Send us a Message
Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   
Search RGD Grant Resources Citing RGD About Us Contact Us
Genes Variants Community Projects QTLs Strains Markers Genome Information Ontologies Cell Lines References Download Submit Data
OntoMate (Literature Search) JBrowse (Genome Browser) Synteny Browser (VCMap) Variant Visualizer Multi-Ontology Enrichment (MOET) Gene-Ortholog Location Finder (GOLF) InterViewer (Protein-Protein Interactions) PhenoMiner (Quatitative Phenotypes) Gene Annotator OLGA (Gene List Generator) AllianceMine GViewer (Genome Viewer)
Aging & Age-Related Disease Cancer & Neoplastic Disease Cardiovascular Disease Coronavirus Disease Developmental Disease Diabetes Hematologic Disease Immune & Inflammatory Disease Infectious Disease Liver Disease Neurological Disease Obesity & Metabolic Syndrome Renal Disease Respiratory Disease Sensory Organ Disease
Find Models   new Genetic Models Autism Models Rat PhenoMiner (Quantitative Phenotypes) Chinchilla PhenoMiner Expected Ranges (Quantitative Phenotype) PhenoMiner Term Comparison Hybrid Rat Diversity Panel Phenotypes Phenotypes in Other Animal Models Animal Husbandry Strain Medical Records Phylogenetics Strain Availability Calendar Rats 101 Submissions Photo Archive
Pathways
Rat Community Forum Directory of Rat Laboratories Video Tutorials News RGD Publications RGD Presentations Archive Nomenclature Guidelines Resource Links Laboratory Resources Employment Resources
  Home     Edit Strains     Edit Gene List     Sequence Annotation
 Assembly mRatBN7.2
   

Chromosome Start Position Stop Position
Region Size: 113,267 (bp)   Positions: 286
Genes ( + ) 
Genes ( + ) 
Genes ( - ) 
mRatBN7.2  
FHH/EurMcwi (2019) 
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
Lef1
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
LOC120100943
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
--
T
C
T
C
A
A
C
4
T
T
A
C
G
C
G
A
A
A
G
C
A
-
C
T
T
T
-
-
-
C
-
T
C
A
T
A
T
T
C
T
T
A
-
12
T
T
A
C
G
A
C
-
T
G
A
A
G
C
A
G
A
T
T
T
A
T
A
4
A
G
C
T
A
A
G
T
-
G
-
T
-
-
T
C
A
-
-
6
C
4
C
C
C
C
A
A
C
177
T
T
A
T
112
G
G
A
G
A
C
A
G
G
A
T
T
G
C
T
T
A
C
T
T
2
G
G
T
C
T
T
C
T
6
T
T
T
T
T
G
C
C
G
C
C
T
A
A
G
G
G
-
C
T
T
G
G
A
G
A
-
G
12
A
A
-
C
G
G
-
C
C
G
T
C
G
G
C
C
C
4
T
-
T
T
G
C
C
C
G
T
C
G
G
G
C
A
A
T
C
C
A
G
T
T
G
A
A
-
T
G
-
T
A
C
C
A
A
C
-
A
A
A
3
A
C
G
G
A
G
C
G
-
T
A
G
C
G
G
A
C
T
T
T
G
T
T
C
A
G
2
G
C
T
T
C
-
T
C
G
C
G
T
G
C
C
C
A
G
T
A
A
C
G
A
G
G
G
G
C
C
C
A
C
A
A
G
  219,666,869
  219,666,911
  219,668,256
  219,668,870
  219,669,253
  219,670,367
  219,670,609
  219,670,739
  219,671,074
  219,671,222
  219,671,355
  219,671,747
  219,672,455
  219,674,595
  219,674,777
  219,674,778
  219,675,882
  219,676,895
  219,677,100
  219,677,282
  219,677,310
  219,678,257
  219,678,880
  219,679,537
  219,679,747
  219,681,645
  219,682,145
  219,682,234
  219,682,310
  219,682,355
  219,682,539
  219,683,279
  219,684,588
  219,685,915
  219,686,750
  219,687,028
  219,687,228
  219,688,540
  219,689,538
  219,689,616
  219,689,933
  219,690,275
  219,691,344
  219,691,406
  219,691,476
  219,691,482
  219,692,240
  219,692,469
  219,692,864
  219,692,870
  219,692,988
  219,693,599
  219,693,626
  219,694,497
  219,694,503
  219,694,624
  219,694,633
  219,694,649
  219,694,650
  219,695,205
  219,695,433
  219,695,456
  219,695,488
  219,696,279
  219,696,777
  219,696,833
  219,696,889
  219,696,914
  219,696,949
  219,696,964
  219,697,064
  219,697,128
  219,697,244
  219,697,504
  219,697,636
  219,697,668
  219,697,725
  219,697,727
  219,697,839
  219,698,074
  219,698,150
  219,698,151
  219,698,157
  219,698,181
  219,698,472
  219,698,570
  219,698,596
  219,698,700
  219,698,731
  219,698,734
  219,698,779
  219,698,785
  219,698,791
  219,698,949
  219,699,091
  219,699,345
  219,699,365
  219,699,620
  219,699,637
  219,699,639
  219,699,893
  219,699,894
  219,700,712
  219,700,745
  219,700,801
  219,700,884
  219,700,887
  219,700,907
  219,701,011
  219,702,772
  219,703,492
  219,703,493
  219,703,905
  219,704,045
  219,704,061
  219,704,077
  219,704,090
  219,704,313
  219,705,132
  219,705,285
  219,705,322
  219,705,366
  219,705,599
  219,705,620
  219,705,641
  219,705,673
  219,706,058
  219,706,177
  219,706,919
  219,707,122
  219,707,726
  219,708,144
  219,711,252
  219,711,679
  219,712,847
  219,713,382
  219,714,748
  219,715,966
  219,717,006
  219,717,805
  219,717,839
  219,724,880
  219,725,360
  219,725,434
  219,725,612
  219,725,725
  219,726,609
  219,726,696
  219,726,700
  219,726,704
  219,727,536
  219,727,758
  219,727,957
  219,728,045
  219,731,462
  219,731,761
  219,731,887
  219,732,493
  219,732,495
  219,732,687
  219,732,960
  219,732,986
  219,732,997
  219,732,999
  219,733,046
  219,733,251
  219,733,661
  219,733,817
  219,734,486
  219,734,532
  219,734,788
  219,735,475
  219,736,562
  219,736,852
  219,737,040
  219,737,847
  219,738,115
  219,738,778
  219,741,094
  219,741,564
  219,741,776
  219,741,816
  219,741,896
  219,742,171
  219,742,279
  219,742,280
  219,742,373
  219,742,477
  219,742,480
  219,742,497
  219,742,811
  219,743,134
  219,744,052
  219,744,054
  219,744,730
  219,745,115
  219,745,308
  219,746,278
  219,746,492
  219,746,590
  219,746,634
  219,747,325
  219,748,270
  219,748,327
  219,748,361
  219,748,538
  219,749,053
  219,749,936
  219,749,937
  219,749,964
  219,750,252
  219,750,255
  219,750,259
  219,750,396
  219,750,397
  219,750,538
  219,750,608
  219,750,633
  219,750,694
  219,751,436
  219,751,458
  219,751,569
  219,751,800
  219,752,249
  219,752,944
  219,752,968
  219,753,127
  219,754,478
  219,755,123
  219,755,540
  219,756,373
  219,756,417
  219,756,548
  219,756,942
  219,757,284
  219,757,528
  219,757,540
  219,757,545
  219,757,756
  219,758,143
  219,758,244
  219,758,497
  219,758,846
  219,759,305
  219,759,394
  219,759,402
  219,759,754
  219,759,880
  219,759,893
  219,759,901
  219,760,001
  219,760,057
  219,760,217
  219,760,396
  219,760,419
  219,760,574
  219,760,611
  219,761,003
  219,761,712
  219,764,104
  219,764,429
  219,764,883
  219,764,907
  219,766,792
  219,766,796
  219,766,800
  219,770,219
  219,770,911
  219,772,281
  219,772,289
  219,772,328
  219,772,457
  219,772,892
  219,775,376
  219,775,377
  219,776,303
  219,776,571
  219,776,651
  219,776,954
  219,777,303
  219,777,700
  219,778,186
  219,778,195
  219,778,855
  219,778,958
  219,778,969
-/C
-/T
C
-
G
G
T
-
G
C
G
T
A
G
G/-
T/-
G
G
A
A
C
4
T
C
G
C
2
2
2
T/-
T
C
T
G
G
T
C
-
T
-
C
G
4
-
G/-
-/G
C
T
C
G
T
T
C
T
G
G
C
T
G
C
G
C
C
A
G
C
G
-
G
A
T
G
G
G
A
A
10
C
-/4
C
T
T
C
T
G
2
10
-
G
-
G
G
G
T
G
G
A
177/-
C/-
C/-
C
A
-
A/-
A/-
G
A
G
G
G
T
T
G
C
G
A
A
C
G
G
A
C
G
-
A
A
C
T
A
C
-
G
-
G
C
C
A
A
A
T
T
A
T
A
C
G
G
-/C
C/-
-/C
A
G/-
A
T/G
A
T
T
C
G
A
C/-
-
T/-
-/T
2
T
A
C
6
T
A
-/C
C
T
A
A
T
T
T
-
C
4
G
C
T
G
G
G
A
C
T
A
-/C
C
T
T
G
C
T
T
G
A
-
C
A
G
G
-/2
T/C
A/-
4
C
T
T
T
G
G
T
T
G
G
G
-
G
?
A
-
G
A
A
A
C
A
G
T
G
-
C
G
T
A
C
C
A
G
C
A
G
T
-
C
T
C
C
T
G
C
T
T
T
A
-
-
T/-
T/-
T/-
G
A
G
T
G
T
A
G
C
C
A
T
T
T
T
G
A
G
G
A