Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 113,267 (bp)   Positions: 318
Genes ( + ) 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
HXB10/IpcvMcwi (2019) 
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120100943
LOC120100943
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
T
T
C
A
T
A
C
G
-
A
A
A
A
C
C
T
T
A
G
C
T
-
C
-
T
C
A
T
C
T
C
4
T
C
T
A
C
-
T
G
A
A
A
C
C
A
A
G
C
G
C
T
4
G
8
2
A
C
T
C
C
-
A
A
T
C
T
G
G
8
A
A
T
C
T
G
T
A
C
T
A
G
T
C
T
T
T
T
T
A
2
C
C
T
A
A
A
T
T
T
C
A
A
T
C
C
T
C
T
T
C
T
G
T
2
G
T
C
T
G
A
C
G
C
-
C
A
T
A
G
A
A
G
G
C
G
G
T
A
-
C
-
G
G
C
A
C
T
A
A
-
-
G
C
A
T
T
C
G
A
G
G
G
G
G
G
G
G
C
C
C
C
-
2
T
2
A
C
-
G
T
4
-
C
T
-
C
C
A
C
G
A
T
-
T
C
T
G
C
A
T
T
C
A
G
2
C
T
-
A
A
C
-
C
C
G
G
3
T
C
G
-
G
C
G
C
C
T
-
T
T
C
C
G
T
G
2
G
A
A
C
A
G
-
C
T
C
A
A
2
G
-
T
A
A
A
C
A
A
A
G
C
G
G
2
A
A
G
C
G
G
-
T
A
A
C
T
T
G
T
T
C
A
G
2
G
G
C
T
T
-
T
G
G
G
G
C
T
G
C
C
C
A
G
G
G
A
G
C
3
A
C
G
A
C
A
T
  219,666,869
  219,666,925
  219,668,256
  219,668,870
  219,669,253
  219,671,074
  219,671,355
  219,671,479
  219,672,555
  219,673,462
  219,674,778
  219,675,882
  219,676,895
  219,677,310
  219,677,734
  219,678,880
  219,679,537
  219,679,747
  219,680,313
  219,680,925
  219,681,565
  219,681,645
  219,682,234
  219,682,355
  219,682,539
  219,683,279
  219,683,497
  219,685,915
  219,686,750
  219,686,952
  219,688,540
  219,688,933
  219,688,989
  219,689,616
  219,689,690
  219,689,933
  219,690,275
  219,691,248
  219,691,344
  219,691,476
  219,691,682
  219,692,264
  219,692,685
  219,692,870
  219,693,448
  219,693,496
  219,694,503
  219,694,650
  219,694,927
  219,695,624
  219,695,762
  219,696,129
  219,696,438
  219,696,914
  219,698,201
  219,698,666
  219,698,722
  219,699,091
  219,699,185
  219,699,639
  219,701,480
  219,701,777
  219,702,042
  219,702,741
  219,702,772
  219,702,854
  219,702,933
  219,703,026
  219,703,111
  219,703,222
  219,703,535
  219,703,708
  219,703,905
  219,704,045
  219,704,601
  219,704,960
  219,705,123
  219,705,132
  219,705,285
  219,705,322
  219,705,366
  219,705,590
  219,705,673
  219,706,058
  219,706,177
  219,706,919
  219,707,122
  219,707,648
  219,708,144
  219,708,295
  219,708,573
  219,708,892
  219,709,609
  219,709,748
  219,709,928
  219,710,305
  219,710,347
  219,710,561
  219,710,585
  219,711,170
  219,711,679
  219,711,925
  219,712,146
  219,712,264
  219,712,333
  219,712,552
  219,712,554
  219,712,651
  219,712,779
  219,712,847
  219,712,906
  219,712,966
  219,713,056
  219,713,376
  219,713,382
  219,713,433
  219,713,454
  219,713,789
  219,713,835
  219,714,010
  219,714,409
  219,714,425
  219,715,196
  219,715,231
  219,715,573
  219,715,814
  219,715,860
  219,715,916
  219,715,966
  219,715,971
  219,717,574
  219,717,634
  219,717,731
  219,717,926
  219,718,056
  219,718,284
  219,718,798
  219,718,858
  219,719,138
  219,719,522
  219,719,653
  219,719,777
  219,720,323
  219,720,380
  219,721,234
  219,721,458
  219,721,989
  219,722,153
  219,722,704
  219,723,247
  219,723,390
  219,723,903
  219,724,322
  219,725,611
  219,725,706
  219,725,725
  219,725,896
  219,725,985
  219,726,021
  219,726,430
  219,726,609
  219,726,676
  219,726,680
  219,726,684
  219,726,688
  219,726,692
  219,726,696
  219,726,700
  219,726,704
  219,726,748
  219,726,756
  219,726,758
  219,726,760
  219,726,765
  219,726,787
  219,726,788
  219,726,849
  219,727,031
  219,727,198
  219,727,536
  219,727,566
  219,727,612
  219,727,642
  219,727,804
  219,728,195
  219,728,303
  219,728,553
  219,728,794
  219,728,823
  219,728,955
  219,729,219
  219,730,132
  219,730,152
  219,730,249
  219,730,334
  219,730,436
  219,730,459
  219,730,704
  219,730,957
  219,731,210
  219,731,291
  219,731,299
  219,731,312
  219,731,488
  219,731,605
  219,731,749
  219,732,122
  219,732,647
  219,732,832
  219,732,958
  219,733,001
  219,733,003
  219,733,051
  219,734,486
  219,734,532
  219,734,788
  219,735,475
  219,736,375
  219,736,466
  219,736,562
  219,736,852
  219,737,040
  219,737,610
  219,737,847
  219,738,115
  219,739,332
  219,740,397
  219,741,094
  219,741,776
  219,741,816
  219,741,896
  219,742,171
  219,742,373
  219,742,477
  219,742,480
  219,742,497
  219,743,735
  219,744,051
  219,744,052
  219,745,115
  219,745,308
  219,745,739
  219,746,634
  219,747,325
  219,747,698
  219,747,923
  219,748,327
  219,748,537
  219,748,538
  219,749,053
  219,749,914
  219,749,964
  219,750,252
  219,750,255
  219,750,259
  219,750,538
  219,750,608
  219,750,633
  219,751,436
  219,751,458
  219,752,249
  219,752,447
  219,752,944
  219,752,968
  219,753,127
  219,753,130
  219,754,478
  219,754,669
  219,755,123
  219,755,540
  219,755,948
  219,756,373
  219,756,417
  219,756,548
  219,756,942
  219,757,756
  219,758,143
  219,758,244
  219,758,497
  219,759,305
  219,759,394
  219,759,402
  219,759,612
  219,759,880
  219,759,893
  219,759,901
  219,759,960
  219,760,001
  219,760,057
  219,760,217
  219,760,396
  219,760,575
  219,760,611
  219,761,120
  219,761,213
  219,761,712
  219,762,938
  219,764,104
  219,764,910
  219,766,371
  219,766,792
  219,766,796
  219,766,800
  219,770,219
  219,771,263
  219,772,892
  219,774,429
  219,775,376
  219,775,377
  219,776,456
  219,776,612
  219,776,889
  219,777,303
  219,778,155
  219,778,186
  219,778,195
  219,778,958
  219,779,191
C/-
C/-
C
-
G
G
G
T
A
T
-/T
G
G
C
T
T
C
G
C
C
T
C
2
-/T
-/T
C
G
G
G
T
-
T
-
-
T
C
G
T
4
-/G
A
G
G
G
-
T
G
G
A
G
-/C
T
G
-
A
-
-
G
T
C/-
T
T
13
G
G
C
T
C
A
A
-
G
G
C
A
G
A
G
G
A
C
G
A
C
T
A
C
G
G
C
G
-
T
T
A
C
T
T
C
G
G
T
-
G
C
G/-
G/-
C
T
C
C
A
C
A
C
-
C
C
T
C
T
G
T
A
T
2
T
G
A
G
A
-
G
T
A
T
A
A
C
T
C
T
4
T
A
A
-
T
C
G
G
A
8
A
T
G
C
A
T
A
G
-/C
C/-
-/C
-/C
C/-
-/C
-/C
-/C
G
-/G
G/-
G
2
-
C/-
-
G
G
A
A
C
-
4
G
C
4
T
T
G
T
C
G
C
G
C
T
C
C
A
G
A
C
T
C
A
2/-
T
C
-/2
T/-
T/-
A
6
T
A
-/C
A
-
C
T
A
T
A
T
A
A
T
C
4
G
C
G
G
A
C
A
2/-
C/-
T
G
T
G
A
A
A
C
T
G
G
-
-/A
4
C
T
G
G
T
G
G
G
A
?
A
G/-
2/-
G
G
A
A
A
A
C
A
G
G
T
A
C
A
G
C
T
G
T
-
A
C
T
C
C
T
C
A
A
T
-
T
-
A
T/-
T/-
T/-
G
A
A
C
G
C
T
-
G
T
A
G
A
G
-