C
T
A
C
3
T
T
C
T
C
T
C
C
C
A
T
T
T
C
T
-
C
G
A
A
A
G
C
C
A
A
G
G
T
A
A
C
C
3
G
T
A
T
T
C
T
C
T
G
2
-
A
C
C
T
T
T
C
A
G
T
T
C
G
A
G
A
G
-
-
G
A
T
C
G
G
A
C
G
T
G
T
C
T
A
C
7
C
T
-
46
T
A
C
G
T
T
A
C
A
C
A
T
G
G
C
G
C
A
G
A
C
T
G
T
A
T
C
C
A
-
T
T
A
-
G
8
A
T
A
C
G
C
T
C
C
C
A
T
-
C
-
T
C
T
G
T
C
A
G
T
A
C
G
C
C
T
A
A
-
T
G
C
T
-
-
G
C
-
-
T
T
G
C
A
C
T
T
C
T
G
T
T
A
T
C
T
C
-
G
-
-
-
2
C
G
2
G
G
A
G
-
  122,827,454
  122,827,528
  122,827,934
  122,830,254
  122,830,699
  122,835,293
  122,836,037
  122,838,551
  122,839,567
  122,840,470
  122,841,802
  122,844,352
  122,845,097
  122,845,156
  122,845,942
  122,846,979
  122,847,151
  122,848,484
  122,848,554
  122,848,699
  122,848,872
  122,849,544
  122,849,545
  122,849,576
  122,849,672
  122,850,018
  122,850,170
  122,850,606
  122,850,744
  122,851,152
  122,851,407
  122,851,504
  122,851,692
  122,851,833
  122,851,998
  122,852,636
  122,853,627
  122,853,632
  122,858,483
  122,858,925
  122,860,166
  122,861,168
  122,861,172
  122,861,267
  122,861,582
  122,862,184
  122,862,591
  122,862,884
  122,864,262
  122,865,217
  122,865,781
  122,871,446
  122,872,690
  122,872,743
  122,872,823
  122,873,129
  122,873,405
  122,873,559
  122,874,067
  122,874,311
  122,874,364
  122,874,838
  122,874,997
  122,875,007
  122,875,099
  122,876,602
  122,877,157
  122,877,178
  122,877,285
  122,877,303
  122,877,493
  122,877,959
  122,878,170
  122,878,332
  122,879,141
  122,879,546
  122,879,738
  122,880,196
  122,880,407
  122,880,962
  122,881,901
  122,882,606
  122,882,822
  122,882,836
  122,882,999
  122,883,152
  122,883,292
  122,883,295
  122,883,584
  122,883,859
  122,884,090
  122,884,236
  122,884,267
  122,884,311
  122,884,669
  122,884,694
  122,884,726
  122,884,890
  122,885,036
  122,885,068
  122,885,096
  122,885,295
  122,885,300
  122,885,311
  122,885,315
  122,885,316
  122,885,794
  122,885,811
  122,886,157
  122,886,195
  122,886,226
  122,886,234
  122,886,271
  122,886,280
  122,886,295
  122,886,376
  122,886,410
  122,886,503
  122,887,135
  122,887,201
  122,887,295
  122,887,367
  122,887,382
  122,887,447
  122,887,451
  122,887,624
  122,887,688
  122,887,716
  122,887,923
  122,888,075
  122,888,170
  122,888,294
  122,888,300
  122,888,418
  122,888,439
  122,888,561
  122,888,620
  122,888,893
  122,889,294
  122,889,493
  122,890,197
  122,890,206
  122,890,297
  122,890,445
  122,890,477
  122,890,514
  122,890,755
  122,890,790
  122,890,809
  122,890,915
  122,890,972
  122,890,979
  122,890,992
  122,890,996
  122,891,020
  122,891,077
  122,891,097
  122,891,142
  122,891,235
  122,891,451
  122,891,688
  122,891,881
  122,892,030
  122,892,713
  122,892,866
  122,892,902
  122,892,917
  122,892,983
  122,893,184
  122,893,190
  122,893,328
  122,893,372
  122,893,387
  122,893,513
  122,893,663
  122,893,686
  122,893,853
  122,893,854
  122,893,877
  122,893,883
  122,894,090
  122,894,308
  122,894,625
  122,894,824
  122,894,849
  122,894,853
  122,894,854
  122,895,048
  122,895,085
  122,895,122
  122,895,134
  122,895,245
  122,895,529
  122,895,587
  122,895,748
  122,895,769
  122,895,957
  122,896,107
  122,896,128
  122,896,148
  122,896,174
  122,896,573
  122,896,727
  122,896,847
  122,897,043
  122,897,400
  122,897,578
  122,898,059
  122,898,215
  122,898,550
  122,898,619
  122,898,804
  122,898,880
  122,898,898
  122,898,913
  122,898,950
  122,899,007
  122,899,257
  122,899,546
  122,899,597
  122,899,626
  122,899,760
  122,899,779
  122,899,852
  122,899,856
  122,899,906
  122,899,907
  122,899,921
  122,899,976
  122,900,179
  122,900,189
  122,900,214
  122,900,279
  122,900,295
  122,900,300
  122,900,950
  122,901,120
  122,901,140
  122,901,141
  122,901,176
  122,901,179
  122,901,234
  122,901,666
  122,901,716
  122,901,725
  122,902,102
  122,902,358
  122,902,482
  122,902,483
  122,902,526
  122,902,637
  122,902,638
  122,902,664
  122,902,775
  122,902,827
  122,903,003
  122,903,040
  122,903,053
  122,903,078
  122,903,107
  122,903,122
  122,903,222
  122,903,286
  122,903,508
  122,903,730
  122,904,194
  122,905,671
  122,906,288
  122,906,549
  122,908,234
  122,908,410
  122,910,885
  122,911,950
  122,912,786
  122,914,270
  122,914,825
  122,916,023
  122,916,356
  122,916,960
  122,916,961
  122,917,084
  122,917,506
  122,918,141
  122,918,171
  122,918,501
  122,918,758
  122,918,868
  122,918,885
  122,918,957
  122,919,009
  122,919,015
  122,919,051
  122,919,085
  122,919,087
  122,919,104
  122,919,120
  122,919,125
  122,919,161
  122,919,257
  122,919,337
  122,919,760
  122,919,761
  122,919,939
  122,920,049
  122,920,060
  122,920,531
  122,920,705
  122,921,035
  122,921,038
  122,921,403
  122,921,411
  122,921,464
  122,921,829
  122,922,307
  122,922,496
  122,923,302
  122,923,523
  122,923,773
  122,923,804
  122,923,969
  122,923,985
  122,924,113
  122,924,188
  122,924,381
  122,924,593
  122,925,009
  122,925,019
  122,925,081
  122,925,131
  122,925,147
  122,925,254
  122,925,287
  122,925,321
  122,925,369
  122,925,379
  122,925,454
  122,925,455
  122,925,473
  122,925,524
  122,925,526
  122,925,537
  122,925,539
  122,925,576
  122,925,593
  122,925,629
  122,925,638
  122,925,669
  122,925,694
  122,925,716
  122,925,724
  122,925,735
  122,925,736
  122,925,737
  122,925,743
  122,925,855
  122,925,873
  122,925,879
  122,925,996
  122,926,125
  122,926,165
  122,926,194
  122,926,229
  122,926,242
  122,926,266
  122,926,274
  122,926,278
  122,926,317
  122,926,349
  122,926,356
  122,926,831
  122,931,107
  122,931,116
  122,931,129
  122,931,180
  122,931,273
  122,931,276
  122,931,290
  122,931,297
  122,931,298
  122,931,311
  122,931,320
  122,931,330
  122,931,351
  122,931,365
  122,931,388
  122,931,485
  122,931,487
  122,931,521
  122,931,525
  122,931,546
  122,931,547
  122,931,827
  122,931,830
  122,932,103
  122,932,246
  122,932,321
  122,932,325
  122,932,432
  122,932,595
  122,932,612
  122,932,613
  122,932,770
  122,932,805
  122,932,816
  122,932,823
  122,932,873
  122,932,880
  122,932,909
  122,932,942
  122,933,035
  122,933,127
  122,933,138
  122,933,180
  122,933,209
  122,933,226
  122,933,414
  122,933,440
  122,933,485
  122,933,491
  122,933,495
  122,933,520
  122,933,541
  122,933,874
  122,933,905
  122,933,940
  122,934,011
  122,934,032
  122,934,101
  122,934,164
  122,934,181
  122,934,188
  122,934,229
  122,934,232
  122,934,286
  122,934,293
  122,934,302
  122,934,314
  122,934,321
  122,934,332
  122,934,334
  122,934,355
  122,934,364
  122,934,378
  122,934,379
  122,934,390
  122,934,391
  122,934,413
  122,934,432
  122,934,479
  122,934,486
  122,934,500
  122,934,522
  122,934,547
  122,934,564
  122,934,568
  122,934,569
  122,934,624
  122,934,635
  122,934,677
  122,934,718
  122,934,775
  122,934,814
  122,934,867
  122,934,890
  122,935,052
  122,935,554
  122,937,730
  122,938,005
  122,938,153
  122,938,182
  122,938,217
  122,938,219
  122,938,315
  122,938,398
  122,938,715
  122,938,900
  122,939,048
  122,939,083
  122,939,273
  122,941,353
  122,942,740
  122,943,299
  122,943,366
  122,944,962
  122,945,185
  122,945,196
  122,945,328
  122,946,574
  122,946,577
  122,947,817
  122,947,969
  122,948,536
  122,948,676
  122,948,941
  122,949,973
  122,950,057
  122,950,453
  122,950,715
  122,953,465
  122,953,475
  122,953,523
  122,953,750
  122,954,053
  122,954,310
  122,956,008
  122,956,920
  122,957,751
  122,957,818
  122,958,436
  122,959,422
  122,962,335
  122,962,981
  122,963,277
  122,966,476
  122,966,810
  122,967,852
  122,969,083
  122,970,029
  122,984,632
  122,984,664
  122,984,725
  122,984,869
  122,985,073
  122,985,104
  122,985,324
  122,985,447
  122,985,551
  122,985,666
  122,985,687
  122,985,898
  122,985,910
  122,986,293
  122,986,404
  122,986,421
  122,986,430
  122,986,443
  122,986,453
  122,986,541
  122,986,550
  122,986,551
  122,986,574
  122,986,600
  122,986,643
  122,987,011
T
A
12
G
G
G
A
C/-
A
G
T
T/-
C
C
T
T
G
A
C
G
T
T
G
A
T
G
-
G
C
T
C
A
T
A
C
A
T
C
G
A
T
-
3
G
A
-
T/-
G
C
9
G
T
2
-
-
-
A
-
G
A
-
T
C
T
A
T
T
C
T
T
G
C
-/12
G
A
G
T
T
T
T
C
C
T
15
C
-
T
A
C
C
T
G
A
C
T
T
G
C
-
5
C
G
G
T
C
A
C
A
C
-
2
A
-
-
-
C
C
C
-
G
C
C
A
T
G
-
6
G
C
T
C
A
C
C
C
T
G
115/-
C
C
G
C
C
A/T
C
C
C
T
C
T
A
A
C
T
C
-
C
C
C
-
A
G
A
A
T
C
T
C
A
C
T
C
T
C
C
G
C
A
T
A
T
C
-
A
T
C
A
C
-
A
G
G
G
T
C
G
G
C
A
G
C
G
T
16
A
G
T
C
C
A
A
G
A
A
G
G
T
T
A
A
C
C
C
-
A
T
G
A
C
C
G
T
G
A
G
G
C
A
T
T
C
A
A
C
G
G
T
T
T
C
G
G
G
C
C
T
C
C
G
T
G
A
T
C
T
T
T
8
T
G
C
T
G
A
T
G
-
-
C
T
3/-
G
C
T
A
C
C
A
G
G
A
2
14
T/A
C
C
A
A
C
G
C
T
G
T
C
C
A
AC/A
4
A
C
C
A
T
A
A
T
C
C
-
-
A
A
T
G
C
C
T
C
C
T
G
T
T
T
T
A
A
T
T
T
A
T
C
G
T
-
C
G
T
C/A
A
A
A
G
G
G
C
A
-
T
C
8
A
T
G
-
C
A
T
T
G
G
A
A
C
T
T
T
T
-
T
C
G
C
C
G
G
T
C
A
-
C
G
T
A
C
A
C
T
G
A
C
C
T
T
G
A
G
A
16
4
A
G
G
G
-
C
C
T
A
C
A
C
T
C
G
A
-
G
C
A
-
C
-
G
A
A
C
G
T
G
T
G
C
A
A
T
A
T
C
A
G
T
C
A
C
G
C
T
T
G
T
C
C
C
5
A
-
C
-
C
G
A
T
C
T
T
T
T
C
12
A
12
C
T
C
-
G
T
G
A
C
G
T
A
T
T
C
G
G
T
C
A
-
C
9
5
A
T
A
4
C
C
A
T
G
T
C
C
T
C
A
C
C
G
C
T
C
T
A
C
6
8
4
-
G
A
-
C/-
C
G
A
35